diradical-CSDN博客

原创 CISD 计算中外空间电子组态的快速哈希算法

CISD 计算中，外空间最多只能有两个电子存在，所有可能的组合是alpha 0, beta 0alpha 1, beta 0alpha 1, beta 1alpha 2, beta 0alpha 0, beta 1alpha 0, beta 2我们只需要记录电子在哪个轨道上，而无需将外空间完整记录为两个 0/1 序列。这就需要四个整数去保存电子存在的位置：[a1, b1, a

2018-02-03 17:31:19 432

原创手动安装 mpi4py

手动安装 mpi4py使用 conda 安装的 mpi4py 默认是基于 mpich 构建的，而且使用的编译器是 gcc。想要基于 openmpi 来构建则必须要手动安装。假定 openmpi 安装在 /path/to/openmpi 下（即编译 openmpi 时的 prefix），且编译器使用 intel 的 icc，则手动安装 mpi4py 的方法如下：*1. 下载 mpi4py，地

2018-02-03 13:31:30 4495 3

原创计算化学程序的实现：一些问题

哈密顿矩阵元计算的效率问题和存储问题。

2017-12-04 15:57:40 853

原创计算化学程序的实现：哈密顿矩阵元的计算

量子化学哈密顿矩阵元的计算，基于上一篇文章构建的占据数矢量。

2017-12-03 20:24:39 3874

原创计算化学程序的实现：粒子数表象下波函数的表示

针对 64 位处理器的基于二进制形式的占据数矢量（行列式）以及多组态波函数的构建与操作。

2017-12-03 14:02:29 1585 1

原创搭建 Jupyter Notebook 服务器

在 Linux 服务器上安装 Jupyter Notebook 并且配置域名以及 SSL 的方法。

2017-06-19 19:05:57 3580

原创基于 intel MKL 的高性能随机数生成器

基于 intel MKL 的高性能随机数生成器，完全无需再担心初始化种子的问题。

2017-04-20 14:07:47 1594

原创基于数据存储方式的代码优化（1）

二维数组的主维与操作之间需要匹配，正确的数据存储方式和操作方式可以极大地提高程序的效率。

2016-12-28 21:58:48 323

原创计时器的 time_t 和 clock_t 两种实现方法

C++语言分别使用 time_t 和 clock_t 类型来实现计算程序运行时间的计时器的方法，以及存在的问题。

2016-06-17 21:29:54 6106

原创对两个 xyz 坐标文件进行线性插值的程序

对两个 xyz 结构文件的线性插值程序。这是计算化学领域优化几何构型时最常见的获取初始猜测的策略之一。

2016-05-24 17:18:23 1724

原创 C++中可以接受任意多个参数的函数定义方法

C++能够接受任意多个参数的函数的定义方法

2016-01-25 18:54:18 12066 2

原创 “八皇后问题”的 Python 语言解法

学习 Python 的过程中的一次编码练习

2016-01-17 17:24:06 1566

原创基于 intel MKL 的对称矩阵特征值求解器

对 intel Math Kernel Library 中的实对称矩阵特征值求解器（使用 Divide and Conquer 方式）的 C++ 封装，可以轻松愉快高效地求解实对称矩阵的特征值与特征矢量。

2016-01-14 20:30:53 1857 2

原创 C++ 矩阵计算库 Eigen 使用笔记（一）

C++ 矩阵计算库 Eigen 使用笔记第一部分，写 Block Davidson 算法的时候用到的一些函数。

2015-10-26 20:11:48 25870 2

原创 Linux 系统双网卡实现内网端口转发

Linux 系统双网卡实现内网端口转发（NAT），从而让内网的计算机可以通过作为 NAT 服务器的 Linux 主机访问外网。

2015-08-28 13:50:48 14080 1

原创深度优先算法：《啊哈！算法》一书中第四章“解救小哈”例子的 C++ 语言实现

深度优先（Depth First Search, DFS）算法，《啊哈！算法》一书中第四章“解救小哈”例子的 C++ 语言实现。

2015-08-19 21:40:50 1735

原创深度优先算法解决“八皇后问题”

“八皇后问题”以及“n 皇后问题”的深度优先（Depth First Search, DFS）算法解法，C++ 语言。

2015-08-16 14:02:04 4085 2

原创欧几里得算法求解最大公约数和最小公倍数

欧几里得算法求解最大公约数和最小公倍数（C++ 语言）

2015-07-28 12:55:19 3933

原创提取数字的每一位

C++，使用取余和除法来提取数字的每一位。

2015-07-24 12:19:34 6748

这段代码和 molpro 对输入输出文件名的处理方法相同，对输入文件 task.inp 生成输出文件 task.out。即，对输入文件的文件名去掉文件类型后缀，默认的输出文件类型后缀是 .out，这和 molpro 的设定是相同的。另外也保留了去掉文件类型后缀的文件名字符串，以便生成其他的 .log 等等文件之用。至于程序的临时文件，或者用任务名称（即去掉文件类型后缀的输入文件名）结合运行时的 P

2015-07-08 20:03:45 1605

原创 Hubbard模型的计算程序

只求完工而不求代码效率，现在终于写完这个程序了。接下来就要做代码的优化和并行化了——事实上需要优化的内容简直太多。最后求解本征能量与本征函数的时候使用了 intel Math Kernel Library 提供的函数，即 lapack 中的 LAPACKE_dsyevd 函数。编译的时候需要正确调用 intel MKL 才可以编译完成。/* luozhen, 2015-

2015-05-26 01:21:15 2079

原创共价模型单种自旋的电子组态的索引方法

此方法来自武剑的论文，见 Jian Wu and Yuansheng Jiang, J. Comp. Chem. 2000, 21, 856. 此处的main函数只是用于测试算法是否正确，此算法最后会作为另一个程序的子函数。/* luozhen, 2015-05-20*///Available only for Sz = 0#include #include

2015-05-20 18:56:45 482

原创丁二烯Hubbard模型的计算程序

因为没有给定参数，所以参数t和u全都用字符串代替，而且之后的解矩阵运算也没办法进行。如果给定参数而不是用字符串表示，那么整个程序的效率会更高，而且之后可以继续写具体的矩阵运算过程。#include #include #include #include using namespace std;const int atoms = 4;const int configuratio

2015-05-19 13:19:42 636

原创从Gaussian 09的Hartree-Fock计算的fchk文件转换到Columbus的mocoef文件的脚本

这个脚本用于将Gaussian 09的Hartree-Fock计算的.fchk文件转换到Columbus软件使用的mocoef文件。

2014-06-28 16:11:31 1048

原创 Perl 语言学习笔记（二）

这一部分主要是数组和列表部分。首先建议一种使用utf8编码的简便写法（因为Perl只能处理ASCII编码以及utf8编码，所以了解utf-8的详细用法是必须的）： use utf8;binmode(STDIN, ':encoding(utf8)');binmode(STDOUT, ':encoding(utf8)');binmode(STDERR, ':encoding(utf8)');

2014-06-08 12:35:21 769

原创 Perl 语言学习笔记（一）

Perl是一种脚本语言。对于其详细的介绍，请自行查看维基百科http://zh.wikipedia.org/wiki/Perl或者百度百科http://baike.baidu.com/view/46614.htm?fr=aladdin。Perl语言的入门教材，推荐Randal L. Schwartz所著的 Learning Perl 一书。本书中文版的下载地址见http://pan.baidu.c

2014-06-08 12:31:55 1960

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