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RSS订阅原创 miRanda-通过circRNA的sequence来预测靶向的miRNA
miRanda-通过circRNA的sequence来预测靶向的miRNA
2022-08-24 10:00:57
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原创 Github使用，git
GitHub众所周知是代码托管工具，git是管理工具注册GitHub账号，下载安装git工具git安装比较简单，安装路径设置，其他可以直接默认选择就行代码上传 1、可以选择直接在GitHub上拖拽，但如果数据大于25M就不行了，2、git bash上传1、直接拖拽：参见网址（https://www.pianshen.com/article/8747711826/）2、git bash上传a、新建一个仓库之后，复制code位置下的链接（下图），然后在git b...
2020-07-02 09:48:59
249
原创 用电脑控制手机
这次突然手机触屏不能用了，找了好久终于可以用电脑控制手机了，下面将软件和操作记录和分享。软件：Total Control手机设置：在开发者模式打开USB调试（华为10开发者模式：双击或者连续点击4次“手机版本号“即可进入开发者模式），其他手机若找不到也自行百度哦）电脑下载Total Control软件，安装后，使用比较方便，点击设备连接向导；手机用数据线连接到电脑，调整USB模式，Total Control会连接手机下载Total control，并完成连接和控制。这个软件特..
2020-07-01 09:40:26
1128
原创 多标签评价指标--Macro-F1、Micro-F1
对于多标签分类的评价指标比较复杂，一般对于n个二分类混淆矩阵要引入宏平均、微平均、权重评价即Macro-average、Micro-Average，Weighted-Average，近期正好应用，所以就总结一下。Macro-averaging：指所有类别的每一个统计指标值的算数平均值，则对应的macro F1为多个F1值的算数平均数。 Micro-averaging：将各个混淆矩阵对应元素平均，得到TP、FP、TN、FN，然后计算相应的平均值。weighted-F1：在样本不平衡的时候,有时我们
2020-06-24 15:25:02
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5
转载 科研之路---论文
现总结一下各种老司机们提到过的方法（加粗放大的是常用的）：（1）google 学术；（2）arxiv.org，这个还可以fllow还有app，还是很不错的；（3）IEEE；（4）中国知网（个人感觉不是太好用）；（5）建立自己的谷歌学术档案；（6）使用其他大学的图书馆；（7）关注大牛和牛逼的实验室；（8）找到一篇优质论文后，查看引用它的论文；（9）在自己的领域期刊...
2019-12-14 12:37:37
345
转载 基因、DNA、碱基、染色体之间的关系是什么？
生物小白搞生信，，需要了解 的生物知识，转载于知乎DNA就是脱氧核糖核酸（英语：Deoxyribonucleic acid，缩写为DNA）由含氮的碱基+脱氧核糖+磷酸组成。因为核糖和磷酸都一样而碱基又可以分为四种（腺嘌呤A，鸟嘌呤G，胸腺嘧啶T，胞嘧啶C），所以脱氧核糖核苷酸就可以分为四种（按照碱基的不同来分）同时在书写过程中可以用这碱基的简写代替。RNA就是核糖核酸（RiboNuc...
2019-12-14 12:30:13
10917
原创 生信投文章经验积累总结
Bioinformatics是作为生物信息学最重要的专门期刊了。2012年度IF=5.468 另外还有Briefings in Bioinformatics，这个杂志每年的发稿量少，最近几年IF波动很大，第一年24+，后来到9+，2012年度IF=5.202。 稍次一点的杂志，如BMC Bioinformatics，也是生物信息学的专刊。2012年度IF=3.447 对于计算向的生物信息学，...
2019-12-09 15:18:39
4043
原创 MATLAB保存循环产生的结果
MATLAB双层循环 ，输出矩阵结果，实现保存而且不覆盖。fid=fopen('1.txt','a+');fprintf(fid,'%d ',out_data(outIndex, :));fprintf(fid,'\r\n');fclose(fid);了解fopen的一些参数：a以附加的方式打开只写文件。若文件不存在，则会建立该文件，如果文件存在，写入的数据会被加到文件尾，即文...
2019-08-18 09:52:45
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原创 mex -setup命令 错误使用 mex问题【MATLAB 安装MinGW-w64编译器】
1、MATLAB中mex编译错误在命令行运行：mex -setup显示错误使用mex未找到支持的编译器或 SDK。您可以安装免费提供的 MinGW-w64 C/C++ 编译器；请参阅安装 MinGW-w64 编译器2、软件下载：MinGW-w64下载https://sourceforge.net/projects/mingw-w64/TDM-GCC 下载http://tdm...
