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RSS订阅原创 TCGA相关分析之数据筛选 | python从TCGA-GBM的RNA-seq表达数据count中筛选出各genes对应的案例cases的表达量count矩阵
接上一篇文章，现在开始筛选数据组成count矩阵。上一篇：TCGA下载GBM患者的RNA-seq数据上一篇结束，下载到初始数据（图一图二是下载之后的文件夹以及每一个文件夹中的count数据文件）需要从每一个count数据文件中筛选出gene_name、gene_type为lncRNA、FPKM表达量，效果图如下：由于不会R语言，就用python来实现步骤：从每一个文件夹中提取出来count数据文件，整理到一个新文件夹中将所有count数据文件中需要的列提取出来，整合到一个文件中.
2022-04-20 21:32:21
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原创 python | 批量提取出每一个 xls 文件中的所需列，并重命名列名，保存到同一个新的 xls 文件中
当前文件布局：目标：代码"""说明：该程序实现将每个xls文件中的指定列提取出来，整合在一个新的xls中，保存到新路径中"""import os# import openpyxl # openpyxl模块可实现对excel文件的读、写和修改，只能处理xlsx文件，不能处理xls文件import pandas as pdimport xlrd # 读xls。只能读xls，不能读xlsximport xlwt # 写xls。只能写xls，不能写xlsx。但是不能超过255列"
2022-04-20 21:29:13
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原创 python | 批量将 tsv 文件转成 xls 文件，保存到新路径
图示：注意：pandas将不再支持xlstsv_file.to_excel(new_name) # 保存为xls文件说明：由于xlwt包不再被维护，xlwt引擎将在Pandas的未来版本中被移除。这是pandas中唯一支持xls格式编写的引擎。安装openpyxl并改为写入xlsx文件。您可以将io.excel.xls.writer 选项设置为“xlwt”来消除此警告。虽然此选项已被弃用，并且还会引发警告，但可以对其进行全局设置并取消警告。FutureWarning: As the xlwt
2022-04-20 21:17:03
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原创 python | 从指定文件夹中筛选出xml文件，复制到新的指定路径
参考：python 将指定文件夹中的指定文件放入指定文件夹中需求需要处理的文件：test为第一层，0a5593bc-7377-4328-9787-1068214f5b4f等为第二层，xml文件为第三层处理后的结果：result为新的路径，存储所有第三层的xml文件代码import osimport shutilimport re# 获取指定文件中文件名def get_filename(filetype): name = [] final_name_list =.
2022-04-18 21:55:03
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原创 TCGA数据库ensembl id 转为 gene Symbol，提取出需要的RNA种类表达谱列表信息
参考：TCGA数据库ensembl id转为gene Symbol,提取出需要的RNA种类表达谱列表信息1、打开TCGA首页，在选择 Documentation2、选择 Data 下的 mRNA3、进入 gencode ：Release 36 (GRCh38.p13)4、选择下载文件5、下载内容展示（图一为Comprehensive gene annotation | ALL，图二为 lncRNA）。从文件内容中筛选出来自己所需类型的基因就ok了（图一需要筛选所需的基因类型，图二均为.
2022-04-17 20:32:35
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原创 TCGA下载GBM患者的RNA-seq数据
参考：懒人操作之从TCGA批量下载RNASeq数据1.登录TCGA数据获取网站：https://portal.gdc.cancer.gov/。搜索GBM，选择TCGA-GBM2.选择下载的数据类型：（我需要下载的是RNA-Seq数据）。鼠标右键点击打开新页面4.对数据进行进一步筛选：（可根据自己需求筛选）5.将所有文件添加到购物车：（此购物车非彼购物车，这是不花钱的购物车）6.点击下载即可：...
2022-04-17 19:28:40
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原创 《最优化理论》：运输问题（一）求最小运费【西北角法、最小元素法、伏格尔法】
【运筹学】-运输问题(一)(运输问题模型)西北角法：在单位运价表中，每次从西北角位置选择元素，不考虑单位运价最小元素法：在单位运价表中，每次选择运价最小的元素伏格尔法：每次重新计算未被划去的行列的最小元素和次小元素的差额，选择最大差额对应列的最小元素对应的行列例题求解方法步骤一：求初始基本可行解西北角法求解（1）确定西北角（2）标识基变量：确定最大运输量（可接受量） bj 和可提供量 ai（3）确定西北角（4）标识基变量：确定最大运输量（可接受量） bj 和可提供量 a.
2022-04-03 15:30:02
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原创 Cytoscape安装教程
下载Cytoscape，准备对应版本的Java JDK官网：https://cytoscape.org/Cytoscape基于JavaJava JDK 环境配置这里就不说了安装Cytoscape1、选择JDK2、继续安装3、选择安装目录4、创建桌面图标5、默认安装完成...
