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原创 R语言【GIFT】——GIFT_versions():GIFT的可用版本

返回一个表,其中包含有关数据库不同版本的信息Details以下是每一栏所指的内容:ID:版本识别号version:版本号description:主要的更新内容是什么包含4列的数据框架。

2024-04-10 15:29:25 101

原创 R语言【GIFT】——GIFT_richness():GIFT各地理区域和分类群的物种丰富度

按分类群和地理区域组合检索所有物种、本地物种、归化物种和特有物种的物种丰富度。Arguments参数【taxon_name】:分类类群检索物种丰富度。参数【GIFT_version】:定义要使用的GIFT数据库版本的字符串。该函数默认检索最新的稳定版本。如果设置为测试版,则使用最新的版本,该版本仍然可以进行更改和编辑。参数【api】:定义从哪个API检索数据的字符串。输出有5列:entity_ID:地理区域的识别号total:总物种丰富度native:本地物种数目naturalized:归化物种数

2024-04-10 15:23:29 231

原创 R语言【GIFT】——GIFT_references():GIFT中可用的引用元数据

Arguments参数【api】:定义从哪个API检索数据的字符串。参数【GIFT_version】:定义要使用的GIFT数据库版本的字符串。该函数默认检索最新的稳定版本。如果设置为测试版,则使用最新的版本,该版本仍然可以进行更改和编辑。以下是每一栏所指的内容:ref_ID:参考文献的识别号ref_long:完整的参考资料供参考geo_entity_ref:地点名称type:源是什么类型subset:有什么关于物种状况的信息taxon_ID:可用分类群组的识别号taxon_name:可用分类群组的名称c

2024-04-10 15:16:35 204

原创 R语言【GIFT】——GIFT_coverage():GIFT中各地理区域和类群的分类和性状覆盖度

检索每个分类群和地理区域组合中所有物种、本地物种、归化物种和特有物种的分类或性状覆盖度(给定性状)。此功能适用于属级以上的分类群。Arguments参数【what】:指示是否检索taxonomic_coverage或trait_coverage的字符。参数【taxon_name】:要检索其覆盖率的分类组的名称。有关选项,请参见GIFT_taxonomy()。该函数接受姓氏和更高的分类组。参数【trait_ID】:您想要检索覆盖的特征的标识号。详细信息请参见GIFT_traits_meta()。参数

2024-04-10 15:10:11 384

原创 R语言【GIFT】——GIFT_no_overlap():选择不重叠的区域

在GIFT区域集合中识别重叠区域,并根据大小和重叠标准只选择不重叠的区域。Arguments参数【entity_IDs】:我们想要检查重叠的区域的id向量参数【area_threshold_island】:表示保持最小重叠多边形的曲面的一个数。默认设置为0平方公里(意味着默认情况下最小的岛屿将被保护)。参数【area_threshold_mainland】:当两个多边形重叠时,可以保留最小或最大的一个。当最小多边形的表面超过这个数时,保留最小多边形。否则,我们保留较大的那个。默认设置为100平方公

2024-04-10 15:03:14 296

原创 R语言【GIFT】——GIFT_overlap():GIFT多边形与外部多边形之间的空间重叠

计算GIFT多边形和来自其他资源的形状文件之间的空间重叠。Arguments参数【resource】:一个字符串,表示从哪个资源计算空间重叠。可用的选项是glonaf和gmba。glonaf代表全球归化外来植物区系,gmba代表全球山地生物多样性评估。参数【GIFT_version】:定义要使用的GIFT数据库版本的字符串。该函数默认检索最新的稳定版本。如果设置为测试版,则使用最新的版本,该版本仍然可以进行更改和编辑。参数【api】:定义从哪个API检索数据的字符串。data.frame的列如下:

