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RSS订阅原创 miRNA数据库篇——MISIM:mircoRNA功能相似性数据库
MISIM:mircoRNA 功能相似性查询数据库MISIM是一个可以用来预测miRNA之间功能相似性的数据库。http://www.lirmed.com/misim/Home如上图所示，MISIM一共分为五个功能。其中两个是比较miRNA之间的相似性的功能。其中分别是输入多个miRNA，比较miRNA之间的相似性。另外一个是输入一个miRNA，寻找和这个miRNA功能相似的miRNA。剩下的三个是用来预测miRNA和疾病之间相似性的数据库。MISIM 2.0的数据基于HMDD v3.0数据库
2020-06-15 18:40:26
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转载 miRNA数据库篇——TransmiR:转录因子和miRNA调控关系数据库
TransmiR:转录因子和miRNA调控关系数据库mRNA可以翻译成各种功能的蛋白，其中有一类研究调控蛋白研究的非常火热，即转录因子transcription factor, 简称TF,TF参与调控转录起始过程，是研究转录调控必不可少的一环。miRNA可以与mRNA结合，发挥转录后调控功能, 二者都是生物体内调控网络中的重要组成部分。对于生物体内的调控关系，研究的比较多的是TF-mRNA, ...
2020-04-08 12:10:10
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原创 miRNA数据库篇——HMDD:miRNA相关疾病数据库
HMDD:miRNA相关疾病数据库HMDD是一个手工收集整理的miRNA与疾病相关联的数据库，最新版本为V3.2，网址如下http://www.cuilab.cn/hmdd共包含1206个miRNA基因，893种疾病，35547个miRNA与疾病的关联数据，对于每个miRNA与疾病之间的关联，都有对应的文献，会给出pubmed ID。通过Browse功能，可以从miRNA和disea...
2020-04-08 11:58:12
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转载 miRNA数据库篇——miRDB:软件预测的哺乳动物miRNA靶基因数据库（假阳性较高）
miRDB:软件预测的哺乳动物miRNA靶基因数据库miRDB通过MirTarget这个软件预测了人，小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息，并将其整理成了数据库，网址如下http://www.mirdb.org/该数据库中涵盖的物种如下huamanmouseratdogchicken每个物种相关的miRNA和靶基因数量统计如下除了提供软件预测的靶基...
2020-04-08 10:43:19
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转载 miRNA数据库篇——TargetScan:哺乳动物miRNA靶基因数据库
TargetScan:哺乳动物miRNA靶基因数据库哺乳动物中的miRNA通过结合转录本序列的3’UTR区，从而发挥转录后调控作用。TargetScan是一个专门分析哺乳动物miRNA靶基因的软件，并且根据已有的分析结果整理成了数据库，网址如下http://www.targetscan.org/vert_72/根据不同的代表物种，分成以下几个子数据库TargetScanHuman...
2020-04-08 10:38:57
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原创 miRNA数据库篇——miRTarBase:实验验证的miRNA靶基因数据库
miRTarBase:实验验证的miRNA靶基因数据库简介miRTarBase是一个手工收集的，经过实验验证过的miRNA靶基因数据库（MTI, MicroRNA-Target Interactions），网址如下http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php自miRTarBase数据库于2011年首次亮相以来，miRNA与靶基因相关信...
2020-04-08 10:17:05
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转载 miRNA数据库篇——miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库
miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库miRWalk是一个综合性的miRNA靶基因数据库，收录了人，小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息，和mirDIP类似，也是一个整合型数据库，整合了来自miRDB, TargetScan, miRTarBase等数据库中的信息，网址如下http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/该数据库中共包含以下5个物种的mi...
2020-04-08 10:03:54
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转载 图卷积网络GCN理解
图卷积网络（Graph Convolutional Network，GCN）是近年来逐渐流行的一种神经网络结构。不同于只能用于网格结构（grid-based）数据的传统网络模型 LSTM 和 CNN，图卷积网络能够处理具有广义拓扑图结构的数据，并深入发掘其特征和规律，例如 PageRank 引用网络、社交网络...
2020-03-17 10:57:25
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原创 miRNA数据库篇——mirDIP:最全面的人类miRNA靶基因数据库
mirDIP:最全面的人类miRNA靶基因数据库mirDIP集成了30个来源数据库中human相关的靶基因信息，网址如下：http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/index.jsp数据库的主页分为三块：标题，mirDIP的完整名称，microRNA Data Integration Portal，很清楚的告诉我们这个是一个整合数据库。工具栏，分为Unidir...
