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RSS订阅原创 阅读笔记16：Metabolomic Profiling of Poor Ovarian Response Identifies Potential Predictive Biomarkers
研究表明，使用基于LC-MS的代谢组学方法能够明确地区分POR患者与对照组的代谢差异，尤其是在尼克酸和尼克酰胺代谢途径上的显著差异，为POR的补充预测和治疗提供了新的见解。
2024-04-18 11:37:57
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原创 阅读笔记15：The functional landscape of the human phosphoproteome
研究提供了一个系统的方法来评估磷酸化位点的功能重要性，并创建了一个资源，以支持对几乎所有细胞过程中涉及的蛋白质调控的研究。尽管存在一些局限性，如功能得分可能未能完全准确地反映所有调控性磷酸化位点的重要性，但该方法为未来的功能研究和潜在的临床应用提供了重要的工具和数据支持。
2024-04-18 11:02:33
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原创 阅读笔记14：A non-invasive artificial intelligence approach for the prediction of human blastocyst ploidy
STORK-A 显示出以非侵入性方式预测胚胎倍性的能力，并显示出作为标准化补充品的未来潜力。
2024-03-28 19:27:31
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原创 阅读笔记13：Metabolic patterns in porcine oocytes during maturation
研究背景优化的代谢控制是卵母细胞发育的前提条件。迄今为止，大量研究主要集中在卵母细胞对外源底物的利用上，而对于在减数分裂成熟过程中内在调控机制的了解则较少。研究目标本研究通过集成代谢组学和转录组学的并行分析，旨在描绘猪卵母细胞成熟过程中全局代谢模式的动态变化。研究内容在三个不同时间点分离猪卵母细胞，共同绘制成熟过程中代谢模式的全局图景。研究结果特别地，研究识别了猪卵母细胞减数分裂过程中的新代谢特征，例如胆汁酸的降低、活跃的碳单元代谢和核苷酸代谢的逐步下降。
2024-03-12 09:20:09
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原创 阅读笔记12：（全文翻译）Oocyte quality and aging
众所周知，由于卵子的质量和数量随年龄相关的变化，女性的生育能力在生命的第四个十年期间会降低；尽管今天尝试怀孕的女性年龄在36至44岁之间有了显著增加。生殖衰老的原因和这一现象的生理方面仍然是一个谜。随着女性年龄的增长，在辅助生殖技术（ART）中，我们观察到获取的卵子数量和质量以及卵巢滤泡储备显著下降。这是由于纺锤体装置中断、氧化应激和线粒体损伤等因素导致的非整倍体增加所致。本综述的目的是研究有关衰老过程影响卵子质量和女性生殖能力的潜在作用的数据。
2024-02-16 11:52:32
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原创 阅读笔记11：Multi-omic profiling of primary mouse neutrophils predicts a pattern of sex- and age-related
这个数据集代表了跨越性别和年龄的大型多组学中性粒细胞资源，并识别了可以针对以改善免疫反应的中性粒细胞特征，作为性别和/或年龄的功能。
2024-02-04 12:05:40
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原创 阅读笔记10：综述Metabolomics as a tool to identify biomarkers to predict and improve outcomes in ART
本系统综述的目的是检查代谢组学在女性生殖领域，特别是卵泡液（FF）、胚胎培养基（ECM）和子宫内膜液的代谢组学应用的最新发现。据我们所知，没有其他系统综述研究过这一主题。
2024-02-04 11:11:32
977
