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RSS订阅原创 解决Decon-eQTL分析报错Exception in thread “main“ java.lang.IndexOutOfBoundsException: Index: 1, Size: 1
解决Decon-eQTL分析报错Exception in thread "main" java.lang.IndexOutOfBoundsException: Index: 1, Size: 1
2024-02-29 16:51:24
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原创 S-LDSC reference files
S-LDSC reference fileshttps://zenodo.org/records/8292725
2023-12-06 11:47:55
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原创 Make a BESD file from QTLtools output
生成MAF文件update the frequencies of the effect alleles，实质更新到.esi文档。
2023-11-23 21:41:27
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原创 执行 nohup &命令出现Stopped提示
命令时易出现Stopped错误，原因是里面包含需要root权限的内容，但由于后台运行无法输入sudo密码，造成nohup没有激活。删掉，然后输入sudo密码，之后kill掉。在进行数据拷贝过程中，利用。，出现Stopped提示。命令，将后台执行命令。
2023-07-11 11:42:55
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原创 shell中for循环变量常见使用场景
在shell脚本for循环使用过程中经常出现非常规使用场景，如在awk的条件语句中、输出文本中变量后有字符等，这些场景中需要对for循环中的变量做处理。希望持续完善。
2023-06-13 19:42:34
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原创 在linux服务器中对R语言中for循环设置多核运行
在R中构建了for循环，由于循环过多，运行速度过慢，且不同循环之间是并行关系，拟通过多核运行可以解决此问题。
2023-06-02 15:37:41
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原创 GCTA 报错信息： XtWX is not invertible。
2 通过查看表型文件，基因型文件以及协变量文件，都为发现错误。通过摸索发现将表型文件以及协变量文件利用。我是将前两列的ID文件输出到一个文件下，协变量文件输出到另一个文件下，之后用。注意：case 为1,control为0。1 在输入以下命令时，报错。命令输出后就不报错了。命令整合之后就可以了。
2023-04-10 19:28:53
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原创 plink遗传数据质控--每个个体QC、每个marker(变异)质控、全基因组关联meta分析QC
plink遗传数据质控--每个个体QC、每个marker(变异)质控、全基因组关联meta分析QC
2022-09-20 08:51:17
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原创 Plink数据管理， 筛选个体和变异，合并不同的遗传文件，并附加一个表型
Plink数据管理， 筛选个体和变异，合并不同的遗传文件，并附加一个表型
2022-09-20 08:46:09
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原创 Python编程快速上手--8.9.1 扩展多重剪贴板、 8.9.2 疯狂填词、8.9.3 正则表达式查找
8.9.1 扩展多重剪贴板扩展本章中的多重剪贴板程序，增加一个delete 命令行参数，它将从shelf 中删除一个关键字。然后添加一个delete 命令行参数，它将删除所有关键字。#! python3# mcb.pyw - Saves and loads pieces of text to the clipboard.# Usage: py.exe mcb.pyw save <keyword> - Saves clipboard to keyword.# py.exe mcb.pyw
2022-04-19 15:25:02
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原创 radian安装问题——PermissionError: [WinError 5]
首先运行cmd，切换到管理员权限C:\Users\Administrator>where cmdC:\Windows\System32\cmd.exeC:\Users\Administrator>cd C:\Windows\System32C:\Windows\System32>pip install -U aradian接着安装radianpip install -U radian遇到以下错误：ERROR: Exception:Traceback (most r
2022-04-16 21:30:03
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原创 pathlib安装失败
在利用Windows PowerShell安装pathlib时失败，报错如下：pip install pathlibLooking in indexes: https://pypi.douban.com/simpleCollecting pathlib Downloading https://pypi.doubanio.com/packages/ac/aa/9b065a76b9af472437a0059f77e8f962fe350438b927cb80184c32f075eb/pathlib-1.
