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RSS订阅原创 Plant Communications|高质量的基因组组装和泛基因组研究促进了绿豆的基因发现及其改进
Plant Communications|高质量的基因组组装和泛基因组研究促进了绿豆的基因发现及其改进
2022-11-21 15:34:13
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原创 Scientific Reports|比较转录组分析揭示了杀菌剂氰烯菌酯对尖孢镰刀菌的抗性调控机制和杀菌活性
比较转录组分析揭示了杀菌剂氰烯菌酯对尖孢镰刀菌的抗性调控机制和杀菌活性
2022-11-21 15:23:19
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原创 文献解读|利用比较转录组和基因表达分析北极蓝藻耐盐机制
TITLE：Salinity tolerance mechanisms of an Arctic Pelagophyte using comparative transcriptomic and gene expression analysis译名：利用比较转录组和基因表达分析北极蓝藻耐盐机制期刊：COMMUNICATIONS BIOLOGY日期：2022年5月下载链接：https://doi.org/10.1038/s42003-022-03461-2...
2022-07-05 16:42:06
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原创 【无标题】
TITLE：Adaptive stress response genes associated with breast cancer subtypes and survival outcomes reveal race-related differences译名：与乳腺癌亚型和生存结局相关的适应性应激反应基因揭示了与种族相关的差异期刊：Breast Cancer Research Foundation日期：2022年6月下载链接：https://doi.org/10.1038/s41523-022-
2022-06-27 10:42:52
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原创 R语言|CMplot包绘制环形曼哈顿图
今天小编给大家分享的是R语言绘制环形曼哈顿图的方法，主要用到的是CMplot包，它是绘制SNP密度、曼哈顿图和QQ图的一个很实用的R包。大家感兴趣的话可以瞅瞅。绘图示例1、安装并加载R包；#下载安装"CMplot"包install.packages("CMplot")library(CMplot)#设置工作路径setwd("D:\\Rdemo\\CMplot")2、数据集准备；#pig60K是CMplot包自带的数据集data(pig60K)#查看数据head(pig60K)da
2022-05-24 14:55:00
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原创 文献解读|miRNA与多组学联合分析阐明花生花青素合成新机制
TITLE：Multi-Omics and miRNA Interaction Joint Analysis Highlight New Insights Into Anthocyanin Biosynthesis in Peanuts（Arachis hypogaea L.）译名：miRNA与多组学联合分析阐明花生花青素合成新机制期刊：Frontiers in Plant Science日期：2022年2月下载链接：https：//doi.org/10.3389/fpls.2022.818345
2022-05-18 09:46:59
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原创 文献解读|环境DNA揭示了海洋群落的季节变化和潜在的相互作用
TITLE：Environmental DNA reveals seasonal shifts andpotential interactions in a marine community译名：环境DNA揭示了海洋群落的季节变化和潜在的相互作用期刊：nature communications日期：2020年1月下载链接：https://www.nature.com/articles/s41467-019-14105-1一．简述环境 DNA (eDNA) 分析允许同时检查多个营养水平和生命领域
2022-05-17 18:11:01
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原创 文献解读|苍术属植物叶绿体基因组变异及系统发育关系
TITLE：Chloroplast genome variation and phylogenetic relationships of Atractylodes species译名：苍术属植物叶绿体基因组变异及系统发育关系期刊：BMC Genomics日期：2021年2月下载链接：https：//doi.org/10.1186/s12864-021-07394-8研究介绍苍术是应用广泛的中草药白术、苍术的基本原植物，为东亚特有属。属内种的形态差异很小，通用的DNA条码不能清楚地区分系统关系或
2022-05-16 14:43:02
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原创 文献解读|利用Biolog EcoPlates 和PICRUSt2分析后期虾池细菌群落功能多样性
