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原创 (转载)Levels of Bioinformatics Research（Xiaole Shirely Liu）_生物信息学研究的层次
转载至：（http://www.longwoodgenomics.org/2014/10/11/levels-of-bioinformatics-research/#comments ）版权归原作者所有，仅做学习使用。Level 0 (if you remember Kongfu Panda) is “modeling for modeling’s sake”. I remember years ago someone asked me, “there are plenty of opportunit
2020-10-06 17:20:32
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原创 7-22 龟兔赛跑
7-22 龟兔赛跑乌龟与兔子进行赛跑，跑场是一个矩型跑道，跑道边可以随地进行休息。乌龟每分钟可以前进3米，兔子每分钟前进9米；兔子嫌乌龟跑得慢，觉得肯定能跑赢乌龟，于是，每跑10分钟回头看一下乌龟，若发现自己超过乌龟，就在路边休息，每次休息30分钟，否则继续跑10分钟；而乌龟非常努力，一直跑，不休息。假定乌龟与兔子在同一起点同一时刻开始起跑，请问T分钟后乌龟和兔子谁跑得快？输入格式：输入在一行中给出比赛时间T（分钟）。输出格式：在一行中输出比赛的结果：乌龟赢输出@_@，兔子赢输出^_^，平局则输出
2022-01-13 20:54:40
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原创 The `conda` or `conda-like` package and environment manager usage and practical
The conda or conda-like package and environment manager usage and practical1. Version Differences : what are the differences between conda 、 anaconda 、 bioconda 、 miniconda ?conda : can download and install packages and all of its dependencies. Th
2021-12-28 21:20:48
737
原创 `conda` environments management
conda environments management ：cmds creating environmentsyou can create the environments firstly, and then install packages that all you needs. Or, you can create the environments and install packages simultaneously.#####################################
2021-12-28 21:19:30
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原创 conda channels
conda channelswhat is conda channels ?Conda channels are the locations where packages are stored. They serve as the base for hosting and managing packages. Conda packages are downloaded from remote channels, which are URLs to directories containing conda
2021-12-28 21:18:16
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原创 check sha256sum value consistent with the reference value
how to check sha256sum value consistent with the reference value of the files downloaded( or copied) from somewhere ?1. usage of the command sha256sumUsage: sha256sum [OPTION]... [FILE]...Print or check SHA256 (256-bit) checksums.With no FILE, or when
2021-12-25 23:02:46
457
原创 install docker on centos7 manually
1. download dock * .rpmdownload the package whose version is depended on OS version websitedocker-ce-18.03.0.ce-1.el7.centos.x86_642. install , start, and verifybefore install docker, dependencies should be installed: pigz-2.3.3-1.el7.centos.x86_64
2021-12-22 22:56:56
442
原创 Linux awk 命令语法与运算符
Linux awk 命令（Linux awk 命令语法与运算符）awk命令概述 ：awk可用于处理文本文件 (pattern scanning and processing language)$ awk --helpUsage: awk [POSIX or GNU style options] -f progfile [--] file ...Usage: awk [POSIX or GNU style options] [--] 'program' file ...POSIX options:
2021-11-11 23:13:16
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原创 怎样从`MacOSX` 上完全卸载`Nodejs` ?
如果是通过source或者binaries 方式安装 Nodejs , 需要手动删除 Node executables和其他resources, 另外就是使用 Homebrew的方法 、nvm 方法 。1. 手动方法：需要按如下步骤卸载node + npm ：从/usr/local/lib 目录下删除全部 node 和node_modules之后，从/usr/local/include目录删除全部node和node_modules从/usr/local/bin目录删除 node ,node-
2021-11-11 14:28:29
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原创 数组应用： 找出一组数据中比均值大的数据并输出
数组应用： 找出一组数据中比均值大的数据并输出问题描述：由键盘输入读取整型数据，数据数量不超过100个，当读取到数据-1时，停止读取数据，并计算这些数据的均值（不包含-1），将大于均值的数据输出。问题分析：给定了数据数量不超过100，若将每个输入数据分别赋值给变量（a1,a2,a3,a4,a5…）会比较繁琐，因此可用数组来存储读入的数据。因此需要累加和变量sum ， 以及计数变量cnt ， 最后由变量sum、cnt 来求均值。遍历数组元素，输出大于均值的数据。S1 ： 初始化变量 `sum`、 `
2021-11-02 10:29:37
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原创 数组应用（C）： 数据求均值
数组应用： 数据求均值问题描述：由键盘输入读取整型数据，数据数量不超过100个，当读取到数据-1时，停止读取数据，并计算这些数据的均值（不包含-1）问题分析：给定了数据数量不超过100，若将每个输入数据分别赋值给变量（a1,a2,a3,a4,a5…）会比较繁琐，因此可用数组来存储读入的数据。因此需要累加和变量sum ， 以及计数变量cnt ， 最后由变量sum、cnt 来求均值。S1 ： 初始化变量 `sum`、 `cnt` ,定义数组S2 : 读取数据`x`： 当数据`x`不等于`
2021-11-01 23:12:09
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原创 如何撤销命令make install的安装结果，或者如何卸载Linux 库library ?
