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原创 基于Singularity 安装 AmpliconSuite-pipeline

按照AmpliconSuite-pipeline官网的Singularity安装方法遇到不少问题,好在都一一解决了,写个文档记录一下我基于Singularity 安装 AmpliconSuite-pipeline的过程。注意:–sif 的路径只需要精确到ampliconsuite-pipeline.sif的目录即可,镜像的名称一定要是ampliconsuite-pipeline.sif。检查一下AA_DATA_REPO的环境变量有没有配好,执行$AA_DATA_REPO,输出不为空就是正确的。

2023-08-22 10:57:40 245

原创 GATK ApplyBQSRSpark 过程中因No space left on device终止

Spark计算时,默认会将中间结果、所用到的jar包临时存放到/tmp目录中,当挂载在/tmp目录的磁盘空间不足时,就会报错`No Space Left on the device。GATK ApplyBQSRSpark 过程中因No space left on device终止。命令清除tmp文件夹下的临时文件,手动操作,或者写一个定时清除的脚本。2、增加/tmp的大小。

2023-08-07 10:18:39 274

原创 GATK BaseRecalibratorSpark 过程中因Too many open files终止

我使用的服务器给每个用户分配的最多打开文件数量是409600,会出现too many open files是因为RStudio的Terminal限制,所以直接使用ssh连接服务器执行命令既可以解决问题。GATK 集成的Spark运行过程中会打开多个文件,而我使用的服务器版RStudio的Terminal限制了打开的文件数量最多为4096。GATK BQSR进行 BaseRecalibratorSpark 过程中因Too many open files终止。查看当前用户能打开的最多文件数量。

2023-08-07 10:02:37 326

原创 新抗原预测的计算工作流程

论文中描述的新抗原预测的计算工作流程以及相关软件的尝试

2023-08-03 09:29:10 983

原创 (机械师T90外接显卡GTX-1080)Win10笔记本通过M.2接口外接独立显卡+解决错误代码43

(机械师T90外接显卡GTX-1080)Win10笔记本通过M.2接口外接独立显卡+解决错误代码43

2023-01-25 16:34:47 6546 4

原创 【蓝桥杯试题】修改数组(并查集路径压缩)

问题描述给定一个长度为 N 的数组 A = [A₁, A₂, · · · AN],数组中有可能有重复出现的整数。  现在小明要按以下方法将其修改为没有重复整数的数组。小明会依次修改  A₂, A₃, · · · , AN。  当修改 Ai 时,小明会检查 Ai 是否在 A₁ ∼ Ai−₁ 中出现过。如果出现过,则小明会给 Ai 加上 1 ;如果新的 Ai 仍在之前出现过,小明会持续给 Ai 加 1 ,直到 Ai 没有在  A₁ ∼ Ai−₁ 中出现过。  当 AN 也经过上述修改之后,显然 A

2022-04-06 17:36:30 1543

原创 【蓝桥杯试题】盾神与困难数独

问题描述有一天,盾神接触到了风靡世界的小游戏——数独!!!盾神非常感兴趣,不惜翘课用了一天的时间把数独玩得出神入化!!!于是他要过来考考你。经过“盾神与简单数独”的磨练后,你会做9*9的了。输入格式输入为9*9的矩阵,如果第i行第j列为0,则该格子未填数;否则该格子已经有数。输出格式输出为1个9*9的矩阵,表示字典序最小的方案。如无解则输出NO。  矩阵大小关系的定义:第一关键字为a[1][1],第二关键字为a[1][2],……第四关键字为a[1][4],第五关键字为a[2][1],以此类推。矩

2022-03-30 19:12:49 1667 3

原创 13届蓝桥杯c++组日常练习问题记录

13届蓝桥杯c++组日常练习问题记录.md以下内容皆收集于相关博客,如有侵权请联系我删除!一、常用函数1、C++ STL中 next_permutation函数的用法1.1 输出序列{1,2,3,4}字典序的全排列。#include <iostream>#include<algorithm>using namespace std; int main(int argc, char** argv) { int a[4]={1,2,3,4}; sort(a,a+4)