2022-03-12 20:34:14
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原创 conda命令
基本命令conda info安装python指定环境conda create -n [虚拟环境名称] python=3.6.5安装环境的同时安装相应的包conda create -n [虚拟环境名称] python=3.6.5 pandas显示所有的环境conda env list进入指定的环境activate [虚拟环境名称]退出当前环境deactivate [虚拟环境名称]删除指定的环境cond
2022-03-04 16:43:28
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原创 miniconda 换源（添加镜像）
1、查看当前镜像(base) C:\Users\jcomhome>conda info active environment : base active env location : F:\miniconda\miniconda-install shell level : 1 user config file : C:\Users\jcomhome\.condarc # 配置文件位置 populated config files
2022-01-29 22:28:30
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原创 夜神模拟器：adb命令
了解更多，访问：CSDN博主Dongs丶的文章adb下载安装及使用文章目录常见命令其他常见命令启动 adb server 命令：adb start-server停止 adb server 命令：adb kill-server查询已连接设备/模拟器：adb devicesadb devices 命令经常出现以下问题：offline —— 表示设备未连接成功或无响应；device —— 设备已连接；no device —— 没有设备/模拟器连接；List of devices atta.
2021-11-16 18:28:22
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原创 uniapp：HBuilderX运行uniapp项目到夜神模拟器
文章目录1、启动夜神模拟器2、HBuilderX配置3、运行项目1、启动夜神模拟器进入到夜神模拟器启动程序所在目录，如：E:/noxInstallSpace/Nox/bin/Nox.exe，执行cmd命令或者powershell命令// 1.检查当前是否有应用占用PS E:\noxInstallSpace\Nox\bin> adb devicesadb server version (36) doesn't match this client (41); killing...* daemo
2021-11-16 18:10:20
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原创 C语言--经典100题
1、题目：有1、2、3、4四个数字，能组成多少个互不相同且无重复数字的三位数？都是多少？/*题目：有1、2、3、4四个数字，能组成多少个互不相同且无重复数字的三位数？都是多少？*/#include <stdio.h>int main(){ int arr[]={1,2,3,4}; // 创造三位数--三重循环 int n=0,result[256]; for(int i=1;i<5;i++){// i-百位,j-十位,k-个位
2021-11-06 20:47:53
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原创 偏度和峰度
numpy和pandas负责把数据准备好matplotlib负责把数据制作成图偏度和峰度偏度衡量对称性偏度>0，说明随机变量x右边偏离均值比较多，这样的数据分布称为右偏或者正偏。偏度>0，说明随机变量x左边偏离均值比较多，这样的数据分布称为左偏或者负偏。峰度峰度衡量偏度峰度比较大，说明随机变量x偏离均值的极端值比较多峰度比较小，说明随机变量x偏离均值的极端值比较少...
2021-10-08 12:50:35
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原创 卷积神经网络
第一种解释1、什么是卷积过程（1）铺垫根据上图所示，如果要处理的数据非常大，那么这种交叉的连线很不合适，比较繁杂混乱。如果旋转一下，得到平行线就会很容易处理。下面就是这个旋转的过程。（2）过程第一步第二步：旋转数字。只旋转数字，不旋转数字的方框。此时改变Z的取值，变得十分简单，只需要错位就行，很方便求卷积的过程2、为什么叫“卷积”，哪里体现了“卷”3、卷积过程总结1.卷积2.对齐3.计算卷积结果（乘积求和）4.平移5.重复3、4，直到计算出所有点的离散卷
2021-09-10 20:17:26
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原创 python：使用PyCharm创建新工程按钮灰色，提示：environment location directory is not empty
综述：无法创建的原因，是已经存在同名的虚拟环境，换个名称就能创建了使用PyCharm创建新工程时，报错：environment location directory is not empty原因是：已经存在所要创建的同名的虚拟环境
2021-08-02 18:14:23
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原创 typescript：基础知识
强类型和弱类型注：业界没有明确的定义强类型语言：不允许任意的隐式类型转换弱类型语言：允许任意的数据隐式类型转换（形参、实参的数据类型允许不一致）静态类型和动态类型Flow
2021-08-02 15:41:07
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原创 redis：redis-cli不是内部或外部命令
1、描述redis版本：Redis-x64-5.0.10下载安装方式：压缩包解压使用问题：在cmd控制台进不去redis在redis解压的文件加中能进入2、操作将redis路径配置到系统变量中3、结果能进去了
2021-07-30 18:34:16
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原创 python：关于在python虚拟环境已安装django-redis但在项目中引入时仍报错找不到modules的问题
