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原创 【论文写作】-我的第一篇论文形成记(投稿过程、课题来源、python与数学学习、实验设计、论文思路建立与写作、回复审稿人)
早上习惯性查看论文状态，发现论文接收了！心情开始激动！然后是开心，再是激动开心！！因此，我想在此记录自己第一篇论文形成过程的一些关键节点，既作经验记录，也作经验分享。我将从课题来源、python及数学学习、实验设计、论文思路建立、论文写作、回复审稿人这几个部分进行记录。
2023-04-26 22:45:29
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原创 【python学习】-matplotlib图形设置（线宽、标签、颜色、图框、线类型、图例大小位置、图框大小及像素等）
写完毕业论文啦，终于可以有时间把学到的东西整理一下，今天总结一下关于图形绘制及让图好看的操作。python 图形绘制一、图形绘制1.1简单图形1.2 改线粗、颜色、添加图例、点形状1.3 颜色设置模块1.4图例设置1.4.1 图例背景\位置\大小1.4.1.1 图例位置1.4.1.2 图例大小1.5 线类型1.6 点形状(marker)1.5 在图中添加文字(text)1.6 改刻度范围、刻度字体大小及坐标轴字体1.7 改图框粗细及图像大小像素1.7.1 图框粗细1.7.2 去除任意坐标轴1.7.3 图像
2020-05-20 16:20:47
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原创 关于美赛论文书写经验
下面我分享几点我认为在数学建模中非常重要的写作经验。【注】本人做的是机理建模题目，以下经验仅供参考。 比赛前【模板】自己一定要先做好写作模板，这样可以在写的过程中就可以注意论文每章的篇幅。后期调可能就会出现表格跨页，题注与表格/图片跨页，这是很难看的。而且很重要的就是比赛最后都是狂写论文，浪费时间调格式不是很明智。建议模板除了只有Team Control Number,Problem C...
2019-01-29 17:57:09
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原创 【VASP学习】在Ubuntu系统安装vasp.5.4.4的全过程(包括VASP官方学习资料、安装过程中相关编辑器的配置、VASP的编译及VASP的测试)
VASP是基于第一性原理对原子尺度的材料进行模拟计算的软件。本文将详细记录该软件的安装过程及相关参考资料。
2024-04-05 11:07:44
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原创 【CP2K学习】-在Ubuntu上安装CP2K的全过程(包括gcc,gfortran,MKL等配置)
CP2K是第一性原理计算程序中发展迅速的程序之一，因其开源性、速度性等优点，是广大计算化学研究者的选择。本文档用于记录在Ubuntu上安装CP2K的全过程
2023-08-23 23:00:08
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原创 【打杂记录】-能否开发一个报账系统，自动批量识别与完成报账任务？
因此，可以开发一款系统(目前市面上肯定已经有了)自动识别发票、对发票进行验证，仅提取财务老师需要审核的信息出来，发送到财务老师的任务列表。起初，接手财务工作时，我时常在看文献或者写代码时被同学们打断，只为了给我一张发票。我在研二一年负责实验室的报账工作，近期终于有机会将工作交接给下一位负责人，我的科研时间又回来了。我希望学校的报账流程能有所改进，起码要将线下的盖章工作转为线上，线下的审核工作转为线上的定点审核，，即便总的时间可能一个月只需要两三天，但就是影响了，不管是情绪上，还是科研进度上。
2023-06-27 15:53:05
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原创 【Shermo学习】使用shermo批量读入ORCA频率计算结果文件，并批量输出热力学校正数据
本文基于Shermo程序，对ORCA频率计算的结果进行处理，批量输出热力学校正量。
2023-06-26 16:37:25
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原创 【python学习】-读入xlsx文件，将datetime.time转为minute的格式，并将新数据存入csv文件
接到一个需求，师兄在做稳定性测试时，时间显示格式为，数据用来画图显示很奇怪，不符合常规的科学形式，希望能将这个时间转为minute显示。
2023-06-15 20:05:48
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原创 【python学习】根据修改日期筛选文件夹下的文件，并将文件复制进以修改日期命名的新文件夹
本文使用python语言实现从文件夹搜索特定修改日期的文件，并复制到新的文件夹，新的文件夹名字以修改日期命名。
2023-04-28 11:04:17
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原创 【python学习】批量从含有多列数据的txt文件中提取某个数据，并存入csv文件
实现从txt文件中提取某个电位对应的电流，然后再找这个电流的一半所对应的电位，将以上这些数据提取出来，存入csv文件中
2023-03-01 18:54:32
