niuhuihui_fei的博客

原创 GenVisR绘制瀑布图/突变图谱

一 R包的下载下载地址：http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GenVisR.html学习过程中参考的两篇文章（感谢）：https://www.jianshu.com/p/726310b02a56http://www.jintiankansha.me/t/PyrlMUw0di我下载的是R3.5.3-64，只要R3....

原创 pandas学习（五）

先导入两个表格，如下：其中uk_rain是之前提到的英国降雨量表格，test_rain这个是我在里面随便提取了几行几列，并随机修改了一下列值。>>> import pandas as pd>>> uk_rain=pd.read_csv("uk_rain_2014.csv")>>> test_rain=pd.read_csv("...

原创 pandas学习（四）

主要学习画图再回顾数据是这个样子滴：>>> df.head()我们用year作为x，"out_sep","out_feb","out_aug"三个作为y画图：折线图：>>> df.plot(x="year",y=["out_sep","out_feb","out_au

原创 pandas学习（三）

之前一直都是在服务器上练习的，但是服务器对于输出的表格没有办法做到列对齐，很不美观，也不容易看明白，现在转战到jupyter，jupyter真是神器，神奇！！！先解决一下之前一个困惑，之前pandas输出总是出现回车情况，例如（在jupyter上不会出现这种情况，举例还是在服务器上运行）：即使并不是很长的也会出现这种现象。>>> decade_rain.unstac...

原创 pandas学习（二）

在之前的pandas学习（一）中主要学习的是如何对列操作，它也可以对行进行操作。相当于列表中的索引。提取的是一个series。>>> df.head()     Years  rain_sep  out_sep  rain_feb  out_feb  rain_aug  out_aug0  1980/81      1182     5408       292    ...

原创 pandas学习（一）

借鉴的博客地址：http://www.cnblogs.com/skying555/p/5914391.html需要先下载：uk_rain_2014.csv（英国降雨量统计表）下载地址：http://data.defra.gov.uk/statistics_2015/env/water/uk_rain_2014.csv >>> import pandas as pd...

原创 zip函数

zip函数接受任意多个（包括0个和1个）序列作为参数，返回一个tuple列表。是python中的内置函数。例子：>>> x = [1, 2, 3]>>> y = [4, 5, 6]>>> zipped = zip(x, y)>>> zipped[(1, 4), (2, 5), (3, 6)]* 二维矩阵变换（矩阵的行列互换）例子：>>

原创 qstat 使用

PBS 是公开源代码的作业管理系统，在此环境下运行，用户不需要指定程序在哪些节点上运行，程序所需的硬件资源由PBS 管理和分配。1.qstat -a 2.qstat -f +id

原创 SVN使用方法

1.从svn库中检出到本地svn co SVN_URL[@REVISION]  [PATH]例子：svn cosvn://111.111.111.111/repo/Trans_Regulation注：这个是SVN创建本地库的第一步2.提交开发的代码svncommit [PATH] -m  "'review:id

原创 bam/sam 数据格式的介绍 （二）

5.详解举例：E00606:11:H2CC3CCXY:8:1101:7172:14195 77* 0 0 * *0 0 CTACGAGTCATTTAGCACCGGGTTCTCCACAAACTTGCGGTGCGTCTCCAGAGAGGGGCGGCACTCGTTCGGCCGCACCCCGGTCCAGTCACGAACGGCTCTCCACACCGGCCGGCCCCGGGGG

原创 bam/sam 数据格式的介绍 （一）

sam是带有比对信息的序列文件（即告诉你这个reads在染色体上的位置等），用于储存序列数据（SAM format is a generic format for storing large nucleotide sequence alignments. ）。BAM is the compressed binary version of the Sequence Alignment/Map (SAM) format. 生物信息中的二进制文件主要是为了节约空间，计算机机可读。可以用samtools工具

原创 qload 使用

原创 FastQC 质控软件的下载及使用方法（一）

当二代测序的原始数据拿到手之后，第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是FastQC。

原创 linux ps -fx 命令

ps -fx 命令

原创 trinity运行原理及常见报错（四）

trinity运行原理及常见报错

原创 trinity运行原理及常见报错（三）

trinity运行原理及常见报错 Chrysalis

原创 trinity运行原理及常见报错（二）

trinity运行原理及常见报错

原创 trinity运行原理及常见报错（一）

trinity运行原理及常见报错

原创 trinity的简介、下载及使用

Trinity：是由Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。

原创 perl 从fastq文件中挑选出序列长度在规定范围的序列

perl 从fastq文件中挑选出序列长度在规定范围的序列FASTQ文件长度过滤

原创 python 从fastq文件中挑选出序列长度在规定范围的序列

python 从fastq文件中挑选出序列长度在规定范围的序列FASTQ文件长度过滤

原创 perl Fasta文件格式化-每行固定数目碱基输出

perl Fasta文件格式化-每行固定数目碱基输出

原创 python Fasta文件格式化-每行固定数目碱基输出

python Fasta文件格式化-每行固定数目碱基输出