TITLE:Analysis of bacterial community functional diversity in late-stage shrimp (Litopenaeus vannamei) ponds using Biolog EcoPlates and PICRUSt2译名：利用 Biolog EcoPlates 和 PICRUSt2 分析后期虾（凡纳滨对虾）池细菌群落功能多样性期刊：Aquaculture日期：2022年8月下载链接：https://doi.org/10.101
2022-05-13 16:48:21
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原创 文献解读|生物炭和细菌接种生物炭增强了污染土壤中镉和铜的固定化和酶活性
TITLE：Biochar and bacteria inoculated biochar enhanced Cd and Cuimmobilization and enzymatic activity in a polluted soil译名：生物炭和细菌接种生物炭增强了污染土壤中镉和铜的固定化和酶活性期刊：Environment International日期：2020年2月下载链接：https://doi.org/10.1016/j.envint.2020.105576一、文章简介近十
2022-05-11 15:25:35
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原创 R语言|ggtreeExtra包绘制进化树
R包-ggtreeExtra绘制进化树ggplot2提供的geom_tile图层可以画热图了，ggplot2的geom_point或者ggstar的geom_star可以绘制点图层。为了扩展ggtree在点和布局中的系统发育树的外环上呈现相关数据，开发的ggtreeExtra包提供了一个函数，geom_fruit用于将图形与树对齐，相关图表将在树的外部面板的不同位置对齐。还开发geom_fruit_list在树的同一个外部面板上添加多个层。一些函数基于ggplot2并支持使用图形语法。绘图示例1、下载
2022-05-10 17:57:27
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原创 文献解读|基于转录组-蛋白质组数据联合分析对煎蛋水母毒性评价、毒素筛选及其干预
TITLE：Toxicity evaluation，toxin screening and its intervention of the jellyfish Phacellophora camtschatica based on a combined transcriptome-proteome analysis译名：基于转录组-蛋白质组数据联合分析对煎蛋水母毒性评价、毒素筛选及其干预期刊：Ecotoxicology and Environmental Safety日期：2022年2月下载链接：
2022-05-09 09:27:43
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原创 R语言|forest plot
R|foestplot包绘制森林图forest plot小编今天给大家分享的是foestplot包绘制组间差异比对图（森林图forest plot）相关方法。森林图(forestplot)常用于Meta分析，可用于表达统计指标的效应量和置信区间。绘图示例#安装包#install.packages("forestplot")#加载包library(forestplot)#输入文件inputFile="input.txt"#输出文件outFile="forest.pdf"#设置路径set
2022-05-07 09:35:05
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原创 文献解读|比较不同骨料组分中土壤微生物结构和多样性对聚乙烯微塑料的长期响应
TITLE：Comparing the long-term responses of soil microbial structures and diversities to polyethylene microplastics in different aggregate fractions译名：比较不同骨料组分中土壤微生物结构和多样性对聚乙烯微塑料的长期响应期刊： Water Research日期：2021年1月下载链接：https://doi.org/10.1016/j.envint.202
2022-04-28 18:49:00
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原创 R语言|lollipop plot
ggpubr包绘制lollipop图小编今天给大家分享的是ggpubr包绘制lollipop图相关方法。棒棒糖图(lollipop chart)，其实就是一个垂线图，棒棒糖图传达了与柱形图或者条形图相同的信息，只是将矩形转变成线条，这样可减少展示空间，重点放在数据点上，从而看起来更加简洁、美观。相对柱形图与条形图，棒棒糖图更加适合数据量比较多的情况。画图示例#安装包#示例数据#链接：https://pan.baidu.com/s/1UkPToa79jv7DhaY8cHqRUg 提取码：r56h
2022-04-26 09:21:40
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原创 文献解读|气管抽吸物RNA测序可识别COVID-19 ARDS的不同免疫学特征
TITLE：Tracheal aspirate RNA sequencing identifies distinct immunological features of COVID-19 ARDS译名：气管抽吸物RNA测序可识别COVID-19 ARDS的不同免疫学特征期刊：NATURE COMMUNICATIONS日期：2021年12月下载链接：https://doi.org/10.1038/s41467-021-25040-5研究介绍：冠状病毒病2019（COVID-19）可导致急性呼吸窘
