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原创 生信宝典:生物信息学习系列教程、视频、资源
欢迎关注天下博客:http://blog.genesino.com/2100/01/shengxinbaodian/生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需...
2018-01-31 10:02:40 8605 4
转载 论文那么多,哪有那么多创新?
文 |阮思余(华南师范大学副教授)有一种观点认为,每年有那么多研究生(硕士生、博士生)毕业,也就意味着每年都要产生大量的研究生论文。要每一个学生的论文都有所创新,似乎是一件不可能的事。特别是硕士论文,几乎不可能有什么创新。甚至还有一种摆烂的心理:反正我的论文就这样,最后老师怎么都会让我过的,创新不创新无所谓。“论文那么多,哪有那么多创新?”估计不少导师都听到过这句话,甚至被学生直接这样怼过。问题...
2024-05-03 21:01:01 1
转载 Plant Com | 浙大樊龙江团队构建作物AI育种数据库(BreedingAIDB)
2024年4月3日,浙江大学农业与生物技术学院樊龙江团队在Plant Communications在线发表了题为“BreedingAIDB: a database integrating crop genome-to-phenotype paired data with machine learning tools applicable in breeding”的论文。该研究搭建了作物基因组-表型...
2024-05-03 21:01:01 1
转载 2024整合植物生物学前沿学术研讨会暨JIPB编委会 (附会议详细日程)
Journal of Integrative Plant Biology(JIPB) 一直致力于刊发整合植物生物学研究的重要创新成果,促进植物科学领域的创新与发展。近年来,JIPB采取一系列举措提升期刊影响力,逐渐成为国际植物科学领域具有重要影响力的一流学术期刊。为更好地促进植物科学领域的学术交流与发展,由中国植物学会和中国科学院植物研究所Journal of Integrative Plant...
2024-05-02 21:01:45 3
原创 快毕业了,你还只会用 PPT 进行拼图?
目录(关注生信宝典视频号随时看,点击阅读原文跳转B站看)01 矢量图形无限大,自由修改随君意今天,给大家介绍一款工具,Adobe Illustrator ,可以用来进行图形的编辑和排版。首先打开一个绘制好的矢量图,随便点击一下,文字可以修改,可以移动;图形对象可以修改,可以移动。这就是矢量图,整个图形由文字、几何对象构成,可以无限放大。也可以随意修改,但一定注意,不要故意或意外改动了点的位置,这是...
2024-05-02 21:01:45 454
转载 会议通知丨第一届生物数据资源学术会议暨中国生物信息学学会(筹)生物数据资源专委会成立大会...
点击上方蓝字,发现更多精彩为促进国内外生物数据资源的集成共享和利用,推动生物数据资源与生物医药防诊治技术的交叉融合,中国生物信息学学会(筹)、国家生物信息中心拟于2024年5月25日-27日在浙江杭州举办“第一届生物数据资源学术会议暨中国生物信息学学会(筹)生物数据资源专委会成立大会”。现将会议有关事宜通知如下:01会议内容本次会议以“整合基因数据,服务医疗健康”为主题,特邀国内各高校、科研机构、...
2024-05-01 21:01:32 2
转载 欢迎会生信和想学生信的来 - 中国中医科学院中药研究所2024年公开招聘应届高校毕业生公告(第二批)...
中国中医科学院中药研究所2024年公开招聘应届高校毕业生公告(第二批)根据工作需要,2024年中国中医科学院中药研究所公开招聘工作人员4名。现将有关事项公告如下:一、单位简介中国中医科学院中药研究所于1955年12月19日正式成立,是全国成立最早的国家级开展中药研究的专门机构,自1983年起被确认为世界卫生组织(WHO)传统医学合作中心。我所屠呦呦研究员因发现青蒿素,2015年获得诺贝尔生理学或医...
2024-05-01 21:01:32 3
转载 出版社iMetaOmics主页正式上线!