2019-08-06 16:56:29
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5
原创 Linux 打开带有空格或特殊符号的目录
A、特殊字符的转义在Linux中，总有一些特殊字符需要转义，可以转义的字符包括："?"(问号), "*"(星号), " "(空格), "$"(货币符), "&"（逻辑符）, "( )"（英文括号）等等。使用“\”对特殊字符进行转义B、成对使用双引号1、用一对双引号把整个路径包含进去 例如，打开 ~/.wine/drive_c/Program Files (x86...
2019-08-02 09:40:24
3778
原创 linux-cp
cp 复制-i，当重复两次复制的时候，加上-i后，则会在覆盖前会询问是否确定，可以按下n或者y进行二次确定；-a或者-p，可以复制目录但权限可能会改变-s、-l建立连接档，eg：cp -s bashrc bashrc_link,其中bashrc_link是快捷方式，这个快捷方式会连接到bashrc-u的特性是在目标档案与来源档案有差异的时候才会复制。...
2019-08-01 14:47:14
168
原创 window下的一些快捷操作
1、记事本的快捷操作在一行文字的起始位置同时按住CTRL＋Shift＋End键：选中起始位置以下全部内容在一行文字的末尾位置同时按住CTRL＋Shift＋home键：选中起始位置以上全部内容在一行文字的起始位置按住shift+end：选中此行在一行文字的末尾位置按住shift+home：选中此行按shift+左键\右键：一个字一个字地选中2、DSO中快捷粘贴（鼠标右键）在DOS...
2019-07-25 15:26:06
135
原创 win7 cmd查询历史命令并保存、快速切换目录
1、查看历史命令a、F7b、doskey /history2、保存doskey /history > a.txt3、切换目录eg：想进入E盘下的P文件夹，则可输入cd E:\P，然后在输入E:，即可进入...
2019-07-24 20:55:56
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1
原创 注释及取消注释快捷键(及Google打开刚关闭网页)
1、java注释：Ctrl+Shift+/ /* */ 形式的ctrl+/ //形式的取消注释：Ctrl+Shift+\ /* */ 形式的ctrl+/ //形式的2、MATLAB注释：Ctrl+r取消注释：Ctrl+t...
2019-07-24 17:16:23
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1
原创 DNA序列转换为RNA序列
1、Python文件DNA转RNA#!/usr/bin/python 2 #-*- coding:utf-8 -*- 3 "将DNA序列转换为RNA序列，即将T转换为U即可，利用字符串的replace方法" 5 f=open('./test.txt', 'r') 6 line=f.read() 7 dna2rnaline=line.replace('T', 'U') 8 f.clo...
2019-07-24 14:09:38
8015
转载 SMOTE算法
SMOTE（Synthetic Minority Oversampling Technique），合成少数类过采样技术．它是基于随机过采样算法的一种改进方案，由于随机过采样采取简单复制样本的策略来增加少数类样本，这样容易产生模型过拟合的问题，即使得模型学习到的信息过于特别(Specific)而不够泛化(General)，SMOTE算法的基本思想是对少数类样本进行分析并根据少数类样本人工合成新样本添...
2019-07-16 09:57:58
65631
2
转载 特征选择---SelectKBest
看论文偶然看到这个方法，就了解一下。from sklearn.feature_selection import SelectKBesthttp://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.feature_selection.SelectKBest.html#sklearn.feature_selection.SelectKBest...
2019-07-16 09:53:04
32549
7
原创 Linux中关机命令、切换执行等级init、开机过程的问题排解
A、在Linux上，若不正常关机会造成系统文件损坏。使用who命令可以查看谁在线，使用netstat -a查看网络的联机状态，使用ps -aux可以查看背景执行的程序；将数据同步写入硬盘中的指令：sync；在系统关机或重新启动之前，最好多执行几次，eg：sync；sync；sync；rebootshutdown，关机前总得给在线使用者一些时间来结束他们的工作。shutdown可以依据目前已启劢...
2019-06-08 20:39:41
274
原创 Linux文本编辑器
1、超简单文书编辑器： nanonano text.txt# 不管text.txt存不存在都没有关系！存在就开启旧档，不存在就开启新档[ctrl]-G：取得联机帮助(help) [ctrl]-X：离开naon软件，若有修改过档案会提示是否需要储存[ctrl]-O：储存档案，若你有权限的话就能够储存档案了； [ctrl]-R：从其他档案读入资料，可以将某个档案的内容贴在...
