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原创 DGL- Message Passing
Message Passing这是一篇关于DGL消息传递的读后感。Message Passing Paradigm 这里,xv∈Rd1x_v\in\mathbb{R}^{d_1}xv∈Rd1是节点vvv的特征,we∈Rd2w_e\in\mathbb{R}^{d_2}we∈Rd2是边(u,v)(u,v)(u,v)的特征。这个t+1时刻的消息传递框架定义如下的逐边(node-wise)和逐边的计算:Edge-wise:met+1=ϕ(xvt,xut,wet), (u,v,e)∈ε
2020-11-14 15:20:45 746 3
原创 一切都是为了构建更深的网络
一切都是为了构建更深的网络 很多实验表明:深度网络可以比浅层网络更有效地表示某些函数。但是,随着深度的增加,优化的问题也就接踵而来。那么,为了解决难以优化的问题,提出了相当多的策略:开发更好的优化器(Optimizer),(Well-designed)精心设计参数的初始化、对特定的激活函数维持方差标准化。但是,以上这些策略过于定制化,不同的数据可能需要不同策略。 Highway Networks由此诞生,它受LSTM网络启发(不懂LSTM网络也没有关系,懂的话就更好)。采用控制门(gate)的思
2020-09-01 18:01:52 286
原创 BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database
BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database在本地使用blast确实比较麻烦,需要两个步骤建库比对这里,根据官网提供的信息,建库又需要两个步骤;产生masking data产生真正的BLAST数据库1.建库1.1 创建mask information files.创建mask informations files有方式,大同小异,在"建库"上的链接可以查询。这里讲一种方法。使用dus
2020-06-06 13:18:28 4517
翻译 Word embedding
Word embedding 什么是词嵌入?为什么我们需要使用词嵌入?再深入探讨这些例子前,让我们看一下一些例子。 有很多网站,例如:Amazon、IMDB,要求我们使用他们的产品时给予反馈。 我们会使用一些词到谷歌去搜索,并且返回与搜索词相关的内容。 有一些博客上,在某些位置贴了一些关于这个博客的标签。 这些技术是如何实现的?实际上再写是文本处理的应用。我们使...
2020-02-20 15:45:20 360
原创 使用numpy对列向量和行向量进行相乘
假设有矩阵U=和矩阵W =PS,必须保证这两个向量都是从numpy生成的若要用U的第一列和W的第一行进行相乘,步骤如下:首先获取矩阵U的的第一列的列向量:U[:,1].reshape(len(U[0]),1)其次,获取W的第一行的行向量W[0].reshape(1,len(W[0]))最后,将列向量和行向量相乘U[:,0].reshape...
2019-07-24 11:48:58 7978
原创 使用Biopython访问NCBI's Entrez数据库
1.Entrez Guidelines 对于超过100次的访问,请在周末时间或者错开USA的高峰时间,这是你需要去遵守的。 Biopython使用的是 https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov 这个网址,并不是标准的NCBI网址。 如果你使用API访问时,你最多能在一分钟访问10次,否则只能在一分钟访问3次。 使用可选参数email以至...
2019-05-31 14:27:48 2865 1
原创 Python——数据排序
在这里,您将学到:如何对可迭代对象(列表、元组、字典)排序如何对数据表进行排序如何按升序、降序排序如何根据给定列进行排序
2019-05-13 22:06:17 960
原创 python——删除列表、字典、文件和集合中元素
1.删除列表元素 有几种方法可以从列表中删除数据项。 1.1 pop方法 1.1.1 在不传递参数的情况下,默认删除最后一个。data = [1,2,3,4,3,5,7]print(data.pop()) #将会输出末位元素:7print(data) #输出: 1,2,3,4,3,5 1.1.2 传递参数时,会以参数作为索...
2019-05-10 20:33:54 4527
原创 图像处理的预热知识-卷积
为了接下来要讲的图像的滤波和边缘处理,这里介绍详细介绍下一维、二维卷积操作的过程。这里我不一开始就拿出公式,从其物理意义入手可能会更好理解,其中可能会涉及一些概念,我没具体展开的、想要深入了解的朋友请自行百度,这里重点介绍卷积的整个思想、过程,应用将在下一节介绍。-----------------------------------------------------------...
2019-01-13 15:54:37 317
原创 OpenCV-修改图片的大小-resize()函数
在处理图片时,常常需要时得修改图片的比例或者匹配另外一张图片的大小,那就可以使用resize(),重新修改源图片的大小或使得和另外一张图片尺寸相同。首先看看resize()的参数void resize( InputArray src, OutputArray dst,Size dsize, double fx = 0, double fy = 0,int interpolat...
2019-01-09 21:53:02 3185
空空如也
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