2020-02-28 11:49:09
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转载 Microsoft visual c++ 14.0 is required问题解决办法
有时候装python库的时候，会出现Microsoft visual c++ 14.0 is required的问题，用离线安装还是没有用。 就只能乖乖装Microsoft visual c++ 14.0了，找了好多找不到包，最后找到了...
2020-02-25 17:08:34
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转载 miRNA数据库篇——RNAcentral
RNAcentral:非编码RNA数据库RNAcentral是由EBI开发的一个非编码RNA数据库，整合了Ensembl,GENCODE,LNCipedia, miRbase, Rfam等多个数据库中的非编码RNA信息，旨在为ncRNA的研究提供一个统一的参照，网址如下https://rnacentral.org/目前最新版本为v10, 整合了来自miRBase v22和LNCipedi...
2020-02-25 10:07:15
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原创 miRNA数据库篇——Rfam数据库
Rfam——非编码RNA家族数据库Rfam是一个RNA分类信息的数据库，根据多序列比对结果，二级结构的一致性，协方差模型对各种RNA及顺式作用元件进行了分类整理，网址如下http://rfam.xfam.org/最新版本为14.1, 在Rfam数据库中，包括以下3大功能类型的分子ncRNA genescis-regulatory elementsself-splici...
2020-02-24 16:09:39
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原创 xls与csv文件的区别
xls 文件就是Microsoft excel电子表格的文件格式。csv（Comma Separated Value）是最通用的一种文件格式，它可以非常容易地被导入各种PC表格及数据库中。此文件，一行即为数据表的一行。生成数据表字段用半角逗号隔开。CSV是文本文件,用记事本就能打开,xls是二进制的文件只有用EXCEL才能打开CSV（以逗号分隔）csv文件是以逗号为分隔符号,将各字段列分离...
2020-02-23 17:06:12
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转载 Python学习之几种存取xls/xlsx文件的方法
想在深度学习程序运行时动态存下来一些参数。存成Excel文件查看方便，就查了几种方法，做个测试。因为我平常也不怎么用 Excel，简单的存取数据就够了。xlwt/xlrd库 ①存Excel文件：（如果存储数据中有字符，那么写法还有点小小的变化）import xlwt workbook = x...
2020-02-23 16:59:20
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原创 miRNA数据库篇——mirBase（序列数据库）
miRNA数据库篇——mirBase（序列数据库）miRbase 是由曼彻斯特大学的研究人员开发的一个在线的miRNA数据库（序列数据库），该数据库中收录了来自200多个物种，接近4万个miRNA的信息，是最全面的miRNA数据库，网址如下http://www.mirbase.org/index.shtml主页面：①：导航栏Home：首页Search：课通过多种方式检索miRNA...
2020-02-16 22:21:03
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原创 miRNA命名规范
miRNA的研究起步很早，最早发现的miRNA是线虫中的let-7 和lin-4，随着越来越多的miRNA被发现，为了方便学术交流，有科学家提出了一套统一的命名规范，对应的文献如下...
2020-02-15 19:19:29
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原创 microRNA简介
microRNA简介转录本的类型是多种多样的，除了编码蛋白的RNA外，还有很多非编码蛋白的RNA, noncoding RNA, 简称ncRNA。 在ncRNA中，根据长度又分成两类，长链非编码RNA, 指的是长度在200bp以上的非编码RNA, 缩写为lncRNA; 对于长度在50bp以下的RNA, 统称为small RNA。small RNA包含了很多类型的小RNA, 比如miRNA, &nb...
2020-02-15 12:12:48
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转载 多标签分类的结果评估---macro-average和micro-average介绍
一,多分类的混淆矩阵多分类混淆矩阵是二分类混淆矩阵的扩展祭出代码,画线的那两行就是关键啦:二,查看多分类的评估报告祭出代码,使用了classicfication_report()三,宏平均与微平均公式是神看的,我是学弱...直接看例子,没有复杂的公式:宏平均微平均宏平均和微平均的对比如果每个class的样本数量差不多,那么宏平均和微平均没有太大差异如果每个cl...