2022-03-27 20:21:03 2680

原创 【智能控制实验】基于MATLAB的遗传算法函数优化问题求解

基于MATLAB的遗传算法函数优化问题求解实验报告一、实验要求:掌握matlab遗传算法工具箱的函数命令实现函数优化问题的方法和图形用 户界面下求解优化问题的方法。利用matlab工具箱函数命令实现函数的优化:已知:(1)f(x)=x+10sin(5x)+7cos(4x)优化问题:Max f(x), s. t. 15£ x£25绘出函数图像,并给出matlab工具箱函数命令下应用遗传算法求解优化问题的结果和结果分析。(2) 优化问题:Max f(x,y), s. t. -3

2022-01-09 18:46:49 5768 3

原创 【智能控制实验】基于MATLAB的BP神经网络PID控制器设计

基于MATLAB的BP神经网络PID控制器设计一、BP神经网络PID控制算法步骤:(1)确定BP神经网络结构,即确定输入层和隐含层的节点个数,选取各层加权系数的初值wij(0)、wli(0),选定学习速率和惯性系数,此时k=1(2)采样给定和反馈信号,即r(k)和y(k),计算误差e(k)=r(k)-y(k)(3)确定输入量(4)根据上述公式,计算各层神经元的输入、输出,神经网络输出层即为PID控制器的三个可调参数Kp、Ki和Kd(5)由增量式PID控制公式,计算PID控制器的控制输出u

2022-01-09 18:45:22 13360 38

原创 【智能控制实验】基于MATLAB的BP神经网络实现非线性函数拟合设计

基于MATLAB的BP神经网络实现非线性函数拟合设计一、实验要求:重点是掌握BP神经网络的学习算法原理,掌握matlab工具箱设计BP神经网络拟合非线性模型的方法(m文件);掌握在图形用户界面下设计BP神经网络拟合非线性模型的方法。设计前馈型网络,在区间[-4,4]上逼近函数。参考参数设置:1.1 输入变量和目标输出:indata=-4:0.1:4;targetdata=0.35*(1-indata+2*indata.*indata).*exp(-indata.*indata/2) ;1.2

2022-01-09 18:40:21 5045

原创 【智能控制实验】基于MATLAB的BP神经网络设计

实验五:基于MATLAB的BP神经网络设计一、实验要求:重点是掌握BP神经网络的学习算法原理和代码设计方法,应用MATLAB编写BP神经网络训练方法;应用神经网络工具箱设计BP神经网络实现对输入输出数据的模型拟合。已知:训练样本: 期望输入:[x1,x2]T=[1,3]T, 期望输出:[t1, t2] T =[0.95, 0.05] T激发函数f为:。学习步长为η=1。初始权值和阈值:二、实验内容2.1应用MATLAB编写BP神经网络训练方法2.1.1 实验代码:%输入x = [1

2022-01-09 18:36:41 1982 1

原创 【智能控制实验】MATLAB环境下单层感知器神经网络实现逻辑“与”运算设计

MATLAB环境下单层感知器神经网络实现逻辑“与”运算设计一、实验要求:重点是掌握感知器神经网络的学习算法原理和代码设计方法,应用MATLAB编写感知器神经网络实现逻辑与运算;应用神经网络工具箱设计感知器神经网络实现逻辑与方法。已知:训练样本: x1=0011 x2=0101 期望输出:d=0001激发函数f为阶跃函数,MATLAB使用hardlim 作为阶跃函数。二、实验内容2.1 学习算法2.2 应用MATLAB编写感知器神经网络实现逻辑与运算2.2.1 代码:%样本x

2022-01-09 18:09:36 2222

原创 【智能控制实验】MATLAB/Simulink环境下设计模糊PID控制器

MATLAB/Simulink环境下设计模糊PID控制器一、实验要求:重点学习模糊PID控制器工作原理,在MATLAB****/****Simulink环境下,用MATLAB模糊逻辑工具箱完成一个3阶传递函数系统的模糊PID控制器的设计,并输出单位阶跃信号下系统输入输出曲线视图。二、实验内容2.1 确定各参数值2.1.1 被控对象:Ts = 0.1;Plant = c2d(zpk([],[-1 -3 -5],1),Ts); %零极点模型,并离散化2.1.2 根据对象Plant,确定PID参

