浮生终有醒-CSDN博客

原创这个博客没有博主了

这个博客没有博主了这个博客没有博主了这个博客没有博主了。。。

2022-06-01 16:20:31 109

原创另一种blast2go的思路

blast2GO是用序列相似性得到go的信息，而网上很多软件要么针对某个蛋白的，要么就是只能网上运行的，还有就是只有windows的，烦- -但如果用名字对应会怎么样，尝试了一番记录如下：我们的序列先进行blast Nr库得到的是比对的蛋白序列，名字有gi号和refseq号；NCBI FTP里面有个gene2go的文件，发现是geneid对应go号；又从FTP里面发现了gene2r

2015-12-31 12:58:21 4183

原创 iTOL与netsurfp前期处理程序

#!perluse warnings;use strict;use List::Util qw(max);my (%hash);open RSA, $ARGV[0] or die $!;open SS, "> $ARGV[1].ss" or die $!;while(){ chomp; next if(/^#/); my @tmp = split; my $maxv =

2015-11-28 09:11:52 1272 1

原创单置换检验，轮廓检验及其他程序

#单置换检验生成矩阵#!perluse warnings;use strict;my $n = $ARGV[1];open FA, $ARGV[0] or die $!;while(){ chomp; my ($id, @tmp) = split; my @s = @tmp[0..$n-1]; my @e = @tmp[$n..$#tmp]; my $n = 0; f

2015-10-27 11:19:24 1072

原创环形RNA预测注意事项

使用CIRI的注意事项

2015-07-22 14:51:44 1762

原创多线程拆分bam文件

#!perluse warnings;#use strict;use threads;use Thread::Semaphore;use File::Basename qw(basename);die "perl $0 \n" if @ARGV != 2;my $semaphore = Thread::Semaphore->new($ARGV[1]);my $id = bas

2015-06-01 15:34:47 5198 1

原创 unmapbam to fastq和自己的annovar格式~~~

#!perluse warnings;use strict;die "perl $0 \n" if @ARGV != 2;my %hash;open BAM, "samtools view $ARGV[0] |" or die $!;while(){ chomp; my @tmp = split; push @{$hash{$tmp[0]}}, "$tmp[1]\t$tm

2015-05-31 19:01:11 1662

原创 kegg的某种svg展示图

#!perluse warnings;use strict;use SVG;use File::Basename qw(basename);die "perl $0 Note: support 24 colors to sample~" if @ARGV != 3;my (@file, @pwtmp, @pw2sp);my $i = 0;open PW, $ARGV[

2015-04-30 18:11:06 1862 1

原创 linux shell 统计项目目录存储信息

TIME=`date +%Y%m%d`ls -l | sed 1d | awk '{print $3"\t"$9}' | sort -k2 | grep -v hdtmp > hdtmp1ls -l | sed 1d | awk '{print $9}' | xargs du -h --max-depth=0 --time | sort -k4 | grep -v hdtmp > hdtmp2

2015-03-05 10:52:06 778

原创 perl 多线程及信号控制

#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;use threads;use Thread::Semaphore;my $max_thread = 5;my $semaphore = Thread::Semaphore->new($max_thread);sub TestFun{ $semaphore->up();}for(my $ind

2015-02-04 11:09:41 2135

原创 linux perl——发送邮件及监控内存

#!perluse warnings;use strict;use Net::SMTP_auth;#&sendMail;while(1){ my ($sumMem, $freeMem, $rateMem); open MEM, "cat /proc/meminfo |" or die $!; while() { $sumMem = $1 if(/MemTotal:\s+

2015-01-30 09:29:51 1797

原创无中间文件计算fdr和多组方差分析（无齐性检验）

无中间文件计算fdr#!perluse warnings;use strict;die "perl $0 \n" if @ARGV != 2;my (%va, %out);open FA, $ARGV[0] or die $!;while(){ chomp; my @tmp = split; $va{$tmp[0]} = $tmp[