2024-04-10 14:57:44 231

原创 R语言【GIFT】——GIFT_shapes():GIFT区域的形状文件

Arguments参数【entity_ID】:定义区域id的向量。参数【api】:定义从哪个API检索数据的字符串。参数【GIFT_version】:定义要使用的GIFT数据库版本的字符串。该函数默认检索最新的稳定版本。如果设置为测试版,则使用最新的版本,该版本仍然可以进行更改和编辑。以下是每一栏的详细信息:entity_ID:多边形的识别号geo_entity:多边形的名称point_x:多边形质心的经度point_y:多边形质心的纬度area:多边形的面积(平方公里)x_min:多边形的最小经度x_

2024-04-10 14:52:06 112

原创 R语言【GIFT】——GIFT_regions():GIFT区域的元数据

检索GIFT区域的杂项信息。Arguments参数【api】:定义从哪个API检索数据的字符串。参数【GIFT_version】:定义要使用的GIFT数据库版本的字符串。该函数默认检索最新的稳定版本。如果设置为测试版,则使用最新的版本,该版本仍然可以进行更改和编辑。以下是每一栏的详细信息:entity_ID:GIFT多边形的识别号geo_entity:GIFT多边形的名称suit_geo:多边形是否合适entity_class:多边形的类entity_type:多边形的类型TDWG_lvl3_ID

2024-04-10 14:44:55 133

原创 R语言【GIFT】——GIFT_spatial():GIFT清单的空间选择

检索与形状文件或一组坐标重叠的检查表。Arguments参数【shp】:由用户提供的Shapefile。其坐标参考系统(CRS)必须设置为WGS84 (EPSG代码4326)。参数【coordinates】:自定义坐标集。格式是两列,第一列是经度,第二列是纬度。如果给出了4个坐标,则该函数假定这些坐标是边界框的四个角。参数【overlap】:一个字符串,定义检索检查列表时要使用的标准。可用的选项是centroid_inside, extent_intersect, shape_intersect和

2024-04-10 14:38:38 238

原创 R语言【GIFT】——GIFT_env_meta_raster():GIFT中环境光栅的元数据

Arguments参数【api】:定义从哪个API检索数据的字符串。参数【GIFT_version】:定义要使用的GIFT数据库版本的字符串。该函数默认检索最新的稳定版本。如果设置为测试版,则使用最新的版本,该版本仍然可以进行更改和编辑。以下是每一栏所指的内容:dataset:源数据集的名称layer_name:环境层的名称layer:环境层的全称description:描述。unit:单元。coord_system:坐标系。resolution:分辨率。extent:范围version:版本ref_l

2024-04-10 14:32:38 155

原创 R语言【GIFT】——GIFT_env_meta_misc():GIFT中环境杂项变量的元数据

Arguments参数【api】:定义从哪个API检索数据的字符串。参数【GIFT_version】:定义要使用的GIFT数据库版本的字符串。该函数默认检索最新的稳定版本。如果设置为测试版,则使用最新的版本,该版本仍然可以进行更改和编辑。以下是每一栏所指的内容:dataset:源数据集的名称。variable:环境层的名称。description:描述。unit:单元。num:环境层是否为数值。ref_long:使用环境层时的完整参考引用。包含6列的数据框架。

2024-04-10 14:26:11 139

原创 R语言【GIFT】——GIFT_env():GIFT清单的环境数据

检索与每个GIFT清单相关的环境数据。环境变量的来源可以来自光栅层或形状文件(杂项)。用户需要定义他们感兴趣的变量,然后要求一组汇总统计数据(在光栅层的情况下)。Arguments参数【entity_ID】:定义要检索的列表的ID的向量。默认为NULL,在这种情况下,检索GIFT中的每个列表。参数【miscellaneous】:指定要检索的杂项数据的字符向量或列表。。可以在GIFT_env_meta_misc()返回的输出表中查看数据库中存在预先计算信息的所有杂项层的列表。参数【rasterlay

2024-04-10 14:21:49 351

原创 R语言【GIFT】——GIFT_traits_tax():分类水平上的性状

Arguments参数【trait_IDs】:一个字符串,指示要检索的特性。性状必须属于可用性状列表。参数【agreement】:同意聚合特征值的资源百分比,低于此阈值的条目将被省略。参数【bias_ref】:当为FALSE时,排除仅基于可能引入偏见的资源的条目(例如,仅包含树的资源)。参数【bias_deriv】:当为FALSE时,排除仅基于可能引入偏见的衍生的条目(例如,所有显生植物都是木质的,但一些生命形式是模糊的)。参数【api】:定义从哪个API检索数据的字符串。参数【GIFT_version