原创 阅读笔记9：Increased GDF9 and BMP15 mRNA levels in cumulus granulosa cells
GDF9和BMP15 mRNA的表达水平与年龄、体质指数（BMI）、卵母细胞成熟、正常受精率和裂分率显著相关。高质量胚胎组的GDF9和BMP15 mRNA表达水平显著高于非高质量胚胎组。怀孕组的GDF9和BMP15 mRNA表达水平显著高于非怀孕组。GDF9和BMP15 mRNA的表达水平可作为预测怀孕的分子标记。
2024-02-04 08:09:24
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原创 阅读笔记8：Identifying biomarkers for predicting successful embryo implantation
提供了由’omics’方法在人类着床研究中取得的主要成就的完整总结，强调了它们在改善生殖结果的潜力，同时全面阐明了着床机制。尽管’omics’提供了大量的生物标志物信息，但我们仍然没有足够的证据将所有’omics’数据与着床结果联系起来。
2024-02-03 07:41:42
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原创 阅读笔记7：Molecular mechanisms of ovulation: co-ordination through the CC
本综述旨在探讨排卵过程中，从促性腺激素激增到卵母细胞释放这一系列事件中的分子机制，包括细胞内信号传导、基因调控和组织结构的重塑。
2024-02-02 07:32:41
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原创 阅读笔记6：Biomarkers Assessing the Role of Cumulus Cells on IVF Outcomes: A Systematic Review
共发现446项研究，其中42项符合资格。19项研究将CCs中的遗传和生化生物标志物与卵子质量相关联。19项研究将CCs中的遗传和生化生物标志物与胚胎质量相关联。22项研究评估了CCs中的遗传和生化生物标志物与临床结果的关系。发现卵子质量、胚胎质量和怀孕率与CCs中特定基因的mRNA表达增加有正相关。
2024-02-01 08:26:05
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原创 生信学习笔记1：学习如何用OPLS-DA分析代谢组数据（从入门到掌握）
正交偏最小二乘法是PLS的一个变体，它增加了一个正交滤波器，用于去除预测变量和响应变量之间不相关的变异。OPLS的关键优势在于它能够区分预测变量中与响应变量相关和不相关的变异。通过这种分离，OPLS可以提供更清晰的模型，使解释和分析结果变得更加简单。
2024-01-31 12:55:17
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原创 阅读笔记5：Polyamine metabolite spermidine rejuvenates oocyte quality by enhancing mitophagy
探讨了精胺酸对老年小鼠卵子质量的具体影响及其潜在机制。研究首先指出代谢调节在卵巢发育中的重要性，并通过代谢组学分析揭示了精胺酸水平在老年小鼠中的显著下降。然后，通过补充实验验证了精胺酸对卵子质量的改善效果，并探讨了这一效果的剂量依赖性。最后，通过微转录组分析和相关实验探讨了精胺酸通过自噬和线粒体自噬改善卵子质量的机制。
2024-01-31 09:40:09
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原创 阅读笔记4：Metabolic co-dependence of the oocyte and cumulus cells: essential role in determining oocyte
在卵泡的滤泡腔内，卵母细胞依赖其周围的体细胞（即卵丘细胞）提供代谢支持。卵母细胞的发育能力（即卵母细胞的质量）与代谢紧密相关。过去十年里，科学家在理解卵母细胞-卵丘细胞复合体（COC）在滤泡生长和成熟的最后阶段的代谢过程方面取得了显著进展。某些代谢条件（如肥胖）或辅助生殖技术（如体外成熟，IVM）扰乱了COC的代谢，为代谢调控卵母细胞质量提供了洞见。
2024-01-30 08:16:55