2019-06-08 18:59:34
445
原创 Linux中main page和info page
1、DATE（1）后的数字：main中类似（1）的数字有1-9，表示不同的含义；重要的有1，5，8.1表示用户在shell环境中可以操作的指令或可执行文件；5表示配置文件或者是某些档案的格式；8表示系统管理员可用的管理指令；空格键 向下翻一页 [Page Down] 向下翻一页 [Page Up] 向上翻一页 [Ho...
2019-06-08 12:08:54
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原创 linux tar.gz zip 解压缩 压缩命令
tar-c: 建立压缩档案-x：解压-t：查看内容-r：向压缩归档文件末尾追加文件-u：更新原压缩包中的文件这五个是独立的命令，压缩解压都要用到其中一个，可以和别的命令连用但只能用其中一个。下面的参数是根据需要在压缩或解压档案时可选的。-z：有gzip属性的-j：有bz2属性的-Z：有compress属性的-v：显示所有过程-O：将文件解开到标准输出下面的参数-f是必须的...
2018-12-01 14:41:05
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原创 screen 常用命令
偶然知道了screen命令，有时候putty连接服务器，当数据量较大，运行时间较长时，直接跑命令，窗口或许异常终止，不得不重新跑，还是学下screen命令吧。可以使用Linux下的screen命令，即使网络连接中断，用户也不会失去对已经打开的命令行会话的控制。常用：1、安装screen：yum install -y screen2、运行screen -ls可以看到现有的...
2018-11-30 10:19:03
38056
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转载 特征降维方法
关于降维的学习主要分为五类：PCA、LDA、LLE、tSNE、ISOMAP （一）降维的基本知识点总结 1、降维方法分为线性和非线性降维，非线性降维又分为基于核函数和基于特征值的方法。 （1）线性降维：PCA、ICA、LDA、LFA、LPP （2）非线性降维方法：①基于核函数的方法：KPCA、KICA、KDA ②基于特征值的方法：ISOMAP、LLE、LE、LPP、LTSA、MVU 或...
2018-11-28 18:50:58
25953
转载 虚拟机中linux如何进入root
新装LINUX系统如何获得ROOT权限，,图文教程进入terminal然后，输入sudo passwd root 并，设置密码提示要你输入两次密码，自己设定密码，一定要记住，然后切换到root使用3.输入 su root 要求你输入密码，然后，输入刚才设定的密码OK，进去了如果不想切换root但是想拥有大部分root权限可以在使用...
2018-11-24 15:36:54
34424
4
转载 通过bed文件获取fasta序列
一、BED 文件格式BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释的信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。 每行的数据格式要求一致。必须包含的3列：1.chrom, 染色体名字(e.g. chr3， chrY)2.chromStart, 目标区段在染色体起始位置，染色体第一个碱基的位置是03.chromEnd, 目标区段在染色体结束位...
2018-11-24 11:23:52
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4
转载 VMware虚拟机三种联网方法及原理和Linux 三种网络
一、Brigde——桥接：默认使用VMnet0 1、原理： Bridge 桥"就是一个主机，这个机器拥有两块网卡，分别处于两个局域网中，同时在"桥"上，运行着程序，让局域网A中的所有数据包原封不动的流入B，反之亦然。这样，局域网A和B就无缝的在链路层连接起来了，在桥接时，VMWare网卡和物理网卡应该处于同一IP网段 当然要保证两个局域网没有冲突的IP. ...
2018-11-24 09:48:47
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原创 Linux --管理运行中的进程
cat命令是Linux下的一个文本输出命令，通常用于观看某个文件的内容。三个功能：一次显示整个文件，从键盘创建一个文件，将几个文件合并为一个文件。eg：cat filename，cat > filename,cat file1 file2 file3列出进程ps检查运行进程的实用工具。ps u显示用户名及其他信息。查找显示的信息有（PID %CPU %MEM VSZ RSS TTY...
2018-09-15 17:55:11
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原创 Linux---使用文本文件
使用Vi和Vim编译文本开始使用vi vi /tmp/test添加文本 当完成文本输入，按ESC退出编辑当输入一个：进入ex模式，需要输入两次ESC；a添加命令，A在命令结束处添加，i插入命令（光标左边），I在命令开始前，o当前行之下开新行，O当前行上开新行。在文本中移动删除、复制和更改文本 d<?>删除一些文本，c<...