问题描述 ： 使用指令make install 进行package安装，因参数设置错误或者依赖缺失安装终止等原因，需要撤销安装，或者希望卸载已经安装的库（library）解决方法 ：**方法 1 ： make uninstall **step 1 : 如果你已经删除或者改变了 build 目录，你需要重新下载source code, -->make–>make install (即重新下载并重新安装)step 2 : 运行make uninstall 命令 ：$ cd ../b
2021-10-24 22:05:41
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原创 Error : loading shared libraries: cannot open shared object file: No such file or directory
Error : loading shared libraries: cannot open shared object file: No such file or directory1. 问题描述 ：程序S运行需要库L1和库L2的支持。 库L1/L2完成安装后， 执行软件 S 时，库L2 shared object 无法加载， 提示文件或路径不存在**2. 解决方法： **当库为动态库（dynamic library）时, 运行程序S时需要为操作系统指明动态库的路径。2.1 确定库（library
2021-10-24 19:47:45
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原创 centos8 系统通过 snaps 安装markdown编辑器 typora
centos8 系统通过 snaps 安装markdown编辑器 typoraSnaps 是打包了程序所有依赖的应用,可应用于桌面系统、云端和物联网，具有安装简易、安全、跨平台以及无需手动解决程序依赖问题。 Snaps 可以从 Snap Store 获取下载和安装。Snap 是一项应用程序及其依赖的捆绑集成包bundle,可在linux 发行版中无需修改就可以直接运行。 Snapd 是一项后台服务，可以自动管理和维护Snap 。Snapcraft 是用于构建和发布 Snap 的命令和框架。1. en
2021-09-04 09:44:43
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原创 实例分析：Linux 系统 CentOS8 shell 中 set, env, export 区别与使用场景
实例分析：Linux 系统 CentOS8 shell 中 set, env, export 区别与使用场景区别：命令set,env,export 均在 bash 中执行。set : 改变 shell 属性和定位参数值； 显示本地变量、当前shell 的变量，包括当前用户变量export是bash的内建指令；显示和设置环境变量。VAR=whatever是变量定义的bash语法；env显示环境变量，显示当前用户变量；本身是一个程序，当env被调用/执行时，实际触发以下过程：- 命令env作为
2021-09-04 09:44:00
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原创 Linux系统CentOS8 检测USB、创建挂载点、挂载、存取USB数据、取消挂载
Linux系统CentOS8 检测USB、创建挂载点、挂载、存取USB数据、取消挂载当主机接入 usb 设备时， linux 系统会在 /dev 路径下增加一个新的 block设备。在和 usb 设备进行数据传输之前，需要将 usb 文件系统 进行挂载1. 检测：#查看磁盘信息,根据磁盘文件系统类型和大小查找 usb 驱动器[arthur@localhost ~]$ sudo fdisk -lDisk /dev/sdb: 119.2 GiB, 128035676160 bytes, 2500696
2021-09-04 09:42:55
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翻译 ATAC-seq技术原理简介
ATAC-seqATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) is a technique used in molecular biology to assess genome-wide chromatin accessibility.[1] In 2013, the technique was first described as an alternative advanced method for MNas
2021-04-10 15:04:02
6900
原创 三维基因组研究快讯（2021.03.24）
1.R-loop resolution promotes co-transcriptional chromatin silencingRNA-mediated chromatin silencing is central to genome regulation in many organisms.However, how nascent non-coding transcripts regulate chromatin is poorly understood. Here,through analy
2021-03-24 16:10:20
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翻译 R and R packages：library directories setting and packages installation (1)
R and R packages installation1. Installing R under Unix-alikes :R will configure and build under most common Unix and Unix-alike platforms.2. add-on packagesDefault packagesManaging librariesInstalling packagesUpdating packagesRemoving pa
2021-03-18 21:55:58
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原创 Linux_CentOS8_磁盘管理_磁盘大小调整_`No space left on device` （2）
Issue : CentOS8 in the VMware: No space left on device1. Issue Description :Initially, 20G Hard Disk(SCSI) was portioned to the CentOS8 in the virtual machine. For disk room occupied by the genome index file , genome reference ,rawdata and so on, and
2021-03-17 14:49:10
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原创 Linux_CentOS8_磁盘管理_磁盘大小调整（1）
磁盘管理：1. 磁盘或者笔记本设备与Linux系统的适配性 ：不同厂商硬件设备对Linux系统的支持与否,可以查看以下链接：RedHat 硬件支持 ：Red Hat certified hardware. hereRed Hat certified software. hereRed Hat certified cloud and service providers. hereCertified workstations. here不同品牌型号笔记本对Linux系
