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RSS订阅原创 没有Realek高清音频管理器，Win10系统没有声音怎么办？
由于win10系统默认没有安装Realtek高清音频管理器而导致电脑没有声音。首先，需要download Realtek高清音频管理器.网址为，Realtek高清音频管理器下载然后安装即可。
2021-09-05 14:43:11
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原创 endnote 引用参考文献时只把年份写在括号中，作者在括号外要怎么解决
这个问题只需要右键已经插好的文件格式，比如endnote文件格式选择 “APA 6th”格式。弹出界面如图所示，选择 **Display As Author(Year)**即可。效果如下：
2021-08-23 21:26:32
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原创 mris_convert用法 surface文件格式的转换
convert MRI-surface data formats该语句用于surface格式的转换。-c 输入是一个scalar curv overlay文件，比如lh.curvlh.curv是皮层的曲率文件，在inflated surface 格式下可以看到沟（sulci）和回。workbench 需要识别func.gii格式的文件。所以需要用到mris_convert去转换文件格式。mris_convert -c lh.curv lh.inflated lh.curv.func.gii
2021-08-03 19:30:56
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原创 组内相关系数在脑功能磁共振(fMRI)的应用
组内相关系数（The Intraclass Correlation Coefficient）是测量实验可重复性的指标。例如某项实验有n个测量目标值，重复测量了k次。举个例子有一个nk的矩阵。BMS表示测量目标(row)之间的组间均方差（mean square)。WMS表示测量目标的组内均方差。JMS表示重复测量（column）之间的组间均方差。EMS表示残差的均方差。以下是常用的三种ICC的计算方式：假设有一个64的矩阵，根据公式计算可得，因此，有：下面贴出ICC的计算matlab脚本。
2021-07-21 10:56:11
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原创 移动硬盘或U盘无法安全弹出怎么快速安全弹出？
一、打开控制面板-管理工具二、选择事件查看器三、选择Windows日志下系统，点击警告查看是哪个进程阻止了U盘得弹出，然后打开任务管理器。利用进程ID结束该进程。四、右键结束任务进程。然后移动硬盘就可以安全弹出了。...
2021-06-28 10:29:05
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原创 afni如何将3dMEMA组分析的结果做多重比较校正-Cluster correction（3dClustSim）
afni在组水平进行混合效应建模分析，3dMEMA一般适用于个体水平3dREMLfit的结果进行组分析。但是无法像3dttest一样在组分析的同时进行Cluster correction。1 将个体水平的残差文件进行组平均。2 AFNI的聚类校正方法要求用户估计数据的平滑度，然后使用这些平滑度估计来确定显著聚类的阈值。要做到这一点，您首先需要在被试的errts文件上运行3dFWHMx，该文件包含所有未建模的残差—噪声。3dFWHMx -mask mask_group+tlrc -input errt
2021-06-06 18:44:52
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原创 多体素模式识别工具箱（TDT toolbox ）如何并行计算？
问题描述在32核的服务器上运行The decoding toolbox (TDT)。利用searchlight的方法分析，searchlight的数目是140434个。解码代码如下：cfg = decoding_describe_data(cfg,{labelname1 labelname2 labelname3 labelname4},[-1.5 -0.5 0.5 1.5],regressor_names,beta_loc);cfg.decoding.method = ‘regression’;
2021-05-14 11:53:39
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原创 分子影像学定量分析工具-pmod软件下载与安装
一、介绍PMOD包括一套全面的用户友好和强大的工具。每一个工具都有对应的主要分析任务，如动力学建模（kinetic modeling），参数化映射（parametric mapping），图像配准（ image registration），三维渲染（ 3D rendering ）和模式分析（ pattern analysis）。所有的这些功能组合在一起，可以分析对人体和动物进行各种各样的研究。二、借用两个月因为PMOD是一个商业软件，可以用自己的邮箱进行邮箱注册后然后下载安装。添加链接描述pmod邮
2021-04-27 09:30:08
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原创 脑功能影像分析之多体素模式识别（MVPA）（一）
来源于网站 carney institute for brain science脑功能影像分析之多体素模式识别一 数据集介绍数据集下载此文件夹包含以下内容：raw data for the 8 runs (run#.nii)pre-processed data for the 8 runs (run#.preproc.nii)stimulus timing files (stimuli.block.onsets.1D)ROI mask (final.mask.nii)training da
2021-03-20 10:50:19
