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原创 如何给jupyter notebook 添加多个python kernel
给已安装好的python 添加ipykernel 包:pip3 install ipykernelpython3 -m ipykernel install --name node02python3 --user运行jupyter-notebookjupyter-notebook
2019-06-24 11:36:05 806
原创 jupyter-notebook 无法调用命令行下已经安装的module
python3 已经安装了keras 但是jupyter-notebook 在交互模式下时无法调用问题解决如下:需要重新安装ipykernelpython3 -m pip install ipykernelpython3 -m ipykernel install --user...
2019-03-16 15:29:33 1861 1
翻译 ENA 上传的原始测序fastq文件文件有没有barcode和引物呢?
作为一个生物信息学二代测序方面的科研工作者,经常会用到ENA ,SRA等数据库的原始测序数据fastq,但是一直疑问是否该测序数据中包含barcode和引物,仔细阅读了ENA上传数据的要求在fastq 提交的格式要求为不允许有技术性的测序序列如 接头 ,引物,barcodes标签。...
2019-02-23 18:06:53 2646 1
原创 /lib64/libcairo.so.2: undefined symbol: FT_Get_Var_Design_Coordinates R语言作图时报错
经网上查找本来以为是cairo 这个库有问题,就重新卸载安装了一遍yum remove cairo-devel ##卸载现有的库yum install cairo-devel ##重新安装这个库但是测试R 作图时还是报错,报错内容如下:重新查找发现可能需要安装freetype-freeworld-2.6.5-6.el7.nux.src.rpm下载并安装了:wget...
2019-02-22 23:28:17 7056 1
翻译 aspera 下载ENA 数据报错Error: Client unable to connect to server (check UDP port and firewall
在使用aspera下载ENA数据时报错opt/.aspera/connect/bin/ascp -QT -l 300m -P33001 -i opt/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR151/000/ERR1513640/ERR1513640.fast...
2019-02-18 23:31:16 5823 3
原创 NCCN指南下载以后无法复制,粘贴原因及PDF密码破解
下载NCCN指南后无法复制,最后经网络查找发现:PDF文件是受保护的状态,也就是加密的PDF文档如何破解加密的PDF呢?有一个简单的方法:1 首先将该PDF文档拖到google chrome 浏览器中: 2 点击右上角打印按钮:3 然后点击保存,保存之后的文档再用PDF阅读器打开如下图:红线标注的部分已经没有显示(secured),此时就可以复制粘贴了...
2019-01-13 20:38:00 2852 1
原创 遗传病变异注释预测工具安装系列之------Exomiser 安装及bug处理
Exomiser是一个Java程序,它从全外显子组或全基因组测序数据中发现潜在的致病变异。Java 版本必须为1.8以上。Exomiser 最新版本下载wget -c https://github.com/exomiser/Exomiser/releases/download/11.0.0/exomiser-cli-11.0.0-distribution.zipunzip ...
2018-12-21 11:20:44 1076
原创 git clone 命令报错fatal: unable to access '.....'error setting certificate verify
git clone 下载github 源文件报错解决:执行如下命令行即可:git config --global http.sslverify "false" #### 让git 不在验证安全证书
2018-12-18 16:36:35 867
原创 linux 所有服务都无法开启,查看log Fatal server error (EE) Could not create lock file in /tmp/.tX0-lock
多方查找发现是因为系统盘为readonly 的状态,因此导致无法写入临时文件,而无法开启服务mount -o remount rw /最后经过多方面查看,发现是/etc/fstab 发生了修改,原先挂载的系统盘的UUID发生了错误的挂载...
2018-09-15 20:56:41 2233 4
原创 gluster 分布式文件系统NFS挂载
通过gluster 对两台存储节点架构分布式文件系统,形成一个卷 两台存储其 node01 IP 为10.1.1.21,node02 IP为10.1.1.22命令行直接挂载#:mount -t nfs -o vers=3 10.1.1.21:/fs01 /mnt/通过修改fstab 自动挂载: ...
2018-09-14 21:11:43 2993
翻译 root 用户可以通过X11转播打开firefox 普通用户不可以问题解决
将root用户cp /root/.Xauthority /home/username/cd /home/usernamechown username .Xauthority即可以
2018-09-14 20:49:11 1863
原创 blast2go centos mysql 5.7++ 安装报错ERROR 1819 (HY000) at line 4
1)解决导入数据mysql -uroot -p passwd <b2gdb.sql 报错ERROR 1819 (HY000) at line 4: Your password does not satisfy the current policy requirementsmysql -uroot -p passwd 登陆mysqlmysql> set global valida...
2018-09-05 22:19:24 308
原创 GLPK: No such file or directory error when trying to install R package Centos R 安装Rglpk报错
R 安装Rglpk 报依赖 glpk 的librarysudo yum install glpk* -y然后打开R交互环境install.packages(‘Rglpk’)
2018-09-04 16:11:34 1093
原创 rjags R 安装报错automatic detection of JAGS failed. Please use pkg-config to locate the JAGS library
首先:centos 下安装jags 下载http://download.opensuse.org/repositories/home:/cornell_vrdc/CentOS_7/x86_64/jags4-4.3.0-67.1.x86_64.rpmsudo rpm -i jags4-4.3.0-67.1.x86_64.rpm下载http://download.opensuse.org/...
2018-09-04 15:56:44 4889
翻译 解决aspera 下载ENA 数据报错Session Stop (Error: Client unable to connect to server (check UDP port and fire
需要在root权限下设置udp端口使用iptable设置如下:iptables -I INPUT -p udp --dport 33001 -j ACCEPTiptables -I OUTPUT -p udp --dport 33001 -j ACCEPT
2018-07-18 21:52:15 9882 1
原创 解决打开firefox 报错Error: GDK_BACKEND does not match available displays
vim /etc/ssh/sshd_config X11Forwarding yesyum install xorg-x11-xauth xorg-x11-fonts-* xorg-x11-font-utils xorg-x11-fonts-Type1
2018-07-11 15:56:28 7250 3
原创 配置了SSH 任然无法实现无密码登陆的问题
1)修改.ssh 目录权限chmod 700 .ssh ,同时修改chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys如果任然无法登陆2)查看/etc/selinux/config 配置设置 SELINUX=disabled
2018-06-28 09:05:06 323
原创 使用iptable端口映射,实现X11 在内网linux 服务器打开GUI界面
现在有两台linux服务器A,B。A有公网IP(202.116.xxx.xx) 同时有内网IP(198.162.10.1),B有内网IP(198.162.10.2). A服务器能使用xshell 等工具通过公网IP 登陆,并通过X11转发打开A的GUI。访问B,需通过A SSH登陆,但是无法打开GUI界面,为了实现B打开GUI界面,又不影响通过A访问B,通过iptable 进行端口映射(此操作在A...
2018-05-20 11:01:04 1920 1
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