2024-04-10 14:16:24 245

原创 R语言【GIFT】——GIFT_traits_raw():原始性状值

检索GIFT中参考书目和非标准化物种名称级别的非聚合性状值。Arguments参数【trait_IDs】:一个字符串,指示要检索的特征。性状必须属于可用性状列表。看到GIFT_traits_meta()。参数【derived】:包括逻辑派生的特征。参数【bias_ref】:当为FALSE时,排除仅基于可能引入偏见的资源的条目(例如,仅包含树的资源)。参数【bias_deriv】:当为FALSE时,排除仅基于可能引入偏见的衍生的条目(例如,所有显生植物都是木质的,但一些生命形式是模糊的)。参数【ap

2024-04-09 17:45:07 233

原创 R语言【GIFT】——GIFT_traits_meta():检索来自GIFT的功能特征的元数据。

Arguments参数【api】:API对应的字符串。参数【GIFT_version】:定义要使用的GIFT数据库版本的字符串。该函数在默认情况下检索最新版本。以下是每一栏所指的内容:Lvl1:性状分类的第一级Category:第一级分类的名称Lvl2:性状分类的第二级Trait1:第二级分类的名称Lvl3:性状的识别号Trait2:形状名称Units:性状单元type:性状类型comment:评述count:该特征在数据库中有多少条目包含10列的数据帧。

2024-04-09 17:30:17 104

原创 R语言【GIFT】——GIFT_traits():物种水平上的性状值

Arguments参数【trait_IDs】:一个字符串,指示要检索的特性。性状必须属于可用性状列表。参数【agreement】:同意聚合特征值的资源百分比,低于此阈值的条目将被省略。参数【bias_ref】:当为FALSE时,排除仅基于可能引入偏见的资源的条目(例如,仅包含树的资源)。参数【bias_deriv】:当为FALSE时,排除仅基于可能引入偏见的衍生的条目(例如,所有显生植物都是木质的,但一些生命形式是模糊的)。参数【api】:定义从哪个API检索数据的字符串。参数【GIFT_version

2024-04-09 17:22:24 229

原创 R语言【GIFT】——GIFT_taxgroup():物种的分类群

从GIFT (work_ID)中为物种分配不同层次的分类组。Arguments参数【work_ID】:定义要检索其分类组的物种id的向量。默认为NULL。参数【taxon_lvl】:检索名称的分类级别。默认为Family。检查GIFT_taxonomy()以获得可用的级别。除了可用的层次外,还可以用higher_lvl来检索更高层次的类群“Anthocerotophyta”、“Marchantiophyta”、“Bryophyta”、“Lycopodiophyta”、“Monilophyta”、“

2024-04-09 17:11:46 203

原创 R语言【GIFT】——GIFT_taxonomy():检索GIFT的分类法。

Arguments参数【api】:定义从哪个API检索数据的字符串。参数【GIFT_version】:定义要使用的GIFT数据库版本的字符串。该函数默认检索最新的稳定版本。如果设置为测试版,则使用最新的版本,该版本仍然可以进行更改和编辑。以下是每一栏所指的内容:taxon_ID:每个分类学条目的识别号。taxon_name:描述分类群的名称。taxon_name:给定分类单元的作者名称。taxon_lvl:在属、科、目或上级目中分裂每个分类单元。分类学是每个分类单元的左右边界的线性序列。这是嵌套的,例如

2024-04-09 17:05:44 130

原创 R语言【GIFT】——GIFT_species():检索GIFT中所有可用的植物物种。

Arguments参数【api】:定义从哪个API检索数据的字符串。参数【GIFT_version】:定义要使用的GIFT数据库版本的字符串。该函数默认检索最新的稳定版本。如果设置为测试版,则使用最新的版本,该版本仍然可以进行更改和编辑。以下是每一栏所指的内容:work_ID:物种的识别编号genus_ID:属的识别号work_genus:分类统一后的属名work_species:分类协调后的种名work_author:描述该物种的作者(经过分类协调)包含5列的数据框架。

