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RSS订阅原创 Linux grep命令学习
grep显示颜色和行数,以什么开头用^; 以什么结尾用$ grep -n --color "^root" grep -n --color "root$"### 匹配不属于某个字符的grep grep -v ### 匹配空行 grep "^$" ##比如匹配所有没有空行的文件 grep -v "^$" ### 什么是egrep？grep -E =egrep ## [0-9]中括号...
2019-01-23 10:40:04
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原创 再这么配培养基，你的细菌都被毒死了！
[TOC] 本文“宏基因组”公众号原创。作者：猴头菇5518编辑：metagenome微生物培养基的前世微生物学家使用琼脂培养基已有120多年的历史。在1880年，著名的微生物学家科赫（对，就是大名鼎鼎的，提出病原微生物科赫氏法则的科赫）研制出了微生物学领域两项重要技术。一是用固体培养基进行的细菌菌株的纯培养。这种方法解决了用液体培养基培养细菌时，各种细菌混合生长在一起而难...
2018-12-20 21:30:28
3093
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原创 Cell Host综述-建立因果关系-人工微生物群落的构建
Establishing Causality: Opportunities of Synthetic Communities for Plant Microbiome Research 建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会 Cell Host and Microbe [IF:17.872] 2017-08-09 Perspective DOI: https://doi.org/1...
2018-12-16 15:30:08
5215
转载 PacBio RS II测序仪特点
PacBio RS II 测序系统原理PacBio RS测序仪系统的关键优势是能够对单个DNA（脱氧核糖核酸）分子进行测序，而目前市场上的主流测序仪只能对分子群体进行平均测序。单分子测序能对DNA中罕见的序列变异进行分析，也不需要在测序之前对DNA样本进行放大，因为放大过程可能引发错误，导致对某个DNA序列检测失败。其工作原理是用一种聚合酶将DNA的复制限制在一个微小的间隙中，给各种碱基加上荧...
2018-11-07 18:12:09
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翻译 怎么做一个高情商的人
怎么做一个高情商的人一：沉稳（1）不要随便显露你的情绪。（2）不要逢人就诉说你的困难和遭遇。（3）在征询别人的意见之前，自己先思考，但不要先讲。（4）不要一有机会就唠叨你的不满。（5）重要的决定尽量有别人商量，最好隔一天再发布。（6）讲话不要有任何的慌张，走路也是。二：细...
2018-11-07 18:02:56
1231
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原创 最新删除有道云笔记左下角广告方法
最新删除有道云笔记左下角方法1.首先找到这个跟广告有关的代码，一般安装位置在：\Youdao\YoudaoNote\theme 中的build.xml文件， 用文本编辑器打开这个文件，搜索以下这段代码： <PanelAd type="adpanel" css="public" ass="mainform panelclient PanelAd"> ...
2018-11-07 09:05:50
1168
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原创 组学重建真菌现有分类系统
组学重建真菌现有分类系统A genome Tree of Life for the Fungi kingdom研究背景真菌是地球上最大、丰富度最高的生物之一，估计有150万到500万个物种，目前UNITE 数据库中有ITS序列的真菌物种为 73 929 个https://unite.ut.ee/ 而又全基因组数据的物种大约有400个，它们的基因组大小从2M-...
2018-11-02 09:51:03
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原创 用RDA进行微生物环境因子分析
本文首先发布于“宏基因组”公众号原创。作者：舟行天下编辑：metagenome前言在进行微生物多样性分析时，大家一定会做α，Β多样性分析。α多样品通俗来讲就是样本内的物种多样性。Β多样性是指在地区尺度上，物种组成沿着某个梯度方向从一个群落到另一个群落的变化率。即沿着某一环境梯度，物种替代的速率、物种周转率等。排序的过程是将样品或微生物物种排列在一定的空间， 使得排序轴能够...
2018-11-02 09:48:36
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原创 Vsearch免费替代收费版的usearch
本文首先发布于“宏基因组”公众号原创。作者：舟行天下编辑：metagenome前言用usearch，這个usearch在序列搜索、聚类、去重、去嵌合体等序列操作有非常重要的作用。它由大神Robert Edgar开发，详情见文章：扩增子分析神器USEARCH简介usearch这个软件的安装以及使用都非常方便，简直就是扩增子测序分析的神器！进入官网USEARCH我们可以看到作...
