吃吃今天努力学习了吗-CSDN博客

原创【论文阅读】TensoRF: Tensorial Radiance Fields 张量辐射场

本文提出了TensoRF，一种建模和重建辐射场的新方法。不同于NeRF中纯粹使用了MLP，本文将场景的辐射场用4D张量表示，代表了一个3D体素网格，每个体素具有多通道特征。中心思想是将4D场景张量分解成多个紧凑的低秩张量分量。在本文框架中应用传统的CP分解（将张量分解成具有紧凑的秩一向量）可以带来对普通NeRF的改进。为了进一步提高性能，本文引入一种新的向量矩阵分解（VM分解），它放宽了张量两种模式的低秩约束，并将张量分解为紧凑的向量和矩阵因子。

2024-03-04 16:07:11 1069 1

原创【知识积累|深度度量学习】open-metric-learning简介

度量学习问题（也成为极端分类问题）通常指一种情况，我们有成千上万个实体的ID，但是每个实体只有很少的样本。通通常我们假设在测试阶段将处理未见过的实体，这使得直接应用基本分类流程变得不可能。在很多情况下，获得的embedding被用于执行搜索或匹配任务。以下是CV中一些此类任务的例子：个人/动物重识别，人脸识别，地标识别，在线商店的搜索引擎等等。

2024-01-04 11:02:37 889

原创【论文阅读|冷冻电镜】DISCA: High-throughput cryo-ET structural pattern mining

现有的结构排序算法的吞吐量低，或者由于依赖于可用模板和手动标签而固有地受到限制。本文提出了一种高吞吐量的、无需模板和标签的深度学习方法，即。通过学习和建模三维结构特征及其分布，自动检测同质结构的子集。在五个实验数据集上的评估表明，基于无监督深度学习的方法能够检测具有广泛分子大小范围的多样结构。DISCA通过学习由CNN提取的3D结构特征，并统计建模特征分布，自动在大规模冷冻电子断层扫描数据集中检测结构同质的颗粒子集。

2024-01-03 18:47:40 1155

原创【冷冻电镜】TomoTwin使用教程总结

TomoTwin使用流程小结

2023-12-19 22:39:54 850

原创【知识积累】深度度量学习综述

否则，在严格监督的环境中，您不会期望测试集中出现严重超出分布的样本，ArcFace 及其变体绝对是最佳选择，正如最近 Kaggle 竞赛中表现最佳的选手所证明的那样。让我们将其映射到超球面！更重要的是，比赛的重要部分是对给定的鲸鱼是否是新的进行分类。遗憾的是，众所周知的事实是，在酷炫新方法的学术基准上报告的 SOTA 结果可能无法反映其在现实世界问题中的表现。对比方法的主要思想是设计一个损失函数，直接将具有相同标签的样本（即“相似”样本）的嵌入放在一起，并让不相似样本的嵌入彼此远离，因此得名“对比”。

2023-12-13 17:10:38 380

原创【论文阅读】TomoTwin: generalized 3D localization of macromolecules in cryo-ET with structural data mining

冷冻电子断层成像技术使得对细胞环境进行高度详细地可视化成为可能。然而，仍然需要工具来分析这些密集体积中包含的全部信息。通过亚体积平均进行对大分子的详细分析需要首先在断层图中定位颗粒，这一任务受到多种因素的影响，包括低信噪比和拥挤的细胞空间。目前可用的方法在这方面要么容易出错，要么需要手动注释训练数据。为了帮助这一关键的颗粒拾取步骤，我们提出了TomoTwin：这是一个基于深度度量学习的冷冻电子断层图颗粒拾取的开源通用模型。

2023-12-05 21:48:13 105

原创【论文阅读】SuperPoint:Self-Supervised Interest Point Detection and Description (CVPR 2018)

这篇论文介绍了一个自监督框架，用于训练适用于计算机视觉中大量多视图几何问题的兴趣点检测器和描述符。与基于图像块的神经网络不同，我们的全卷积模型在完整尺寸图像上进行操作，并在一次前向传递中联合计算像素级兴趣点位置和相关描述符。我们引入了Homographic Adaptation（同质适应），这是一种多尺度、多单应性的方法，用于提高兴趣点检测的可重复性，并进行跨域适应（例如，从合成到真实场景）。

2023-07-26 16:00:45 915

原创【论文阅读】Semi-Supervised Keypoint Detector and Descriptor for Retinal Image Matching (ECCV2022)

