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原创 在ubuntu下opensldie的安装，更新以及卸载问题
首发在WangW Blog引出问题在处理whole slide images时，出现Slide/Mask dimension does not match , X_slide / X_mask : 98304 / 1536, Y_slide / Y_mask : 103936 / 2048的问题。问题原因openslide版本问题，在openslide==3.4.1中更新了这个问题，所...
2018-12-13 10:55:14
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原创 全视野数字切片（whole slide images, WSIs）的预处理
公司私有kfb格式转tif格式由于我拿到的数据是kfb格式的，图片软件打不开，在网上下载了扫描这个kfb格式文件的扫描仪的厂家出的读图软件K-Viewer能够打开，但是想要放进程序里处理可就不行了，毕竟kfb这个格式不好办呀。 直接管厂家要kfb转tif的软件进行转格式，但是转格式有一个选项是layer，可供选择2-9层，我没搞懂有什么区别？？我搞懂在贴上来。。（因为是多分辨率的，我想要最高...
2018-04-01 22:04:25
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原创 autoLiterature: 基于Dropbox和Python的自动文献管理器
autoLiterature: https://github.com/WilmerWang/autoLiterature灵感来自于Li MU的阅读方法https://www.bilibili.com/video/BV1nA41157y4分享在一个markdown文件中写入DOI号 或者 arXiv 号。autoLiterature 会自动生成文献meta数据，下载pdf，并将这些数据上传到相应的Dropbox中。使得文献笔记，pdf，等都可以实现云端保存，解决了多个电脑同步不便的难点。..
2021-09-30 18:16:21
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原创 ‘Sequential modeling of deep features for breast cancer histopathological image classification’ note
文献链接：Sequential Modeling of Deep Features for Breast Cancer HistopathologicalImage Classification摘要：计算机化的组织病理学图像自动分类方法有助于减少病理学家的人工观察工作量。近年来，深度网络也引起了人们对组织病理学图像分析的关注。然而，**现有的方法在探索多层特征以改进分类方面却现有关注。**本...
2019-03-01 21:47:18
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原创 PyTorch系列 - PyTorch数据读取 (二)
文章首发于：WangW Blog，转载请注明出处。Pytorch系列：PyTorch系列 - PyTorch使用总览 (一)PyTorch系列 - PyTorch数据读取 (二)PyTorch系列 - PyTorch网络构建 (三)PyTorch系列 - PyTorch网络配置 (四)PyTorch系列 - PyTorch其它配置 (五)参考：PyTorch document...
2019-02-01 11:18:13
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原创 PyTorch系列 - PyTorch使用总览 (一)
文章首发于：WangW Blog，转载请注明出处。PyTorch系列：PyTorch系列 - PyTorch使用总览 (一)PyTorch系列 - PyTorch数据读取 (二)PyTorch系列 - PyTorch网络构建 (三)PyTorch系列 - PyTorch网络配置 (四)PyTorch系列 - PyTorch其它配置 (五)参考：PyTorch document...
2019-02-01 11:17:04
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原创 机器学习类型以及计算机视觉任务总结
按学习方式分类监督学习（Supervised Learning）常用于分类问题和回归问题无监督学习（Unsupervised Learning）常用于关联、聚类、密度估计（density estimatiion）以及异常检测半监督学习（Semi-Supervised Learning）一般是监督学习算法的延伸，也常用于分类问题和回归问题。主要有五类：基于概率的算法在...
2018-12-17 20:09:40
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原创 当使用pycharm能成功运行， 在终端却无法运行，显示no model named *
问题有的小伙伴经常会遇到这种情况：使用pycharm或别的IDE开发了脚本，在pycharm运行的时候溜溜的，内心美滋滋，但是等到一移植或没有移植，仅仅只是在终端运行python .py ，你就会惊奇的发现，我擦，怎么报错no model named , 我明明有写这个函数呀？？原因其实，原因挺简单的，就是因为工作路径的问题。当你在pycharm运行程序的时候，pycharm默认将...
2018-06-12 11:09:51
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原创 文献阅读：The History Began from AlexNet: A Comprehensive Survey on Deep Learning Approaches
文献阅读笔记介随口说说快速介绍深度学习类型监督学习半监督学习无监督学习强化学习（基本上将半监督学习和强化学习归为一起）有关深度学习类型的说明博客：监督学习、半监督学习、无监督学习以及强化学习类型比较 深度学习中的特征学习深度学习应用场景深度学习较好的性能为什么深度学习深度学习要面临的挑战深度神经网络DNN发展历史梯...
2018-05-15 22:25:51
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原创 《深度卷积神经网络在计算机视觉中的应用研究综述》阅读笔记
文章地址深度卷积神经网络在计算机视觉中的应用研究综述：http://www.wanfangdata.com.cn/details/detail.do?_type=perio&id=sjcjycl201601001摘要本文首先简要介绍深度学习和卷积神经网络的兴起与发展， 概述卷积神经网络的基本模型结构、卷积特征提取和池化操作。然后综述了基于深度学习的卷积神经网络模型在图像分类...