2018-11-02 09:45:34
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原创 Nature Biotechnol: 用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究
本文“宏基因组”公众号原创。 作者：舟行天下编辑：metagenome摘要前段时间热心肠先生导读了《Nature子刊：高通量&无偏差，分析微生物群落的新方法》。 文中摘要提到：1.几十年以来细菌16S以及真核生物18S小亚基核糖体RNA（SSU rRNA）一直是研究微生物多样性以及进化生物学系统发育树构建的标准标记基因。然而，由于SSU rRNA 数据库收录的全长SSU都...
2018-11-02 09:43:31
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原创 一代测序序列数据批量聚类处理
首先我们将所有一代测序的序列文件都保存在同一个文件夹下，然后用cat命令合并成一个fasta文件。在每条序列第一行插入>for file in .fas; do sed -i “s/>./file” ; done将序列第一和第二行合并awk ‘{tmp=0}’ C1.fasvsearch —cluster_size all_fungi.fa \ —id 0....
2018-11-01 10:12:12
2116
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原创 真菌和细菌高通量测序引物选择
最常用的真菌ITS1区引物细菌内生菌测序引物 进行巢式PCR引物选择及反应条件 一些引物选择相关文献： The fungal primers ITS5-1737-F (5′-GGA AGT AAA AGT CGT AAC AAG G-3′) and ITS2-2043-R (5′-GCT GCG TTC TTC ATC GAT ...
2018-11-01 10:06:25
14824
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原创 PNAS：人工构建玉米极简微生物组
[toc] 本文是牛犇老师（现任东北林大教授）2017年在PNAS上发表的关于玉米微生物组的文章，其研究思路以及方法都很值得大家参考和学习！现将本文内容概要分享给大家，如有不准确之处望大家指正。 链接: http://www.pnas.org/content/114/12/E2450 PDF: http://www.pnas.org/content/pnas/114/12/E2450.f...
2018-10-28 20:23:42
3258
原创 VIM的使用
VIM是一款功能强大的文本编辑工具，也是我在Linux，Windows下编辑程序和文本最常用的工具。 初识VIMVIM分多种状态模式，写入模式，正常模式，可视化模式。正常模式：打开或新建文件默认在正常模式，可以浏览，但不可以写入内容。这个模式也可以称作命令行模式，这个模式下可以使用VIM强大的命令行和快捷键功能。其它模式下按ESC就可以到正常模式。 写入模式：在正常模式下按字母...
2018-10-24 22:28:23
221
原创 从宏基因组序列中提取16S序列
实际构建系统发育树中，由于全基因组太大，我们没法对其所有基因进行对齐以及系统发育树的构建，这时候我们可以提取基因组中的一些分子标记基因及保守基因进行系统发育树的构建。 我们用REAGO对shutgun 测序数据中的进行16S序列进行抽提，比如做完质控后的双端fasta序列，那么我们就可以把其对应的16S序列从宏基因组数据中提取出来用于物种鉴定以及系统发育树的构建。优点：从宏基因组中提取...
2018-10-23 09:59:15
8730
原创 批量将fasta文件中序列名字改成对应文件夹名
更改之前的序列名，其文件夹名为C67>7_ITS1_W81010381TGTGACATACCTATACGTTGCCTCGGCGGATCAGCCCGCGCCCCGTAAAACGGGACGGCCCGCCCGAGGACCCCTAAACTCTGTTTTTAGTGGAACTTCTGAGTAAAACAAACAAATAAATCAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGG...
2018-10-23 09:14:51
6363
原创 iTOL快速绘制颜值最高的进化树！
[TOC]iTOL简介大家在看高分文章时，总会惊叹于，为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树，而且好看的图也能直接提升文章的档次，冲击高分文章。人家的树不管是从配色还是各种注释信息都让人无可挑剔，而你每次花了半个月时间做的进化树不是被老板嫌弃配色丑，就是太单调，没有各种辅助的注释信息。然后你默默捧起别人的文章学习时发现他们绝大部分都是用iTOL这个在线工具来进行的系统发育树...
