12 浮生终有醒

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2019-06-28 14:57:31

另一种blast2go的思路

blast2GO是用序列相似性得到go的信息,而网上很多软件要么针对某个蛋白的,要么就是只能网上运行的,还有就是只有windows的,烦- -但如果用名字对应会怎么样,尝试了一番记录如下:我们的序列先进行blast Nr库得到的是比对的蛋白序列,名字有gi号和refseq号;NCBI FTP里面有个gene2go的文件,发现是geneid对应go号;又从FTP里面发现了gene2r

2015-12-31 12:58:21

iTOL与netsurfp前期处理程序

#!perluse warnings;use strict;use List::Util qw(max);my (%hash);open RSA, $ARGV[0] or die $!;open SS, "> $ARGV[1].ss" or die $!;while(){ chomp; next if(/^#/); my @tmp = split; my $maxv =

2015-11-28 09:11:52

单置换检验,轮廓检验及其他程序

#单置换检验生成矩阵#!perluse warnings;use strict;my $n = $ARGV[1];open FA, $ARGV[0] or die $!;while(){ chomp; my ($id, @tmp) = split; my @s = @tmp[0..$n-1]; my @e = @tmp[$n..$#tmp]; my $n = 0; f

2015-10-27 11:19:24

环形RNA预测注意事项

使用CIRI的注意事项

2015-07-22 14:51:44

多线程拆分bam文件

#!perluse warnings;#use strict;use threads;use Thread::Semaphore;use File::Basename qw(basename);die "perl $0 \n" if @ARGV != 2;my $semaphore = Thread::Semaphore->new($ARGV[1]);my $id = bas

2015-06-01 15:34:47

unmapbam to fastq和自己的annovar格式~~~

#!perluse warnings;use strict;die "perl $0 \n" if @ARGV != 2;my %hash;open BAM, "samtools view $ARGV[0] |" or die $!;while(){ chomp; my @tmp = split; push @{$hash{$tmp[0]}}, "$tmp[1]\t$tm

2015-05-31 19:01:11

kegg的某种svg展示图

#!perluse warnings;use strict;use SVG;use File::Basename qw(basename);die "perl $0 Note: support 24 colors to sample~" if @ARGV != 3;my (@file, @pwtmp, @pw2sp);my $i = 0;open PW, $ARGV[

2015-04-30 18:11:06

linux shell 统计项目目录存储信息

TIME=`date +%Y%m%d`ls -l | sed 1d | awk '{print $3"\t"$9}' | sort -k2 | grep -v hdtmp > hdtmp1ls -l | sed 1d | awk '{print $9}' | xargs du -h --max-depth=0 --time | sort -k4 | grep -v hdtmp > hdtmp2

2015-03-05 10:52:06

perl 多线程及信号控制

#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;use threads;use Thread::Semaphore;my $max_thread = 5;my $semaphore = Thread::Semaphore->new($max_thread);sub TestFun{ $semaphore->up();}for(my $ind

2015-02-04 11:09:41

linux perl——发送邮件及监控内存

#!perluse warnings;use strict;use Net::SMTP_auth;#&sendMail;while(1){ my ($sumMem, $freeMem, $rateMem); open MEM, "cat /proc/meminfo |" or die $!; while() { $sumMem = $1 if(/MemTotal:\s+

2015-01-30 09:29:51

无中间文件计算fdr和多组方差分析(无齐性检验)

无中间文件计算fdr#!perluse warnings;use strict;die "perl $0 \n" if @ARGV != 2;my (%va, %out);open FA, $ARGV[0] or die $!;while(){ chomp; my @tmp = split; $va{$tmp[0]} = $tmp[

2014-12-23 10:19:41

矩阵转数据框和余弦定理

矩阵转数据框#!perluse warnings;use strict;open FA, $ARGV[0] or die $!;my $head = ;chomp($head);my @out = (split /\s+/, $head)[1..12];print "family\tsample\tvalue\n";my %hash;while(){ chomp;

2014-12-17 13:57:32

perl格式化模板

#!/usr/bin/env perluse warnings;use strict;use Getopt::Long;use FindBin qw($Bin);use File::Basename qw(basename);use File::Spec::Functions qw(rel2abs);##### main program #####my $mainPL = bas

2014-11-29 10:54:08

xshell个人使用小结

博主用这个很久了,至于网上的十大技巧用到一些,不过也有自己的小理解:1. xming设置2. 在终端这一选项建议使用xterm,不然的话查看和编辑文本总是显示在屏幕上,很不好用3. 键盘退格键在某种模式下的使用4. 建议在高级选项禁用文本闪烁和提高文本文字大小5. 安装lrzsz,可以直接命令行上传下载文件,但文件大小和多

2014-10-29 16:32:11

awk和excel的小数bug

博主想了很久,原以为自己写程序写错了

2014-10-01 19:43:38

python 2.7初学小结

lista[]在数学中是半闭半开区间,即>=0

2014-09-04 17:13:04

GATK3.2.2小结

经过几天的摸索和网上资料的查询对GATK软件有点小心得,现总结如下:1. fasta文件最好用定位到染色体上的数据,可以不用注释VCF文件(GVF),但如果用VCF文件保证以下几个条件:1)VCF染色体必须和fasta的染色体数目一致,顺序一致2)VCF的位点必须从小到大排序3)VCF的碱基有可能有其他符号,如“~”等,要去除干净2. 做之前分别使用picard

2014-08-02 11:24:23

按文件数目拆分fasta——无事闲写

#!/usr/bin/env perluse warnings;use strict;die "Usage: perl $0 \n" if(@ARGV ne 3);open FA, $ARGV[0] or die $!;$/ = "\n>";my @fa;while(){chomp;s/^>//;push @fa, $_;}

2014-07-15 10:01:35

fasta统计——无事闲写

多发点无事之作得了:#!/usr/bin/env perluse warnings;use strict;die "Usage: perl $0 \n" if(@ARGV ne 1);open FA, $ARGV[0] or die $!;$/ = "\n>";my ($sl, $sg, $sc, %hash);while(){ chomp; s/^>//; my @

2014-07-11 09:48:03

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