2024-04-09 16:53:11 95

原创 R语言【GIFT】——GIFT_species_lookup():GIFT中的物种列表

检索一个分类名称的所有名称匹配信息。返回所有结果,其中名称可以在未标准化或分类标准化的名称中找到。Arguments参数【genus】:定义要查找的属名的字符串。参数【epithet】:定义要查找的特定昵称的字符串。参数【namesmatched】:逻辑默认为FALSE,如果您不仅希望在标准化的物种名称中查找物种,还希望在原始资源中的原始物种名称中查找物种,则将其设置为TRUE。参数【api】:定义从哪个API检索数据的字符串。参数【GIFT_version】:定义要使用的GIFT数据库版本的字符

2024-04-09 16:48:17 321

原创 R语言【GIFT】——GIFT_phylogeny():GIFT中物种的系统发育

检索GIFT中可用的植物物种的系统发育。GIFT_version 1.0、2.0、2.1和2.2不提供系统发育表。Arguments参数【clade】:表示与系统发育中节点标签相对应的感兴趣的分类群的字符串。参数【as_tree】:逻辑的,您是否希望系统发生以系统发生树(TRUE)或表(FALSE)的形式返回。默认为TRUE。参数【return_work_ID】:逻辑上,您是否希望检索GIFT数据库中的物种名称或它们的标识号(work_ID)。默认为FALSE。参数【work_ID_subset】

2024-04-09 16:33:35 206

原创 R语言【GIFT】——GIFT_species_distribution():从GIFT清单中检索一个物种的分布。

Arguments参数【genus】:与感兴趣的种的属相对应的字符串。参数【epithet】:与感兴趣的物种的名称相对应的字符串。参数【namesmatched】:逻辑默认为FALSE,如果您不仅希望在标准化的物种名称中查找物种,还希望在原始资源中的原始物种名称中查找物种,则将其设置为TRUE。参数【remove_overlap】:是否要检索重叠的检查表的逻辑声明。默认为FALSE。参数【area_th_island】:表示保持最小重叠多边形的曲面的一个数。默认设置为0平方公里(意味着默认情况下最小的岛

2024-04-09 15:29:56 734

原创 R语言【GIFT】——GIFT_lists():检索GIFT中每个检查表的元数据。

Arguments参数【api】:定义从哪个API检索数据的字符串。参数【GIFT_version】:定义要使用的GIFT数据库版本的字符串。该函数默认检索最新的稳定版本。如果设置为测试版,则使用最新的版本,该版本仍然可以进行更改和编辑。以下是每一栏所指的内容:ref_ID:每个参考文献的识别号。列类型和子集表示在每个引用中可以找到哪些信息。同样,native_indication、natural_indication和end_ref分别表示参考文献中是否陈述了本地物种、归化物种和特有物种。restri

2024-04-09 14:38:04 121

原创 R语言【GIFT】——GIFT_checklists_raw():

Arguments参数【ref_ID】:定义要检索的引用的id的向量。默认为NULL。参数【list_ID】:定义要检索的列表的id的向量。默认为NULL。除了ref_ID中的引用中包含的列表之外,还检索这些列表。参数【namesmatched】:合乎逻辑的。默认为FALSE,如果您想要参考文献中的原始物种名称以及分类协调的详细信息,则将其设置为TRUE。参数【taxon_name】:与感兴趣的分类组相对应的字符串。参数【floristic_group】:这些选项中的字符串:all、native、nat

2024-04-09 14:33:45 256

原创 R语言【GIFT】——GIFT_checklists_conditional():检索GIFT清单所涵盖的区域的元数据,这些区域共同满足特定的标准。

Arguments参数【taxon_name】:与感兴趣的分类组相对应的字符串。参数【floristic_scope】:列出要考虑的引用的植物区系范围的矢量。选项有:, , , , , , , 。参数【ref_excluded】:一个矢量,列出在组装满足给定标准的区域和清单集时应忽略的潜在ref_id。这些引用的清单将不会返回。默认为NULL。参数【type_ref】:字符,选项有, , , , , , , , , 。参数【entity_class】:字符。选项有:, , , , 。参数【native_