2022-04-25 16:07:45
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原创 文献解读|DPP-4i治疗诱导的肠道微生物群的改变可改善葡萄糖稳态
TITLE ：Alteration of gut microbiota induced by DPP-4i treatment improvesglucose homeostasis译名：DPP-4i治疗诱导的肠道微生物群的改变可改善葡萄糖稳态期刊：EBioMedicine日期：2019年3月26日下载链接：https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2019.03.057简述本文通过 16S-rDNA 测序以分析DPP-4i 和阿卡波糖对高脂饮食 (HFD) 小鼠肠道
2022-04-22 17:10:45
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原创 文献解读|WGBS和RNA-seq揭示与吸烟有关的免疫相关疾病的表观遗传机制
TITLE ：Genome-wide methylation and expression analyses reveal the epigenetic landscape of immune-related diseases for tobacco smoking译名：WGBS和RNA-seq揭示与吸烟有关的免疫相关疾病的表观遗传机制期刊：Clinical Epigenetics日期：2021年12月下载链接：https：//doi.org/10.1186/s13148-021-01208-0
2022-04-20 17:05:51
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原创 R语言|GO富集分析
GO富集分析 —— 差异圈图、聚类圈图一、数据链接链接: https://pan.baidu.com/s/1PPUW5YyJHjwxvkjmMi0Vtw?pwd=c9s8提取码: c9s8二、安装包介绍clusterProfiler包：功能也比较强大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。org.Hs.eg.db包：转换NCBI、ensemble等数据库中基因ID，symbol等之间的转换。enrichplot包：实现多种可视化方法来解释富集结果。GOplot：功能富集绘图。
2022-04-19 18:03:07
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原创 NCBI|线粒体基因组数据上传
线粒体基因组NCBI上传今天小编给大家分享的是NCBI叶绿体基因组的上传步骤示例，大家有兴趣可以瞅瞅准备工作登录NCBI官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/， 依次点击：“sign in to NCBI”“See more 3rd party sign in options”选择你登录的方式，小编使用的是“Microsoft live.com”2. 登录账户：输入邮箱账号，点击“下一步”，稍后输入密码。3.点击上传数据：点击“submit”点击
2022-04-18 12:32:09
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原创 文献解读|迁徙蝗虫生理和转录水平的衰老特征
TITLE ：Aging features of the migratory locust at physiological and transcriptional levels译名：迁徙蝗虫生理和转录水平的衰老特征期刊：BMC Genomics日期：2021年4月下载链接：https://doi.org/10.1186/s12864-021-07585-3研究介绍迁移蝗虫（Locusta migratoria）是一种分布广泛的蝗虫。基因组信息和遗传工具的进展使得系统评估飞蝗的老化特征成为可能
2022-04-15 16:05:10
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原创 文献解读|地表水和地下水中抗生素耐药性的连锁和驱动机制：它们对土地利用和季节变化的响应
文章信息TITLE：Linkage and driving mechanisms of antibiotic resistome in surface and ground water: Their responses to land use and seasonal variation译名：地表水和地下水中抗生素耐药性的连锁和驱动机制：它们对土地利用和季节变化的响应期刊：Water Research第一作者：张露博士生，计磊硕士生通讯作者：王智研究员，宁康教授通讯单位：中国科学院精密测量科学与
2022-04-14 15:13:41
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原创 Cytoscape安装及使用
最近小编在使用Cytoscape软件，觉得真不错，哈哈，以下是关于此软件简单的安装和使用方法，觉得有用的小伙伴可以看看。一、Cytoscape简介Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。Cytoscape 源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他的分子状态信息整合在一起，其最强大的功能还是用于大规模蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-DNA和遗传交互作用的分析。通过Cytoscape，可