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原创 阅读笔记3：Metabolic signatures in human follicular fluid identify lysophosphatidylcholine as a predictor
通过代谢组分析，本研究揭示了人类卵泡液中不同发育阶段的代谢特征，特别是突出了LPC的重要性。LPC在FF和血清中的浓度可能作为卵巢反应指标，提供有关FF中代谢物与生殖临床指标关系的新信息。
2024-01-29 20:25:36
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原创 阅读笔记2：Characterization of Metabolic Patterns in Mouse Oocytes during Meiotic Maturation
主要发现：发现了减数分裂成熟期间的代谢特征，如多不饱和脂肪酸（PUFAs）水平的下降和活跃的丝氨酸-甘氨酸-一碳（SGOC）代谢途径。通过功能性方法进一步识别了影响减数分裂成熟的关键目标，并证明了SGOC网络在成熟卵母细胞中对表观遗传标记的控制。研究意义：提供了关于卵母细胞成熟过程中代谢组和蛋白质组动态变化的广泛资源。
2024-01-29 19:25:11
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原创 阅读笔记1：Multi-omics reveal the metabolic patterns in mouse cumulus cells during oocyte maturation
研究背景：卵丘细胞和所包围的卵母细胞之间的双向通信对于两者的发展和功能至关重要。然而，卵丘细胞中的代谢框架尚未被系统性描述。研究方法：研究者从卵丘-卵母细胞复合体（COCs）中在三个关键时间点（停滞的GV阶段，hCG后0小时；减数分裂恢复GVBD阶段，hCG后3小时；以及第二减数分裂期，hCG后12小时）分离出卵丘细胞，并进行了时间性的代谢组和蛋白质组分析。主要发现：综合多组学分析揭示了小鼠卵母细胞成熟过程中卵丘细胞的全局代谢模式。
2024-01-29 10:48:40
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原创 如何写好一篇paper（秃头记）
参考来源：在期刊发表文章时，你一定用到的论文写法攻略最近在写paper，头秃。。。虽然也看了不少paper，也看了一些sci writing的课程，但是实际操作起来还是又感觉自己不能很好地讲理论用于实践哦于是决定先写一篇笔记，来重温一下理论写作框架和各部分要求：1. 论文标题：要简短，准确，没有歧义，并且通过title就给paper一个独有的个性来吸引读者，并且要包含这个study的主题。2.introduction：已知的是什么？未知的是什么?我们为什么要进行这个study？.
2021-06-29 14:10:21
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原创 2021 paper reading (一) Identification of Novel Astroviruses in Domestic Cats
之前已经在猫中发现了两种星状病毒，虽然缺乏明确的证据，但建议与肠炎有关。使用粪便样本中病毒核酸的宏基因组下一代测序，我们确定了两种新的猫星状病毒，称为猫星状病毒 3 和 4。1. Introduction2. Materials and Methods2.1. Ethics2.2. Sample Collection2.3. Viral Nucleic Acid and Total RNA Isolation and Sequencing2.4. Genome Assembly ..
2021-06-26 23:25:19
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原创 关于sPLS analysis的一些学习
sPLS：Sparse partial least-squares regression 稀疏偏最小二乘回归最小二乘法，又称最小平方法，是一种数学优化建模方法。它通过最小化误差的平方和寻找数据的最佳函数匹配。 利用最小二乘法可以简便的求得未知的数据，并使得求得的数据与实际数据之间误差的平方和为最小。 “最小二乘法”是对线性方程组，即方程个数比未知数更多的方程组，以回归分析求得近似解的标准方法。最小二乘法，所谓“二乘”就是平方的意思，就是最小化误差的平方。首先什么是最小二乘回归？其实就是多元线性回..