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原创 【python学习】pandas筛选csv文件中含有某个字段的整行数据，并存入新csv文件
本次任务是根据csv文件中某字段，筛选出含有该字段的整行数据，并存入新的csv文件。
2023-02-21 22:37:24
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原创 【endnote学习】为什么引用文献时期刊名没有显示为缩写名形式
在引用文献时，发现有个别文献引用信息中期刊名没有显示为缩写形式。本文通过例子说明如何从源头上使引用信息正确显示期刊缩写名。通过进入endnote的term lists,自行添加期刊缩写名即可实现
2022-12-27 20:53:04
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原创 【endnote学习】解决为什么文献引用后出现年/月/日格式(endnote对其他类型引用文件的不兼容导致)
在一次文献引用中发现，引用后的文献格式里面多了年/月/日格式。检查后发现原因在于导入文献引用信息文件时，导入的是RIS文件，而不是enw文件。endnote不能很好识别其他类型的文件
2022-12-27 19:46:17
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原创 【数据结构学习1】-递归与循环实现区别（python实例）
本文档用于记录学习数据结构过程中的一些实例，加深对数据结构本身的了解。本次文章首先记录关于递归实现与循环实现的区别，从算法本身理解不同的数据结构，其实现的结果虽然相同，但效率上可能不同。这就是数据结构的魅力所在
2022-12-23 15:33:15
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原创 【ASE+python学习】-批量识别石墨烯团簇结构中的吡啶氮，并删除与其相连的氢
怎么样可以让程序自动识别出吡啶氮的位置，然后找到相连的氢，自动把它删除呢？我针对这个任务的特点，剖析了每个实现步骤，尝试使用简单的数学方法结合for循环、if条件结构将步骤程序化。
2022-12-04 13:17:11
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原创 【ASE+python学习】批量实现将含有空位的结构进行氢饱和(实际就是在某个位置添加氢原子)
在搬砖过程中，我经常要对大批量的含有空位的结构进行氢饱和处理。如果一个个打开结构，然后进行加氢，我估计要累死，对颈椎及其不友好。而且这种简单且没有技术含量的工作，我想可以用更科学的方式进行实现。
2022-11-18 19:40:11
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原创 【shell学习】解决报错：syntax error near unexpected token `$‘do\r‘‘
解决脚本运行过程中的报错：syntax error near unexpected token `$'do\r''
2022-11-11 22:40:22
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原创 【Multiwfn学习】-Multiwfn批量读入xyz结构文件并生成ORCA输入文件
在科研过程中，有时需要计算大批量的同类结构，过程中涉及很多重复操作。因此借助一些工具将重复的任务智能化，是一个非常理智的选择。本文通过使用Multiwfn实现批量产生ORCA输入文件，提高科研效率。
2022-11-11 17:07:34
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原创 【python学习】从多个文件夹中识别文件名相同的文件，并重命名复制存储在新路径下
在量化计算中，对多个结构进行计算后，会产生一系列的结果文件，其中每个结构的结果文件的名字均有相同的。比如，对五个结构进行xtb结构优化，优化后产生的结构文件名均为：xtbopt.xyz。接着想基于优化后的结构文件进行进一步计算。因此需要先将这个结构文件提取出来，并存储在新的文件夹下，方便后续处理。定义好文件夹路径、新文件夹路径及文件夹名字，运行函数。即可完成文件的识别、重命名与复制。
2022-11-08 17:33:16
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原创 【ASE学习】-测量石墨烯结构的碳碳键平均键长
本文使用ASE测量下面团簇结构的碳碳键键长，用于验证结构优化方法是否合理。即该团簇结构中的碳碳键平均键长为：1.427652873317778埃。实验上测得的碳碳键键长为1.42埃。因此计算误差为：0.5%左右。
2022-10-30 18:59:41
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原创 【OCRA学习】在linux系统安装ORCA，并与xtb联用配置
由于计算需要，需要先对计算体系进行GFN-xTB预优化/初筛，再使用其他泛函、基组进一步优化。因此需要依次完成三个操作：ORCA安装，xtb安装，xtb与ORCA配置联用。
2022-10-19 22:22:58
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原创 【xtb学习】-在windows系统上安装xtb
