11 刘永鑫Adam

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刘永鑫,博士。2008年毕业于东北农大微生物学,2014年于中科院遗传发育所获生物信息学博士,2016年遗传学博士后出站留所工作,任宏基因组学实验室工程师。目前主要研究方向为宏基因组数据分析和植物微生物组,QIIME 2项目参与人。目前在Science、Nature Biotechnology、Cell Host & Microbe、Current Opinion in Microbiology 等杂志发表论文20+篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号,目前分享宏基因组、扩增子原创文章500余篇,关注人数8万+,累计阅读1200万+。

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TA的排名 826

QIIME 2教程. 30补充资源SupplementaryResources(2020.2)

文章目录前情提要补充资源 Supplementary resources教学内容 Educational content应用生物信息学导论肠道检查:探索身体中的微生物群系微生物生态学统计分析指南译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Workflow3老司机上路指南Experienced4人体各部位微生物组分析Moving PicturesGenome

2020-05-24 16:20:36

29岁,从不学无术到技术Leader:这几个学习资源,决定你5年后的技术提升!

学习如逆水行舟,不进则退;只有坚持不断的学习,才能保持进步。今天给大家精心挑选的这几个优质的公众号,感兴趣的可以关注。CVerCVer是一个专注于深度学习与计算机视觉的公众号。分享内容有...

2020-05-24 07:00:00

随机森林RandomForest回归生物标记预测时间序列

关于随机森林的简介和应用理论,请阅读之前分享的文章:一文读懂随机森林在微生态中的应用关于随机森林进行分类的入门实战,请阅读之前分享的《RandomForest:随机森林预测生物标记bio...

2020-05-24 07:00:00

随机森林RandomForest挖掘生物标记预测分类

随机森林简介如果读者接触过决策树(Decision Tree)的话,那么会很容易理解什么是随机森林。随机森林就是通过集成学习的思想将多棵树集成的一种算法,它的基本单元是决策树,而它的本质...

2020-05-24 07:00:00

宏基因组合种树,2-4天领证,1/2号车满员,3号车成立,机会来了

很多朋友都在支付宝里面玩过蚂蚁森林,为大家支持中国绿化公益事业的行动点赞。有没有羡慕小伙伴满满的植树证书,也希望自己为绿化做贡献,但又感觉自己的力量太渺小。现在机会来了,宏基因组公众号发...

2020-05-23 07:00:00

QIIME 2教程. 29参考数据库DataResources(2020.2)

文章目录前情提要数据资源 Data resourcesq2-feature-classifie使用的分类学分类器标记基因参考数据库Greengenes (16S rRNA)数据库的各种版本及下载链接如下:Silva (16S/18S rRNA)数据库UNITE (fungal ITS)数据库微生物组生物信息学评估 Microbiome bioinformatics benchmarking公共微生物组数据 Public microbiome dataSEPP多序列比对参考数据库 reference data

2020-05-22 10:11:01

QIIME 2教程. 28社区Community(2020.2)

文章目录前情提要社区 Community论坛 QIIME 2 Forum用户支持 User Support技术支持 Technical Support社区插件支持 Community Plugin Support一般讨论 General Discussion开发人员讨论 Developer Discussion社区贡献 Community Contributions公告内容 Announcements其他生物信息学工具 Other Bioinformatics Tools想法和建议 Ideas and Su

2020-05-21 20:43:14

ISME:中科院动物所张知彬组揭示肠道微生物介导了降雨变化对布氏田鼠种群的上行效应

文章目录肠道微生物介导了降雨变化对布氏田鼠种群的上行效应摘要引言结果野外条件下人工降雨处理对鼠类种群的上行效应**野外不同降雨组的食谱对室内田鼠的影响**植物叶片中关键的营养成分对田鼠的影响不同果糖添加量的食谱对室内田鼠的影响不同低聚果糖添加量的食谱对室内田鼠的影响差异物种及功能通路的比较讨论第一作者简介通讯作者简介猜你喜欢写在后面肠道微生物介导了降雨变化对布氏田鼠种群的上行效应Host-microbiota interaction helps to explain the bottom-up effe

2020-05-21 19:29:40

高分文章精选 | 纳米孔宏基因组测序的表现

在宏基因组测序中,纳米孔长读长可从复杂多样的宏基因组学样本中组装完整的闭环细菌基因组和质粒,提供无偏倚、免PCR扩增的基因组序列。已有越来越多的科学家使用纳米孔长读长来区分近缘物种,解析...

