quan575-CSDN博客

原创 shell 常用命令

安装命令sudo apt-get install pack #可以更换源： /etc/apt/sources.listsudo gdebi pack.deb #安装deb软件# python pip install -i https://pypi.douban.com/simple pandas #更换源：~/.config/pip/pip.conf# index-url ...

2018-08-01 09:02:29 187

原创 soft Linux精品软件收集

常用的高效率命令软件，命令图片格式（jpg png tiff pdf）之间转化# ImageMagick # pdf 转换为jpgconvert -density 300 file.pdf file.jpg# 转化为黑白图（灰度图）convert -density 288 a.pdf -resize 75% -colorspace GRAY out.pngPDF处理（...

2018-07-28 22:04:40 325

原创 soft Windows精品软件收集

软件整理网站小众软件 http://love.appinn.com/快速启动launchy http://www.launchy.net/ 文本编辑器notepad++ https://notepad-plus-plus.org/ cmder好用的命令行 http://cmder.net/ Everything https://www.voidtools.com/ Not...

2018-07-28 20:32:08 629

原创网站收集整理

生物信息学生信工具集 https://omictools.com/软件列表 http://ccb.jhu.edu/software.shtml加拿大生信网 https://bioinformatics.ca/https://www.youtube.com/channel/UCKbkfKk65PZyRCzUwXOJung/featured探针和引物数据库 http://probebas...

2018-07-26 17:38:27 344

Invalid MIT-MAGIC-COOKIE-1 keyInvalid MIT-MAGIC-COOKIE-1 keyWarning message: In fun(libname, pkgname) : couldn't connect to display ":0"Error in structure(.External(.C_dotTclObjv, objv), class = "tclObj") : [tcl] invalid command name "font".Error.

2021-12-09 18:17:41 634

原创 R导入文件夹下的所有函数

导入文件夹下的所有函数导入文件夹下所有Rdatapurrr::walk(list.files('~/funs',pattern="*.R$",full.names = T), source,.GlobalEnv)purrr::walk(list.files('~/datas',pattern="*.RData",full.names = T), load,.GlobalEnv)...

2021-07-29 14:09:37 568

翻译 dplyr tidyr pipe管道 %>%介绍

来自：https://qiita.com/aakansh9/items/c2c4d3f653162778b757https://dplyr.tidyverse.org/https://tidyr.tidyverse.org/dplyr是R中着名的plyr包的下一个版本，用来处理转换数据，tidyr用来获得整洁（tidy）的数据；%>%最初在封装magrittr中引入的管道操作...

2018-10-27 23:28:50 2287

转载 zip 压缩命令

http://man.linuxde.net/zipzip (参数选项) (A.zip) (文件夹或文件)-A：调整可执行的自动解压缩文件；-b<工作目录>：指定暂时存放文件的目录；-c：替每个被压缩的文件加上注释；-d：从压缩文件内删除指定的文件；-D：压缩文件内不建立目录名称；-f：此参数的效果和指定“-u”参数类似，但不仅更新既有文件，如果某些文件原本不存在于...

2018-09-14 09:17:48 7850

原创 Golang 学习网站收集

IDE列表LiteIDE https://github.com/visualfc/liteide http://sourceforge.net/projects/liteide/GoLand(推荐) https://www.jetbrains.com/go/IntelliJ http://go-ide.com/社区官网下载 https://golang.org/dl...

2018-09-11 23:41:09 1245

原创 rmarkdown kniter生成报告

主页 https://rmarkdown.rstudio.com 易辉 https://yihui.name/cn/ https://garrettgman.github.io/rmarkdown/articles.html knitr https://github.com/yihui/knitr/downloads 忍者秘籍： https://bookdown.org/yihu...

2018-09-05 23:11:13 5185 1

原创 shiny-server 安装配置

安装服务器 https://www.rstudio.com/products/shiny/download-server/参考文档 http://docs.rstudio.com/shiny-server/安装$ sudo apt-get install gdebi-core$ wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-12.04...

2018-09-05 22:59:36 1554

原创 R awesome

# 在dataframe取一列数据，保留df类型，可加(drop)参数otutable_gp[otu_name,,drop=F]read.table(factorfile,sep = '\t',header = T,colClasses=c('factor'), comment.char = '' #保留井号注释行, )...

2018-09-05 22:56:43 203

原创 Rstudio shiny rmarkdown tidyverse 相关网页

https://www.rstudio.com/products/rpackages/tidyverse 项目地址： https://www.tidyverse.org/ 集合了多个包在一起shiny 项目地址： https://shiny.rstudio.com/ 用于构建交互式web运用rmarkdown ： http://rmarkdown.rstudio.com/ ...

2018-09-05 22:47:54 549

原创 mysql 命令笔记

#登录到MySQLmysql -h 主机名 -u 用户名 -p#登入查询mysql -D genbank -u root -pshow databases;use wordpressdb;show tables;#删除表DROP TABLE tablename;#查看表的信息#查看列名 show columns from gbbct;#描述 ...

2018-09-04 17:17:54 163

原创 dpkg 安装程序出现问题

dpkg: error processing package linux-image-generic (–configure): dependency problems - leaving unconfiguredhttps://askubuntu.com/questions/517857/dpkg-error-processing-package-linux-image-generic-co...

2018-09-04 09:24:57 3840

原创 bio 生信博主网站 blog

整理了一下收藏的生信博客链接论坛 - biostars https://www.biostars.org/ - 生信技能树 http://www.biotrainee.com/ - 生信人 https://shengxin.ren/ - omicShare http://www.omicshare.com/forum/ - PLoB https://www.plob.org...