2014-12-23 10:19:41 1325

原创矩阵转数据框和余弦定理

矩阵转数据框#!perluse warnings;use strict;open FA, $ARGV[0] or die $!;my $head = ;chomp($head);my @out = (split /\s+/, $head)[1..12];print "family\tsample\tvalue\n";my %hash;while(){ chomp;

2014-12-17 13:57:32 1083

原创 perl格式化模板

#!/usr/bin/env perluse warnings;use strict;use Getopt::Long;use FindBin qw($Bin);use File::Basename qw(basename);use File::Spec::Functions qw(rel2abs);##### main program #####my $mainPL = bas

2014-11-29 10:54:08 1446

原创 xshell个人使用小结

博主用这个很久了，至于网上的十大技巧用到一些，不过也有自己的小理解：1. xming设置2. 在终端这一选项建议使用xterm，不然的话查看和编辑文本总是显示在屏幕上，很不好用3. 键盘退格键在某种模式下的使用4. 建议在高级选项禁用文本闪烁和提高文本文字大小5. 安装lrzsz，可以直接命令行上传下载文件，但文件大小和多

2014-10-29 16:32:11 5625

原创 awk和excel的小数bug

博主想了很久，原以为自己写程序写错了

2014-10-01 19:43:38 930

原创 python 2.7初学小结

lista[]在数学中是半闭半开区间，即>=0

2014-09-04 17:13:04 817

原创 GATK3.2.2小结

经过几天的摸索和网上资料的查询对GATK软件有点小心得，现总结如下：1. fasta文件最好用定位到染色体上的数据，可以不用注释VCF文件（GVF），但如果用VCF文件保证以下几个条件：1）VCF染色体必须和fasta的染色体数目一致，顺序一致2）VCF的位点必须从小到大排序3）VCF的碱基有可能有其他符号，如“~”等，要去除干净2. 做之前分别使用picard

2014-08-02 11:24:23 6102 5

原创按文件数目拆分fasta——无事闲写

#!/usr/bin/env perluse warnings;use strict;die "Usage: perl $0 \n" if(@ARGV ne 3);open FA, $ARGV[0] or die $!;$/ = "\n>";my @fa;while(){chomp;s/^>//;push @fa, $_;}

2014-07-15 10:01:35 2558

原创 fasta统计——无事闲写

多发点无事之作得了：#!/usr/bin/env perluse warnings;use strict;die "Usage: perl $0 \n" if(@ARGV ne 1);open FA, $ARGV[0] or die $!;$/ = "\n>";my ($sl, $sg, $sc, %hash);while(){ chomp; s/^>//; my @

2014-07-11 09:48:03 1570

原创 R本月小总结，容易忘记的东西

布局分三块：整张图所占的布局、文字坐标轴所占的布局和图形内部所占布局。布局：1. par（mfrow/mcol(x,y)）x行y列按行或列顺序2. layout(matrix(a, a, b, c), 2, 2, byrow/bycol) 2行2列，a两列，b，c两列趋势线：直线型abline(lm(x~y))，拟合型lines(lowess(x, y))柱状图趋势线

2014-06-30 21:47:26 1268

原创统计2.2.1cufflinks的矩阵和差异表达结果--大量数据结构

统计最新版的cufflinks的矩阵结果和差异表达结果（针对基因）：

2014-05-31 09:00:52 1518

原创 R两两之间展示pearson图

把之前的巩固和前进一些：

2014-05-31 08:55:45 2913 2

原创 samtools mpileup原始结果文件处理，非bcf/vcf格式

samtools mpileup处理的原始结果向来比较麻烦，

2014-04-28 23:42:01 6593

原创取转录本fasta最长的当作基因fasta

#!/usr/bin/env perluse warnings;use strict;use Bio::SeqIO;die "perl $0 > \n" if(@ARGV != 1);my @len = `fastalength $ARGV[0]`;my %xsh = map { chomp; my($length,$name)=split /\s+/; $name=>$leng