2018-09-29 10:44:55
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原创 用在线网站快速构建RaxML系统发育树
今天将给大家介绍一种更为专业的建树方法--用RaxML构建系统发育树。RAxML详细使用介绍：构建进化树的方法常见有：Distance methods (距离法)UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic means) Fitch-Margoliash Neighbor-joiningDiscrete cha...
2018-09-12 15:40:29
23103
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原创 New Phytologist 投稿指南
New Phytologist 在经过110年发展后，在2012年变成了在线的开放期刊。该刊由非盈利组织运营，每年出版16次。本刊致力于快速审阅稿件，在线提交稿件地址为：http://mc.manuscriptcentral.com/newphytologist/这个期刊喜欢收录优秀、新颖、严谨、及时的植物科学研究与应用的相关研究。特别鼓励采用跨学科方法，但对于指导，期刊的组织如下。我们认识到...
2018-08-08 18:04:44
9581
原创 vim 文本编辑器的使用
在Linux中如何使用vim编辑文本文件vim a.txt按住Enter键进入vim程序界面后，可以查看文件a.txt的内容。若a.txt文件不存在，则文件内的内容是空的。此时的vim程序界面属于正常模式下不能输入字符，可对文件内内容进行浏览或者编辑。 正常模式下不能输入字符,可对文件内容进行浏览或编辑。对文件进行浏览的常用方法:按方向键、字母hjk1HL或滚动鼠标滚轮可以控制光...
2018-07-28 12:34:26
329
原创 根据序列ID提取fasta序列
根据序列ID快速抽提fasta序列在进行完序列比对以及，在微生物多样性分析中经常要根据物种信息抽提特定ID的fasta格式的序列文件。传统方法大家肯定是一个个ID去查找，复制，粘贴。这种方法虽然很精确但是效率实在是太低了。如果能用几行命令解决不仅简单高效，而且还能一劳永逸，妈妈再也不用担心我花几天时间在查找序列上了。下面就正式教大家，怎么把两个文件名字不一样的文件中特定想要的序列文件一一匹配并提取...
2018-06-15 14:42:23
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原创 用Pyhton批量改名FASTA文件
比如我们有个fasta格式的序列文件，里面的序列命名格式是点分隔的形式，MI.M03555.0272.001.FLD0001.WWMV01.20， 而我们真正想要的名字是WWMV01.20，那么在处理时我们只需要识别每一条序列中的第二个点就行，然后把第二个点前面，>符号后面的文字都删掉。>MI.M03555.0272.001.FLD0001.WWMV01.20AATACGTAGGGT...
2018-06-11 11:15:03
6491
原创 批量获取并保存文件名字Linux
在linux系统中某个盘内有很多文件，当需要提取这些文件的名字时，如果想得到当前目录下，包括子目录中的相关文件时，可以用find命令,然后生成文本。例如：我要找到并保存所有的fastq文件，只需要执行以下命令就大功告成find . -type f -name "*.fastq" > doc.txtless doc.txt...
2018-06-08 15:28:10
5118
原创 网络分析的基本性质
节点 (node)：生态网络中的物种连接 (link)：用于展示物种之间的联系，也叫边（edge）度(degree)：某节点连接其它节点的个数路径（path）：从一个节点到达另一个节点所需要通过的所有 节点平均路径长度(Average path length)：网络中任意两个节点之间的距离的平均值。其反映网络中各个节点间的分离程度。现实网络通常具有“小世界(Small-world)”特性。聚集系数...
2018-06-06 10:21:27
4845
转载 生物多样性概念
1.生物多样性物种多样性是群落生物组成结构的重要指标，它不仅可以反映群落组织化水平，而且可以通过结构与功能的关系间接反映群落功能的特征。生物群落多样性研究始于本世纪初叶，当时的工作主要集中于群落中物种面积关系的探讨和物种多度关系的研究。1943年，Williams在研究鳞翅目昆虫物种多样性时，首次提出了”多样性指数”的概念，之后大量有关群落物种多样性的概念、原理、及测度方法的论文和专著被发表，形成...