xtb是量子化学计算中的一个程序，主要用于实现GFN-xTB方法(半经验层面的DFT)计算。
2022-10-18 19:47:56
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原创 【ORCA学习】-在windows系统安装ORCA
ORCA是量子化学计算中可以实现多种计算方法的程序包(An ab initio, DFT and semiempirical SCF-MO package)
2022-10-17 20:03:22
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原创 【python学习】-字典学习(访问字典所有键与值、修改与更新字典、删除字典)
添加字典元素 dict_exam = {#使用popitem()删除字典中的最后一对键和值 dict_exam = {'name' : 'yuan' , 'year' : 24 } dict_exam . popitem() #默认输出最后的键对值 print(dict_exam)
2022-09-27 19:51:08
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原创 【文献复现】-氧还原反应塔菲尔斜率绘制(文献阅读)
本文主要是记录文献阅读与文献复现的内容，所阅读的文献为：Shinagawa_2015_Nature_。这篇文献介绍了多个电化学反应(包括HER,OER,HOR,ORR)的塔菲尔斜率情况。在此，本文主要对ORR(氧还原反应)部分的模型进行复现。
2022-09-19 22:44:58
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原创 【python学习】matplotlib绘制对数坐标图(保留原数值)
在科研生活中，有时遇到变量数值相差较大，绘制在图上看着不清晰也不美观，因此一般可以绘制对数坐标图。但很多人对这种图的理解有偏差，以为是自己在处理数据时，先计算数据的对数值，再将计算后的对数值进行绘图。这是不专业的做法。对数图的核心在于保留原数据，但坐标内部自行进行对数化，正确的对数图其坐标值显示的仍是原数据，而不是数据的对数值。
2022-09-15 12:29:51
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原创 【python学习】-matplotlib绘制三Y轴图形及其格式优化
本文记录绘制三Y轴图形的学习过程。基于，对图形进行格式美化，使其符合期刊要求。
2022-09-13 17:39:58
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原创 【python学习】按行读取txt文件，将数据按列存入csv文件
在科研实验中，有时候会得到很多存储在txt文件的数据文件，这不利于直接用于画图，在此，使用python将txt文件中的数据按列存储进csv文件。这里面涉及几个知识点：函数、if结构、遍历文件夹、创建文件夹、移除文件、按行读取文件、去除字符串中的空格、列表添加元素、将输入按列存入csv文件。
2022-09-08 21:48:47
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原创 【考研系列】-二战在家复习经历
在标题，我用的是经历，而不是经验，因为前几天刚考完研，我现在对了答案，我可能仅仅上线或是差一点才上线。如此看来，我的成绩的确很低，所以我的经历反而应是对后来者的警醒，不要重蹈我的覆辙，而不是那些高分经验贴。因此我希望用博客来记录我五个月的懒惰或是粗心，提醒以后的自己，任何时候都要尽力而为，全力以赴，珍惜时间，而不要打擦边球。目录复习概况状态变化8月初-10月11月12月各科学习数学英语政治专业课复习概况【考研环境/地点】在位于农村的家里，环境大多数时间..
2022-09-03 20:50:06
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原创 【python学习】-列表的使用(添加/移除元素、寻找指定元素索引、列表复制等)
使用copy()对列表进行浅复制，浅意味着如果前面的列表发生变化，复制后的列表也会发生变化。移除列表指定位置的元素，pop(i)中的i表示该元素索引，使用后会默认输出返回该删除元素。在列表指定位置添加一个元素，i指插入位置的前面元素的索引，元素x会插入到该元素的前面。根据已知元素，找到该元素在列表中出现的总次数，count(x)中x指已知元素。#复制后的列表没有与原列表完全分离开，不是一个独立的列表，与原列表仍存在联系。移除列表中元素为x的第一个元素，即如果列表中有多个x，默认移除第一个x元素。...
2022-08-18 21:40:38
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原创 【python报错解决】findfont: Font family [‘Arial‘] not found. Falling back to DejaVu Sans.
复制完Arial字体文件后，删除该运行环境下matplotlib缓冲文件，具体操作为：rm -rf ~/.cache/matplotlib。从windows系统中找到相应的字体文件，然后复制上传到ubuntu系统中。使用命令关闭终端：Ctrl + D。重新进入终端，即可完成字体配置。...
2022-08-14 22:46:25
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