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原创 afni的3dTshift报错：WARNING: dataset is already aligned in time!output dataset is just a copy of input！
3dTshift处理数据时，如果该数据里不包含每一层图像采集的时间信息，那么将无法进行层间时间校正，即出现以下警告：++ 3dTshift: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (Apr 22 2015) [64-bit] *+ WARNING: dataset is already aligned in time! *+ WARNING: ==>> output dataset is just a copy of input dataset解决办法：
2020-11-11 16:12:21
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原创 如何在 surface file画ROI（tksurfer）
GIfTIit is the surface-file format complement to the NIfTI volume-file format.In Freesurfer, the GUI utilities freeview and tksurfer can open and display .gii files directly.mris_convertThe tool ‘mris_convert’ can be used to convert between native Free
2020-11-06 15:10:05
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原创 freesurfer 数据格式
GIfTI 数据格式it is the surface-file format complement to the NIfTI volume-file format .nii.mris_convertThe tool ‘mris_convert’ can be used to convert between native Freesurfer surface formats (like lh.pial) and gifti (lh.pial.gii) for exchange with oth
2020-07-23 21:50:07
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原创 afni 3dDeconvolve 因为系统运行内存不够而killed
可以尝试利用以下选项来节省内存，这样会使得该程序将运行较慢。-virtvec为了节省内存，将输入数据集写入成一个临时文件，然后仅根据需要从中读取数据向量。仅当-jobs 大于1时才会生效还可以通过删除该选项，节省20-30％的RAM-fitts ...
2020-07-13 22:03:05
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原创 fMRI Tutorial:FSL处理功能核磁共振数据
第一步：下载数据任务：the Flanker task数据来源：Openneuro第二步：描述the Flanker task认知心理学的经典实验，作用为评估忽略干扰刺激的认知能力。被试的任务：用按键指出图片中最中间的箭头的方向。图片分为两类：一类是中间箭头方向与左右不一致（Incongruent）；一类是中间箭头方向与左右两边一致(Congruent)。如果想自己体验这个认知实验...
2020-04-08 10:14:17
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原创 fmri分析教程：组分析Group Analysis
Overview 我们分析神经影像数据集的目的是将个体水平的结果推广到抽样的总体。换句话说，如果我们在样本中看到大脑活动的变化，我们能说在人群中也可能看到这些变化吗? 为了测试这一点，我们将运行一个组级分析(也称为a second-level analysis)。在AFNI中，这意味着我们计算标准误差和对比估计的平均值，然后测试平均值的估计是否具有统计意义。我们将以两种方式进行组分析:...
2020-02-29 12:07:45
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原创 AFNI program：3dREMLfit
首先运行3dDeconvolve生成input matrix (.xmat.1D) file；3dDeconvolve also prints out a cognate command line for running3dREMLfit, which should get you going with relative ease
2019-12-28 17:05:52
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原创 功能核磁共振成像资料分享汇总
一本书Functional Magnetic Resonance ImagingAuthor(s): Scott A. Huettel; Allen W. Song; Gregory McCarthyPublisher: Sinauer, Year: 2014ISBN: 0878936270,9780878936274并且该书有一个配套的网址：Functional Magnetic R...
2019-12-27 19:45:52
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原创 afni界面没有Plugin，导致无法画ROI
如何在afni界面添加Plugin首先；明确的你的shell编程环境，运行以下命令echo $SHELL如果得到的反馈是 /bin/csh or /bin/tcsh；然后执行以下命令setenv AFNI_PLUGINPATH=/home/neurohyper/abin如果得到的反馈是/bin/bash；然后执行以下命令export AFNI_PLUGINPATH=/home/ne...
