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RSS订阅原创 记录一次xpclr检测中报错(“No permission to write in the specified directory: {0}“)
看到这个问题，一头雾水，没有写入权限。
2024-02-24 12:49:25
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原创 纯手生撸fst遗传算法
以上就是假设三个群体之间等位基因型频率的数量。计算群体间分化指数Fst.计算pop2期望杂合度2pq=0.5，实际杂合度300/1000=0.3，计算pop1期望杂合度2pq=0.5，实际杂合度50/100=0.5，计算pop3期望杂合度2pq=0.5，实际杂合度50/100=0.5.纯合度比较高，这个在遗传上应该反映了群体内之间的近交。这个算法的一切核心，就是这一套公式。得到FST= 0.69577353。pop2 实际0.3 期望0.5。pop1实际0.5 期望0.5。pop3实际0.5 期望0.5。
2024-01-03 17:50:29
399
原创 plink清除snp位点
1.检查重复的样本或变异信息： 使用 PLINK 的命令来查找并移除重复的信息。例如可以使用 --list-duplicates 来列出重复的个体或变异，然后使用 --remove 或 --exclude 参数将其剔除。2.确保数据唯一性： 确保你的数据中个体和变异信息的标识符是唯一的。有时候数据处理或者合并过程中可能会导致重复。3.检查数据源： 如果这些数据是从不同的来源合并而来，可能存在重复的情况。重新检查原始数据并确保数据的唯一性。
2023-12-28 13:11:32
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原创 根据染色体序号提取vcf变异识别文件
上述命令将从variants.vcf中提取以#开头的行，这些行通常是文件的头部信息。将这些行保存到header.vcf中。接下来，命令将从variants.vcf中提取不以#开头的行，也就是数据行，并将其保存到data.vcf中。上述命令将从data.vcf中选择染色体序号为chr1的行，并将结果保存到chr1_variants.vcf文件中。
2023-08-27 08:35:21
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原创 sNMF&cross-entropy&K
稀疏非负矩阵（sNMF）和最小二乘优化来产生祖先比例估计数的祖先推断算法，这个算法呢与admixture来说差别不是很大，但是优点就是快，运算速度可以快到10-30倍左右。
2023-08-22 02:32:26
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原创 snpEff变异注释的一点感想
SnpEff（Snp Effect）是一个用于预测基因组变异（例如单核苷酸变异、插入、缺失等）对基因功能的影响的生物信息学工具。它可以帮助研究人员和生物信息学家分析基因组变异并预测这些变异可能对基因产生的影响。
2023-08-20 02:40:00
301
原创 重测序之快速比对（速度与服务器的配置挂钩。）
基本上每一个参数都是重点没有可浪费的，每一步都是重点。充分理解screen就明白了。都不喜欢讲想法，那就看原理。
2023-07-19 06:20:18
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原创 选择信号检测--基于单体型haplotype的选择信号的检测（iHS）
（iHS）用选择信号检测方法，做了基于单倍体型haplotype的选择信号检测
2023-05-10 17:33:50
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原创 Beagle填充之坑ERROR: REF field is not a sequence of A, C, T, G, or N characters at
No genetic map is specified: using 1 cM = 1 MbERROR: REF field is not a sequence of A, C, T, G, or N characters at 1:47721496 [1]ERROR: REF field is not a sequence of A, C, T, G, or N characters at 1:16800804 [2]ERROR: REF field is not a sequence of A,
2022-11-11 15:39:18
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转载 tensorflow实现图像分类识别
import tensorflow as tffrom tensorflow import kerasimport numpy as npimport matplotlib.pyplot as plt# print(tf.__version__)fashion_mnsit=keras.datasets.fashion_mnist# print(type(fashion_mnsit))# print(fashion_mnsit.load_data)#train_images为训练集，tes.
