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RSS订阅原创 解决一个Seurat依赖包版本问题 Error in getClassDef
原因是使用conda安装Seurat时，Matrix默认安装的最新版1.6.2。降级到1.6.1 即可解决。
2023-11-20 10:27:34
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原创 conda从4.12升级到最新版23.9 自动升级失败 手动升级方法
最新版conda有多线程下载，还做了一些其它易用性改动，所以决定从很老的4.12版本升级到最新版。因为版本差别过大，使用自带的。只要知道Linux下面一切皆文件，就无需拘泥于各种官方命令，手动修改文件也能达成目的。
2023-11-15 09:03:06
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原创 SeuratData包里pbmc3k数据集下载老失败的解决方案
pbmc3k是单细胞经典数据集，SeuratData包里包含了pbmc3k等各种数据集供下载。但是因为网络原因，在R里直接下载很容易失败。把该数据集用浏览器（用IDM等下载工具更快）下载下来后查看发现是R包的形式存在的，因此可以用手动安装的方式获得该数据集。手动下载该链接：‘http://seurat.nygenome.org/src/contrib/pbmc3k.SeuratData_3.1.4.tar.gz’，放到指定目录，这里放在home目录下。
2023-11-09 17:17:07
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原创 Chrome“喔唷，崩溃啦！”内存不足引起页面崩溃的原因和解决方案
还“喔唷，崩溃啦”？卖萌也没有用，你自己不行还不愿意改，那我只好另请高明了。使用火狐浏览器可以避免此问题（单个页面4G内存限制）。
2023-05-17 14:26:17
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原创 Ubuntu 20.04安装RStudio Server并使用conda虚拟环境
RStudio Server使用conda虚拟环境，网上查看了一些文章，实现起来都比较复杂，最后自己摸索出来最佳解决方案如下
2022-12-28 17:37:51
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原创 IGV变异可视化设置要点
IGV基因组浏览器（interactive genome visualization）是目前最常用的基因组学可视化工具，下面介绍一下NGS生信进行SNV、INDEL变异可视化的常用设置和操作。点击菜单栏View-Preferences-Alignments，在Downsampling栏目，取消Downsample reads，或者下面两个文本框填入想要的reads数。解释：Downsampling降采样，在高深度测序区域只显示部分reads，对于低频突变特别不友好，我甚至见过一个10几条reads支持的
2022-04-08 15:29:21
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原创 SGE提交作业遇到“Unable to read script file because of error: invalid option argument -r $FASTA“报错
使用qsub -V -cwd -l p=8 test.sh 提交作业，遇到报错信息如下：Unable to read script file because of error: invalid option argument -r $FASTA奇怪的是直接运行sh test.sh是没有问题的。我把test.sh的代码里"-r $FASTA"都删了，依然报这个错，原来是注释里还有"-r $FASTA"，注释里的"-r $FASTA"也删干净后不报这个错了，但是换成了Unable to read s
2021-11-11 17:16:46
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原创 Python批量删除列表list1中的某个元素，并删除list2对应位置的元素
列表批量删除元素删除list1中的0，并删除list2对应位置的元素。# 必须使用倒序循环，如果是正序循环，list第一次删除元素后index和元素的对应关系已改变，无法对应到正确的位置list1 = [0,0,0,1,2,0,3,0]list2 = [1,2,3,4,5,6,7,8]n = 0for m,char in enumerate(list1[::-1]): prin...
2020-02-12 15:10:09
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原创 Linux下使用sort命令按不同列分别排序
需求：文件第一列不变，按第二列数字大小排序实现：sort -k 1,1 -k 2n,2 test -o test.sort结果：解释：-k 1, 1：按照第一列的值进行排序，如果只有一个1的话，相当于告诉sort从第一列开始直接到行尾排列n：代表是数字顺序，默认情况下是字典序，如10<2参考资料：LINUX SORT排序命令的高级用法(按多个列值进行排列)awk之第一...
2019-12-26 12:00:23
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原创 Linux文件比较、提取总结（diff、sort、uniq、comm、grep）
diff系列：diff，vimdiff适用于无需排序的文件，可以用来比较文件的不同版本。以第一个文件为准，逐行比较第二个文件与第一个文件的差异。vimdiff用vim打开两个文件，分两栏可视化显示两个文件异同，效果类似于diff -y具体用法参见diff基础、diff详解sort系列：sort，uniq，comm相比于diff，更适用于不同文件取交集、并集、差集的情况，所以要用sort先...