2018-06-06 09:20:07
11765
原创 MicroPIT挑选进行宏基因组测序分析
microPITA基于大量微生物多样性的数据，根据不同指标筛选出代表性样本，开展宏基因组研究，关于microPITA的介绍如下：另：microPITA分析需要您提供otu taxa table，并告知分组情况即可；microPITA 支持2种数据格式：pcl和biom文件。Biom文件大家都很熟悉，主要来介绍一下pcl文件：默认的格式如上图所示：1. 第一行为样品的ID。2. 之后样品的相关信息，...
2018-05-30 14:21:55
2913
原创 三代Pacbio进行细菌16S全长测序
做扩增子测序你一定纠结过我到底测细菌的哪个区呢，V3+V4，或者V4+V5？细菌的16S全长一共有V1-V9九个区不管选一个区还是两个区，我们在进行物种注释时都无法将其准确注释到物种水平而仅仅是属水平。这也与目前最为广泛所有的Illumina技术特点有关，尽管其不断发展可以扩大其测序的通量，但其进行测序反应时必须让每个DNA站立结合在Flow cell 上的每个Index上，如果每个DNA长度太长...
2018-05-30 14:14:18
9628
原创 宏基因组分析流程
分析步骤宏基因组Illumina Hiseq PE150/250 测序fastx 进行原始序列统计 ==平台==Seqprep 和Sickle进行质控后数据统计，基于原始测序数据，使用相应软件对其进行数据质控，剪切掉数据中的低质量及含N的reads，获得后续分析需要的高质量序列。BWA去宿主后数据统计，去除宿主污染: Plants, Solanum_lycopersicumMultiple_Meg...
2018-05-21 15:01:20
16268
原创 快速做韦恩图
快速做韦恩图怎么快速高效的进行韦恩图分析呢， 这里推荐使用两个在线的网站进行分析：网站1：Venny 2.1在这个网站上标准的有四个list，你可以把你不同分组的OTU样品的OTU ID分别放在这四个不同list中，该网站就会直接给出你所需要的维恩图了，是不是特别方便。但其缺点是做多只能做四组的韦恩图。网站1：http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/ind...
2018-05-18 15:23:15
11739
原创 R安装
Linux下的R安装首先看Linux的系统如果是ubuntu系统可以用sudo apt-get install r-base，如果是Centos系统则可以用yum install r-base来安装。 具体编译方式为# configure是 收 集 系 统 信 息 ， 生 成Makefile的 过 程# --enable-R-shlib 需 要 设 置 ， 使 得 其 他 程 序 包 括Rst...
2018-05-18 08:57:16
396
原创 AI 绘图学习
#### 1.位图和矢量图#### 2.DPI#### 3.RGB颜色模式和CMYK模式电子设备都是三原色原理合成的CMYK：是印刷专用模式，青色，品红色，黄色，黑色插图用于电子用RGB，用于纸质用CMYK常见的矢量格式：AI,EPS,CDR,PDFHSB颜色模式：基于人眼感受能力的色彩调节模式#### 4. 锚点对任何对象都是先选后改铅笔工具：平滑度设为70~80%钢笔工具：每点一次增加一个锚点...
2018-05-18 08:39:26
2567
原创 WinSCP-服务器与本地电脑互传文件
大家用本地Windows系统登录服务器后，有时需要在服务器与本地之间传输一些文件，如果大家不想用命令行进行传输，可以下载一个WinSCP软件进行传输，该软件使用非常方便能随时实现文件的快速传输。WinSCP的下载地址下载完成后直接点击下载文件进行安装按图标提示，直到安装完成然后在主机名位置填上服务器的IP地址，端口22，你的用户名以及密码，这样就可以在本地windows登陆服务器实现文件的互传了。...