2022-01-09 18:08:55 3377 1

原创 【智能控制实验】MATLAB代码编译环境与MATLAB命令设计模糊控制器

实验一:MATLAB代码编译环境与MATLAB命令设计模糊控制器一、实验要求:重点学习MATLAB系统仿真软件的使用和模糊控制器工作原理,并应用MATLAB命令进行模糊控制器设计,完成模糊控制查询表的实现、模糊控制在线运行代码的实现。已知:1.1 E、EC和U的论域:{-6,-5,…,-1,0,1,…,5,6};E、EC和U定义了7个语言值{NB,NM,NS,Z,PS,PM,PB};1.2 各语言值的隶属函数采用三角函数,其分布可用下表表示:1.3 控制规则表:二、实验内容2.1 模糊控

2022-01-09 18:06:06 1419

原创 ChatterBot+第三方中文语料库实现在线聊天机器人

设计并实现一个在线聊天机器人案例1、ChatterBotChatterBot是Python自带的基于机器学习的语音对话引擎,可以基于已知的对话库来产生回应。ChatterBot独特的语言设计可以使它可以通过训练来用任何一种语言进行对话。该项目的开源代码链接:https://github.com/gunthercox/ChatterBot2、应用案例描述ChatterBot包含的工具有助于简化训练聊天机器人实例的过程。ChatterBot的训练过程涉及将示例对话框加载到聊天机器人的数据库中。这可以创建

2021-12-12 22:56:12 11558 7

原创 Python+PyQt5实现五子棋游戏(人机博弈+深搜+α-β剪枝)

Python+PyQt5实现五子棋游戏(人机博弈+深搜+α-β剪枝)一、问题描述1、五子棋五子棋是全国智力运动会竞技项目之一,是一种两人对弈的纯策略型棋类游戏。五子棋的棋具与围棋通用,是一种传统的棋种,有两种玩法。一种是双方分别使用黑白两色的棋子,下在棋盘直线与横线的交叉点上,先形成五子连线者获胜。还有一种是自己形成五子连线就替换对方任意一枚棋子。被替换的棋子可以和对方交换棋子。最后以先出完所有棋子的一方为胜。2、什么是Agent?Agent的概念——1977年Carl Hewitt “Vie

2021-12-01 14:52:59 5371 2

原创 如何用遗传算法重现女神照片

问题描述RGB色彩模式是工业界的一种颜色标准,是通过对红®、绿(G)、蓝(B)三个颜色通道的变化以及它们相互之间的叠加来得到各式各样的颜色的,RGB即是代表红、绿、蓝三个通道的颜色,这个标准几乎包括了人类视力所能感知的所有颜色,是运用最广的颜色系统之一。将一张图片的一个像素点的rgb值作为一个基因,那么整张图片所有像素点就能组成一个基因序列,基于此基因序列通过遗传算法不断的迭代就能将一张完全乱序的图片重组为想要的图片。例如目标图片为:第0代图片:第558代图片:第1000代图片一、建立

2021-11-25 00:47:02 904

原创 旅行商问题(动态规划_爬山算法_遗传算法)

问题描述​ 旅行商问题(Travelling Salesman Problem, 简记TSP,亦称货郎担问题):设有n个城市和距离矩阵D=[dij],其中dij表示城市i到城市j的距离,i,j=1,2 … n,则问题是要找出遍访每个城市恰好一次的一条回路并使其路径长度为最短。一、动态规划解决旅行商问题​ 要使用动态规划,需要问题本身有最优子结构,我们需要找到要解决的问题的子问题。题目要求,从0(a)出发,经过[1(b),2©,3(d)]这几个城市,然后回到0,使得花费最少。要实现这个要求,需要从下面

2021-11-22 23:04:40 22385 9

原创 基于课程标签分类的智能推荐专家系统v1.0(Python+PyQt5实现)

基于课程标签分类的智能推荐专家系统(Python+PyQt5实现)写在前面系统逻辑图形界面展示核心代码CourseRecommendExpertSystem.pystart.pyGui界面代码main_window.pyGithub写在最后写在前面项目名称:基于课程标签分类的智能推荐专家系统v1.0软件环境:Windows 10 64位硬件环境:开发工具:Pycharm21.2项目描述:上周的人工智能实验课要求我们做一个基于Python的简单的专家系统并用PyQt5实现图形化界面。于是我结合之前

2021-11-16 22:15:10 2240 1

原创 CET4_CET6真题一键下载(1989-2021)