2014-03-28 15:27:21 3663 2

原创 SVG与perl SVG学习笔记

以前在861部队的时候学习的是特殊版本的SVG模块，一直以为使用的是正统的SVG，13年出来的时候才发现自己错的很离谱，所以重新学习了一下将笔记奉上~~~SVG是定义对象的，在perl里面就是个对象要先创建：my $svg = SVG->new(width=>300, height=>300);my $svg = SVG->new;对于矩形来说rect：x 属性定义矩形

2014-02-12 11:07:37 5190 1

原创 circos输入数据文件格式化——depth，GC，geneskew

写了一个小脚本用来格式化数据格式，必须有正负链的深度文件，得到gtf的基因高亮区域，并且计算gc含量和geneskew：#!/usr/bin/env perl use warnings;use strict;use Getopt::Long;my %opt;GetOptions(\%opt, "len=s");$opt{len} ||= 1000;die qq/Usage:

2014-01-21 16:19:58 4419

原创 ncbi的genome，gene序列转换和gb2gtf——链特异性转录组

ncbi下载的数据不一定符合链特异性转录组的格式，写个小脚本进行处理一下：#!perl use warnings;use strict;die qq/perl $0 [ ...] type: "gtf", "gene" and "genome".Note: "genome" need gtf.list of "gtf", and gtf.list must be the

2014-01-02 09:38:41 4002 2

原创多个文件求交集并生成矩阵

博主觉得写得还是有点复杂，求再简单一些的方法！#!perluse warnings;use strict;my %hash;my %samp;foreach my $f(@ARGV){ my $id = $f; open FF, $f or die $!; while() { chomp; my @tmp = split; $hash{$tmp[0]} =

2013-12-17 10:16:33 1011

原创过滤程序

一个C写的过滤程序，遇到的问题有:1. 没有装libboost1.422. exit没有进行定义安装libboost（竟然和boost是一样的？！），方法：1. ./bootstrap.sh --prefix=*/bin/boost_1_42_0/ --exec-prefix=*/bin/boost_1_42_0/2. ./bjam install修改编译程

2013-11-22 10:09:46 1061

原创一点一点重学统计学（六.完）——抽样方法

抽样的容量必须估计出我们能够接受的误差大小，通常以样本平均数的95%置信区间内允许的误差，实际上自己根据经验或者需求来设置比较好：所需样本容量估计：n=4s*s/(L*L) s为标准差 L为允许误差所需样本百分比容量估计：n=4pq/(L*L)抽样方法：简单、分层随机、顺序、整体、典型抽样：对于以上抽样，博主认为基本没啥区别，只要能随机抽就行，不带人为偏向性的误差比如单

2013-10-15 14:44:29 902

原创链特异性转录组

实验原理：信息分析方法trinity有该分析比对流程，下面博主就不用多说了吧，分析方法基本一致，只不过拆开了再玩的节奏~~~不过比对的时候有个问题链方向性的问题，解决方案如下：

2013-10-14 17:28:33 3558

原创 EST gb转fa格式（genebank和fasta）与提取gtf的noncoding区域

两个程序比较简单，高手免看了，就是想保存一下，以后说不定直接就用了。。。EST的数据库是genebank格式，找了一圈没发现转换的程序，就自己写了一个，还算可以，就是没有用多线程来做。。。#!/usr/bin/env perl use strict;use warnings;use Getopt::Long;my %opt;GetOptions(\%opt, "i=s",

2013-10-08 17:26:57 4539

原创转录组resequencing流程

重测序流程就是有参考基因组的流程，如果是真核生物一般使用tophat和cufflinks的组合方式，得到比对文件，可变剪切文件，组装转录本结果；如果想得到某些条件下的新转录本，使用cuffmerge融合links得到的gtf文件，再用cuffcompare把融合的gtf跟参考gtf比较即可，但是！结果的classcode比较难以理解，需要比较强的生物学背景，博主理解的不一定对，也不想出糗就不写