2019-12-04 16:28:30
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原创 Win10安装OpenCv 3.4.2.16（环境：Anaconda3+Python3.7）
Anaconda和Python都是默认安装，没什么好说的。关键是opencv的安装，网上教程很多，适用的情况也不同，但是我试了很多种都没装好。最后经同事提醒用pip装的。总结如下：为什么装opencv3.4.2.16：因为这是支持xfeatures2d.SURF_create的最高版本，再升就不支持了。如果不需要xfeatures2d函数，安装起来就非常简单了，直接conda install ...
2019-12-02 23:53:19
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原创 “行百里者半九十”没那么简单
今天总算明白了“行百里者半九十”的真正含义。这句话不仅仅是提醒人们要坚持，也在提醒人们不要自满。 现在大家普遍认为这句话意思是到做事到最后的时候一定要坚持不懈，现在看来并没有那么肤浅。很多事情做起来没有那么难，也许很快很轻松就做到90%了，但是人们往往在这个时候会觉得自己已经成竹在胸、已经稳操胜券，进而松懈、放松对自己的要求，于是开始拖延，最终完成任务剩下的10%花了总体时间的1...
2019-09-26 09:54:13
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原创 Pandas常用方法总结
Update time：2019-9-18Pandas写文件df.to_csv(r"D:\Projects\Chips\Affy\2019-08\soya_600K-KPS012017015_1_选择分析\fst30K_mnt.windowed.weir.fst",sep='\t', index=False)series.id.to_csv(r"D:\Projects\Chips\Aff...
2019-09-18 16:26:22
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原创 R语言文件读取方法|read.table()和read.csv()、read.delim()的区别
除了默认分隔符不同，没有其它区别！请看官方文档：read.csv and read.csv2 are identical to read.table except for thedefaults. They are intended for reading ‘comma separated value’ files(‘.csv’) or (read.csv2) the variant u...
2019-09-10 10:31:38
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原创 Linux换行符和Windows换行符的区别与转换
Windows下Notepad++编辑-文档格式转换-转为UnixLinux：sed -i 's/\r//' filenameLinux：dos2unix filenameVim：命令模式下输入:%s/^M//g或者:g/\^M/s/\^M//Vim：命令模式输入:set ff?如果出现fileforma＝dos 表示是Windows上的换行符。继续输入:set fileformat=u...
2019-09-05 17:59:34
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原创 解决OneDrive“正在处理更改”、“正在更新文件”卡住 && OneDrive官网下载
总结：OneDrive里文件太多的话（>5w）谨慎使用“文件随选”功能，如果有大量文件的同步任务(>1w)，一定要确保一次性同步完成。如果长时间（>8h）卡在“正在处理文件”、“正在更新文件”的话,建议删除全部本地文件重装OneDrive（重新登陆应该也可以）进行下载。相关：OneDrive最新官网下载地址
2019-08-16 19:42:16
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原创 解决OneDrive右键菜单消失的BUG
注意，是右键菜单【消失】，不是没有。没有右键菜单的话开启“文件随选”就有了。本来OneDrive有右键菜单用的好好的，结果今天突然发现没有了。原来是前两天嫌UAC烦将之关了，开启UAC后右键菜单又回来啦！...
2019-08-13 20:42:33
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原创 谷歌浏览器Chrome黑屏\提示内存不足\应用程序错误的解决办法 && 虚拟内存应该设多大
Chrome是吃内存大户，而且需要虚拟内存的支持！需要虚拟内存的支持！需要虚拟内存的支持！所以如果出现标题所说的三个问题，把虚拟内存设置大一些即可！
2019-08-07 11:43:34
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原创 利用DISM命令修复Windows聚焦自动更新失效和“喜欢吗”按钮消失的问题
一开始Windows聚焦无法自动更新了，网上解决方法一大堆，一通操作以后，别说自动更新了，把“喜欢吗”按钮都弄没了，手动更新都失效了。按照微软论坛的解决方法，成功修复这个问题。Windows聚焦的自动更新和“喜欢吗”按钮都恢复了，过程如下：Win + x，点击Windows Power Shell（管理员），复制粘贴以下命令：Dism /Online /Cleanup-Image /Scan...