2021-03-16 23:44:34
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原创 三维基因组分析:HiC-Pro 软件安装与测试--error : mv: missing destination file operand after ‘bowtie2-2.3.5‘（3）
1. issue description:In the condition of bowtie2 not installed , execute the command make configure , the lack of libraries ,bowtie2 , was reported by HiC-Pro. And the installation was executed automatically, but errors appeared.$ # cd ../HICPRO/script
2021-03-15 22:49:10
1893
原创 三维基因组分析:HiC-Pro软件安装与测试：fatal error : iced：Python.h: No such file or directory（2）
1. bug description:when use python3.8 to install the package iced, get the error :python setup.py installfatal error : iced/normalization/_normalization_.c:4:10: fatal error: Python.h: No such file or directory #include "Python.h" ^~~~~~~~
2021-03-15 18:16:04
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原创 三维基因组分析:HiC-Pro 软件安装与测试--error : wemake-python-styleguide 0.14.1&&flake8-eradicate 0.4.0（1）
1. Issue Description：when installed python development tools , executed the command python3.8 -m pip install python-dev-tools , the error occurred :#ERROR : wemake-python-styleguide 0.14.1 has requirement flake8-eradicate<0.4,>=0.3, but you'll h
2021-03-15 17:03:44
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原创 1.2 Hyposesis test and Confidence Interval
1.Sample Mean Confidence Interval#calculate confidence interval library('Rmisc')x <- c(97,121,140,78,99,145,108,135,118,121,100)con_int1 <- CI(x,ci = 0.95)con_int1con_int2 <- CI(x,ci = 0.90)con_int22.one sample test of population mean#th
2021-01-04 00:20:09
216
原创 Statistics with R - Calculate the Mean， Median, and Standard Deviation
#define vector x x <- c(32.06,31.98,31.95,31.96,32.04,32.01,32.03,32.05,31.99,32.00)#calculate mean result.mean <- mean(x)print(result.mean)#calculate medianmedian.result <- median(x)print(median.result)#calculate standard deviationsd(x)
2021-01-02 23:14:45
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原创 2020年总结与2021年展望
20202020年01月-2020年07月：考研复试准备。期间间断性学习C编程、看研究所论文、上班工作。主要在应对考研复试。2020年08月-2020年12月：在北京实习5周，期间看目标导师科研方向论文，9月中旬入学。10月-12月，研究生课程学习。自主时间有限。2021开启新的一年。增加自主学习计划。...
2021-01-01 23:57:50
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转载 WHAT ARE THE DIFFERENCES BETWEEN ONE-TAILED AND TWO-TAILED TESTS?
（https://stats.idre.ucla.edu/other/mult-pkg/faq/general/faq-what-are-the-differences-between-one-tailed-and-two-tailed-tests/）FAQ: WHAT ARE THE DIFFERENCES BETWEEN ONE-TAILED AND TWO-TAILED TESTS?When you conduct a test of statistical significance, wheth
2020-10-21 19:27:09
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原创 (20201008)编程每日一题_C程序设计_利用数组批量处理数据（2）
6.数组处理批量数据6.4 将整型数组元素行列位置对调#include<stdio.h>int main() { int a[2][3]={{1,2,3},{4,5,6}}; int b[3][2],i,j; printf("array a:\n"); for(i=0;i<=1;i++) //遍历二维数组a 元素并赋值于b;遍历行 { for (j=0;j<=2;j++) //遍历数组a 列 { printf("%5d",a[i][
2020-10-08 12:59:25
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原创 (20201007)编程每日一题_C程序设计_利用数组批量处理数据（1）
6.数组处理批量数据6.1 为数组赋值0~9，并将数组元素逆序输出#include<stdio.h>int main(){ int i,a[10]; //定义整型变量i ，整型数组a for(i=0;i<=9;i++) //循环for为数组元素赋值 a[i]=i; for(i=9;i>=0;i--) //循环for 将数组元素逆序输出 printf("%d",a[i]); printf("\n"); return 0;}6.2 输出斐波那契
2020-10-07 22:22:57
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原创 Hexo_github_个性域名_个人博客搭建要点
title: Hexo_github_搭建个人博客date: 2020-10-07 10:44:11tags:hexogithubcategories:ToolsBlog个人博客搭建（github + nodejs + hexo + theme (3-Hexo)）：1.git 下载与安装git 简介：Git (/ɡɪt/)is a distributed version-control system（分布式版本控制系统） for tracking changes in sour.