文章目录1、问题描述2、问题思考3、在项目中安装django-redis1、问题描述在项目中引入django-redis报错，但是在引用之前已经在项目对应的python虚拟环境中执行了安装命令pip install django-redis，项目中仍然报错。后又在虚拟环境中执行安装命令，安装过程的记录显示已经存在，但是仍然存在报错。from django_redis import get_redis_connection2、问题思考思考了一下为什么会出现这样的问题，依旧认为是没有安装成功，或者
2021-07-30 16:56:30
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原创 python：第一次使用python+django创建博客demo（博客实现——2、定义用户模型类）
文章目录用户模型类1、Django默认用户认证系统（知识介绍）2、Django默认用户模型类（知识介绍）3、扩展用户属性：自定义用户模型类（操作）4、替换系统模型类：指定用户模型类（操作）5、迁移文件（操作）用户模型类1、Django默认用户认证系统（知识介绍）1、Django自带用户认证系统它处理用户账号、组、权限以及基于cookie的用户会话2、Django认证系统位置django.contrib.auth包含认证框架的核心和默认的模型3、Django认证系统同时处理认证和授权认证：验证
2021-07-28 17:30:35
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原创 python：第一次使用python+django创建博客demo（博客实现——1、注册界面）
一、创建用户模块子应用，注册用户子应用1、创建用户子应用在项目的虚拟环境 blog 中创建用户模块PS E:\pythonSave\blog\blog_python\blog> workonPass a name to activate one of the following virtualenvs:==============================================================================blogPS E:\pytho
2021-07-28 10:43:57
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原创 python：第一次使用python+django创建博客demo（从配置虚拟环境到项目创建的过程）
搭建python虚拟环境https://www.cnblogs.com/chjxbt/p/10517952.htmlPython虚拟环境的安装和配置（windows）如图所示，install成功创建一个虚拟环境：该虚拟环境位置在：修改workon路径：在系统变量中添加WORKON_HOME，并将路径设置为想要存放的位置，如：E:\python-envs\Envs在github上创建仓库，clone到本地选择要存放的目录，执行git clone http网址安装Django2.2
2021-07-26 19:51:49
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原创 uniapp：iconfont的使用，以及如何手动添加图标到iconfont.css
文章目录第一步、下载需要的图标第二步、添加到项目第三步、使用第四步、添加新图标到`iconfont.css`并使用第一步、下载需要的图标进入iconfont官网，搜索选择自己想要的图标加入购物车，下载方式选择“下载代码”，下载的是压缩包，解压解压之后，点击 demo_index.html 浏览器打开，就可以看到刚才下载的那些图标，选择 symbol 可以支持多色图标第二步、添加到项目将下图中的几个文件，复制到项目中打开iconfont.css，如下图所示，图中标出的部分就是刚才下载的
2021-07-26 18:05:28
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原创 深度学习[吴恩达]：总序（进度：1/5）
一、神经网络和深度学习（Neural Networks and Deep Learning）二、进一步学习神经网络：超参数调整（Hyperparameter tuning）、三、正则化（Regularization）、高级优化算法（advanced optimization algorithms）四、卷积神经网络CNN（Convolutional Neural Networks）五、自然语言处理NLP（Natural Language Processing）：构建序列模型（Building sequ
2021-07-25 19:49:53
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原创 深度学习-吴恩达：一、神经网络和深度学习
1、what is a Neural Network?（什么是神经网络）示例：房价预测Xsize → 神经元 → YpriceX从0开始，函数长这个样子：基于房子面积和房间数量，可以估算家庭人口数量基于邮政编码，可以估算步行化程度基于邮政编码，可以评估学校质量隐藏神经单元并不是人为指定的代表什么含义，而是神经网络根据输入层数据，自己决定这个节点是什么小结什么是神经网络？就是下图中的：2、Supervised Learning with Neural Networks （监
2021-07-25 19:29:31
1006
原创 python：从placekitten上拉取一只猫
根据小甲鱼的python课程实现的小练习代码：import urllibresponse = urllib.urlopen("http://placekitten.com/300/200")cat_img = response.read()#print(cat_img)with open('cat_300_200.jpg', 'wb') as f: f.write(cat_img)运行：查看respond对象：>>> ============ .
2021-07-21 21:00:42
340
原创 uniapp：组件间传值
组件间传值的情况：子组件→父组件父组件→子组件普通组件→普通组件1、父组件→子组件father.vue<template> <view> <view>这是父组件</view> <son :title='title' :content='content'></son> </view></template><script> import son from './son.