2019-10-21 21:30:39
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转载 深度学习笔记——RNN（LSTM、GRU、双向RNN）学习总结
RNN（ Recurrent Neural Networks循环神经网络）循环神经网络的主要用途是处理和预测序列数据，在全连接神经网络或卷积神经网络中，网络结果都是从输入层到隐含层再到输出层，层与层之间是全连接或部分连接的，但每层之间的结点是无连接的。考虑这样一个问题，如果要预测句子的下一个单词是什么，一般需要用到当前单词以及前面的单词，因为句子中前后单词并不是独立的，比如，当前单词是“很”，前...
2019-10-20 19:43:50
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转载 注意力机制的基本思想和实现原理（很详细）(第二篇)
作者：张俊林链接：https://www.zhihu.com/question/68482809/answer/264632289来源：知乎著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。 上述内容就是经典的Soft Attention模型的基本思想，那么怎么理解Attention模型的物理含义呢？一般在自然语言处理应用里会把Att...
2019-10-16 16:56:58
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转载 注意力机制的基本思想和实现原理（很详细）
作者：张俊林链接：https://www.zhihu.com/question/68482809/answer/264632289来源：知乎著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。 注意力模型最近几年在深度学习各个领域被广泛使用，无论是...
2019-10-16 16:54:57
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转载 CapsNet ——胶囊网络原理
在讲胶囊网络之前，首先我们回顾一下我们熟悉的CNN。CNN做了什么事情呢? 假设这里有一个卷积核（左图），除了曲线轨迹上的值很大，其他的值都是零，所以这个卷积核对旁边这种曲线（右图）就有很高的输出，也就是说对这种曲线有很高的识别，而对其他的曲线类型输出就低。所以比如图像分类中，一旦卷积核检测到了类似于眼睛啊、鼻子啊、嘴巴啊这种特征；从数学角度上说就，相关卷积核对鼻子、眼睛等卷积出来的...
2019-10-12 10:10:38
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转载 胶囊网络原理
文章目录一、整体结构二、主胶囊层详解三、动态路由算法四、损失函数1、间隔损失（Margin Loss）2. 重构损失一、整体结构胶...
2019-10-12 10:08:53
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转载 Dynamic Routing Between Capsules学习资料总结
Dynamic Routing Between Capsules（NIPS2017）摘要：Capsule 是一组神经元，其活动向量（activity vector）表示特定实体类型的实例化参数，如对象或对象部分。我们使用活动向量的长度表征实体存在的概率，向量方向表示实例化参数。同一水平的活跃 capsule 通过变换矩阵对更高级别的 capsule 的实例化参数进行预测。当多个预测一致时，更...
2019-10-12 10:05:17
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转载 理解dropout
理解dropout注意：图片都在github上放着，如果刷不开的话，可以考虑翻墙。转载请注明：http://blog.csdn.n...
2019-09-15 17:52:51
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转载 https://zhuanlan.zhihu.com/p/33841176
新年第一更祝大家新年快乐万事如意这个时候还愿意点进来，新的一年肯定要起飞了这情人节和新年连着过啊这对情侣意味着什么，意味着要带情人去见家长了当然对一些情侣意味着，情人节过不好，估计年也过不好对于那些没用男女朋友的，不要心急，不要灰心好好学习，好好生活，站直走路背影要美总有一个人愿意跨过所有时间来到你身边可能ta步履蹒跚，衣衫不整但你一定要以最帅/美的姿态迎接ta那些过年没回家的也不要失望心中有方向...
2019-09-12 17:53:20
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转载 直观理解神经网络最后一层全连接+Softmax
博客：blog.shinelee.me | 博客园 | CSDN文章目录写在前面全连接层与Softmax回顾加权角度模板匹配几何角度...
2019-09-12 17:44:41
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转载 CNN中全连接层是什么样的？
名称：全连接。意思就是输出层的神经元和输入层的每个神经元都连接。例子： AlexNet 网络中第一个全连接层是这样的：layer { name: "fc6" type: "InnerProduct" bottom: "pool5" top:"fc6" param { lr_mult:...
2019-09-12 17:43:01
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转载 CNN中feature map、卷积核、卷积核个数、filter、channel的概念解释，以及CNN 学习过程中卷积核更新的理解
feature map、卷积核、卷积核个数、filter、channel的概念解释feather map的理解在cnn的每个卷积层，数据都是以三维形式存在的。你可以把它看成许多个二维图片叠在一起（像豆腐皮一样），其中每一个称为一个feature map。feather map 是怎么生成的？输入层：在...