  在友沃可下载站下载资源的体验很不错,右键网页批量下载的功能也非常棒,但是当我想下载多个年份的CET6真题时就有一些局限性了,于是我结合Python爬虫+PyQt5做了一个CET4/CET6真题一键下载的软件,很幸运这个软件目前运行起来没什么问题。  软件的使用非常简单,选择CET4 或者CET6 点击开始下载就可以一键下载2016到2021的所有考试真题以及一些学习资源,文件将保存在软件所在目录,当您不想下载时可以随时取消下载,再次下载时会跳过已经下载的文件。![在这里插入图片描述](https:/

2021-10-28 22:02:04 635

原创 springboot+redis分离打包实体类不一致导致redis缓存信息获取失败

springboot+redis分离打包时,由于实体类不一致导致redis缓存信息获取失败问题:最近在使用springboot+redis开发项目时出现了问题,为了使平台各模块的维护更加便捷,我采用了各模块分离打包的模式,各模块共用一个redis。由于业务需求,把部分用户信息存入redis方便各模块调用,其中user模块,platform模块,course模块都有一个实体类user,因为要校验用户的身份,所以在platform模块和cours模块的实体类user中添加了一个属性role,而user模块

2021-10-15 16:07:16 390

原创 记录解决SpringBoot前后端分离跨域导致的图片验证码Sessionid不一致(也即空指针异常问题)

问题最近在给项目开发登录注册功能,在登录的图片验证码上出现了问题,报了空指针异常。逻辑是这样的:在登录页面,前端通过验证码接口先请求验证码,然后输入用户名密码和验证码之后,请求登录接口。在验证码接口中我用session保存验证码,在登录接口中我从session取出验证码进行校验。 postman测试没有问题,但是前端在测试时报了空指针异常。于是我查看后端日志,发现请求验证码时返回给前端的sessionId和前端发送登录请求时所携带的sessionId不一致,所以后端拿到的sessionId是没有对应

2021-09-14 16:11:10 2622

原创 生产者-消费者问题

#include<iostream>#include<stdlib.h>#include<time.h>#include<thread>#include<windows.h>#define n 10 //缓冲区大小为10using namespace std;int in = 0, out = 0;int buffer[n];int mutex = 1, empty_ = n, full = 0;//mutex互斥信号量实现诸线程

2021-04-26 21:58:35 110

原创 蓝桥杯 FBI树 (二叉树)

我们可以把由“0”和“1”组成的字符串分为三类:全“0”串称为B串,全“1”串称为I串,既含“0”又含“1”的串则称为F串。  FBI树是一种二叉树,它的结点类型也包括F结点,B结点和I结点三种。由一个长度为2^N的“01”串S可以构造出一棵FBI树T,递归的构造方法如下:  1)T的根结点为R,其类型与串S的类型相同;  2)若串S的长度大于1,将串S从中间分开,分为等长的左右子串S1和S2;由左子串S1构造R的左子树T1,由右子串S2构造R的右子树T2。  现在给定一个长度为2^N的“01”串,

2021-03-14 19:38:37 383

原创 蓝桥杯 移动距离(2015蓝桥省赛第8题)

题目描述•X星球居民小区的楼房全是一样的,并且按矩阵样式排列。其楼房的编号为1,2,3…•当排满一行时,从下一行相邻的楼往反方向排号。•比如:当小区排号宽度为6时,开始情形如下:•1 2 3 4 5 6•12 11 10 9 8 7•13 14 15 …•我们的问题是:已知了两个楼号m和n,需要求出它们之间的最短移动距离(不能斜线方向移动)•输入为3个整数w m n,空格分开,都在1到10000范围内•w为排号宽度,m,n为待计算的楼号。•要求输出一个整数,表示m n 两楼

2021-03-14 16:11:13 215

原创 蓝桥杯 ALGO-20 求先序排列 (二叉树的遍历特点)

给出一棵二叉树的中序与后序排列。求出它的先序排列。(约定树结点用不同的大写字母表示,长度<=8)。【输入形式】 两行,每行一个字符串,分别表示中序和后序排列【输出形式】一个字符串,表示所求先序排列【样例输入】BADCBDCA【样例输出】ABCD解题思路:二叉树的后序遍历最后一个结点一定是这个二叉树的根结点,所以我们先在后序遍历BDCA中找到最后一个结点A,输出它,然后在先序遍历BADC中找到A的位置pos,pos左边就是A的左子树,右边就是右子树,对左右子树分别递归进行上述过程,