出版社iMetaOmics主页正式上线!出版社iMetaOmics主页:https://onlinelibrary.wiley.com/journal/29969514iMetaOmics相关资讯1iMeta姊妹刊iMetaOmics主编正式官宣(2024.4.22)2iMeta姊妹刊iMetaOmics投稿系统正式上线(2024.4.17)3iMeta姊妹刊iMetaomics电子版和印刷版IS...
2024-04-30 21:02:37 2
转载 Nature | 重磅!国际合作,9500+个开花植物参考基因组绘制新生命之树
大约1.5亿年前,地球上的生命经历了一场深刻的变革,这得益于庞大族群的迅速崭露头角:那便是开花植物,或称被子植物。木兰、睡莲以及众多已消逝的早期植物,通过光合作用不断向大气中释放氧气,它们的花蜜与果实为昆虫和其他动物带来了全新的食物来源,为构建更为复杂、多元化的生态系统注入了源源不断的动力。这些生态系统,时至今日,仍然掌控着地球的生命脉络。1.5亿年前被子植物开始繁盛被子植物,即我们常说的有花植物...
2024-04-30 21:02:37 2
转载 第十届全国计算生物学与生物信息学学术会议暨生物医学大数据与人工智能大会第一轮通知...
第十届全国计算生物学与生物信息学学术会议(NCCBB 2024)暨生物医学大数据与人工智能大会是由中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会联合宁波大学和宁波市科学技术协会共同主办的全国性计算生物学和生物信息学领域的高水平学术会议。NCCBB 2024大会将于2024年6月14—17日在浙江省宁波市召开,会议将促进全国生物、药学、农学、医学与计算机等领域专家学者跨界交流与合作,打造前沿交叉科...
2024-04-29 21:01:04 10
原创 生信分析Linux教程-Bedtools使用介绍
P32 Bedtools使用介绍01。P34 Bedtools使用介绍03。P33 Bedtools使用介绍02。Bedtools使用介绍。
2024-04-28 15:19:55 84
原创 如何获取目标基因的转录因子(下)——Linux命令获取目标基因TF
如何获取目标基因的转录因子(上)一文中我们以人类基因组为例,从ensemble网站下载了基因组中基因位置信息矩阵GRCh38.gene.bed和基因组中转录因子结合位点信息矩阵GRCh38.TFmotif_binding.bed)我们知道有很多数据库可以查找启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点,但是怎么用Linux命令处理基因信息文件来得到关注基因的启动子和启动子区结合的TF呢?
2024-04-28 14:44:26 682
转载 iMeta姊妹刊iMetaOmics主编正式官宣
iMeta姊妹刊iMetaOmics主编正式官宣iMetaOmics主编赵方庆中国科学院北京生命科学研究院研究员赵方庆,中国科学院北京生命科学研究院研究员,博士生导师,国家杰出青年基金获得者、中国科学院特聘研究员。主要致力于建立高效的算法模型和实验技术,探索人体微生物与非编码RNA的结构组成与变化规律,以期解析它们与健康和疾病的关系。近年来,在Cell、Gut、Nature Biotechnol...
2024-04-26 21:00:53 10
转载 Nat Methods | 谢晓亮课题组开发单细胞联合三维基因组和转录组测序技术解析嗅觉受体选择机制...
嗅觉是我们基本的感觉之一,我们能够准确地识别各种的气味分子,这依赖于表达在嗅觉神经元表面的嗅觉受体。在哺乳动物中,嗅觉受体基因构成了最庞大的基因家族,在小鼠基因组中存在超过1000个,在人类基因组中存在超过400个。这些基因以基因簇的形式分布在不同染色体上。尽管嗅觉受体库如此庞大,但每个成熟的嗅觉神经元只会随机地表达一个嗅觉受体的一个等位基因,这一现象被称为“一个神经元,一个受体”。此前系列研究表...