2021-02-07 18:26:28
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原创 双色球彩票预测可视化（python）
前言 嗯，先说说这个项目我用到的框架吧。。。首先用到了自动化爬虫框架selenium,用来爬取数据，网址 由于主要想看看每期开奖号码，所以可视化就简单一点matplotlib折线图就可以了。 好的一切准备就绪，开搞。源代码如下：#!/usr/bin/python# -*- coding: UTF-8 -*-# @date: 2020/8/11 17:31# @name: 双色球预测# @author：咩小饬from selenium import webdriverimport
2020-08-11 17:57:18
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转载 evolview进化树美化（2.条形图）
Please email us (Evolgenius Team) if you have any questions; attach your datasets and trees if necessary.BarsIndexOverviewModifiersExamplesShow data valueChange display order of stacked barsOverviewBar charts will be displayed next to leaf label
2020-08-02 19:41:36
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原创 evoliew进化树的美化（1.线图）
例子范例1，“ ad”：branch colorhuman,mouse red ad示例2，“前缀”：ch red prefix示例3，“后缀”：n red prefix示例4，“ toroot”：human red toroot
2020-08-02 19:30:56
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原创 浅谈RSA非对称加密算法
1.对称加密的弊端 首先要说的就是对称加密与非对称加密的概念，什么是对称加密？对称加密就是密文的发送者与接收者拥有的解密钥匙是相同的。假设，徐家辉需要给他的部长发送一个很重要的文字，但是他不希望别人知道这是什么意思，嘻嘻，因为其中可能包含不可告人的秘密，那么怎么办？他想了这么一个办法：那天中午他屁颠屁颠跑去告诉他部长，我晚上需要·给你发送消息，然后经过加密了，我的密文你只需要减去250就是解密过程了。好，在这期间他两都知道了解密方式，那么徐家辉发送了770，他的部长接收。哦哦，原来是这个意思啊。简述一
2020-08-01 18:37:28
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原创 生信入门
题前语： 面对未知的前方每个人都可能些许迷茫，但是迷茫归迷茫，可千万不要忘记奋力奔跑。欢迎各位看到本篇内容的学弟学妹以及朋友们，我叫咩小饬，以下内容如有不足欢迎指出。1. Linux基础 先说说为什么需要学习linux吧，因为在一个数据时代的今天，我们日常生活中接触到的数据越来越多，然而在很多行业首先你需要处理数据使用计算机运行数据对计算机的要求也是极为苛刻，然而windows与linux最大的差异就是性能问题，目前大火的大数据基本都是在linux系统下运
2020-07-25 12:26:40
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原创 使用cmd查看本地电脑的WiFi密码
cmd 首先在开始栏搜索cmd以管理员身份运行；查看WiFi名称在cmd中输入：netsh wlan show profilelooklook,这就是博主本人本机的WiFi名称。保存WiFi相关配置文件使用命令netsh wlan export protfile folder=C:/ key=clear然后找到文件。。。。。OK,大功告成，这就是wifi密码。...
2020-07-15 22:44:33
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转载 centos7服务器部署toomact
准备 首先要说的就是可能很多centos7服务器都自带了jdk,你可以输入: java -version查看，如果自带并且是部署自己的小网站，那么这项功能是满足的。如果没有那么：1. 安装jdk 上传jdk linux安装包 jdk-8u201-linux-x64.tar.gz。官网地址上传jdk 安装包后，进行解压**tar -zxvf jdk-8u201-linux-x64.tar.gz**给解压后的文件夹重命令mv jdk1.8.0_201/ jdk1.82. 配置环境变量
2020-07-12 16:09:25
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原创 机器学习入门：KNN近邻算法
写在前面KNN近邻算法终极思想莫非一句话：物以类聚，人以群分。此算法为机器学习入门的算法，复杂程度极低，适合入门新手练习。（虽然算法简单，可并不代表没用，麻雀虽小，五脏六腑俱全。）算法思想图片来源在本图中求绿色圆属于哪一类？怎么求？如何验证？机器学习思想，但凡是设计到属于哪一类这种问题很多人会想到，分类器（Classifier）。但是，分类器是怎么写出来的？K-NN算法就讲述了其底层原理。也告诉我们一个事实，实际问题但凡是能转换成数学问题的都可以用人工智能解决。算法设计：计算测试
2020-06-28 23:00:20
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原创 python之yield函数解析
yield 的作用就是把一个函数变成一个 generator，带有 yield 的函数不再是一个普通函数，Python 解释器会将其视为一个 generator，调用 g = foo() 不会执行 foo 函数，而是返回一个 iterable 对象！在 for 循环执行时，每次循环都会执行 foo 函数内部的代码，执行到 yield b 时，foo 函数就返回一个迭代值，下次迭代时，代码从 yield 的下一条语句继续执行，而函数的本地变量看起来和上次中断执行前是完全一样的，于是函数继续执行，直
2020-06-27 17:08:29
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原创 QQ音乐本地下载(python爬虫)
首先我要介绍本期用到的材料：python selenium框架.QQ音乐接口：QQ音乐无损接口requests,re,json框架好了，准备完以上内容要准被开工了。首先不知带怎么配置可以参考文章这里有详细介绍，以小白的角度帮您配置好一切。当以上基础框架pip安装完成之后就可以。。。代码仍在这里了，懂？from selenium import webdriver as wbimport requestsimport jsonimport reclass Qqmusic: d
2020-06-06 18:22:06
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原创 selenium环境变量配置踩过的坑（含泪写下。）
这里写自定义目录标题题前语谷歌版本与chromedriver版本（版本 83.0.4103.61（正式版本） （64 位））题前语####### 首先当你们看到这篇博客的时候估计可以想象到我现在的心情了，这几天大创被导师欺负就算了，还被队友欺负，今天又被selenium环境变量欺负，为了避免后来人踩坑那就看看吧！谷歌版本与chromedriver版本（版本 83.0.4103.61（正式版本） （64 位））谷歌浏览器下载地址chormedriver下载地址下载完成之后配置环境变量：我的电脑–属
2020-05-31 19:36:50
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原创 json格式转换
这里写自定义目录标题在python中有时候我们需要json格式的数据但是不能直接调用，我们可以考虑将其转换成可用的字典格式去调用import json#json格式转换字典io = '{"huyang":"xujiahui","xujiahui":"xujiahui"}'t= json.loads(io)print(t)#字典格式转换对象dict = {'huyang': 'xujiahui', 'xujiahui': 'xujiahui'}t = json.dumps(dict)pr
2020-05-09 18:13:04
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原创 python入门：函数篇
# def programer_say ():# print('\t\t\t***愿你眼里有星辰，身边有微风，心中有暖阳，指尖有代码。***')## programer_say()# #!!!兵家大忌：切勿在函数体之内修改全局变量，因为。。。# def discount (price,rate):# new_price = price*rate# old_pr...
