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Anaconda 安装（1） 下载 linux 版本 Anaconda ，如 Anaconda3 2019.07 Linux x86_64.sh（2） L inux 终端输入 sh Anacond 安装包路径（如 sh Anaconda3 2019.07 Linuxx86_64.sh（3） 安装时选择添加环境变量Pycharm 安装（1） 下载 linux 版本 Pycharm 安装包，如 pycharm-community-2021.2.3.tar.gz（2） 解压安装包 tar zxvf
2021-11-04 18:15:17
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原创 Ubuntu设置 SSH 通过密钥登录
Step1：在本地机器制作密钥对参见：配置 SSH 密钥教程系统会产生两个文件，id_rsa 是密钥，id_rsa.pub 是公钥。Step2:在服务器上安装公钥cd .sshcat id_rsa.pub >> authorized_keys通过以上命令便完成了公钥的安装。为了确保连接成功，请保证以下文件权限正确：chmod 600 authorized_keyschmod 700 ~/.sshStep3: 设置 SSH，打开密钥登录功能编辑 vim /etc/ssh/
2020-07-26 12:21:36
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原创 Two different Python packages for distance transform: scipy and mahotas
scipy和mahotas都实现了distance transform,但从图示来看，计算结果还是稍微有所差别的，个人比较倾向于使用scipy。Codeimport SimpleITK as sitkimport numpy as npimport mahotasfrom scipy.ndimage import distance_transform_edtimport matplot...
2020-04-29 15:17:55
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原创 Puddings收获
缘起：语义分割+形状先验，三个样本。我先想到的是level set，因为“形状先验”这个字眼；而后试了一下distance transform+watershed，因为我真的很喜欢dismap。But, 这两个方案都是非监督，无法handle语义分割，因为无法判别分割出来的某个部分是前景还是背景。而后溜达了一眼我的博客，因为那里有史上最全传统图像分割。我只有三个样本，还是自己造的，deep l...
2020-04-23 21:06:38
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原创 好用的图像分割标注工具：Labelme
缘起：最近在找合适的读博院校，正在参与一个和人眼语义分割有关的小测验，需要从网上自己找数据，做标签，所以借此机会和大家推荐一下这款救我于火急之中的小工具Labelme。这里有详细的安装步骤：https://github.com/wkentaro/labelme这里是使用指南：https://github.com/wkentaro/labelmeMy ExperiencesInstall因...
2020-04-23 20:06:10
5050
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原创 Ubuntu 18.04 修改静态ip
查看IP：ifconfig查看网关netstat -rn 或 route -n修改静态ip18.04上新采用的netplan命令。网卡信息配置在/etc/netplan/01-network-manager-all.yaml文件，需做如下配置：network: version: 2 #renderer: NetworkManager ethernets: enp...
2020-01-22 11:00:58
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原创 Pytorch scatter_()
scatter_(input, dim, index, src)将src中数据根据index中的索引按照dim的方向填进input中。import torchimport numpy as npdef one_hot(labels): _labels = torch.zeros([2,2,4]) _labels.scatter_(dim=0, index=labels.lo...
2019-12-24 10:41:29
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原创 scipy.ndimage.measurements.find_objects()
scipy.ndimage.measurements.find_objects()从标签数据，确切地说是从打上标签的连通成分中，输出各个连通成分的最小边界框。import numpy as npfrom scipy.ndimage.measurements import label,find_objectsseg_array = np.array([[[1, 1, 1, 1, 0, 0],...
2019-12-21 20:43:13
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原创 Python shuffle() 函数
描述shuffle() 方法将序列的所有元素随机排序。语法import randomrandom.shuffle (lst )注意：需要导入 random 模块，然后通过 random 静态对象调用该方法。shuffling 每次都能获得相同的结果使用随机模块的random.seed（）方法，每次洗牌都可能产生相同的结果。import randomlist = [1,2,3,4...
2019-12-07 15:32:00
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原创 ubuntu下查看CPU/GPU/内存/硬盘使用率
CPU内存监控top系统内存使用情况free -mGPU内存使用情况nvidia-smi系统硬盘使用情况df -hl
2019-12-06 08:31:09
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原创 pytorch冻结部分参数训练另一部分
冻结参数仅需两行代码 for param in net.parameters(): param.requires_grad = False另外一个小技巧就是在nn.Module里冻结参数，这样前面的参数就是False，而后面的不变。class Net(nn.Module): def __init__(self): super(Net, self)._...
2019-12-04 22:27:46
1627
原创 四连通与八连通
本人经常把四连通与八连通的作用搞混，所以在此用demo做个笔记。from scipy.ndimage.measurements import labelfrom scipy.ndimage.morphology import generate_binary_structureimport numpy as npa = np.array([[0,0,1,1,0,0], ...