2024-04-26 21:00:53 7
原创 生信分析Linux教程-Samtools和BWA call SNP
P30 Samtools和BWA call SNP 01。P31 Samtools和BWA call SNP 02。
2024-04-26 16:21:21 199
原创 Linux命令screen—终端切换,工作环境保存,画面同步,防断网
这个命令会将你朋友的终端Attach到你的Screen会话上,并且你的终端不会被Detach。这样你就可以和朋友共享同一个会话了,如果你们当前又处于同一个窗口,那就相当于坐在同一个显示器前面,你的操作会同步演示给你朋友,你朋友的操作也会同步演示给你。screen启动后,会创建第一个窗口,也就是窗口No. 0,并在其中打开一个系统默认的shell,一般都会是bash。也可以使用Ctrl + a, x锁定会话,不同的是这样锁定之后,会话会被Screen所属用户的密码保护,需要输入密码才能继续访问这个会话。
2024-04-26 15:17:47 483
转载 Nature重磅:“返老还童”的关键因子
点击上方蓝色字体关注我们随着全球人口老龄化的加速,认知衰退已成为老龄化社会面临的一大挑战。认知衰退不仅影响个体的日常生活能力,降低生活质量,还可能进一步发展为更严重的神经退行性疾病,如阿尔茨海默病和帕金森病。这些疾病不仅给患者及其家庭带来沉重的心理和经济负担,也对社会医疗保健系统构成了巨大压力。在这一背景下,研究人员一直在寻找能够延迟或逆转与年龄相关的认知衰退的有效方法。近期的研究发现,血小板因子...
2024-04-25 21:01:48 6
转载 NAR | 最全植物基因组数据平台 IMP中文教程( 核基因组更新到 559 个植物)
药用植物因其潜在的抗肿瘤、抗炎和抗氧化特性,在民族医学和传统医学中引起了极大的关注。基因组测序和合成生物学的最新进展重新激发了人们对这些天然产物的兴趣。尽管有很多药用植物的基因组和转录组测序数据,但缺乏可公开访问的基因注释和表格格式的基因表达数据,这不利于它们的有效利用。为了解决这一紧迫问题,我们开发了IMP (Integrated Medicinal Plantomics)整合药用植物组学平台...
2024-04-25 21:01:48 6
原创 生信分析Linux教程-EMBOSS安装和使用 完整讲解
P27 EMBOSS安装和使用01。P28 EMBOSS安装和使用02。P29 EMBOSS安装和使用03。
2024-04-25 17:17:47 63
原创 查看服务器配置信息
学习Linux命令,我们需要有一台Linux服务器。有了服务器,就想看看它的性能怎样。翻出自己较早前写的一个脚本,一键查看系统大部分参数。国师在这个基础上,对命令进行了注释,方便。
2024-04-25 10:13:45 151
原创 GPB | RegVar:基于深度神经网络的非编码区突变功能预测新方法
Genomics, Proteomics & Bioinformatics(GPB)发表了由军事医学研究院辐射医学研究所张成岗研究员、周钢桥研究员和卢一鸣副研究员团队完成的题为“RegVar: Tissue-specific Prioritization of Noncoding Regulatory Variants”的方法文章。我们的“要文译荐”栏目很高兴邀请到文章的通讯作者张成岗研...
2024-04-24 21:00:45 1093
转载 Science | 程功团队与合作者发现共生菌环境干预可阻断蚊媒病毒传播流行
蚊媒病毒传染病的传播流行是人类健康和生命的严重威胁之一。以登革热和寨卡热这两种最具代表性的蚊媒病毒传染病为例,登革热在全球100多个国家感染流行,每年引发多达3.9亿人感染、50-100万人入院治疗;寨卡热于2015年至2017年在太平洋岛屿和南美洲突然暴发大规模疫情,不到一年时间内出现了超过22.3万例寨卡确诊病例,数千例新生儿小头畸形病例,国际卫生组织将寨卡疫情宣布为国际关注的公共卫生紧急事件...
2024-04-24 21:00:45 6
转载 基于进化的上下文整合深度学习框架ECNet在蛋白质工程中的应用
题目:ECNet is an evolutionary context-integrated deep learning framework for protein engineering期刊:Nature communication发表时间:2021.9.30影响因子:16.6作者:Yunan Luo, Guangde Jiang, Tianhao Yu, Yang Liu, Lam Vo, H...