2024-04-09 14:16:17 208

原创 R原因【GIFT】——GIFT_checklists():检索符合特定标准的GIFT清单。

Arguments参数【taxon_name】:与感兴趣的分类组相对应的字符串。参数【complete_taxon】:逻辑声明您希望检索仅包含taxon_name参数的穷举列表或不完整列表的检查列表。参数【florsitic_group】:下列选项:all,native,endemic,naturalized。参数【complete_floristic】:逻辑声明您希望检索仅包含floristic_group参数的详尽列表或不完整列表的检查列表。参数【geo_type】:字符串,Mainland,Isl

2024-04-09 10:44:32 572

原创 R语言【paleoDiv】——viol():生成一个小提琴图

Arguments参数【x】:用来绘制小提琴的变量。参数【pos】:把小提琴放在垂直于x轴上的位置。参数【x2】:可选变量,用于代替x作为小提琴情节的输入变量。如果设置了x2,则用于计算绘图统计的函数(默认:density())将在x2而不是x上运行,但结果将在相应的x值上绘制。参数【stat】:绘图统计量。密度()函数的详细信息,就像标准的小提琴图一样,但可以用另一个函数重写,该函数可以将x或x2作为其第一个参数。Stat也可以是与x长度相同的数字向量,在这种情况下,使用这些向量中的值而不是函数输出,

2024-04-02 14:46:55 318

原创 R语言【paleoDiv】——tsconv():将地质年代转换为精确的绘图,同时校准系统发育

Arguments参数【x】:要转换的地质年代矢量。参数【phylo0】:有根的系统发育。参数【root.time】:根的数字年龄,如果不是取自系统发育。包含转换后的地质年代的数字。

2024-04-02 14:39:30 113

原创 R语言【paleoDiv】——ts.stages():添加水平,阶段水平显生宙时间刻度到任何绘图,特别是校准系统发生绘制。

Arguments参数【phylo】:可选的(校准的)系统发育添加时间刻度。如果提供了phylogeny,则$root.time变量用于转换年龄,以使时间尺度适合系统发育。参数【alpha】:用于时间刻度填充的不透明度值。参数【names】:逻辑指示是否绘制地层名称(默认为FALSE)。参数【col.txt】:用于标签的颜色。参数【border】:用于时间刻度边界的颜色。参数【ylim】:设置时间刻度的高度。可以是一个单一的值,在这种情况下,函数试图使用当前绘制的系统发育的下限,或者长度为2的包含时间标

2024-04-02 14:35:33 322

原创 R语言【paleoDiv】——ts.periods():在任何绘图中添加水平的、时期水平的显生宙时间标度,特别是用猿绘制的校准系统发生。

Arguments参数【phylo】:可选的(校准的)系统发育添加时间刻度。如果提供了phylogeny,则$root。时间变量用于转换年龄,以使时间尺度适合系统发育。参数【alpha】:用于时间刻度填充的不透明度值。参数【names】:逻辑指示是否绘制周期名称(默认为TRUE)。参数【exclude】:如果names==TRUE,则字符向量列出不绘制名称的周期。参数【col.txt】:用于标签的颜色。参数【border】:用于时间刻度边界的颜色。参数【ylim】:设置时间刻度的高度。可以是一个单一的值

2024-04-02 14:28:08 232

原创 R语言【paleoDiv】——tree.ages():利用发生率数据自动构建系统发育树时间校准矩阵

Arguments参数【phylo0】:(可选)类==“phylo”的对象,从中绘制分类群以包含在校准矩阵中。参数【data】:可选的list()-object,包含所有分类单元的分类范围表或发生数据集。如果为NULL,数据将通过pdb()函数自动下载。参数【taxa】:要包含在校准矩阵中的分类群,默认为phylo0$tip.label。一个两列矩阵,包含分类群中每个分类群最早和最近出现的次数,分类群名称作为行名。