2020-04-22 21:02:34
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原创 python小白大忌！！！切勿在函数中修改全局变量。
def programer_say (): print('愿你眼里有星辰，身边有微风，心中有暖阳，指尖有代码。')programer_say()#!!!兵家大忌：切勿在函数体之内修改全局变量，因为。。。def discount (price,rate): new_price = price*rate old_price=520 print('企图在函数内修改...
2020-04-22 12:26:31
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原创 python入门：列表篇。
#1.从列表添加元素mix=[[1,2,3],'咩小饬',3]print(mix)#向列表中添加元素mix.append('以为')# print(mix)#向列表中添加多个元素-----原理：向一个列表之中添加另外一个列表。mix.extend(['过客',1,'abc'])# print(mix)#向列表固定位置添加元素（第一个参数表示位置，第二个参数才是元素）。这种插入方法...
2020-04-21 16:46:40
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原创 咩小饬的造轮子之路（彩票篇）
今天有人给我扔下一个接口（注：特别不稳定的接口。）http://free.8rhfj.club/K25e5656e135582/txffc-10.json“小咩呀，你能不能给咱们用python处理一下？”起初小咩是拒绝的，但是有种命令是你不可违背的，不说自己也都懂。。。。唉，那就以自己的菜鸡技术开干吧。。。分析需求：首先访问一个接口，在接口里取出每期的开奖号码，然后开奖号码里面比如1...
2020-04-08 01:15:26
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原创 windows系统启用win虚拟机hyper-v
在桌面建立文件"启用win虚拟机.cmd"将下面代码复制粘贴。pushd "%~dp0"dir /b %SystemRoot%\servicing\Packages\*Hyper-V*.mum >hyper-v.txtfor /f %%i in ('findstr /i . hyper-v.txt 2^>nul') do dism /online /norestart /ad...
2020-04-02 17:45:25
163
原创 学习笔记：matplotlib数据可视化
先保存在这里，还没写完。。。import numpy as npfrom matplotlib import pyplot as pltx=np.linspace(-10,10,1000)y1=np.linspace(12,45,1000)y2=2*x**2+1plt.figure()#figsize可调节页面尺寸plt.plot(x,y1,)plt.plot(x,y2,colo...
2020-03-04 14:18:46
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原创 学习笔记：使用requests+Beautiful4爬取优美图库
BeautifulSoup需要掌握：1.find()方法2.find_all()方法requests基本掌握.get就行。代码如下：import requestsfrom bs4 import BeautifulSoupurl = "https://www.umei.cc/meinvtupian/meinvxiezhen/"resp = requests.get(url)res...
2020-02-29 23:30:44
421
原创 学习笔记：初识python语言面向对象编程
面向对象编程又称为oop，学习面向对象主要分清楚了类、类属性、类方法。摸清楚各自的运作也将不是太难。以python为例，主要介绍一下面向对象的初步认识：class stu: has_friend=true def _init_(self,name,age) self.name=name self.age=age def say(name,words) print("helllo...
2020-02-26 13:16:51
203
原创 学习笔记：python列表解析式，if__name__=='main'用法
if__name__=='main’用法首先在IDLE中创建if__name__.py文件，定义一个函数printhellodef printhello(): print(__name__) print("hello world!")if __name__='__main__': printhello()打印结果：__main__helloworld在这里我们看到__n...
2020-02-26 02:48:25
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原创 学习笔记：全局区的分析
首先，内存四区中全局区可以大致分为以下：未初始化区初始化 区文字常量区#include<stdio.h>char *get_str1(){ char *p; p="abc"; return p;}char *get_str2(){ char *q="abc"; return q;}int main(){ char *p...
2020-02-17 16:38:12
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原创 学习笔记：C语言数据类型转换
#include<stdio.h>int main(){ int a; int b[10]; printf("a:%d,b:%d\n",sizeof(a),sizeof(b)); //printf("十六位b:%p,&b:%p\n",b,&b); printf("b:%d,&b:%d\n",b,&b); printf("b+1:%d,&a...
2020-02-14 03:16:36
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原创 学习笔记：C语言冒泡排序与选择排序算法
写法一：#include <stdio.h>#include <stdlib.h>#include <string.h>int main(void){ int a[]={2,4,5,3,9,6}; int i ,j,tmp=0,n; n=sizeof(a)/sizeof(a[1]); printf("总共有%d个数字",n); printf(...
2020-02-13 19:43:24
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