2024-04-23 21:02:33 9
转载 4000万蛋白结构训练,西湖大学开发基于结构词表的蛋白质通用大模型,已开源...
将 ScienceAI设为星标第一时间掌握新鲜的 AI for Science 资讯编辑 |ScienceAI蛋白质结构相比于序列往往被认为更加具有信息量,因为其直接决定了蛋白质的功能。而随着AlphaFold2带来的巨大突破,大量的预测结构被发布出来供人研究使用。如何利用这些蛋白质结构来训练强大且通用的表征模型是一个值得研究的方向。西湖大学的研究人员利用Foldseek来处理蛋白质结构,将其...
2024-04-22 21:00:25 12
转载 iMeta期刊 第3卷第2期 在线正式发布
点击蓝字 关注我们iMeta期刊第3卷第2期 正式发布iMeta第3卷第2期封面:非土著益生菌在鱼类上的应用风险。封面故事依据《庄子》中的寓言故事“鲁侯养鸟”。内陆的鲁国突然飞来一只海鸟,鲁侯视之如珍宝,拿出自己最好的东西迎接它。比如,命人演奏音乐给它听,准备美酒给它喝,拿出牛肉给它吃。但是海鸟面对鲁侯精心准备的这些,头晕目眩,十分忧愁悲伤,三天就死掉了。“此以己养养鸟也,非以鸟养养鸟也”...
2024-04-22 21:00:25 7
转载 北京大学—遗传流行病与统计基因组学/AI方向诚聘博士后、科研助理、博士
生信宝典发布简介:课题组致力于解析人类疾病的遗传学基础课题组运用大型队列、遗传流行病学、统计基因组学、实验生物学和深度学习等多学科方法,整合单细胞多组学及功能基因组学,解析人类疾病(包括眼科疾病、神经精神类疾病、呼吸系统疾病等)的遗传基础和分子机制,揭示疾病发生、发展、转化的复杂过程,识别关键生物标志物,发掘潜在药物干预靶点,为疾病的早期筛查、风险预测、治疗及预后评估等多方面提供精准化方案。主要相...
2024-04-21 21:00:55 10
转载 BiB | 珠江医院周宏伟/方臻成等开发基于语言模型的宏基因组益生菌挖掘算法
metaProbiotics:利用语言模型从宏基因组分箱数据中挖掘益生菌metaProbiotics: a tool for mining probiotic from metagenomic binning data based on a language modelArticle,2024-03-14,Briefings in Bioinformatics,[IF 9.5]DOI:https:...
2024-04-21 21:00:55 7
转载 iMeta | 中国农科院深圳基因组所陶永富组完成高粱T2T基因组组装
点击蓝字 关注我们完整组装两个端粒到端粒的高粱基因组以指导生物学发现iMeta主页:http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.193●2024年4月5日,中国农业科学院深圳农业基因组所陶永富团队在iMeta在线联合发表了题为 “Complete telomere-to-telomere assembli...
2024-04-21 21:00:55 14
原创 文库拆分和16S序列合并四部曲
P23 文库拆分和16S序列合并01。P26 文库拆分和16S序列合并04。P24 文库拆分和16S序列合并02。P25 文库拆分和16S序列合并03。
2024-04-21 13:51:58 78
原创 生信人写程序1. Perl语言模板及配置
个人认为:是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python/Java…(胶水语言,数据格式转换,软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。生物信息常用语言非常广泛,我常用的有Perl, R, Shell,此外参与网页制作还用过PhP+mySQL,写博客用Markdown。这些其实都是非常小众的语言,如果和计算机专业的人交流,对方可能没听过这些语言。本系列“生信人写程序”主要以Perl为主,并伴随一些零星的R和Shell编程的经验和技巧。
2024-04-21 09:53:45 408
原创 ImageGP 报错一键解决
点击右上角,免费注册登录后,点击 Personal center进入个人中心,可以管理文件、管理运行过的工具的记录、管理运行过的流程的记录。工具或流程的结果可以发给同学或同事查看。再分析链接可以基于之前的参数继续修改。Send error logs 再升级,提示信息更明显。遇到报错时直接点击按钮,发送错误信息,我们会对接处理。(最开始按钮上提示文字是 Send error log,有的用户出错了也...