2020-05-21 07:00:00

支付宝蚂蚁森林合种树,2-4天领证,1/2号车满员,3号车成立

很多朋友都在支付宝里面玩过蚂蚁森林,为大家支持中国绿化公益事业的行动点赞。有没有羡慕小伙伴满满的植树证书,也希望自己为绿化做贡献,但又感觉自己的力量太渺小。现在机会来了,宏基因组公众号发...

2020-05-21 07:00:00

QIIME 2教程. 27语义类型Semantic(2020.2)

文章目录前情提要语义类型为什么定义语义类型常用的语义类型Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Workflow3老司机上路指南Experienced4人体各部位微生物组分析Moving PicturesGenome Biology:人体各部位微生物组时间序列分析5粪菌移植分析练习FMTMicrobiome:粪菌移植改善自闭症6沙漠土壤分析Ata

2020-05-20 17:02:30

QIIME 2教程. 26为QIIME 2开发新插件DevelopingPlugin(2020.2)

文章目录前情提要为QIIME 2开发新插件概述Overview插件组件Plugin components定义功能Define functionality创建一个函数并注册为方法 Create a function to register as a Method创建一个可视化函数 Create a function to register as a Visualizer开发插件的实例Instantiating a plugin注册一个动作 Registering an Action注册一个方法 Registe

2020-05-19 22:26:33

QIIME 2教程. 25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins (2020.2)

文章目录前情提要可用插件alignment对齐:[用于生成和处理序列对齐](https://docs.qiime2.org/2020.2/plugins/available/alignment/)composition:[用于组成型分数据分析](https://docs.qiime2.org/2020.2/plugins/available/composition/)cutadapt:[用于从序列数据中除去接头,引物和其他不需要的序列](https://docs.qiime2.org/2020.2/plug

2020-05-18 12:29:32

中科院微生物所高程组招聘助研3名(正式编制)

中科院微生物所真菌学国家重点实验室高程课题组助理研究员招聘(正式编制)中国科学院微生物研究所(http://www.im.cas.cn )是隶属中国科学院的科研事业单位,目前已发展成为我...

2020-05-18 07:00:00

Microbiome:植物根际微生物组也有昼夜节律

植物根际微生物组存在昼夜节律文章2017年6月发表在Microbiome上,与2016年Cell发表《微生物组昼夜节律影响宿主转录组波动》的小鼠文章思路相似,但材料原创。摘要背景昼夜节律...

2020-05-18 07:00:00

Nature Genetics:微生物如何适应植物的?

文章简介是什么使是病原和共生菌都能与真核宿主保持密切联系呢?Nature Genetics于2017年12月18日在线发表了美国北卡教堂山的Jeffery L. Dangl团队(http...

2020-05-18 07:00:00

ISME:华中农大李霞组发现大豆根际微生物组变化与根瘤菌共生效率的关系

文章目录大豆根际微生物群落的变化及其与根瘤菌共生效率的关系写在前面摘要背景结果不同类型土壤中大豆根际区微生物组的组成和多样性图 1 三种类型土壤中大豆根际区微生物组的α和β多样性不同根际取样部位的微生物共现和相互作用网络图 2 不同隔间区域中的微生物相互作用网络大豆根瘤中根瘤菌的组成取决于土壤条件图 3 土壤处理与根际和根瘤中的根瘤菌组成的关系根际微生物组与根瘤菌的结瘤有关图 4 根际微生物群落结构与中华根瘤菌和慢生根瘤菌的结瘤有关在体外芽孢杆菌对根瘤菌生长的不同作用图 5 芽孢杆菌对根瘤菌生长和结瘤的影响

2020-05-17 22:39:51

QIIME 2教程. 24Python命令行模式Artifact API(2020.2)

文章目录前情提要Python命令行模式Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要NBT:QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台1简介和安装Introduction&Install2插件工作流程概述Workflow3老司机上路指南Experienced4人体各部位微生物组分析Moving PicturesGenome Biology:人体各部位微生物组时间序列分析5粪菌移植分析练习FMTMicrobiome:粪菌移植改善自闭症6沙漠土壤分析Atacama soil

2020-05-17 15:29:31

耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办?

在NGS基础:测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump从NCBI下载原始测序数据,命令如下。nohup fastq-dump -v --spl...

2020-05-17 07:00:00

研究生,导师不是你的保姆……

01.知识来自文献首先:知识来自文献!从研究没有开始直到研究做完,从头到尾,你都离不开查阅文献。查阅文献是为了不重复别人的工作,为了激发新的想法,为了站到本领域的前沿。如果你一年不看文献...

2020-05-17 07:00:00

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