2021-03-30 10:04:24
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原创 《生物信息学》阅读笔记 （四）：非编码RNA
除mRNA以外，生物体内还存在许多不编码蛋白质的RNA，直接在RNA水平发挥作用，称为非编码RNA（non-coding RNA, ncRNA）。 细胞中含量最高的rRNA和tRNA这两种常见的非编码RNA，广义上ncRNA包含这两种研究的非常透彻的RNA，但是狭义上往往不包括。 最近研究表明很多非编码RNA具有很重要的功能，其中突出和核心的作用是调控。 ncRNA若长度小于200nt，为短链RNA，若大于200nt则为长链RNA。 RNA的调控网络可能决定我们大多数复杂的特性，并在疾病中发挥重要作
2021-03-28 08:08:20
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原创 《生物信息学》阅读笔记 （三）：序列比对原理
这一章之前在博客中就有过介绍。这里是查漏补缺。运用全局比对的主要优势在于对具有高度同源性的序列进行优化，这在以已知三维结构的同源性序列为基础对未知序列的三维结构进行预测的模型构建中是十分有用的。 局部比对适合用于哪些在其全长中具有局部的小同源性片段的序列比较，一般用于特定序列位点、结构域及其他类型重复序列的搜索，同时它在发现数据库中待分析序列的同源序列过程中也有重要意义。 相似性（similarity）是指两序列间直接的数量关系，如部分相同、相似的百分比或其他一些合适的度量。 同一性（identi
2021-03-21 15:48:29
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原创 《生物信息学》阅读笔记 （二）：生物学数据库及其检索
目前生物学数据库的四种类型：平面文件、关系型数据库、面向对象数据库和基于Internet平台的XML。 人类基因组计划的主要目标：获取完整、准确、高质量的人类基因组序列。 生物学数据存放类型：序列、三维结构、文献、序列特征、基因组图谱、表达谱等。 二级数据库则是在一级数据库的信息基础上进行了计算加工处理并增加了许多人为的注释而构成的。如何查找与研究相关的生物学资源：利用公共搜索引擎 了解重要的生物信息学门户站点：NCBI、EBI、EMBnet 利用Nucleic Acid Research
2021-03-17 23:19:58
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原创 《生物信息学》阅读笔记 （一）：生物信息学的概念及发展历史
《生物信息学》第三版 （陈铭 主编）表1-1 生命科学、计算机科学及生物信息学相关大事记，可以查阅此表了解相关历史。学习一门学科一个很重要的point就是了解这门学科的历史。生物信息学的研究领域有：分子生物学与细胞生物学 生物物理学 脑和神经科学 医药学 农林牧渔学 分子和生态进化生物信息学的主要应用：（一）生物信息学数据库数据库建设 数据库整合和数据挖掘（二）序列分析序列比对 基因序列注释（三）其他主要应用比较基因组学 基因和蛋白质的表达分析 生物芯片大规
2021-03-03 09:13:50
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原创 Paper intensive reading (三十三)：Use of Metatranscriptomics in Microbiome Research
Title:Use of Metatranscriptomics in Microbiome ResearchBioinformatics and Biology Insights,20 Apr 2016stavros Bashiardes, gili Zilberman-schapira and Eran ElinavDepartment of Immunology, Weiz...
2020-04-17 10:20:52
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原创 Paper intensive reading (三十二)：SAMSA2: a standalone metatranscriptome analysis pipeline
Title:SAMSA2: a standalone metatranscriptome analysis pipelineAuthor:Samuel T. Westreich , Michelle L. Treiber , David A. Mills , Ian Korf and Danielle G. LemayPublished: 21 May 2018University...
2020-04-17 09:23:57
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原创 Paper intensive reading (三十一)：Genomic diversity of SARS-CoV-2 in Coronavirus Disease 2019 patients
Title:Genomic diversity of SARS-CoV-2 in Coronavirus Disease 2019 patientsAuthor:Zijie Shen , Yan Xiao, Lu Kang, Wentai Ma...Key Laboratory of Genomic and Precision Medicine, Beijing Institute o...
2020-04-17 09:02:04
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原创 Paper intensive reading (三十)：Combining metagenomics, metatranscriptomics and viromics...
Title:Combining metagenomics, metatranscriptomics and viromics to explore novel microbial interactions: towards a systems-level understanding of human microbiomeAuthor: Shirley Bikel, etc.Availab...
2020-04-16 21:13:56
305
原创 Paper intensive reading (二十九)：Built Environment Considerations To Reduce Transmission
Title:2019 Novel Coronavirus (COVID-19) Pandemic: Built Environment Considerations To Reduce Transmission7 April 2020ABSTRACTWith the rapid spread of severe acute respiratory syndrome coronavir...
2020-04-16 20:22:07
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原创 Paper intensive reading (二十八)：5 challenges in understanding the role of the virome in health
Title: 5 challenges in understanding the role of the virome in health and diseaseDavid WangMarch 26, 2020在微生物组研究中，相比于细菌及真菌的相关研究，目前对病毒组的研究相对滞后。PLoS Pathogens上发表的一篇评论观点，列举了病毒组研究面临的5大挑战，并讨论了潜在的应对策略...
