12 浮生终有醒

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2019-06-28 14:57:31

另一种blast2go的思路

blast2GO是用序列相似性得到go的信息,而网上很多软件要么针对某个蛋白的,要么就是只能网上运行的,还有就是只有windows的,烦--但如果用名字对应会怎么样,尝试了一番记录如下:我们的序列先进行blastNr库得到的是比对的蛋白序列,名字有gi号和refseq号;NCBIFTP里面有个gene2go的文件,发现是geneid对应go号;又从FTP里面发现了gene2r

2015-12-31 12:58:21

iTOL与netsurfp前期处理程序

#!perlusewarnings;usestrict;useList::Utilqw(max);my(%hash);openRSA,$ARGV[0]ordie$!;openSS,">$ARGV[1].ss"ordie$!;while(){ chomp; nextif(/^#/); my@tmp=split; my$maxv=

2015-11-28 09:11:52

单置换检验,轮廓检验及其他程序

#单置换检验生成矩阵#!perlusewarnings;usestrict;my$n=$ARGV[1];openFA,$ARGV[0]ordie$!;while(){ chomp; my($id,@tmp)=split; my@s=@tmp[0..$n-1]; my@e=@tmp[$n..$#tmp]; my$n=0; f

2015-10-27 11:19:24

环形RNA预测注意事项

使用CIRI的注意事项

2015-07-22 14:51:44

多线程拆分bam文件

#!perlusewarnings;#usestrict;usethreads;useThread::Semaphore;useFile::Basenameqw(basename);die"perl$0\n"if@ARGV!=2;my$semaphore=Thread::Semaphore->new($ARGV[1]);my$id=bas

2015-06-01 15:34:47

unmapbam to fastq和自己的annovar格式~~~

#!perlusewarnings;usestrict;die"perl$0\n"if@ARGV!=2;my%hash;openBAM,"samtoolsview$ARGV[0]|"ordie$!;while(){ chomp; my@tmp=split; push@{$hash{$tmp[0]}},"$tmp[1]\t$tm

2015-05-31 19:01:11

kegg的某种svg展示图

#!perlusewarnings;usestrict;useSVG;useFile::Basenameqw(basename);die"perl$0Note:support24colorstosample~"if@ARGV!=3;my(@file,@pwtmp,@pw2sp);my$i=0;openPW,$ARGV[

2015-04-30 18:11:06

linux shell 统计项目目录存储信息

TIME=`date+%Y%m%d`ls-l|sed1d|awk'{print$3"\t"$9}'|sort-k2|grep-vhdtmp>hdtmp1ls-l|sed1d|awk'{print$9}'|xargsdu-h--max-depth=0--time|sort-k4|grep-vhdtmp>hdtmp2

2015-03-05 10:52:06

perl 多线程及信号控制

#!/usr/bin/perlusestrict;usewarnings;usethreads;useThread::Semaphore;my$max_thread=5;my$semaphore=Thread::Semaphore->new($max_thread);subTestFun{ $semaphore->up();}for(my$ind

2015-02-04 11:09:41

linux perl——发送邮件及监控内存

#!perlusewarnings;usestrict;useNet::SMTP_auth;#&sendMail;while(1){ my($sumMem,$freeMem,$rateMem); openMEM,"cat/proc/meminfo|"ordie$!; while() { $sumMem=$1if(/MemTotal:\s+

2015-01-30 09:29:51

无中间文件计算fdr和多组方差分析(无齐性检验)

无中间文件计算fdr#!perlusewarnings;usestrict;die"perl$0\n"if@ARGV!=2;my(%va,%out);openFA,$ARGV[0]ordie$!;while(){ chomp; my@tmp=split; $va{$tmp[0]}=$tmp[

2014-12-23 10:19:41

矩阵转数据框和余弦定理

矩阵转数据框#!perlusewarnings;usestrict;openFA,$ARGV[0]ordie$!;my$head=;chomp($head);my@out=(split/\s+/,$head)[1..12];print"family\tsample\tvalue\n";my%hash;while(){ chomp;

2014-12-17 13:57:32

perl格式化模板

#!/usr/bin/envperlusewarnings;usestrict;useGetopt::Long;useFindBinqw($Bin);useFile::Basenameqw(basename);useFile::Spec::Functionsqw(rel2abs);#####mainprogram#####my$mainPL=bas

2014-11-29 10:54:08

xshell个人使用小结

博主用这个很久了,至于网上的十大技巧用到一些,不过也有自己的小理解:1.xming设置2.在终端这一选项建议使用xterm,不然的话查看和编辑文本总是显示在屏幕上,很不好用3.键盘退格键在某种模式下的使用4.建议在高级选项禁用文本闪烁和提高文本文字大小5.安装lrzsz,可以直接命令行上传下载文件,但文件大小和多

2014-10-29 16:32:11

awk和excel的小数bug

博主想了很久,原以为自己写程序写错了

2014-10-01 19:43:38

python 2.7初学小结

lista[]在数学中是半闭半开区间,即>=0

2014-09-04 17:13:04

GATK3.2.2小结

经过几天的摸索和网上资料的查询对GATK软件有点小心得,现总结如下:1.fasta文件最好用定位到染色体上的数据,可以不用注释VCF文件(GVF),但如果用VCF文件保证以下几个条件:1)VCF染色体必须和fasta的染色体数目一致,顺序一致2)VCF的位点必须从小到大排序3)VCF的碱基有可能有其他符号,如“~”等,要去除干净2.做之前分别使用picard

2014-08-02 11:24:23

按文件数目拆分fasta——无事闲写

#!/usr/bin/envperlusewarnings;usestrict;die"Usage:perl$0\n"if(@ARGVne3);openFA,$ARGV[0]ordie$!;$/="\n>";my@fa;while(){chomp;s/^>//;push@fa,$_;}

2014-07-15 10:01:35

fasta统计——无事闲写

多发点无事之作得了:#!/usr/bin/envperlusewarnings;usestrict;die"Usage:perl$0\n"if(@ARGVne1);openFA,$ARGV[0]ordie$!;$/="\n>";my($sl,$sg,$sc,%hash);while(){ chomp; s/^>//; my@

2014-07-11 09:48:03

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