2019-12-14 19:29:04
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原创 AFNI program: 3drefit
Usage: 3drefit [options] dataset …Changes some of the information inside a 3D dataset’s header,To see the current values stored in a .HEAD file, use the command‘3dinfo dataset’. Using 3dinfo both ...
2019-11-27 20:22:38
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原创 Ubuntu安装软件，E: Unable to correct problems, you have held broken packages
首先键盘输入Alt+F2输入software-properties-gtk并且回车；sudo apt-get updatesudo apt-get install r-base-dev
2019-11-22 14:50:10
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原创 设置afni环境变量—打开afni加载默认的大脑模板
打开afni的默认安装目录～/abin,里面有个对afni环境变量描述的文件README.environment。根据该文件对环境变量的功能描述，可以设置各种环境变量使得afni的操作简洁。举个例子；Variable: AFNI_GLOBAL_SESSION-----------------------------This variable, if it exists, is the na...
2019-11-10 16:14:18
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原创 AFNI program: 3dDeconvolve
Output consists of an AFNI ‘bucket’ type dataset containing[-stim_times k tname Rmodel]Generate the k-th response model from a set of stimulus times given in file ‘tname’从tname文件中产生第k个响应模型`'BLO...
2019-11-08 15:26:27
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原创 味觉感知的生物学知识
味觉信息一旦从舌和喉的味觉感受器细胞流出，就沿着三条颅神经XII(鼓索)、IX(舌咽神经)和X(舌神经)流向孤束核(NST)在啮齿动物中，信息在分裂为情感性(下丘脑、中央灰质、腹侧纹状体)和感觉性(丘脑)流之前，会流向臂旁核.In contrast, in primates, as well as humans, information flows from the NST to the ven...
2019-11-08 09:50:00
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原创 脑功能影像分析工具包afni指令-3dcalc-做体素之间的计算
3dcalc - AFNI’s calculator program用法1：3dcalc -a dsetA [-b dsetB…] \-expr EXPRESSION \[options]例子：计算三个afni文件的对应像素的均值， 3dcalc -a fred+tlrc -b ethel+tlrc -c lucy+tlrc \ -expr '(a...
2019-11-05 19:49:48
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原创 多元线性回归分析示例
GLM模型应用于脑功能影像分析时，在某个因素影响下，由beta图，经过t检验得到脑区显著激活的区域。应用于其他地方也可加深我们对于模型的理解。clc,clear;X=[ 136.5 215 136.5 250 136.5 180 138.5 250 ...
2019-11-04 21:37:08
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原创 afni GLM模型分析激活的脑区 (FMRI Data Analysis at Individual Level)
对于fmri实验的简单描述：实验设计：Rapid event-related一共有4种类型的实验刺激实验数据的参数：数据分析的第一部分为个体水平的分析：首先对数据进行预处理然后3dDeconvolve实验数据下载为 AFNI_data2.tgz，网址为Afni_data2...
2019-10-27 21:53:40
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原创 功能核磁共振影像分析AFNI教程（3）
Processing block: regress预处理模块：回归这是单被试分析中的主要步骤-对我们的模型进行回归分析。我们的回归模型由几个简单的部分组成：1.多项式基线，用于说明扫描的平均值以及缓慢的基线漂移2.对兴趣刺激的反应3.运动参数，意在解决残余运动影响 ，3dvolreg无法完美纠正The proc.FT script: 3dDeconvolve -inpu...
2019-09-28 10:15:31
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原创 功能核磁共振影像分析AFNI教程（2）
符号#代表对shell程序的注释，# set list of runsset runs = (`count -digits 2 1 3`)这是第一个tcat模块，这是将输入数据复制到结果目录的最后一步。该3dTcat程序用于将EPI数据复制到结果目录，而从每次运行中删除第一个TR（根据afni_proc.py选项，-tcat_remove_first_trs）。 即使没有删除TR，也可以...
