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原创 利用Python解决生物问题-将fasta文件转换为excel文件
有时候我们可能需要将fasta格式的序列文件转换为表格形式,诸如方便对基因号进行排序的操作,以及方便获取全部的id
2022-07-08 12:29:40 2081 6
原创 Python-指定关键字,在当前文件夹中.txt文件中递归搜索,并显示文件路径,关键词所在行数及位置
Python-指定关键字,在当前文件夹中.txt文件中递归搜索,并显示文件路径,关键词所在行数及位置
2022-07-06 10:10:13 2093
原创 质粒图谱的下载及生物软件SnapGene的使用
一.下载质粒图谱Snapgene官网:https://www.snapgene.com/下载好的载体图谱按Ctrl + 或者Ctrl - 可进行放大或缩小
2022-05-01 12:20:23 9576
原创 实时荧光定量聚合酶链式反应和2-▲CT方法分析相关基因表达数据
实时荧光定量PCR实时荧光PCR,或称实时定量PCR,或称qPCR,是通过对荧光报告基因信号的检测及定量来实现对扩增DNA量的测定,反应过程中荧光信号增长与扩增产物的量成正比。荧光报告基因可被实时荧光PCR仪(荧光检测热循环仪)的光源所激发。通过记录每个循环的荧光发射量,可以监测PCR进入指数增长期的过程,此时PCR产物量首次显著跃升,而此时的PCR产物量与模板起始量是相关的2-▲▲CT方法的推导1.描述聚合酶链式反应的指数扩增的方程是其中Xn是反应循环数为n的目标分子的数量,X0是目标分子
2022-03-22 17:25:31 1377
原创 Python:递归
Ⅰ.什么是递归?递归指的是调用自己的函数由于递归函数自己调用自己,很容易出错而导致无限循环Ⅱ.递归的两个条件每个递归函数都有两部分:基线条件(base case)和递归条件(recursive case)递归条件:函数调用自己的条件基线条件:函数不再调用自己,可避免形成无限循环def countdown(i): print(i) if i <= 1:###基线条件 return else:###递归条件 countdown(
2022-03-20 16:31:09 717
原创 利用Python解决生物问题-获取反向互补序列
seq = input('请输入您要处理的序列(仅包含ATGC):')demand = 'ATGC'for each in seq: if each not in demand: print('您输入的序列不符合要求') seq = input('请重新输入:') breakseqreverse = seq[::-1]transtable = str.maketrans('ATGC','TACG')finalseq = seqreverse.
2022-02-20 20:11:36 1375
原创 Python:while...else语句
定义while-else 可以非常容易地检测到循环的退出情况当循环的条件不再为真时,就会执行else语句中的内容先看一组代码i = 1while i < 5: print('循环内,i的值是',i) i += 1else: print('循环外,i的值时',i)我们不难看出,就算没有else,执行完while循环内的内容后也会执行循环外的内容,去掉else如下,结果是一样的:如果用break语句中途跳出循环呢???while语句依然为真,else语句
2022-01-29 22:30:38 1414
原创 Python:投硬币问题
要求1.如果抛硬币的次数小于 100,则打印每次的结果,否则不打印2.统计最终正面和反面的次数3.让程序分别统计正反面最多出现连续的次数效果图如下:思考1.硬币正反面可以用奇数偶数代替,引入random模块2.需要统计的数:抛得次数、连续正面的次数、连续反面的次数、连续正面的最多次数、连续反面的最多次数、记录上次硬币状态3.需要判断的:投硬币次数与100的比较、连续正反面的次数与连续正反面的最多次数的比较代码版本一import randomcounts = int(input(
2022-01-29 18:17:17 5043
原创 Python:列表前加*的作用
list变量前加一个星号*,目的是将该list变量拆解开多个独立的参数,传入函数中import randomred = random.sample(range(1,34),k=6)blue = random.randint(1,16)print("开奖结果是:",*red)print("特别号码是:",blue)...