2013-09-13 14:59:17 1463

原创一点一点重学统计学（五）——回归与相关分析（小谈大数据）

博主这个小菜谈谈大数据吧，真正大数据分析并不是起源于人类基因组计划，而是很久之前的一位领航员画的大海路线图及相关信息（天气、风向、洋流等等），所以向他致敬！或许他都不知道这叫大数据分析。。。人类基因组计划之后，科学家们发现找到gene的因果关系很难，相反去找gene的相关关系相对容易一些，如果说一个基因缺失或重复导致一种疾病这种情况很少的，大部分人类所患的疾病都是有很多gene共同作用造成的，

2013-09-11 18:53:05 1294

原创一点一点重学统计学（四）——卡方检验、方差分析、F检验

对于连续型的统计使用平均数或二项分布进行检验，而对于离散型统计通常采用卡方检验。有两种卡方检验类型：1是实际值与理论值的比较，2是观察两个（以上）的统计是否是相互独立的或是相互联系的，检验这种假设是否成立。O是观察值，E是理论值在对多个样本进行平均数差异显著性检验时，使用t检验提高了假阳性的概率，所以要使用方差分析；但方差分析只能估计随机误差，有顺序的抽样不能进行方差分析，

2013-09-11 16:44:39 8403 1

原创一点一点重学统计学（三）——假设检验

我们检验生物实验的概率时，一般是总体方差已知，或者方差未知但n》30，用样本方差估计总体方差，用正态分布足够了。但是我们会遇到总体方差未知，n卡方分布为n个样本的平方和，F分布为两个独立样本的方差比值，但这两个分布的实际用法还没有想明白。。。假设检验的意义是为了区分差异是由抽样的随机误差造成的，还是由实验条件不同造成的；如果抽样结果使小概率事件发生，则拒绝假设；显著水平为小概率事件

2013-09-11 15:10:04 1612

原创一点一点重学统计学（二）——二项、泊松和正态分布

贝努里大数定律：当试验在不变的条件下，重复次数无限大，抽样群体某一个概率与理论概率的差值，必定小于一个任意小的正数，所以这两者可以基本相等，也可以用线性模型来解释，随着抽样的总数增加误差的平均会越来越小。如果群体只有两种类型，则使用二项分布；随着n增大分布趋于对称；随着p趋于0.5分布趋于对称。如果某事件概率很小，而群体很大，即有很小的p值和很大的n值，则使用泊松分布；入为其平均数

2013-09-11 14:30:10 3078

原创一点一点重学统计学（一）——平均数与方差

由于大学中对统计学老师的反感，所以就没去学习，这是一个很严重的后果；再加上高中学习纯粹是记忆加模仿，虽然分数很高，但是不求甚解，也造成了一定的后果。现在慢慢补回来吧。。。蛋疼。。。最简单的是平均数和标准差，平均数反映集中情况，标准差反映离散情况也叫变异情况： n-1是自由度，那知道为什么不除以n而除以n-1么？因为有n个离均差，只有n-1是自由变换的，最后一

2013-08-29 11:58:49 1550

原创 Trinity组装学习

目前组装转录本遇到的挑战：1. 转录本表达高低差异大；2. Reads覆盖转录本不均匀；3. 测序错误；4. 相邻转录本组装时导致形成奇怪的转录本；5. 由于可变剪切所以要适应相应的不同转录本；6. 重复序列。然后介绍了基于基因组的转录本组装方法Mapping-first（依赖于read比对的准确性，且大数据量reads导致判定错误）和直接组装方法Assembly-first，比

2013-08-29 10:26:20 4747 1

编译好的过滤fq

vim自动补全

rna小流程化

WGCNA流程包

K-means程序

PCA3D（EPD）

PCA 3D程序（EPD）

perl SVG包

过滤Solexa reads

空空如也