2024-04-02 14:21:31 213

原创 R语言【paleoDiv】——synonymize():组合分类范围表中的选定项以删除重复项

Arguments参数【x】:要组合的索引或值(分类单元名称)。参数【table】:Taxon-range表。参数【ids】:分类单元名称的向量或列(用于匹配x中的分类单元名称)。默认为table$tna。参数【max】:包含最大年龄的向量或列。参数【min】:包含最小年龄的向量或列。此功能的目的是帮助手动编辑物种表,并删除同义词或不正确的分类名称拼写,从而导致所表示的不同分类群的数量膨胀。一个包含分类单元名称、最大、最小和平均年龄的data.frame,合并了所选条目的范围,并删除了多余的条目(注意,

2024-04-02 14:18:45 136

原创 R语言【paleoDiv】——stax.sel():提取一个事件数据框架的子集。

Arguments参数【taxa】:包含要返回的子分类(或与秩项匹配的任何其他项)的向量。参数【rank】:x的向量或列,在其中查找与分类组匹配的项。默认为x$class,用于从大型数据集中选择类级别的子分类(仅当pdb(…,full=TRUE)时有效)。参数【x】:可选的发生数据帧。如果设置,将返回一个包含所选条目的data.frame。如果is.null(x)(默认),则表示一个向量,该向量给出与排序中taxa匹配的值的索引。否则,发生data.frame()只包含所选的分类群或值。

2024-04-02 14:14:02 104

原创 R语言【paleoDiv】——rmeana():根据第二个变量内的距离计算滚动平均值

Arguments参数【x0】:计算滚动平均值的数值自变量。参数【y0】:要计算其平均值的数值变量。参数【x1】:可选的。计算y的滚动平均值的新x值。如果x1==NULL,计算将在原始(x0)值处进行。参数【plusminus】:计算滚动平均值的区间宽度(以x为单位)的准则。Value表示从x1或x0的每个值计算得出的边际,即对于正负==5,绘制平均值的区间将从x-x_i=5到x-x_i=-5的值。参数【weighting】:是否应用权重。如果加权==TRUE,则均值被计算为加权均值,权重沿拟绘制均值的

2024-04-02 14:10:48 119

原创 R语言【paleoDiv】——rmean():计算向量x的滚动均值。

Arguments参数【x】:用于计算滚动平均值的数值向量。参数【width】:计算滚动平均值的间隔宽度。应该是一个不均匀的数(偶数被强制变成下一个更高的不均匀数)。长度与x相同的数字向量,包含计算出的滚动平均值,前几个和最后几个值为NA(取决于宽度的设置)。

2024-04-02 14:04:30 124

原创 R语言【paleoDiv】——redraw.phylo():重新绘制系统发育树的线条。

Arguments参数【saved_plot】:可选的已保存的绘图(例如使用get("last_plot。phylo", envir = ape::. plotphyloenv)))代替当前活动的plot。参数【col】:用于重新绘制树边缘的颜色。参数【lwd】:用于重画树边的线宽度。参数【lty】:用于重画树边的线类型。参数【lend】:用于重画树边的线端点样式。参数【arrow.l】:用于绘图的箭头末端的长度。默认为0,即不可见箭头。参数【arrow.angle】:用于绘图的箭头两端的角度。默认为4

2024-04-02 14:02:03 308

原创 R语言【paleoDiv】——phylo.spindles():用纺锤图绘制系统发育树,优化显示分类多样性。

Arguments参数【phylo0】:一个时间校准的系统发育树来绘制主轴图,或者一个分类名称的特征向量来绘制主轴图。参数【occ】:包含用于绘制多样性的分类范围表的list()对象,或包含数值绘制统计信息的matrix()或data.frame()对象。如果提供了后者,则会重写divdistr_()的默认用法,该函数将查找名为“x”的列和与系统发育提示匹配的列。标记来绘制纺锤体。参数【stat】:绘制要传递给viol()的统计数据。默认使用divdistr_()。参数【prefix】:occ中分类范围