2018-09-15 12:36:56
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原创 Linux --文件系统
Linux中文件以目录层次结构的形式组织。每一个目录包含了文件及其他目录。基本的文件系统命令cd切换到另一个目录pwd打印当前或现在工作目录的名称mkdir创建一个目录chmod更改文件或者目录上的权限 ls列出目录中的内容ln文件创建连接~（波浪号）表示主目录touch创建空文件使用元字符和运算符使用文件匹配运算符：*匹配任何数量的字符，？匹配任何一个...
2018-09-13 17:31:07
166
原创 初学-Linux---使用shell
1、shell和terminalterminal意思终端，终端包括PC上的键盘，鼠标等设备。Linux上的terminal是仿真终端（Ctrl+Alt+T），作为一个模拟输入设备shell，一个解释器，负责接受输入，通过它与操作系统交互，在终端输入的指令被shell接收，shell是包裹在操作系统外层的一道程序，就好像是操作系统的壳。2、shell命令pwd,显示当前的工作目录...
2018-09-12 18:52:08
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转载 卷积神经网络--全连接层
在卷积神经网络尚未火热的年代，人们使用haar/lbp + adaboost级连的组合方式检测人脸，hog+svm的组合方式检测行人。这种传统的目标检测方法一个认知上的优势就是: 模块的功能明确，划分得很清晰，符合人们的理解方式。其中，haar，lbp，hog等手工设计的特征提取算子用于提取特征，adaboost，svm用于对提取的特征分类。而早期的全连接神经网络，就是属于用于对提取的特征进行分类...
2018-06-29 19:50:20
2442
转载 卷积神经网络详解（CNN）
在本文中，我将会讨论 CNN 背后的架构，其设计初衷在于解决图像识别和分类问题。同时我也会假设你对神经网络已经有了初步了解。目录1.机器如何看图？2.如何帮助神经网络识别图像？3.定义卷积神经网络卷积层池化层输出层4.小结5.使用 CNN 分类图像1. 机器如何看图？人类大脑是一非常强大的机器，每秒内能看（捕捉）多张图，并在意识不到的情况下就完成了对这些图的处理。但机器并非如此。机器处理图像的第一...
2018-06-29 19:17:09
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转载 Bag of visual words(Bag of Words(BOW)模型)
Original url:https://www.douban.com/note/310140053/BOW (bag of words) 模型简介Bag of words模型最初被用在文本分类中，将文档表示成特征矢量。它的基本思想是假定对于一个文本，忽略其词序和语法、句法，仅仅将其看做是一些词汇的集合，而文本中的每个词汇都是独立的。简单说就是讲每篇文档都看成一个袋子（因为里面装的都是词汇，所以称...
2018-06-29 10:01:00
499
原创 cd
今天问了一个特别蠢的问题，主要还是自己基础知识不行。。。cd 怎么进目录进不去，原来cd命令：切换当前目录至其它目录，cd /: “/”表示的是根目录。 cd / ,即进入根目录
2018-04-11 14:50:25
188
转载 .csv转换为libsvm格式
首先FormatDataLibsvm.xls下载的网址：http://vdisk.weibo.com/s/u5p3fIhAyhUYp（微盘）数据转换原来这么多东西，今天学习将.csv转换为libsvm格式：下载FormatDataLibsvm.xls后运行，会出现关于“禁止宏”的安全警示，点击“选项”，选择“启用此内容”，确定即可。先运行FormatDataLibsvm.xls，然后将数据粘贴到s...
2018-04-10 12:52:50
2539
4
转载 如何下载UCI数据集转成arff格式的文件
UCI数据库是加州大学欧文分校(University of CaliforniaIrvine)提出的用于机器学习的数据库，这个数据库目前共有335个数据集，其数目还在不断增加，UCI数据集是一个常用的标准测试数据集。 网址： http://archive.ics.uci.edu/ml/index.php到uci上下载数据集会发下下载下来的都是（.data）格式的，但是使用weka需要(.arff...
2018-04-10 12:22:47
1732
蜂群SVM（ABC-SVM）遗传算法SVM（GA-SVM）粒子群SVM（PSO-SVM）公共数据集，UCMerced图像数据集 词袋模型
2019-04-09
空空如也
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