2022-01-27 17:11:58 1335
原创 Ensemble-BioMart:得到基因注释信息(有参考基因组的物种)
可能的疑问“我知道一系列基因的NCBI编号,如果我要查询ensemble编号该如何查询?”“我知道一系列基因的ensemble编号,如果要查询这些的英文简写(symbol),以及其对应的基因组坐标,该如何处理。”“非模式物种如何找到对应的GO注释,Blast2GO自己配置不了,网页又太慢”要做的事情我们要得到非模式物种基因的功能注释该怎么办?有些物种有固定的网站发布基因功能注释以及GOID,例如水稻和小麦水稻:https://rapdb.dna.affrc.go.jp/download/
2021-11-23 10:16:27 5811
原创 基因结构图绘制-单个基因
准备文件Exon-Intron Graphic Maker工具链接:http://www.wormweb.org/exonintron
2021-11-16 09:17:20 1637
原创 BLAST引物或靶点特异性
blastn -query qpcr_primer.txt -db Es_cds_db -outfmt 6 -evalue 1e-2 -out qpcr_primer_EsCDS.blast -num_threads 6 -task blastn > blast.log 2>&1 &
2021-10-26 09:32:28 416
原创 生信分析-利用TBtools提取序列
准备文件gtf/gff3全基因组fasta背景知识CDS=coding sequence,是编码区,是可翻译成蛋白质的exon的集合cDNA比CDS多了5’-UTR和3’-UTR区域,是所有exon的集合gene就是所有exon+intron的集合啦提取CDS提取genome提取cDNA就是提取所有的exon啦...
2021-10-24 10:43:02 10034
原创 Linux13-bash脚本编程基础及配置文件
编程语言的分类根据运行方式分为两类【1】编译运行:源代码需要有编译器编译转换为程序文件【2】解释运行:源代码,运行时启动解释器,由解释器边解释边运行编译运行速度更快根据其编程过程中功能的实现是调用库还是调用外部的程序文件分为两类:【1】shell脚本编程:利用系统上的命令及编程组件进行编程【2】完整编程:利用库或编程组件进行编程根据编程模型分为两类,程序=指令+数据【1】过程式编程语言:以指令为中心来组织代码,数据服务于代码顺序执行选择执行循环执行C语言、bash shell是面
2021-09-28 21:17:58 186
原创 Linux12-bash变量和逻辑运行
我们要想能够实现与主机交互,得有一个终端以及附着在终端上的接口程序,接口程序有两大类,分别是GUI(KDE、GNome、Xfce)和CLI(/etc/shells)bash特性之命令hash缓存此前命令的查找结果,缓存下的内容成为命令哈希执行命令时并不是上来就直接找path环境变量下所给定的各路径下的程序文件,而是先去找缓存,看缓存中是否有直接找到的完整路径的结果,如果有,直接引用缓存中的命令,如果没有才去发起查找操作,这就叫命令哈希hash本身是一个内部命令hash记住或显示程序位置,确.
2021-09-27 20:20:19 100 1
原创 生信分析-TBtools绘制热图
配色数据标准化离散色阶行列注释面积映射大小着色指定准备一个颜色指定的文件两列,第一列的gene,第二列是RGB的颜色代码
2021-08-30 11:11:47 40377 4
原创 零基础入门学习Python(36) 类和对象:继承
语法结构class DervieClassName(BaseClassName)被继承的类我们称之为“父类”,“基类”或“超类”,而继承者我们称之为“子类”子类可以继承父类的任何属性或方法
2021-08-29 12:26:09 173
原创 零基础入门学习Python(35)面向对象编程
self是什么?Python的self相当于C++的this指针由同一个类可以生成无数对象,当一个对象的方法被调用的时候,对象会将自身的引用作为第一个参数传给该方法,Python就知道要操作哪个对象的方法了,_init_(self, param1, param2)方法(Python 的魔法方法之一)_ _init_ _()方法称为构造方法,其魔力在于只要实例化对象,这个方法就会在对象被创建时自动调用实例化对象时是可以传入参数的,这些参数会自动传入_ _init_ _方法中,可以通过重写这个
2021-08-11 21:52:12 997 10
原创 零基础入门学习Python(34) 面向对象
什么是类对象是模拟真实世界,把数据和代码都封装在一起类 = 属性 + 方法一个对象的特征称为“属性”,一个对象的行为称为“方法”class Turtle: #Python中的类名约定以大写字母开头 #特征的描述称为属性,在代码层面来看其实就是变量 color = 'green' weight = '10' legs = '4' shell = True mouth = '大嘴' #方法实际就是函数,通过调用这些函数来完成某些工作
2021-08-08 15:06:01 155
原创 零基础入门学习Python(33)-图形用户界面编程(GUI编程)EasyGui
用户界面编程,即平时说的GUI(Graphical User Interface)编程,那些带有按钮、文本、输入框的窗口的编程EasyGui是一个非常简单的GUI模块,一旦导入EasyGui模块,Python实现界面开发就很简单,只是调用EasyGui函数并附上几个参数即可EasyGUI 是 Python 中一个非常简单的 GUI 编程模块,不同于其他的 GUI 生成器,它不是事件驱动的。相反,所有的 GUI 交互都是通过简地函数调用就可以实现EasyGUI 为用户提供了简单的 GUI 交互接口,..