2024-04-02 13:56:48 848

原创 R语言【paleoDiv】——pdb.union():形成两个事件数据帧的并集或从事件数据帧中删除重复项。

形成两个事件数据帧的并集或从事件数据帧中删除重复项。如果下载的数据集中没有包含分支的某些部分,并且需要单独添加,则此选项非常有用。Arguments参数【x】:要合并的连接事件数据帧。参数【id_col】:包含id的x的向量或列,用于确定哪些值包含用于匹配条目的出现数。一个data.frame(),包含x中表示的每个唯一事件的第一个条目。

2024-04-02 10:57:03 182

原创 R语言【paleoDiv】——pdb.diff():从另一个数据框架中减去一个数据框架,以解开重叠的分类或量化世系多样性。

Arguments参数【x】:要从中减去的分布数据。参数【subtract】:要从x中减去的发生数的发生数据帧或向量。参数【id_col】:包含id的x的向量或列,用于确定哪些值也可以在subtract或subtract$ ce_no中找到。一个data.frame(),包含两个发生数据集之间的差异,即所有在x中但不在subtract中的条目。

2024-04-02 10:14:35 195

原创 R语言【paleoDiv】——pdb.autodiv():pdb()、occ.cleanup()和mk.sptab()的包装器,用于自动从古生物学数据库下载和清理发生数据

pdb()、occ.cleanup()和mk.sptab()的包装器,用于自动从古生物学数据库下载和清理发生数据,并在一步中为多个分类单元构建物种级别的分类单元范围表。Arguments参数【taxa】:有效分类学名称的字符向量,或者“phylo”类的对象,其要使用的tip.table。参数【cleanup】:逻辑指示是否在下载后对发生数据应用occ.cleanup()(默认为TRUE)。参数【interval】:下载数据的地层层段(默认为NULL,下载所有层段的数据)。一个list()对象,包含

2024-04-02 09:51:08 185

clean-coordiantes-debug

clean-coordiantes-debug

2024-02-11

泛喜马拉雅地区边界坐标点

泛喜马拉雅地区边界坐标点

2023-12-06

GBIF支持的双字母国家代码

GBIF支持的双字母国家代码

2023-12-05

一图诠释R语言合并dataframe的各种姿势

一图诠释R语言合并dataframe的各种姿势

2023-11-07

U.Taxonstand的数据库资料

U.Taxonstand已经整理好的各大数据库的科学名数据。在该包的github也能下载,但数据量太大,常常会失败。

2023-05-23

R package “vegan”-入门学习与重复文献数据的数据准备

文献结果复现,此excel文件是Rocıo Deanna等人2023在New Phytologist期刊上发表的《Fossil berries reveal global radiation of the nightshade family by the early Cenozoic》的附件。 我将用于NMDS分析的数据单独另存在此,方便使用。

2023-04-17

IFPNI-Finder的logo文件

需与IFPNI-Finder-GUI放在同一文件夹中使用

2023-02-21

古植物学-化石记录查找-数据库IFPNI

古植物学在我国起步较晚,经过几十年的发展,虽然现在已经进入国际先头部队,但整体力量较为薄弱。作为一名古植物科研人员,希望可以通过网络的力量让更多人了解这个冷门专业后面的故事,让大家了解到研究植物化石的方法,为我国的古植物学进行科普宣传。 步入大数据时代,古生物(包括古植物)大型数据库相继建立,业内的三大国际性数据库有:1.北美的PBDB,2.欧洲的IFPNI,3.中国的GBDB。PBDB和GBDB注重地层和分析,而IFPNI注重化石记录。 对于科研工作来说,最大的苦恼就是找不到化石记录。所以趁此机会,我将组件一个搜索植物化石记录的图形化界面,先以IFPNI为主,后续添加更多的国家级数据库等。希望大家多多支持,并指出不足之处,帮助古植物学向前发展!!

2023-02-21

PDF_MERGER.zip

本压缩包是方便本人使用,以期与志同道合之友交流学习,无心谋私利,无心惹是非。如有不合适之处,则望海涵,请与本人联系,必十万火急处理。

2020-07-13

空空如也

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