2018-04-13 19:55:32
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原创 有关深度学习的网页地址
卷积神经网络CNN简单介绍：https://blog.csdn.net/v_july_v/article/details/51812459 一个CNN比赛实例（含代码）：https://blog.csdn.net/v_july_v/article/details/71598551深度学习书籍（圣经）：http://www.deeplearningbook.org/ 深度...
2018-04-10 10:08:19
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原创 利用openslide 、open CV 全扫描图片处理笔记（二）
在cv2中调节窗口大小openCv里显示图片大小，默认是自动调整，但是如果图片尺寸太大 那么不能完全显示#创建窗口，这句也可以不写，直接imshow是自动调整显示窗口大小，人工不能调；值为2时，可以鼠标调整cv2.namedWindow("窗口名", 1) cv2.imshow("窗口名",要显示的图片) # 在创建的窗口中显示图片cv2.namedWindow("待拼接图...
2018-04-07 22:28:14
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原创 利用openslide 、open CV 全扫描图片处理笔记（一）
下载请搜索官网或百度自行下载简单的使用这个是openslide的一些基本的函数。下载好进行简单的一些测试，如下：import openslideimport matplotlib.pyplot as pltimport numpy as npslide = openslide.OpenSlide('2018-03-20 18_15_35.kfb.tiff') #...
2018-04-04 15:22:26
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转载 Windows下批处理命令分析+命令速查手册
自己要用的cmd命令行 实例2018年4月2日记： for %i in (prc/*.kfb) do KFbioConverter.exe "prc/%i" %i.tif 9命令速查手册网址：http://www.jb51.net/help/cmd.htm#FOR前言批处理文件（batch file）包含一系列 DOS命令，通常用于自动执行重复性任务。用户只需双击批处理...
2018-04-02 13:22:09
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原创 python中图片处理的学习
使用Image库一些PIL中Image库的常规使用方法from PIL import Imageim = Image.open('./cat.png')#显示图片im.show()#过滤图像im_sharp = im.filter( ImageFilter.SHARPEN )#保存过滤过的图像到文件中im_sharp.save( 'image_sharpened.jpg'...
2018-04-01 22:38:45
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原创 有用的文档以及博客链接
Scipy lecture notes 中文版：https://wizardforcel.gitbooks.io/scipy-lecture-notes/content/1.html获取scipy以及numpy帮助文档的方法： https://wizardforcel.gitbooks.io/scipy-lecture-notes/content/5.html...
2018-04-01 11:27:04
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原创 TensorFlow学习笔记(九) 一个例子：验证码的识别练习(从头训练{类似于上一篇的未完}—相比于迁移学习)
生成验证码数据集仅使用了数字0-9#coding:utf-8from captcha.image import ImageCaptcha # pip install captchaimport numpy as npfrom PIL import Imageimport random,sys# 验证码中的字符, 就不用汉字了number = ['0','1','2','3','4'...
2018-04-01 10:06:18
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原创 TensorFlow学习笔记(八) 如何训练自己的图片模型-基于inception模型（未完成）使用迁移学习和从头学习
一共有三种方法来训练自己的图片模型：拿到数据集和准备好的代码，从头训练。（需要数据集集大，训练时间长）冰冻-迁移学习（本文要练习的）和迁移学习类似，只是训练好的参数会当初始值参与训练，并且学习率调的很低迁移学习-基于inception模型的迁移学习第一步是下载tesorflow教程代码https://github.com/tensorflow/tensorflow第二步是下载要训练的数据集http...
2018-04-01 10:06:12
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原创 TensorFlow学习笔记(七) 使用训练好的inception_v3模型预测分类图片
下载需要练习的inception模型并看起流程import tensorflow as tfimport osimport tarfileimport requests#inception_v3模型下载inception_pretrain_model_url = 'http://download.tensorflow.org/models/image/imagenet/inceptio...
2018-04-01 10:06:07
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原创 TensorFlow学习笔记(六) tensorflow 中的保存训练的参数以及载入参数检测test集
如何保存训练好的参数以前面练习的一个小例子，来保存训练好的参数：请参考点击打开链接import tensorflow as tffrom tensorflow.examples.tutorials.mnist import input_datafrom tensorflow import float32#载入数据，会自动通过一个脚本下载好数据集mnist = input_data.rea...
2018-04-01 10:06:01
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原创 TensorFlow学习笔记(五) mnist detection example （使用CNN训练）
出现了bug，不知道怎么调试运行结果一直是空的。import tensorflow as tffrom tensorflow.examples.tutorials.mnist import input_datafrom tensorflow import float32#载入数据mnist = input_data.read_data_sets("MNIST_data", one_hot...
2018-04-01 10:05:54
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原创 TensorFlow学习笔记(四) 基于mnist detection example的tensorboard笔记
使用tensorflow框架中的tensorboard 可以帮助我们更方便实现可视化tensorflow 中 graphs的一个测试可行性import tensorflow as tffrom tensorflow.examples.tutorials.mnist import input_datafrom tensorflow import float32#载入数据，会自动通过一个脚本下...