2019-11-28 19:00:52
1022
原创 github - 用hexo搭博客总是出现这样的错误
fatal: the remote end hung up unexpectedly此错误总是反反复复，不期而遇试过以下代码：git config --global http.postBuffer 524288000无效。成功的策略：删除博客根目录下的.deploy_git 文件夹，然后重新推送。...
2019-11-27 11:34:48
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原创 matplotlib.pyplot复用figure
RuntimeWarning: More than 20 figures have been opened. Figures created through the pyplot interface (matplotlib.pyplot.figure) are retained until explicitly closed and may consume too much memory. (To...
2019-11-26 08:29:22
2510
原创 L1 loss VS L2 loss； L1 regularization VS L2 regularization
L1 和L2 既可以作为 loss function 也可以作为 reguarizationL1 loss VS L2 loss公式比较鲁棒性：L1 更鲁棒，因为L2 的误差会平方增长。当存在离群点（outliers)的时候，这些点会占loss的主要组成部分, 使用梯度下降法求解的时候梯度很大，可能导致梯度爆炸.。稳定性（数据集的一个小的移动）：L2 是比L1 具有更好的性质。收敛...
2019-11-22 19:59:31
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原创 numpy数组拼接
numpy.concatenate((a1, a2, …), axis=0, out=None)Join a sequence of arrays along an existing axis.在已有的维度上进行拼接,能够一次完成多个数组的拼接.numpy.stack(arrays, axis=0, out=None)Join a sequence of arrays along a ne...
2019-11-20 21:16:16
200
原创 两个相反的通道无法求Distrance transform
场景：图像分割，一般会用将groud truth编码为背景通道和前景通道现对groud truth计算Distrance transformfrom scipy.ndimage import distance_transform_edtimport torchtemp1 = torch.from_numpy(seg_array == 2).view(1,DHW[0],DHW[1],DHW[...
2019-11-20 20:20:53
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原创 解决GPU显存未释放问题
问题：误用Ctrl+z退出程序，结果程序退出了，显存未释放，nvidia-smi仍然可以看到进程。运行程序报错：pytorch RuntimeError: CUDA error: all CUDA-capable devices are busy or unavailablesudo kill id无法释放显存：解决办法：sudo -9 kill id解决GPU显存未释放问题...
2019-11-19 18:13:55
5482
原创 SimpleITK最多只能保存三维数据！！！
欲保存[2,48,256,256]大小的矩阵结果默认保存了前3维数据：解决方案：保存为numpy矩阵。np.save("filename.npy",a)b = np.load("filename.npy")
2019-11-18 22:39:21
482
原创 Ubuntu 18.04 NVIDIA驱动安装
NVIDIA-SMI has failed because it couldn’t communicate with the NVIDIA driver. Make sure that the latest NVIDIA driver is installed and running.Step1:检测你的NVIDIA显卡型号和推荐的驱动程序的模型。$ ubuntu-drivers device...
2019-11-15 15:18:09
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原创 TypeError: Object of type 'int64' is not JSON serializable
错误分析：1. python3中没有int64这个数据类型，所有的整型都是int解决方案：转换成python3内置数据类型即可，eg.float(size_z)Note：错误的转换方式size_z.astype(np.float32)原因：json不支持numpy数据类型...
2019-11-12 11:15:10
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原创 python列表之list.append(obj)，list.extend(seq)
list.append(obj) 在列表末尾添加新的对象list.extend(seq) 用新列表扩展原来的列表list = []list.extend('extend0')# not intendedlist.extend(['extend1'])list.append('extend2')print(list)Output:[‘e’, ‘x’, ‘t’, ‘e’, ‘n’, ...
2019-11-12 09:54:44
456
原创 Pytroch网络参数的快速增删改查（实例讲解）
Relu>Prelu网络模型代码class TumorNet(nn.Module): def __init__(self): super(TumorNet, self).__init__() self. nff = [1, 8]#NumFeature # forward1 self.forward1 = nn.Sequential( nn.Conv3d(self....
2019-11-11 21:10:05
262
原创 Python计算并绘制灰度直方图
灰度直方图灰度直方图是关于灰度级分布的函数，将数字图像中的所有像素，按照灰度值的大小，统计其出现的频率。其中，横坐标是灰度级，纵坐标是该灰度级出现的频率。如果将图像总像素亮度（灰度级别）看成是一个随机变量，则其分布情况就反映了图像的统计特性，这可用probability density function （PDF）来刻画和描述，表现为灰度直方图。OpenCV计算并绘制直方图import c...
2019-11-09 21:49:27
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原创 Python glob 递归遍历匹配文件；os.makedirs()递归创建目录
简约版在python中，glob模块用来查找匹配文件常用的匹配规则：: 匹配所所有? : 匹配一个字符如果没有匹配的，glob.glob(path)将返回一个空的list:[]from glob import globfile_path = "/home/lihuiyu/Code/results_S2_W20040/*/*.pth"print(glob(file_...