2021-07-13 19:24:05
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原创 uniapp：组件生命周期
生命周期钩子动作beforeCreate()实例初始化完成之后调用。此时<script>的data中的数据为undefined，尚未完成初始化，页面也尚未开始渲染create()实例创建完成之后调用。此时<script>的data中的数据完成初始化，可以拿到数据，表明能够对数据进行操作（数据的初始化）beforeMount()实例挂载之前调用。页面尚未渲染mounted()实例挂载之后调用（不能确定子组件全部挂载）。页面完成渲染，表明此时...
2021-07-12 21:52:19
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原创 uniapp：导航跳转+传参
1、导航式跳转<navigator></navigator>组件：只能跳转本地页面。目标页面必须在pages.json中注册。从A页面跳转到B页面，有以下几种情况：普通页跳转到普通页：open-type="navigate"（默认navigate）普通页跳转到tabBar页面：open-type="switchTab"tabBar页面跳转到普通页：open-type="navigate"tabBar页面跳转到tabBar页面：open-type="switchTab"
2021-07-12 17:43:28
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原创 uniapp：下拉刷新的相关内容
关于下拉刷新事件，涉及以下内容：下拉刷新样式下拉触发事件1、下拉刷新样式在 page.json 页面中设置开启下拉刷新。可以设置为globalStyle全局样式，也可以设置为某个page内的样式。"globalStyle": { "enablePullDownRefresh": true, // 开启下拉刷新 // "enablePullDownRefresh": false, // 关闭下拉刷新 "backgroundTextStyle": "light", // 下拉loading样
2021-07-11 18:34:43
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原创 uniapp：onPullDownRefresh方法中在计时器内不能实现数据绑定的问题（uniapp请求后 数据渲染不出来 或 不及时）
场景描述：模拟实现下拉刷新，在onPullDownRefresh中写了一个计时器，计时器内模拟实现异步访问，但是却不能更新绑定数据问题解决参考网站：https://ask.dcloud.net.cn/question/65845出错代码：onPullDownRefresh() { setTimeout( function() { uni.stopPullDownRefresh(); // 1s之后触发（异步） this.lists = [ '柚子', '苹果', '西瓜', '水蜜桃',
2021-07-11 18:25:16
897
原创 uniapp：在uniapp中引入iconfont
第一步：下载 iconfont第二步：将以下文件复制到项目中第三步：将iconfont.css引入到页面<style> @import url("./static/fonts/iconfont.css");</style>第四步：根据uniapp官网提示修改iconfont.css修改前：@font-face {font-family: "iconfont"; src: url('iconfont.eot?t=1576844226174'); /* IE9
2021-07-10 20:03:12
894
原创 uniapp：text组件中 space属性的三种取值的比较
space 值说明值说明ensp中文字符空格一半大小emsp中文字符空格大小nbsp根据字体设置的空格大小示例：代码：<template> <view> <view> <text>美丽中国美丽地球</text><hr/> <!-- 四个空格 = 两个字符大小，即 一个空格 = 半个字符大小 --> <text space="ensp">美
2021-07-10 12:46:04
2542
原创 考研--C语言
一、顺序程序设计1.1 基础知识空语句 ；省略头文件的库函数：printf、scanfputchargetcharprintff：format 格式（？）多个printf和单个printf多个printf和一个printf输出以下，结果是不同的，因为执行printf时执行了–、++，多个printf是有顺序的scanfsizeof()：获取数据类型的字节长度总结方法结果\n换行\tTabscanf()格
2020-08-30 09:52:47
385
原创 开发react-native配置环境应注意的版本问题
1、环境版本环境版本node12+python2.xJava JDK1.82、工具使用 npm、yarn不能使用 cnpmnpm 镜像使用taobao镜像（使用npm镜像也可以，就是可能会出现网络问题）3、Android studio 版本工具版本Android9Android SDK28Android SDK Build-Tools28.0.3...
2020-07-07 16:27:07
291
原创 Android studio 启动 react-native 项目
第一次使用Android studio运行react-native开发的App，不知道怎样去启动项目失败方式以下均失败：1、在项目目录下执行：react-native run-android2、在项目目录下执行：react-native start3、在Android studio中点击运行按钮前两个无法连接模拟器，最后一个运行报错正确方式...
2020-07-07 16:23:04
3143
原创 react 注册 form：类组件注册form，函数组件注册form
一、类组件注册 formclassDemo extends React.Component { formRef = React.createRef<FormInstance>();}
2020-07-07 15:58:26
2001
1
适用于大一的计算机导论大作业--简单的HTML网页实现静态网站（My hometown.rar）
2020-02-14
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