2019-07-31 11:23:38
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原创 《Python基础教程》第三版第20章“自动添加标签”项目输出结果重复的问题
学习《Python基础教程》第三版，到第20章“自动添加标签”项目，从官网下载了源代码运行，发现输出的test_output.html中每一行内容都重复了三次。下载了第二版的代码 比较后发现第三版代码和书中代码都有一个小bug，markup.py里parse函数中for rule in self.rules:一句向后缩进了4格导致进入了上一个循环。修正后的代码如下：import sys, ...
2019-07-04 11:19:38
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原创 谷歌浏览器Chrome无法自动同步的解决办法
用了很久的Chrome浏览器，换电脑后却碰到了很头疼的问题：新电脑上Chrome无法自动同步。网上的方法都尝试了，均无效。总结一下网上的办法：1.不使用代理，手动导出书签、导出扩展，然后导入另一个Chrome。能坚持用这种方法的，我敬你是条汉子。2.使用代理。
2019-06-26 13:31:41
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原创 Ubuntu下Deluge无法连接主机的解决
Ubuntu：18.0.4LTS ；Deluge 1.3.15参考http://ju.outofmemory.cn/entry/373006安装了最新版Deluge，但是发现一个奇葩的问题，主机连不上。一开始我的思路错了，以为是ip或者防火墙等的问题，网上搜了半天也没解决。后来点了“启动后台服务”，提示我没有装“deluged包”，网上此前任何文章里都没有提过这个包，难道是新版Deluge专属...
2019-05-15 16:13:07
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原创 Linux小白之软件安装路径不要随便改
血泪的教训，装了Anaconda3，本来是很高兴的，一切顺利。但是路径名让我很不爽——装在了/home/xxxx/biosoft下面，了解过后发现Anaconda3里是有很多生物软件，但它自己不能算是个生物软件。用Windows的都知道，软件可以连着文件夹移来移去的，不会影响使用，最多重建一下快捷方式。我以为Ubuntu下面也能实现类似的效果，最多改改环境变量。然后我就在/home/xxxx/...
2019-05-12 03:28:19
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原创 GPT格式的动态磁盘文件无损地转换为基本磁盘
首先，如果没有特殊需求，不推荐把基本磁盘转换为动态磁盘。动态磁盘的好处在于磁盘间相互扩容方便，然而现在的电脑硬盘越来越大，一般用不到这个功能。微软最坑的一点是自带的磁盘管理软件可以把基本磁盘转换为动态磁盘，但是无法把动态磁盘转换为基本磁盘！ 动态磁盘最大的缺点是不支持重装系统。如果要重装系统或者装双系统，就必须把动态磁盘转换为基本磁盘。最简单的方法就是把所有动态磁盘格式化重新分区...
2019-05-02 16:42:43
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原创 用SPSS进行多变量数据分析
用SPSS进行多变量数据分析 1.将所给的数据输入SPSS 22.0中文版。分别设置变量为温度，体重1、2、3、4；体重，温度5、10、15、20、30。 2.用SPSS进行作图（过程略）。3.对数据进行多因素变量分析，具体操作如下： （1）以体重组和温度5、10、15、20、30作为变量，在菜单里选择分析->比较平均值->单因素ANOVA，将体重组选入“因子”，将温度5、10、15、20、3
2017-01-02 10:30:54
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原创 制作U盘启动盘并用Ghost备份系统
制作U盘启动盘并用Ghost备份系统（某计算机课作业）1.将备份好的U盘插入电脑，使用“老毛桃”软件制作U盘启动盘。2.U盘启动盘制作成功。可以选择使用软件自带的“模拟启动”功能测试U盘是否可以正常启动。 3.重启电脑，开机出现画面后按F12进入启动盘选择界面（不同的主板按键不同，主流的主板比如我使用的技嘉主板都是按F12）。使用键盘方向键选择从U盘启动。这里选择第三项，从U盘启动。
2017-01-02 09:51:29
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原创 Ubuntu安装记录及遇到的问题——“向硬盘复制文件时遇到错误”、“Minimal BASH-like line editing is supported”
摘要：本文包含两类错误，这两类错误可能的原因很多，基本可以归纳为第一类：文件系统错误，iso文件损坏，或者U盘损坏，等等。第二类：启动引导错误，启动引导盘选错了，或者启动项设置错误，等等。
2016-12-15 21:32:46
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空空如也
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