2019-11-08 22:45:25
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原创 visdom [Errno 110] Connection timed out while downloading https://cdn.plot.ly/plotly-latest.min.js
ERROR:root:Error [Errno 110] Connection timed out while downloading https://cdn.plot.ly/plotly-latest.min.jsERROR:tornado.general:Could not open static file ‘/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/vi...
2019-11-07 22:19:42
2478
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原创 Code Pieces OnGoing
进度条from tqdm import tqdmpbar = tqdm(total=total_iter) # Initialisepbar.update(1)pbar.set_description("%s" % outer_name+'-'+inter_name)pbar.close()时间显示import timestart_time = time.time()p...
2019-11-06 23:07:59
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原创 CT图像之Hu值变换与窗宽窗位调整
医学影像“调窗”（window-leveling）的算法B. Window-leveling 算法: W/L 是专门为 CT 设计的。原理很简单：CT 图像里不同组织的密度 (用 Hounsfield 单位) 是在固定的值域， 与具体设备和成像软件没有关系。因此，要看头颅时， 我们只需将头颅的值域转换到 0-255 就行了。CT W/L 不讲头颅值域的 min 和 max, 而说 max - ...
2019-11-05 23:14:02
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原创 Ubuntu下安装Opencv(cv2)
报错：E: Unable to fetch some archives, maybe run apt-get update or try with --fix-missing?安装方法一（不推荐）sudo apt-get install python-opencv解决方案sudo pip3 install opencv-pythonUbuntu下apt-get与pip安装命令的区别...
2019-11-03 15:39:42
6453
2
原创 有趣的tqdm进度条库让python进度可视化
tqdm官网地址：https://pypi.org/project/tqdm/Github地址：https://github.com/tqdm/tqdmimport timefrom tqdm import tqdmfrom tqdm._tqdm import trangefor i in trange(1000):# trange(i) 是对tqdm(range(i)) 特殊优化过的...
2019-11-03 11:39:59
372
原创 Ubuntu查看硬盘信息
lsscsi包默认是不安装的，可以使用以下命令安装lsscsi。sudo apt-get install lsscsilsscsi命令（lsscsi -t -L）能很方便的看出哪些是固态硬盘（SSD），哪些是SATA盘，哪些是FC盘。sudo lsscsi[0:2:0:0] disk AVAGO MR9361-8i 4.68 /dev/sda[0:2:...
2019-10-31 11:09:37
9126
原创 python数据类型转换——矩阵float转int
1、查看数据类型array.dtype2、转换数据类型array = array.astype(np.uint8)参考：NumPy 数据类型
2019-10-26 21:11:13
25420
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原创 python复制文件到指定目录
主要函数：shutil.copyfile(srcFilePath,dstFilePath)import osimport shutiloldseg_path = "/media/lihuiyu/sda4/LITS/Training_dataset/"newseg_path = "/media/lihuiyu/sda3/LiTS/Valid_seg/"for i in range(9):...
2019-10-26 17:55:16
3048
原创 ubuntu查看所有正在运行的进程
查看所有运行中的进程ps aux | less查看非root运行的进程ps -U root -u root -N通过PID查看用户ll /proc/PID参考：ubuntu查看所有正在运行的进程
2019-10-25 12:10:28
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原创 CT图像预处理之重采样
CT图像的预处理操作一般包括以下几步：step1: spacing interpolationstep2: window transformstep3: get mask effective rangestep4: generate subimage配套代码各步骤意义：step1: spacing interpolation。用插值(interpolation)一词可能不太准确，...
2019-10-13 14:09:34
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原创 我多想时光都可以典当，你回来带我赎回过往
Good morning, everyone! My name is lihuiyu, I’m very glad to be here for this conference. My topic today is DSFPSO: An Improved Particle Swarm Optimization with Dynamic Scale-free Network for Detect...
2019-10-09 03:04:11
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原创 word 两端对齐 过长的单词中加分隔符
本文旨在解决word两端对齐排版中，某些行字符间距过大的问题，如下图所示。方案一：布局>断字>自动（推荐）方案二：开始>段落>允许西文在单词中间换行但此方法不会在断词中间自动添加连接符，不推荐。...
2019-10-06 09:37:46
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原创 nibabel和SimpleITK对NIFTI文件的读取和保存
ITKsnap的读取原始图片：KiTS dataLiTS dataimport nibabel as nib#nib.save(img, os.path.join('output', 'test.nii.gz')import SimpleITK as sitkimport oskits_ct = "../case_00000/imaging.nii.gz"kits_seg = "...
2019-09-26 23:17:28
2929
原创 python按行读取文件，如何去掉换行符"\n"
for line in file.readlines(): line=line.strip('\n')
2019-09-12 10:35:29
3478
原创 RuntimeError: one of the variables needed for gradient computation has been modified by...
RuntimeError: one of the variables needed for gradient computation has been modified by an inplace operation在计算loss的过程中，浅复制搞的鬼出错代码：temp = target正确代码：temp = target.clone()当然，此错误还有其他原因...
2019-09-05 21:27:03
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