2018-05-16 15:45:41
4404
原创 服务器构建系统发育树
首先要用在线的MAFFT进行AlignmentMAFFT网址复制粘贴所有的fasta序列到文本框中UPPERCASE / lowercase: 选择 Same as input Direction of nucleotide sequences: Help 选择 Adjust direction according to the first sequence (accurate enough ...
2018-05-16 11:20:49
6269
原创 NMDS非度量多维尺度分析
NMDS非度量多维尺度分析简介 非度量多维尺度法是一种将多维空间的研究对象（样本或变量）简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。适用于无法获得研究对象间精确的相似性或相异性数据，仅能得到他们之间等级关系数据的情形。其基本特征是将对象间的相似性或相异性数据看成点间距离的单调函数，在保持原始数据次序关系的基础上，用新的相同次序的数据列替换原始数据进行度量型多维尺度...
2018-05-11 18:26:04
31670
3
原创 植物病原菌致病性测定
将获得的病原菌进行寄主回接， 完成柯赫氏法则的验证。 观察实验室寄主发病症状与田间发病症状是否保持一致，验证发病的寄主中分离的病原菌与接种病原菌是否一致，并记算病原菌的致病力。 具体操作如下： 催芽：选取饱满的种子，用 55°C 无菌水浸泡种子 2 h 后，把种子放在底部铺有湿润纱布的保湿盒中，置于 28°C 的恒温箱中进行催芽，备用。 菌种培养：将保存的菌种在 PDA 平板上活化后， 转接至 P...
2018-05-08 12:25:58
5054
原创 柑橘黄龙病微生物组研究
实验设计作者选取11年的中甜的橙子，从地中选取3棵健康的树以及3棵发病的树。所有土壤收集步骤都必须在冰上进行，挖取根系2cm左右的土壤，晃动根系去掉根表松弛的土壤。然后用画笔刷刷根系以获取根围土壤；然后把所有根系置于提前冰镇的PBS溶液中，根围土壤提取的方法用Edward(2015)的超声提取法。根系要进行两次20S的超声，然后去除根系，4度，12000xg 离心1min获取沉淀。所有根表和根围的...
2018-05-07 09:04:38
803
转载 β多样性算法
距离方法名称方法特征Bray_curtis考虑物种有无和物种丰度， 不考虑各物种之间的进化关系或关联信息。 Bray_curtis 和bray_curtis_faith是标准化的曼哈顿距离； 而bray_curtis_magurran是定量的sorensen距离Abund_jaccardJaccard距离只考虑物种有无， 而abund_jaccard添加了物种丰度Manhattan/Euclide...
2018-05-06 14:16:23
12185
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原创 主要蔬菜土传病害
黄瓜霜霉病：Pseudoperonospora cubensis（专性寄生）黄瓜白粉病：Sphaerotheca cucurbitae（专性寄生）辣椒灰霉病、番茄灰霉病、黄瓜灰霉病：Botrytis cinerea黄瓜蔓枯病：Mycosphaerella melonis黄瓜枯萎病：Fusarium oxysporum f. sp. Cucumebrium黄瓜疫病：Phytophthora melo...
2018-05-06 14:12:17
700
原创 Useful sequence bash scripts
1.统计fasta文件grep '>' filename.fasta | wc -l2. 在文件中的每一行之前加上一个字符串，比如：aaased 's/^/aaa/g' filename.txt > outputfile.txt3. 遍历整个文件夹，把所有txt文件中的aaa替换成bbbfind . -name '*.txt' | xargs perl -pi -e...
2018-05-05 16:55:01
220
原创 番茄镰刀枯萎病的3个生理小种
摘要：番茄枯萎病是一种导致番茄严重减产的土传病害。它的分子特性描述以及与宿主的相互作用对于病害的防治非常重要。作者分离了20株不同的FOL菌株，它们被用于培养，形态学观察，分子和毒力实验。研究结果显示所有菌株都产生不同大小的大小孢子，细胞，培养物的颜色以及生长状态都不同。FO物种特异性PCR扩增出了600bp的显著片段。FOL-8被鉴定为高毒力菌株，FOL-20被鉴定为低毒力菌株。蛋白组学用于鉴定...
2018-05-05 16:49:44
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