2019-09-11 17:31:22
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转载 CNN中Max Pooling的作用
卷积层本身是个特征抽取，可以指定超参数F来制定设立多少个特征抽取器。 Poolig层对Filter层的特征进行降维操作，形成最终的...
2019-09-11 16:18:31
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转载 深度学习算法原理——神经网络的基本原理
相信每位刚接触神经网络的时候都会先碰到BP算法的问题，如何形象快速地理解BP神经网络就是我们学习的高级乐趣了（画外音：乐趣？你在跟我谈乐趣？）本篇博文就是要简单粗暴地帮助各位童鞋快速入门采取BP算法的神经网络。BP神经网络是怎样的一种定义？看这句话：一种按“误差逆传播算法训练”的多层前馈网络。 ...
2019-09-11 10:47:28
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转载 BP 神经网络算法原理
本篇文章主要根据《神经网络与机器学习》和《人工神经网络原理》两本书，对 BP 神经网络的数学推导过程做了一个总结，为自己进入深度学习打...
2019-09-11 10:19:50
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转载 为什么交叉熵损失可以提高具有sigmoid和softmax输出的模型的性能，而使用均方误差损失则会存在很多问题
为什么交叉熵损失可以提高具有sigmoid和softmax输出的模型的性能，而使用均方误差损失则会存在很多问题 ...
2019-09-11 09:47:23
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原创 1027 打印沙漏 (20 分)
题目链接：https://pintia.cn/problem-sets/994805260223102976/problems/994805294251491328思路：首先根据题目找到规律：（在此先将沙漏分成3部分：上层，中层（*号只有一个的层），下层），上层与下层对称，将上层的个数记为n层，则每层的*号个数为：2*n+1；则沙漏的所用*号的总数为：化简之后为：根据这个公式，...
2019-09-02 20:49:45
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原创 1026 程序运行时间 (15 分)
题目链接：https://pintia.cn/problem-sets/994805260223102976/problems/994805295203598336思路：本题较为简单，唯一需要注意的地方便是它所说的四舍五入的实现，其实操作起来也十分容易，因为机器时间为整型，采用整型的除法则会去掉小数点位，如16/10=1，如何实现其四舍五入呢？便是在末位加上5，小于5的数无法进位，大于...
2019-08-30 19:34:31
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原创 1025 反转链表 (25 分)
题目链接：https://pintia.cn/problem-sets/994805260223102976/problems/994805296180871168思路：首先审题，由于地址是手动输入的缘故，本题采用数组的方式更为简单，每一个节点可以看成数组内的元素，采用结构体数组的方式进行链表数据的存储，在最初存储链表时，每一个数据的地址作为其在数组中的位置，方便后续进行查找。设计...
2019-08-30 17:16:48
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原创 1024 科学计数法 （20 分）
题目链接：https://pintia.cn/problem-sets/994805260223102976/problems/994805297229447168思路：首先把情况分为两大类：1.指数小于0：例：-1.23E-3，转为普通数字：-0.00123，指数为3，则小数点后带2个0，规律如下：设指数为e，小数点后就有e-1个0。2.指数大于等于0：这个又可以分成两个情况：...
2018-12-12 17:19:59
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原创 1023 组个最小数 （20 分）
题目链接：https://pintia.cn/problem-sets/994805260223102976/problems/994805298269634560思路：用一个长度为10的数组存储与它下标相对应的数字的个数，因为0不能做为第一个数字，所以首先对大于0的数字进行遍历，存在的最小的数优先输出，并且将其数量减1，找到这个数之后跳出循环。再对数组重新进行循环，此时就按照数组下标的顺...
2018-12-07 11:05:14
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原创 1022 D进制的A+B （20 分）
题目链接：https://pintia.cn/problem-sets/994805260223102976/problems/994805299301433344思路：进制转换类题目，用一个栈存储每次除以D后取的余数，再进行输出。有关进制转换的图解，请看https://www.cnblogs.com/gaizai/p/4233780.html填坑日记：。。。。本题没看到坑代码...
2018-12-07 10:24:03
133
原创 1021 个位数统计 （15 分）
题目链接：https://pintia.cn/problem-sets/994805260223102976/problems/994805300404535296思路：字符串处理类题目；用一个容量为10的数组储存每个数出现的次数（这里我用a[10]表示），用数组下标表示将要出现的数字0~9；这就让数组下标与出现次数对应；遍历输入的字符串N，N中的字符每出现一次就让数组a[N[i]-'0'...
2018-12-07 09:58:23
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