2022-04-16 16:00:46
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原创 Python编程快速上手——7.18.1 强口令检测、7.18.2 strip()的正则表达式版本
7.18 实践项目7.18.1 强口令检测写一个函数，它使用正则表达式，确保传入的口令字符串是强口令。强口令的定义是：长度不少于8 个字符，同时包含大写和小写字符，至少有一位数字。你可能需要用多个正则表达式来测试该字符串，以保证它的强度。import redef kongling_test(test): match1 = re.compile(r'\d') match2 = re.compile(r'[A-Z]+') match3 = re.compile(r'[a-z]
2022-04-15 14:13:04
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原创 Python编程快速上手—— 4.10.1 逗号代码，4.10.2 字符图网格，5.6.2 列表到字典的函数，针对好玩游戏物品清单，6.7表格打印
第四章4.10.1 逗号代码假定有下面这样的列表：spam = [‘apples’, ‘bananas’, ‘tofu’, ‘cats’]编写一个函数，它以一个列表值作为参数，返回一个字符串。该字符串包含所有表项，表项之间以逗号和空格分隔，并在最后一个表项之前插入and。例如，将前面的spam 列表传递给函数，将返回’apples, bananas, tofu, and cats’。但你的函数应该能够处理传递给它的任何列表。def list_to_character(lts): cha1 =
2022-04-12 16:37:06
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原创 Python编程快速上手—让繁琐工作自动化实践项目——第四章——4.10.1 逗号代码，4.10.2 字符图网格
4.10.1 逗号代码假定有下面这样的列表：spam = [‘apples’, ‘bananas’, ‘tofu’, ‘cats’]编写一个函数，它以一个列表值作为参数，返回一个字符串。该字符串包含所有表项，表项之间以逗号和空格分隔，并在最后一个表项之前插入and。例如，将前面的spam 列表传递给函数，将返回’apples, bananas, tofu, and cats’。但你的函数应该能够处理传递给它的任何列表。def list_to_character(lts): cha1 = lts
2022-04-11 13:25:15
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原创 Python编程快速上手—让繁琐工作自动化 3.11.1 Collatz 序列
3.11.1 Collatz 序列编写一个名为collatz()的函数，它有一个名为number 的参数。如果参数是偶数那么collatz()就打印出number // 2，并返回该值。如果number 是奇数，collatz()就印并返回3 * number + 1然后编写一个程序，让用户输入一个整数，并不断对这个数调用collatz()，到函数返回值１（令人惊奇的是，这个序列对于任何整数都有效，利用这个序列你迟早会得到1！既使数学家也不能确定为什么。你的程序在研究所谓的“Collat序列”，它有时候被
2022-04-09 20:53:39
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原创 Python编程从入门到实践.——项目二数据可视化
项目2 数据可视化1 生成数据1.1 安装matplotlib1.1.5 matplotlib画廊https://matplotlib.org/1.2 绘制简单的折线图mpl_squares.pyimport matplotlib.pyplot as pltsquares = [1, 4,9, 16, 25]plt.plot(squares)plt.show()1.2.1 修改标签文字和线条粗细import matplotlib.pyplot as pltsquares =
2022-04-04 22:15:28
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原创 R相关在线图书及视频整理
1 R图书及课程1.1 基础知识1.1.1 数据科学中的R语言github网址：https://github.com/perlatex/R_for_Data_Science1.1.2 张敬信-R语言编程：基于tidyversegithub网址：(https://github.com/zhjx19/introR)知乎：https://zhuanlan.zhihu.com/p/1981858881.1.3 R语言进阶笔记——邓飞1.1.4 Computational Genomics with
2022-03-17 19:48:09
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原创 將数据框一行多列数据合并成一列-R
將数据框一行多数据合并成一列上图合并成GO %>% mutate(ID = rownames(GO)) -> GOrownames(GO) <- NULL#宽变长GO %>% pivot_longer(-ID, names_to = " ID", values_to = "GO") -> GOGO <- GO %>% select(1,3)# 去除GO含”“的行GO <- GO %>% filter(GO!="")#
2022-03-05 16:01:25
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原创 在有无chomp函数下print @array；、print “@array“；、print “@array\n“；的区别——Perl
在学习《Perl语言入门 第六版》第五章的输出到标准输出一节关于在有无chomp函数下print @array;、print “@array”;、print “@array\n”;的区别，特此做了一下笔记总结。@array = <STDIN>; #在键盘输入fred、barney、betty，一行输入一个字符串print @array;fredbarneybettyprint "@array";fred barney #[空格]字符[换行] bettyprint "@arra
2022-03-03 21:09:32
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原创 在Jupyter Notebook中将kemel为python改为R
在Jupyter Notebook中将kemel为python改为R达到的效果：由python改为RR1、上传文件在Jupyter Notebook中上传.ipynb文件点击upload2、首先在Jupyter Notebook配置好RWindows下将R配置到jupyter notebook中[]: https://blog.csdn.net/qq_45154565/article/details/1101659663、由python更改为R...
2022-02-08 12:37:39
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空空如也
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