2020-04-16 19:59:18
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原创 Paper intensive reading (二十七)：High-resolution metatranscriptomics reveals the ecological dynamic...
Title:High-resolution metatranscriptomics reveals the ecological dynamics of mosquito-associated RNA viruses in Western AustraliaAuthor:Mang Shi7 June 2017ABSTRACTMosquitoes harbor a high div...
2020-04-16 18:20:02
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原创 Paper intensive reading (二十六)：Meta-transcriptomics and the evolutionary biology of RNA viruses
Title:Meta-transcriptomics and the evolutionary biology of RNA virusesMangShi ...2 January 2018HighlightsMeta-transcriptomics (bulk RNA-Seq) is a powerful new way to characterise viromes. M...
2020-04-16 17:50:54
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原创 Paper intensive reading (二十五)：Fecal Viral ...Virion-Enriched Metagenomics and Metatranscriptomics
Title: Fecal Viral Diversity of Captive and Wild Tasmanian Devils Characterized Using Virion-Enriched Metagenomics and MetatranscriptomicsAuthor:Mang Shi,Vanessa R. BarrsUniversity of SydneyPub...
2020-04-16 15:22:32
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原创 Paper intensive reading (二十四)：Characterisation of the faecal virome ...meta-transcriptomics
Title: Characterisation of the faecal virome of captive and wild Tasmanian devils using virus-like particles metagenomics and meta-transcriptomicsAuthor: Mang Shi,Vanessa R Barrs, ...University o...
2020-04-16 15:09:37
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原创 Writing in the Science(三)：writing review articles
https://www.coursera.org/learn/sciwrite/home/week/7 Module 7.1: writing review articlesGoals:1. Synthesize and evaluate the recent primary literature on a topic2. Summarize the current state of...
2020-03-14 15:48:36
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原创 Paper intensive reading (二十三)： Mitophagy inhibits amyloid-β and tau pathology ... in Alzheimer
论文题目：Mitophagy inhibits amyloid-β and tau pathology and reverses cognitive deficits in models of Alzheimer’s diseasescholar 引用：102页数：18发表时间：2019发表刊物：nature neuroscience作者：EvandroF.Fang etc....
2020-03-10 15:55:07
522
原创 Paper intensive reading (二十二)： Tissue-based map of the human proteome
论文题目：Tissue-based map of the human proteomescholar 引用：1510页数：11发表时间：23 Jan 2015发表刊物：Science作者：Mathias Uhlén,etc.摘要：Resolving the molecular details of proteome variation in the differen...
2020-03-08 11:59:26
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原创 Paper intensive reading (二十一)：Correcting for batch effects in case-control microbiome studies
论文题目：Correcting for batch effects in case-control microbiome studiesscholar 引用：23页数：18发表时间：April 23, 2018发表刊物：PLOS Computational Biology作者：Sean M. Gibbons1,2,3, Claire Duvallet1,2, Eric J. A...
2020-02-05 12:53:58
247
原创 Paper intensive reading (二十)：Batch effects correction for microbiome data
论文题目：Batch effects correction for microbiome data with Dirichlet-multinomial regressionscholar 引用：6页数：8发表时间：23 August 2018发表刊物：Bioinformatics作者：Zhenwei Dai1,2, Sunny H. Wong1,2, Jun Yu1,2 an...
2020-02-05 12:13:56
303
原创 Paper intensive reading (十九)：Batch effects in a multiyear sequencing study
论文题目：Batch effects in a multiyear sequencing study: False biological trends due to changes in read lengthsscholar 引用：9页数：11发表时间：1 March 2018发表刊物：Mol Ecol Resour.作者：D. M. Leigh1,2,3 | H. E. ...
2020-02-05 10:54:42
214
百度的何中军在《神经网络机器翻译技术及应用》中提到的5篇论文
2019-03-21
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