2022-04-13 15:16:03
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原创 科研文献|通过宏基因组组装和装箱方法解读抗生素选择压力下抗生素耐药性基因的迁移率和细菌宿主
TITLE:Deciphering the mobility and bacterial hosts of antibiotic resistancegenes under antibiotic selection pressure by metagenomic assemblyand binning approaches译名：通过宏基因组组装和装箱方法解读抗生素选择压力下抗生素耐药性基因的迁移率和细菌宿主期刊：ScienceDirect发表日期：2020/11/01下载链接：https://www
2022-04-12 16:06:16
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原创 CPGAVAS2|叶绿体注释工具
嘀嘀嘀，今天小编给大家介绍的是叶绿体注释工具CPGAVAS2的使用方法，觉得有用的盆友可以收藏起来。使用方法01 从NCBI数据库中寻找最佳参考基因组1、进入NCBI官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/；2、进入页面后点击BLAST, 新页面出现后点击Nucleotide BLAST；3、在方框中输入序列的accession number或者提交序列文件后，点击左下角BLAST；4、出现这个页面之后请耐心等待，你提交的序列越长速度越慢；5、比对完成后出现
2022-04-11 17:07:36
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原创 科研文献|根相关真菌群落反映了亚热带森林中宿主的空间共生模式
TITLE:Root-associated fungal community reflects host spatial co-occurrence patterns in a subtropical forest译名：根相关真菌群落反映了亚热带森林中宿主的空间共生模式期刊：ISME Communications发表日期：2021/11/06下载链接：https://doi.org/10.1038/s43705-021-00072-61 研究介绍植物根部含有多种真菌并与之相互作用。通过改变这些
2022-01-13 09:11:38
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原创 IslandViewer4|基因组岛在线预测
IslandViewer 4基因组岛（genomic island）是微生物基因组中可水平转移的基因簇。根据功能基因不同，可将其分为抗性岛、代谢岛、共生岛、毒力岛等。基因组岛的预测主要分为两类:1.基于基因组的序列特征差异法根据不同种属细菌间基因组序列构成的差异预测基因组岛，主要有:SIGI-HMM和IslandPath-DIMOB等方法。基因组岛的G+C%含量、二核苷酸偏好性以及密码子偏好性与其所在的基因组存在显著性差异。随着时间的推移，基因组岛的序列构成会趋同于所在基因组的序列构成，从而导致部分
2022-01-12 10:02:55
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原创 Iso-Seq3|三代全长转录组分析
Iso-Seq 3大家都知道全长转录组（Full-length transcriptome）是基于PacBio和Nanopore三代测序平台，它的优势在于无需打断拼接，直接获得包含5’UTR、3’UTR、polyA尾的mRNA全长序列及完整结构信息，有利于解决二代转录本重构准确率低的问题，从而准确分析有参考基因组物种可变剪接及融合基因等结构信息，克服无参考基因组物种转录本拼接较短、信息不完整的难题。同时还可以借助二代测序数据，进行转录本特异性表达分析，获得更加全面的注释信息。而Iso-Seq3是最新的
2022-01-07 08:48:46
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原创 在线分析|在线做随机森林分析
今天小编给大家介绍的是TUTU（https://www.cloudtutu.com/）网站上新添的randomforest2分析，即随机森林模型分析。目前平台上有两个随机森林的分析，如下图，小伙伴们可根据自己的需求选择对应的工具。随机森林（Random forest）随机森林（Random forest）是利用多棵决策树对样本进行训练并预测的一种分类器。独木不成林，随机森林可以弥补单个决策树泛化能力弱的问题。在机器学习中，随机森林作为一个包含多个决策树的分类器， 其输出的类别是由个别树输出的类别的众
2022-01-06 09:01:13
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原创 在线作图|在线做完整的Lefse分析
前言今天小编给大家介绍的是TUTU（https://www.cloudtutu.com/）网站上新添的Lefse分析，即LDA Effect Size分析。咱之前有上过这个分析（lefse），但是只能画出LDA值柱状图，今天新添的工具lefse2基本可以实现完整的分析内容，包括LDA值柱状图、物种分类分支图、组间丰度柱状图等等。Lefse分析文献应用举例：Fig. 7 The main taxa of bacteria that were different in HMG vs. SMG vs. F
2021-12-29 09:30:38
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原创 TransDecoder