眼底图像匹配（retinal image matching）作为眼底图像处理和分析的一项重要技术，在眼底图像配准、身份识别、个性化慢病管理等多个任务中起着关键作用。现有方法大多基于传统数字图像处理技术实现。传统技术存在超参数设置复杂，病变条件下匹配质量差，适用任务单一等问题，使得现有方法的适用范围较窄。本文提出了具备端到端学习能力的眼底图像关键点检测和描述网络SuperRetina。注意到当前可用的眼底图像标注数据极其稀少，难以有效支撑深度神经网络的训练。

2023-07-25 17:08:21 537 1

原创【冷冻电镜】InSilicoTEM 使用手册

InSilicoTEM是一个用来模拟生成冷冻电镜显微图像的软件，原论文是"Image formation modeling in cryo-electron microscopy"。该软件基DIPImage和MATLAB开发。

2023-07-25 09:25:39 350

原创【冷冻电镜】IMOD使用教程（Etomo tutorial）

使用IMOD对示例数据集进行冷冻电镜断层重建。参考Etomo Tutorial。

2023-06-11 18:00:05 2156 3

原创【经验】移植环境requirement时报错

ERROR: Could not install packages due to an OSError: [Errno 2] 没有那个文件或目录: ‘/home/conda/feedstock_root/build_artifacts/argon2-cffi-bindings_1666850853622/work’包名＋版本号＋@ file:///tmp/build/xxx/xxx/work。

2023-02-23 15:51:26 991 1

原创【经验】Ubuntu系统使用vscode远程报错加载web视图时出错

搜索解决方法时有人建议关机重启，因为嫌麻烦所以我没有试过。如果是ubuntu系统，可能是因为有另一个（或许隐藏的）vscode进程，导致了该问题。关闭vscode，然后打开命令行输入。

2023-02-23 09:48:06 1758 3

原创【读书笔记】动手学深度学习（阿斯顿·张，李沐等）第二章（更新中）

本文旨在记录阅读本书过程中遇到的在以往学习和使用中忽略的知识点，也包括一些需要加强记忆的重点。此外，原书中主要基于深度学习框架mxnet，但官方网站和对应代码中也提供了pytorch对应的版本，本文主要基于pytorch对应部分进行汇总和整理。（持续更新中）

2023-02-12 15:07:25 557

原创【论文粗读】(DE-DETR) Towards Data-Efficient Detection Transformers

本文旨在减少 Detection Transformer 类目标检测器对标注数据的依赖程度，提高其数据效率。

2022-12-28 10:17:19 626 2

原创【论文阅读|cryoET】Isotropic reconstruction for electrontomography with deep learning (解决缺失楔问题&降噪）

低温电子断层扫描（cryoET）允许原位细胞结构的可视化。然而，由固有的缺失楔问题引起的各向异性分辨率给断层成像的可视化和解释性带来了重大挑战。本文开发了IsoNet，一个基于深度学习的软件包，使用从原始断层图像中学习的知识，迭代重建缺失楔信息并提高信噪比。IsoNet 不需要子断层平均，生成的断层图像分辨率各向异性显著降低。IsoNet 应用于三种代表性的cryoET数据表明它让结构的可解释性大大提高。因此，IsoNet 克服了 cryoET 的两个基本限制，使得其功能解释无需子断层平均。

2022-11-28 23:02:17 1196

原创【目标检测】coco_eval 使用小结

coco数据集evaluation方法小结

2022-11-03 10:20:51 2679 7

原创 PyTorch官方文档学习笔记（备忘）

以前学习过一些pytorch教程，平时也会应用到，但发现技术文档才是最好最系统最全面的教材，现在从头学习梳理一遍，本文记录一下平时记不住的内容。

2022-08-10 11:56:15 276

原创【论文粗读】(NeurIPS 2020) SwAV：对比聚类结果的无监督视觉特征学习

无监督图像表示（Unsupervised image representation）显著地缩小了和有监督预训练的差距，特别是对比学习方法的最新成果。这些对比学习方法通常在线工作，依赖于大量显式的成对特征比较，计算量比较大。本文提出的在线算法SwAV不需要成对比较，它比较不同 view 下的聚类结果（clustering assignment）而不是直接对比特征。具体来说，SwAV 对数据进行聚类的同时，加强对同一图像的不同增强(或“视图”)产生的聚类结果之间的一致性，而不是像对比学习中那样直接比较特征。..