2021-08-05 10:13:08 1973
原创 零基础入门学习Python(32)-丰富的else语句及简洁的with语句
丰富的else语句1.else与if语句搭配,“要么怎样,要么不怎样”if 条件: 条件为真执行else: 条件为假执行2.else与循环语句(for语句或者while语句)搭配,“干完了能怎样,干不完就别想怎样”else语句只在循环完成后执行,即循环中间使用break语句跳出循环,那么else里边的内容就不会被执行求一个数的最大公约数def showMaxFactor(num): count = num // 2 while count > 1:#循环小于等于1停
2021-08-03 11:16:49 81
原创 零基础入门学习Python(31)-异常处理2-try语句
try-except语句try:检测范围except Exception[as reason]:出现异常后的处理代码报错示例f = open('我为什么是一个文件.txt')#当该文件不存在时,这个代码就会有异常print(f.read())f.close()try-except解决try: f = open('我为什么是一个文件.txt')#当该文件不存在时,这个代码就会有异常 print(f.read()) f.close()except OSEr
2021-08-03 09:31:16 449
原创 零基础入门学习Python(30)-异常处理1
file_name = input('请输入需要打开的文件名:')f = open(file_name)print('文件的内容是:')for each_line in f: print(each_line)Python的异常总结异常总结AssertionError断言语句(assert)失败AttributeError尝试访问未知的对象属性EOFError用户输入文件末尾标志EOF(Ctrl+d)FloatingPointError浮
2021-07-28 10:12:58 183
原创 零基础入门学习Python(29)pickle模块
作用pickle模块几乎可以把所有Python的对象都转化为二进制的形式存放,这个过程称为pickling,从二进制形式转换为对象的过程称为unpickling.pickle.dump9data,file):将data写入file>>> import pickle>>> my_list = [123,3.14,'小甲鱼',['another list']]>>> import os>>> os.getcwd()'C:\
2021-07-27 21:28:39 350
原创 提取基因组序列
bedtools getfasta -fi Hordeum_vulgare.IBSC_v2.dna.toplevel.fa -bed HV-副本.bed > HV_DNA.fa
2021-07-20 20:02:56 1411
原创 基因家族分析-蛋白互作网络分析
与拟南芥同源比对,映射同源关系https://orthovenn2.bioinfotoolkits.net/home用拟南芥的蛋白互作网络映射自己物种蛋白质互作网络https://string.db.org/网络图美化https://cytoscape.org/
2021-07-15 21:20:24 1855
原创 在服务器无root权限手动安装texlive
前言要利用jcvi分析多物种共线性,最后报错显示没有latex,于是开始了解latex,找到了妖怪的别名特性live,利用conda安装texlive-core在后面的分析中会报错,于是手动安装先附上官方文档http://tug.org/texlive/doc/texlive-en/texlive-en.html#x1-160003.1.1下载ISO镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/systems/texlive/Images/下载到windo
2021-07-14 12:26:33 578
原创 R语言与数据分析(12)向量
R中的向量及创建方式向量,vector,是R中最重要的一个概念,它是构成其它数据结构的基础R中的向量概念与数学中的向量是不同的,类似于数学上的集合的概念,由一个或多个元素所构成向量其实是用于存储数值类型、字符型或逻辑型数据的一维数组创建向量用函数c来创建向量,c代表concatenate连接,也可以理解为收集collect,或者合并combine快捷方式创建向量:等差数列c(1:100)seq() 函数可用来调整等差差值,第一个参数为from:起始值,第二个参数为to:终止值
2021-06-02 22:16:34 255
原创 R语言与数据分析(11)R语言的数据结构
数据结构数据结构是计算机存储、组织数据的方式,数据结构是指相互之间存在一种或多种特定关系的数据元素的集合R中的数据类型1.数值型数值可以用于直接结算,加减乘除2.字符串型可以进行连接、转换、提取等3.逻辑型真或假4日期型一般编程数据结构普通数据结构向量、标量、列表、数组、多维数组特殊数据结构perl中的哈希python中的字典c语言中的指针等R对象对象:object,它是指可以赋值给变量的任何事物,包括常量、数据结构、函数,甚至图形,对象都拥有某
2021-06-02 21:26:48 248
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