2020-10-07 11:03:21
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原创 (20200920)编程每日一题_C程序设计_计算圆周率pi
1. 描述：2. solutions:#include<stdio.h> //可否根据指定值计算出具体为第N0项//(n!)/((2n+1)!) == L （定义 n 初始值为0，计算出临界值 n0 ）//根据计算得出的 n0 计算第 0 项至第 n0 项的值，直接输出圆周率值 piint main() { double x; double i = 2, d = 3;//i从第二项开始，d为第二项分母 double temp=1,n
2020-10-06 16:54:16
326
原创 (20201002)编程每日一题_C程序设计_求符合给定条件的整数集
1. Descriptions：2. Solutions ：#include<stdio.h>int main(){ int i, j, k, A,count; scanf("%d", &A); for (i=A; i<=A+3; i++){ //循环结构 for count = 0; // 每个 i 刚好对应 6 个不同的number for (j=A; j<=A+3; j++){ //循环结构 for
2020-10-02 18:04:33
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原创 (20200920)编程每日一题_C程序设计_计算整数段和
1. 描述：输出从整数A到整数B的所有整数以及这些数的和（来源：https://pintia.cn/problem-sets/14/problems/794）2. 输入格式：输入在一行中给出2个整数A和B，其中−100≤A≤B≤100，其间以空格分隔。3. 输出格式：首先顺序输出从A到B的所有整数，每5个数字占一行，每个数字占5个字符宽度，向右对齐。最后在一行中按Sum = X的格式输出全部数字的和X。4. solution:(循环for结构、条件判断if、逻辑运算符) //the su
2020-09-20 17:25:24
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原创 (20200920)编程每日一题_C程序设计_operator & and &&
1. Description : codes to infer the difference betwwen operator ‘&’ and operator ‘&&’ in C2. solutions :#include<stdio.h>int main(){ int a = 6; int b = 3; printf("a & b = %d\n", a & b); printf("a && b =%d\n", a &a
2020-09-20 15:32:08
194
原创 编程每日一题_C程序设计_判断是否为素数
描述：给定整型数据，判断其是否为素数。质数（又称素数），是指在大于1的自然数中，除了1和它本身外，不能被其他自然数整除（除0以外）的数称之为素数（质数）。比1大但不是素数的数称为合数，1和0既非素数也非合数。素数（质数）与合数 定义存疑：解法一：//判断是否为素数#include <stdio.h>int main(){ int x; scanf("%d", &x); int i; int isPrime = 1; //定义整型变量 isPrime,
2020-07-23 15:46:14
925
原创 编程每日一题_C程序设计_零钱兑换
描述：来源：MOOC C语言程序设计 浙江大学 翁老师，有改编给定人民币整元数值（如1元，5元，10元，100元），将该币值的钱全部兑换为零钱（一角、两角、五角）且每次兑换每种面值的零钱均出现。请给出兑换方案。输出一种兑换方案：//代码1#include <stdio.h>int main(){ int x; int one, two, five; int exit = 0; scanf("%d", &x); for ( one = 1; one <
2020-07-23 11:32:17
2522
原创 编程每日一题_C程序设计_年份闰年/平年判断
描述：输入年份，判断该年份是平年还是闰年。普通闰年：年份数值为4的倍数，且不是100的倍数。世纪闰年：公历年份是整百数，且是400的倍数。正确解法一：
2020-07-23 10:36:00
1013
原创 编程每日一题_C程序设计_i++ 与 ++i
描述：区分 i++ 与 ++i 之间差异代码示例1：#include<stdio.h>int main(){ int i=10; for(i=10;i>1;i/=2){ printf("%d ",++i); } return 0;}示例1运行结果：11 6 4 3代码示例2：#include<stdio.h>int main(){ int i=10; for(i=10;i>1;i/=2){ printf("%d ",
2020-07-21 22:59:10
469
原创 编程每日一题_C程序设计_整型数据阶乘计算
描述：计算整型数据阶乘。解法一：while循环#include<stdio.h>int main()// 循环结构 while 实现阶乘计算 { int n = 1 ; int i = 1 ; int product = 1 ; scanf("%d",&n); while(i<=n){ product = product*i; i ++; } printf("循环执行次数为%d\n",i-1); printf("循环结束时i的值为%d\
2020-07-21 21:08:29
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