2022-08-09 11:34:36 1668 1

原创 Selective Search学习笔记

选择性搜索是用于目标检测的区域提议算法，它计算速度快，具有很高的召回率，基于颜色，纹理，大小和形状兼容计算相似区域的分层分组。

2022-08-02 13:54:18 633

原创【笔记】The art of research - (讲好故事和论点）

写文章的时候呢要跟读者建立联系；也就是说，选题已经保证了读者会来读我们的文章，接下来的任务是要让读者信我们写的东西，包括我们对一个问题提出了一个新看法，要让大家认同这个看法；写作的核心是要在脑海中预测和读者的对话，使得在跟人真的对话之前把所有的这种可能性——别人攻击你的地方，以及缺失的理由、论点、论据全部补充起来，这样子就能写出别人相信的故事了。还有一点，不一定需要读者也认同我们的方法是最好的，更多是读者在读了文章以后，跟着一起去探索解决了一个重要问题，读者关心怎样去解决它，并在阅读过程中也进行思考。...

2022-07-28 18:03:40 239

原创【笔记】The art of research（明白问题的重要性）

1. 怎样找到要研究的问题2. 想清楚自己研究问题的重要性是什么

2022-07-28 15:35:15 750

原创【讲座笔记】如何在稀烂的数据中做深度学习？

深度学习取得的成果不仅是强大模型的功能，更是因为有海量的优质数据做支撑。但当训练可用的数据很差、存在各种各样的问题时该怎么办？本讲座介绍了几种不完美的数据情形，例如联邦学习、长尾学习、噪声标签学习、持续学习等，并介绍如何使深度学习方法应对这些情形，依然保持强大。..................

2022-07-27 16:00:06 1319

原创【经验】通过跳板机远程连接内网服务器的相关配置

已知：跳板机的ip、用户名、端口和私钥（或者密码）；服务器的ip、用户名、端口和密码通过跳板机远程连接内网服务器。

2022-06-30 16:30:54 1933

原创【干货备忘】50种Matplotlib科研论文绘图合集，含代码实现

来源链接（含代码）https://www.machinelearningplus.com/plots/top-50-matplotlib-visualizations-the-master-plots-python/项目链接（中文翻译+代码）数据集链接作者认为，一个优秀的可视化，需要具备以下特征：1、在不歪曲事实的情况下传达正确和必要的信息。2、设计简单，不必太费力就能理解它。3、从审美角度支持信息而不是掩盖信息。4、信息没有超负荷。而以下可视化，都是基于上面这4点制作的。Authon:ChierA

2022-06-10 09:24:29 210

原创【冷冻电镜|论文阅读】子断层平均 M 软件解读：Multi-particle cryo-EM refinement with M

题目&作者Multi-particle cryo-EM refinement with M visualizes ribosome-antibiotic complex at 3.5 Å in cellsDimitry Tegunov（一作）（也是 Warp 的作者）。本文发表在 Nature Methods，2021。摘要：M software：建立了一个基于参考的多颗粒细化框架，集成了基于参考的颗粒运行轨迹细化和结构确定流程中的其他步骤。为 SPA 和 STA 提供了统一的优化框架（

2022-05-31 16:22:12 1011

原创【冷冻电镜|论文阅读】emClarity：用于高分辨率冷冻电子断层扫描和子断层平均的软件

有两篇介绍该软件的论文，一篇是2018年的，第二篇是2022年的。第二篇主要是对软件使用流程的详细介绍。emClarity: software for high-resolution cryo-electron tomography and subtomogram averagingBenjamin A. Himes, Peijun Zhang(通讯）2018，Nature methodsHigh-resolution in situ structure determina

2022-05-27 00:00:36 1068

原创【冷冻电镜|论文阅读】A feature-guided, focused 3D signal permutation method for subtomogram averaging

题目&作者题目：一种用来做亚断层图像平均的特征引导的、聚焦的三维信号排列方法作者：几位来自Stanford University，还有北大的郭强通讯：Axel T. Brunger （德裔美国生物物理学家、分子和细胞生理学家，斯坦福大学的神经学和神经科学教授）摘要（背景）电子显微镜仪器、冷冻电子断层扫描数据收集和亚断层图像平均技术的进步使得分子及其复合物在其原生环境中的原位可视化成为可能。（问题）当前的数据处理流程通常将 subtomograms 提取为立方子体积，其关键假设是所选的

2022-05-25 12:28:18 862

原创【论文阅读 | 冷冻电镜】RELION 4.0 中新的 subtomogram averaging 方法解读

论文题目A Bayesian approach to single-particle electron cryo-tomography in RELION-4.0作者：Jasenko Zivanov（一作，MRC实验室）摘要本文提出了一种从冷冻断层扫描数据集中的多个颗粒确定大分子结构的新方法。虽然现有的子断层平均方法是基于三维数据模型的，但是本文建议优化一个近似于二维实验图像的函数的正则化似然目标。此外，类似于单颗粒分析中的贝叶斯抛光和CTF细化，本文利用信噪比得到增强的平均结构去优化倾斜序列的对

2022-05-16 17:03:28 1935

空空如也

空空如也