2024-04-20 21:00:53 393
转载 一场学术报告,成了他权威人设崩塌的开局
文|孙滔 王兆昱如果世上有后悔药,Domenico Praticò一定不会去作4年前的那场学术报告。如今他学术权威人设的崩塌,正是发端于那场报告的提问环节。时钟拨回到2020年2月5日,美国天普大学阿尔茨海默病中心主任Domenico Praticò教授正在美国哥伦比亚大学作一场关于阿尔茨海默病的研究报告。作为听众,看到报告中小鼠的实验数据,对小鼠行为实验不能再熟悉的杨沐按捺不住心底的疑问:“对照...
2024-04-20 21:00:53 4
原创 Linux下文件内容更新了文件夹时间戳却没变?
确实是vim改变了文件的inode,也就是说在我们使用vim修改文件时,vim为了避免中间出现意外,先重命名了修改前的文件,修改后的文件以之前文件的名字存储,看上去我们做的是原位修改, 实际上是换了新的文件,所以inode发生了变化。在另外一个情况下,如果我们对文件夹无可写权限,但对该文件夹内的文件有可写权限时,vim自动调用另外一个方式修改文件,先把文件做个备份,然后原位修改。而我们每次追加文件内容都未改变文件名字和文件的inode,所以文件夹的日期未发生变化。文件日期更新了,文件夹日期却没变。
2024-04-20 15:48:21 305
转载 iMeta姊妹刊iMetaOmics投稿系统正式上线(2024.4.17)
iMeta姊妹刊iMetaOmics投稿系统正式上线(2024.4.17)iMetaOmics投稿系统2024年4月17日iMeta姊妹刊iMetaOmics投稿系统正式上线,欢迎投稿!投稿地址:https://wiley.atyponrex.com/journal/IMO2登录页面iMetaOmics LOGOiMetaOmics 1卷1期封面更多推荐(▼ 点击跳转)高引文章 ▸▸▸▸iMeta...
2024-04-19 21:01:03 10
转载 江南大学刘龙团队Trends in Microbio│基于基因线路的代谢流优化
2024年3月12日,Cell Press细胞出版社旗下期刊Trends in Microbiology发表了以“Genetic circuits for metabolic flux optimization”为题的新综述。助理研究员徐显皓为论文第一作者,刘龙教授为通讯作者。代谢工程旨在重构微生物的代谢网络,构建能够以葡萄糖、纤维素、二氧化碳等可再生原料高效合成目标化合物的微生物细胞工厂。目前,...
2024-04-19 21:01:03 11
转载 浙江大学良渚实验室-沈宁课题组公开招聘博士后
生信宝典发布 简介:沈宁博士,浙江大学良渚实验室百人计划研究员,博士生导师。复旦大学本科,美国杜克大学博士,哈佛医学院博士后。曾在美国生物初创公司进行罕见病药物研发工作,将药物推进到临床二期试验。沈宁课题组围绕“生物计算”开展与临床转化密切相关的研究,运用生物信息学数据整合分析与人工智能算法,并结合患者来源iPSC细胞分化实验筛选平台进行药物研发与精准治疗。沈宁研究员在Genome Medici...
2024-04-18 21:02:56 16
转载 Nat Commun:深圳先进院罗小舟团队揭秘酶催化常数预测的「黑科技」
北京时间 2023 年 12 月 11 日,中国科学院深圳先进技术研究院合成所罗小舟团队在 Nature Communications 发表题为 UniKP: A unified framework for the prediction of enzyme kinetic parameters 的文章。针对合成生物学和代谢工程领域湿实验测量酶动力学参数成本高、干实验算法难以准确预测等问题,研究团队...
2024-04-18 21:02:56 7
Masterminds of programming
2010-12-26
Python在Unix和Linux系统管理中的应用
2010-12-18
gvim常用插件及其配置文件配置(下载解压即可使用)
2010-08-17
Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘
2010-03-02
Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition
2010-03-02
空空如也
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