2018-04-01 10:05:48
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原创 TensorFlow学习笔记(三) mnist detection example (practice)
数据集例子简单的例子的神经网络图如下：所以在下面的代码中，每个例子x_input 是一个784的一维向量,y_lables 是一个10的向量。import tensorflow as tffrom tensorflow.examples.tutorials.mnist import input_datafrom tensorflow import float32#载入数据，会自动通过一个脚...
2018-04-01 10:05:43
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原创 TensorFlow学习笔记(二) Tfrecords的基本技巧
显示如何将数据集转换为.tfrecords文件，然后用作计算图片的一部分介绍之前在本次练习中，使用到了skimage.oi 模块，要想用这个模块需要 scikit-image ，在安装scikit-image之前要先暗转mlk以及numpy。 直接pip install安装mlk以及numpy，但是scikit-image模块可能会安装不上，这就需要到官网下载www.lfd.uci.edu/~g...
2018-04-01 10:05:37
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转载 TensorFlow学习笔记(一) 安装与介绍
cuda与tensorflow安装按以往经验，tensorflow安装一条pip命令就可以解决，前提是有fq工具，没有的话去找找墙内别人分享的地址。而坑多在安装支持gpu，需预先安装英伟达的cuda，这里坑比较多，推荐使用ubuntu deb的安装方式来安装cuda，run.sh的方式总感觉有很多问题，cuda的安装具体可以参考。 注意链接里面的tensorflow版本是以前的，tensorflo...
2018-04-01 10:05:30
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原创 爬虫笔记 : Python提取网站数据总概括
解析网址例子使用urllib.parse模块来解析网址from urllib.parse import urlparseuc = urlparse('http://blog.sina.com.cn/s/blog_4e345ca90102wm9v.html?tj=fina')print(uc)print(uc.netloc)# result# ParseResult(scheme='htt...
2018-04-01 10:03:26
897
原创 工作经常用的小爬虫（应用于pubmed）一直更新.......
爬去某种关键字的文章总数import requestsfrom openpyxl import Workbookfrom openpyxl import load_workbookimport reimport osdef geturl(url): try: r = requests.get(url) r.raise_for_status() ...
2018-04-01 10:03:02
5458
原创 python爬虫笔记（六）:实战（二）淘宝商品比价定向爬虫
目标以及实现步骤import requestsimport re def getHTMLText(url): try: r = requests.get(url, timeout=30) r.raise_for_status() r.encoding = r.apparent_encoding return r.text...
2018-04-01 10:02:47
2828
原创 python爬虫笔记（五）:实战（一）re库
re库介绍正则表达式（由字符和操作符）的语法：https://juejin.im/post/5a98ad766fb9a028c5229ee8re库的基本使用：主要用来字符匹配。import rematch = re.match(r'[1-9]\d{5}', '471003')if match: print(match.group(0))re库的match对象import rem =...
2018-04-01 10:02:41
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原创 python爬虫笔记（四）:提取（三）一个实例
初步脚本：#CrawUnivRankingA.pyimport requestsfrom bs4 import BeautifulSoupimport bs4 def getHTMLText(url): try: r = requests.get(url, timeout=30) r.raise_for_status() r.enc...
2018-04-01 10:02:34
1100
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原创 python爬虫笔记（三）: 提取（二）
信息组织和提取方法、信息标记的三种形式HTML的信息标记有三种信息标记方式：XML、JSON、YAMLxml2. json3. yaml三种信息标记形式的比较三种实例排列比较信息提取的一般方法从标记的信息中提取要关注的内容实例：提取html中的所有url链接import requestsfrom bs4 import BeautifulSoup as bsr = requests.get("...
2018-04-01 10:02:25
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原创 python爬虫笔记（二）:提取（一）
本次笔记主要记录BeautifulSoup的一些基本概念和用法beautifulsoup入门BeautifulSoup库的基本元素网页语法解析例如：import requestsfrom bs4 import BeautifulSoup as bsr = requests.get("https://python123.io/ws/demo.html")soup = bs(r.text, '...
2018-04-01 10:02:17
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原创 python爬虫笔记（一）:页面的获取（一）
写在前面有关python爬虫笔记我会一直更新下去，如果您碰巧有什么好的建议，欢迎对我提出，不胜感激。获取页面获取没有禁止爬虫的网页import requestsurl = "https://item.jd.com/4140539.html"try: r = requests.get(url) r.raise_for_status()#这个是检测网页响应，如果响应不对，会直接...
2018-04-01 10:02:04
683
原创 python的一个关于字典的小练习
#_*_ coding: utf-8 _*_import osclass_101 = dict() #记录学生座号和姓名chi_score = dict() #记录学生座号和语文成绩eng_score = dict() #记录学生座号和英文成绩mat_score = dict() #记录学生座号和数学成绩subjects = ["语文", "英语", "数学"]scores = [...
2018-04-01 10:01:51
783
原创 python爬虫笔记（七）:实战（三）股票数据定向爬虫
目标分析及描述#CrawBaiduStocksA.pyimport requestsfrom bs4 import BeautifulSoupimport tracebackimport re def getHTMLText(url): try: r = requests.get(url) r.raise_for_status() ...
2018-04-01 10:00:38
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