TransDecoderTransDecoder识别转录本序列中的候选编码区，例如使用 Trinity 从头 RNA-Seq 转录本组装生成的编码区，或使用 Tophat 和 Cufflinks 基于与基因组的 RNA-Seq 比对构建的编码区。TransDecoder 基于以下标准识别可能的编码序列：1.在转录本序列中需要能够找到一个（满足）最小（限定）长度的ORF;2.对数似然数得分大于0。（与GeneID软件计算得到的得分相类似）;3.第一阅读框的对数似然数打分同其它5个阅读框比较为最大值时
2021-12-27 11:05:54
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原创 科研文献|季节变化是流域尺度上土壤抗性变化的主要驱动因素
TITLE：Seasonal change is a major driver of soil resistomes at a watershed scale译名：季节变化是流域尺度上土壤抗性变化的主要驱动因素期刊：ISME Comuunications日期：2021/05/12下载链接：https://doi.org/10.1038/s43705-021-00018-y1 研究介绍空间和时间变异在塑造土壤抗性组分布方面的重要究尚未深入研究。抗生素耐药性是细菌用来抵御其他生物体释放的抗生素的负
2021-12-24 09:33:40
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原创 Canu|三代组装软件
CanuCanu是基于OLC算法，具有长reads的自纠错和组装功能，是应用最为广泛的三代组装软件（速度相对较慢）。Canu相关使用方法来啦!!!一、Canu的安装方法一：conda安装conda install -c bioconda canu方法二：GitHub上去下载逐步安装https://github.com/marbl/canu/releases二、运行流程Canu分三个阶段进行组装运作：· 修正 (Corret)· 修剪 (Trim)· 组装 (Assemble)修正
2021-12-23 08:54:23
2162
原创 SeqFu
SeqFuSeqFu用于处理和解析来自FASTA / FASTQ文件的信息，支持压缩的输入文件。包括用于交错和解交错FASTQ文件，重命名序列以及计算和打印序列长度统计信息的功能。SegFu相关使用方法来啦!!!一、软件安装：conda install -c conda-forge -c bioconda seqfu二、软件使用：1.seqfu interleave两个双端文件生成一个交错的fastq文件seqfu ilv -1 file_R1.fq > interleaved.fq
2021-12-21 09:20:32
401
原创 CNVnator
CNVnatorCNVnator是一款CNV检测软件，通过对全基因组测序数据进行分析来预测CNV。拷贝数变异（Copy Number Variation,CNV）是基因结构变异（StructuralVariant,SV）的重要组成部分，由基因组发生重排而导致, 一般指长度为1 kb以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少, 主要表现为亚显微水平的缺失和重复。CNVnator相关使用方法来啦!!!一、安装1）通过docker镜像安装：docker pull diploid/cnvnator2）从g
2021-12-15 09:16:46
628
原创 PICRUSt2软件
PICRUSt2PICRUSt2(Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States)是一款基于标记基因序列来预测功能丰度的软件。“功能”通常指的是基因家族，如KEGG同源基因和酶分类号，但可以预测任何一个任意的特性。同样，预测通常基于16S rRNA基因测序数据，但也可以使用其他标记基因.PICRUSt2相关使用方法来啦!!!一、安装#使用 bioconda 安装 PICRUSt2 环境
2021-12-13 08:41:41
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原创 科研文献|中国的肠道微生物群及其与主食类型、民族和城市化的关系
中国的肠道微生物群及其与主食类型、民族和城市化的关系Chinese gut microbiota and its associations with staple food type, ethnicity, and urbanization研究介绍肠道微生物群对人类健康和疾病影响重大。目前我国仍然缺乏全国性的中国肠道微生物群基线研究。肠道微生物群的失衡（即生态失调）与许多疾病有关，然而，将微生物群研究转化为临床实践仍然受到多重挑战的限制。我们对来自8 个民族、居住在28 个省的63个县/市的2678
2021-12-10 09:18:09
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原创 AGAT|GTF/GFF文件处理工具
AGATAGAT是Another Gff Analysis Toolkit的缩写, 是一个用于处理GTF/GFF文件的工具。AGAT 有检查、修复、填充任何类型的 GTF 和 GFF 的缺失信息（特征/属性），以创建完整、排序和标准化的 gff3 格式。01 安装conda安装AGATconda install -c bioconda agat包含的部分脚本如下：其中脚本名称中的_sp_与_sq_具有特殊含义。_sp_代表SLURP, 即脚本会一次性全部读入gff文件至内存。这样虽然消耗的
2021-12-03 08:50:16
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