- 博客(14)
- 收藏
- 关注
RSS订阅转载 Gromacs-4.6.2安装过程
Gromacs从4.6version开始就不再支持原有的configure创建Makefile的编译方法，转而全面使用cmake的编译方法。此方法相较原来的方法在编译过程更方便和快捷。这里把编译4.6.2的执行脚本贴给大家参考。我这里使用的编译器是GNU 4.1.2 | openmpi 1.6 | fftw 3.2.2 | cmake 2.8.11.1首先如果你的linux上的 cm
2014-07-04 20:12:46
1845
1
转载 ubuntu下Gromacs的安装
虽然网上有很多关于Linux安装的文档。但是为了以后安装的方便，还是决定把自己在ubuntu11.10下面安装Gromacs的步骤记录如下：1. 下载并安装fftw:（1）下载网址：www.fftw.org（2）解压：tar xzvf fftw-xxx.tar.gz（3）安装 a.安装单精度fftw cd ~/fftw.xxx (转到解压出来
2014-07-04 20:11:04
6364
1
转载 gromacs编译安装
gromacs是一款优秀的分子动力学模拟软件，版本已更新至4.6.3 。版本的更新无疑会带来效率的提升，然而，新版本对系统和编译器都有着更高的要求。对于一台运行已久的老服务器，没有权限的情况下基本不可能更新系统和编译器，这时候就需要另外安装较新版本的编译器来编译安装gromacs，Intel就是一个很好的选择。下面我就自己多次的编译安装经验，叙述一下gromacs的安装过程和注意事项。系统现状
2014-07-04 20:09:23
2564
转载 Gromacs安装&使用
Gromacs是良好大分子分子动力学模拟软件 ，鉴于当前网络上关于此软件的使用说明及介绍很少，对于象我这样的初学者来说，有很大困难，所以根据我十天以来的安装和使用体会，借着酒劲写下以下的东西，为以后使用这个软件的同学创造一点点的便利。当前网上能够搜索到的关于Gromacs安装的说明不外乎两篇中文指南，因为Gromacs是在Linux系统下安装使用的，所以这两篇文件中都需要设计 修改一些命令，这
2014-07-04 20:07:21
19987
2
转载 Lammps的安装
Lammps版本升级较快，各种版本安装过程大致相同，可根据不同版本微调。一、lammps非并行安装（单机版）1、解压lammps数据包： gunzip lamps.tar.gztar xvf lamps.tar为方便可以将解压得到的lammps重命名mv lammps-1May10 lmp 2、cd ~/lmp/src/STUBS
2014-07-04 20:01:27
5668
2
转载 GNU系统下DL_POLY的编译
下载地址http://www.stfc.ac.uk/CSE/randd/ccg/software/DL_POLY/25526.aspx 下载需要注册，按照邮件中的方法进行解压 串行版本的编译 1.将build文件夹下的makefile_SLR1重命名为makefile复制到source文件夹下 2.
2014-07-03 16:13:33
531
转载 GNU+Openmpi 并行编译CPMD3.15.3 (gcc/gfortran 4.4 + openmpi + atlas/fftw3)
转载自：http://hi.baidu.com/xijunw/item/1db8690fb3dfb7dd72e67686【摘要】首先把Ubuntu12.04默认的gcc4.6降到gcc4.4; 安装atlas/fftw数学库; 安装openmpi; 用“LINUX-x86_64-FEDORA-MPI” 配置Makefile文件，然后编译即可;可以用dev-test-suite来测试
2014-07-03 16:09:07
1333
转载 VMD - VisualMolecularDynamic 的编译安装
VMD Visual Molecular Dynamic 下载地址：http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/下载时需要注册 1. 将下载的tar.gz包解压至主文件下 ， ~/vmd 2. 编辑configure文件，修改文件的开头部分（或者保持默认） 版本更新时应安装在新文件
2014-07-03 16:07:27
781
转载 Packmol 的安装
packmol可用于将单个分子复制扩展成多个分子构成的团簇或体系，生成用于分子模拟的.pdb ,.XYZ,.mol2等文件下载地址：http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/网站上有详细的使用方法简介安装方法1. 将下载的packmol.tar.gz 解压到 ~/packmol 下2. 执行./conf
2014-07-03 16:07:01
4284
转载 linux下各个文件夹的作用
Linux系统/目录下的文件夹里面分别是以下内容：/usr 包含所有的命令和程序库、文档和其他文件，还包括当前linux发行版的主要应用程序/var 包含正在操作的文件，还有记录文件、加密文件、临时文件等/home 除了root用户外的所有用户的配置文件，个性化文件和主目录，即家目录/proc 虚拟目录，该目录实际上指向内存而不是硬盘/bin 系统执行文件（二进制
2014-07-03 16:06:36
289
转载 ubuntu 下设置系统默认搜索路径的方法
将脚本或可执行程序所在位置的路径加入系统默认搜索路径$PATH下，可以直接运行，而不必进入脚本或程序所在的文件夹下执行。方法 1.打开 /etc/profile[plain] view plaincopyprint?sudo gedit /etc/profile 2.
2014-07-03 16:04:24
1613
转载 ubuntu12.10 下安装windows字体
1. 从ubuntu下进入windows下的/windows/font 文件夹下，复制所有字体文件（或者选择自己喜欢的字体，方便起见——全选）。ubuntu下新建文件夹～/winfonts，将所有字体文件粘贴到其中。2. 在/usr/share/fonts下新建文件夹winfonts[plain] view plaincopyprint?
2014-07-03 16:02:57
251
转载 安装ubuntu之后的一些设置总结（更新ing）
1. 设置右键“在此处打开终端” [plain] view plaincopyprint?sudo apt-get install nautilus-open-terminal nautilus -q 2.安装gnome经典桌面 [plain] vie
2014-07-03 16:02:42
469
转载 GNU系统下DL_POLY的编译
下载地址http://www.stfc.ac.uk/CSE/randd/ccg/software/DL_POLY/25526.aspx 下载需要注册，按照邮件中的方法进行解压 串行版本的编译 1.将build文件夹下的makefile_SLR1重命名为makefile复制到source文件夹下 2.
2014-07-03 16:01:33
819
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人