2019-09-26 16:51:44
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原创 功能核磁共振影像分析AFNI教程（1）
AFNI有丰富的学习资源，但是可能入门需要编程基础。理解每个语句的含义以及掌握一些基本的Linux系统语句就可以完成。首先，介绍一个学习网址，https://www.youtube.com/playlist?list=PLIQIswOrUH6-v5EWwFdMsTZttt4407KW9首先，需要下载基本的学习资料以及一些范例教程。介绍第一个fmri实验，Speech Perception...
2019-09-25 12:02:52
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原创 一般线性模型之功能磁共振成像（the general linear model applied to fmri）
功能磁共振影像数据统计分析的目标主要包括：localizing brain areas activated by the taskdetermining networks corresponding to brain functionmaking predictions about psychological or disease statesThe general linear mo...
2019-09-12 15:22:42
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原创 matlab 3D表面与体积绘制
3D Rendering 三维渲染Direct Volume Rendering 直接的体绘制通过改变基于像素强度的颜色、不透明度和阴影部分，可以生动地重建解剖结构。如图所示Surface Rendering 表面绘制组织界面上的像素可以通过一个特定的阈值来确定然后利用多个三角形构成的表面对选中的像素值进行覆盖，即利用Marching cubes algorithm算法进行表面绘...
2019-08-01 19:25:10
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原创 matlab将灰度图像伪彩色图像处理（自己编写的color function）
1.首先利用matlab读取彩色图像，imread2.利用rgb2gray将彩色图像转化为灰度图像3.利用color函数对不同的灰度值进行着色clc;clearzd=imread('zd2.jpg');zd=double(rgb2gray(zd));figure;subplot(1,2,1)imshow(zd,[])B=color(zd);subplot(1,2,2)imsh...
2019-07-31 20:41:33
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原创 使用fsl处理dti数据(ubuntu16.04)
得到“FA”的文件，和三个正交矢量（V1，V2，V3）。步骤如下：从Unix命令行，将目录更改为包含DTI数据的文件夹（例如’cd~ / tutorial’）从命令行键入“FSL＆”启动FSL。按下FSL主菜单中的“FDT Diffusion”按钮，显示扩散处理窗口。在顶部，选择EDDY CURRENT CORRECTION。按文件夹图标选择图像（例如DTI30s010.nii.gz）...
2019-07-05 19:38:19
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原创 如何理解fMRI BOLD信号的神经起源？
Functional magnetic resonance imaging (fMRI) is becoming a popular non-invasive tool for imaging functionally active brain regions in health and in disease.功能磁共振成像最常见的方法是血氧水平相关(BOLD)成像，自发现以来一直主导着这一领域。...
2019-06-28 16:41:30
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原创 如何把图片变成公式
这里给大家介绍一个工具，可以把你遇到的pdf或者截图里面的公式变成word（配合mathtype·使用）里面和LaTeX里面的公式。首先，从这个网址下载软件工具https://mathpix.com/安装完毕后，启动软件，mathpix snipping tool打开某个有公式的pdf然后，按住ctrl+alt+M即可进行截图识别，之后，在复制到mathtype公式里面去，...
2019-05-21 16:28:21
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原创 CT重建算法之Parallel-Ray Reconstruction
基本CT测量值是横截面内有效线性衰减系数的线积分。 但线积分不是我们想要的; 我们真的想在整个横截面上得到μ的图片，或等效的CT编号h。 因此，重要的问题是：我们能否在给出其线积分的集合的情况下重建μ的图像？ 答案是“是的”，在本节中我们将探讨重建的理论和实践来自平行射线几何的投影。几何学：...
2019-04-05 16:32:46
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原创 手把手教你使用 EndNote X9
首先推荐一门课程，中国科学技术大学罗昭锋老师主讲的《文献管理与信息分析》，附上下载地址http://lib.ustc.edu.cn/category/电子资源/database/9-工具软件/然后上传了pdf文件，《手把手教你使用 EndNote X9》...
2019-04-03 21:10:39
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空空如也
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