2021-03-14 15:47:05 147

原创 蓝桥杯 瓷砖铺放 搜索

有一长度为N(1<=N<=10)的地板,给定两种不同瓷砖:一种长度为1,另一种长度为2,数目不限。要将这个长度为N的地板铺满,一共有多少种不同的铺法?  例如,长度为4的地面一共有如下5种铺法:  4=1+1+1+1  4=2+1+1  4=1+2+1  4=1+1+2  4=2+2  编程用递归的方法求解上述问题。【输入形式】只有一个数N,代表地板的长度【输出形式】输出一个数,代表所有不同的瓷砖铺放方法的总数【样例输入】4【样例输出】5解题思路:一共两种铺瓷砖

2021-03-14 14:54:07 199

原创 蓝桥杯 ALGO-26 麦森数 (快速幂和高精度乘法)

## 题目如下:  形如2P-1的素数称为麦森数,这时P一定也是个素数。但反过来不一定,即如果P是个素数,2P-1不一定也是素数。到1998年底,人们已找到了37个麦森数。最大的一个是P=3021377,它有909526位。麦森数有许多重要应用,它与完全数密切相关。  任务:从文件中输入P(1000<P<3100000),计算2P-1的位数和最后500位数字(用十进制高精度数表示)【输入形式】 文件中只包含一个整数P(1000<P<3100000)【输出形式】第一行:十进

2021-03-13 22:33:45 306

原创 蓝桥杯 连号区间数

小明这些天一直在思考这样一个奇怪而有趣的问题:在1~N的某个全排列中有多少个连号区间呢?这里所说的连号区间的定义是:如果区间[L, R] 里的所有元素(即此排列的第L个到第R个元素)递增排序后能得到一个长度为R-L+1的“连续”数列,则称这个区间连号区间。当N很小的时候,小明可以很快地算出答案,但是当N变大的时候,问题就不是那么简单了,现在小明需要你的帮助。【输入形式】第一行是一个正整数N (1 <= N <= 50000), 表示全排列的规模。第二行是N个不同的数字Pi(1 &lt

2021-03-13 21:21:08 117

原创 幻方填空(全排列)

题目描述• 幻方是把一些数字填写在方阵中,使得行、列、两条对角线的数字之和都相等。• 欧洲最著名的幻方是德国数学家、画家迪勒创作的版画《忧郁》中给出的一个4阶幻方。• 他把1,2,3,…16这16个数字填写在4 x 4的方格中。• 如图所示,即:16 ? ? 13? ? 11 ?9 ? ? *? 15 ? 1• 表中有些数字已经显露出来,还有些用?和*代替。• 请你计算出?和所代表的数字。并把所代表的数字作为本题答案提交。解题思路:将未填入的数字 2,3,4,

2021-03-13 21:00:23 3698

原创 BASIC-16 分解质因数

求出区间[a,b]中所有整数的质因数分解。提示先筛出所有素数,然后再分解。数据规模和约定2<=a<=b<=10000【输入形式】 输入两个整数a,b。【输出形式】每行输出一个数的分解,形如k=a1a2a3…(a1<=a2<=a3…,k也是从小到大的)(具体可看样例)【样例输入】3 10【样例输出】3=34=225=56=237=78=2229=3310=25代码如下:#include<iostream>#include&l

2021-03-13 20:34:50 160

原创 ADV-101 断案 蓝桥杯

公安人员审问甲、乙、丙、丁四个嫌疑犯,已确知,这四个人当中仅有一人是偷窃者,还知道这四个人的答话,要么完全诚实,要么完全说谎。在回答公安人员的问话中:  甲说:“乙没有偷,是丁偷的。”  乙说:“我没有偷,是丙偷的。”  丙说:“甲没有偷,是乙偷的。”  丁说:“我没有偷,我用的那东西是我家里的。”  请根据上述四人答话,判断谁是偷窃者。【输入形式】无输入。【输出形式】输出一个字符,表示偷窃者是谁,A表示甲,B表示乙,C表示丙,D表示丁。解题思路 :首先依次假设甲乙丙丁是小偷,然后判断当

2021-03-12 23:48:58 5817

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