2018-09-02 00:43:59 964

原创 bio PICRUSt 分析（16S预测功能）

介绍 https://picrust.github.io/picrust/index.html源码 https://github.com/picrust/picrustgalaxy 在线版本 http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/安装教程 https://picrust.github.io/picrust/install.html#inst...

2018-09-01 23:49:48 5008

原创 bio metastas分析

Metastats是用于检测宏基因组病例/对照研究中差异丰富特征的软件。它是在包含多个样本的宏基因组数据的背景下开发的第一个工具，并且依赖于非参数t检验。相关资源 - 介绍 http://cbcb.umd.edu/software/metastats - 计算源代码 https://github.com/icj/Metagenomics - mothur metastats http...

2018-09-01 23:34:01 1080

转载 shell while read xargs 管道输入

正确的在脚本中使用 while read 可以得到诸多好处, read 命令从标准输入中取得输入存入变量. 使用 read 的脚本都可以获得 linux pipe 的所有优点. 将你的脚本放入管道while read host ip; do echo &quot;$host ip is $ip&quot;;done比如这个脚本名叫 echo_host_ip.sh. 再有一个文件 host_info...

2018-09-01 23:09:58 1015

转载 sed正则表达式匹配,各种括号的转义和不转义

为了方便自己检索转自：https://blog.csdn.net/zl87758539/article/details/77481679?locationNum=10&amp;fps=1[ ] 需要匹配的时候，需要转义(这个是叛徒)echo "[ ]"|sed 's/\[.*\]/aaa/g'( ) 需要匹配的时候，不要转义echo "( )"|sed 's/( )/c/g'{...

2018-08-30 17:39:31 5699

原创 Golang 环境搭建-安装配置

LiteIDE 下载地址：http://sourceforge.net/projects/liteide/files/ 源码地址：https://github.com/visualfc/liteide

2018-08-27 22:35:26 206

原创 sqlite 使用笔记

http://www.sqlitetutorial.net/ https://www.sqlite.org/cli.html 在shell终端使用sqlite3# 创建表create table if not exists accession(accession text,accession_version text,taxid text,gi text);# 创建索引cre...

2018-08-27 17:36:15 475

原创 R optparse Args 命令行传递参数包

R命令行传递参数包，类似python参数传递#第一种方法：Args <- commandArgs()filename =Args[6] # 第一个参数是Args[6]不过这种方法不能设默认参数，也不能省略参数commandArgs(T) #第一个参数是Args[1]#第二种方法##类似python版本library("optparse")option_list...

2018-08-15 23:39:45 3024

原创 R colors 画图配色相关包及函数

画图heatmap颜色定义colorRampPalette(c('blue','black', 'yellow'))(120)heat.colors() #从红色渐变到黄色再变到白色（以体现“高温”、“白热化”）。terrain.colors() #从绿色渐变到黄色再到棕色最后到白色（这些颜色适合表示地理地形）。cm.colors() #从青色渐变到白色再到粉红色。...

2018-08-15 23:30:07 3944

原创 shell terminal 终端配色修改

命令提示符vi ~/.bashrc# 账号时间文件夹PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"ls文件及目录颜色alias ls='ls -hF --color=tty'文件颜色代...

2018-08-15 23:18:25 965

原创 python包 pypinyin 中文转化为拼音

https://github.com/mozillazg/python-pinyin$ pip install pypinyin>>> pinyin('下雨天', style=Style.INITIALS, strict=False)[['x'], ['y'], ['t']]

2018-08-15 23:14:17 2816

原创 R read.table 读取表格参数详解

read.table(file, header = FALSE, sep = "", quote = ""'", dec = ".", row.names, col.names, as.is = !stringsAsFactors, na.strings = "NA", colClasses = NA, nrows = -1, ...

2018-08-15 23:12:28 12287

原创 shell apt-get dpkg rpm yum linux包管理工具

ubuntu 默认的包管理工具是apt-get，aptitude CentOS 用的是yumapt-get aptitude 软件安装apt-get update #更新包列表apt search search_string #搜索包的信息apt show package #显示有关包的本地缓存信息apt-get install package #从存...

2018-08-15 22:48:39 192

原创 R MetaboAnalystR 代谢组分析包

R MetaboAnalystR 代谢组分析包#先安装一些依赖bio包source(&quot;https://bioconductor.org/biocLite.R&quot;)biocLite(c('impute','pcaMethods', 'globaltest', 'GlobalAncova', 'Rgraphviz', 'preprocessCore', 'gen...

2018-08-15 16:36:14 11565 1

转载 fastq序列质量Q30统计软件

FaQCs 使用perl编写，R画图。不仅可以统计质量，Q30，还可以trim序列。安装简单准备好两个需要的perl 模块,下载github上的文件，然后直接cd lib;./INSTALL.sh。 https://github.com/LANL-Bioinformatics/FaQCsfastqc java写的，速度快，结果清晰，但结果没有Q30比值 http://www.bioinf...

2018-08-13 15:39:05 5692

原创 shell echo命令笔记

echo 选项列表选项描述-n 不输出末尾的换行符。-e 启用反斜线转义。/b 退格// 反斜线/n 新行/r 回车/t 水平制表符/v 垂直制表符/a 选项会听到声音警告。...

2018-08-10 23:16:32 199

原创 R-network igraph ggnet2 网络图

R 画网络图 http://kateto.net/network-visualizationinstall.packages(&quot;igraph&quot;) install.packages(&quot;network&quot;) install.packages(&quot;sna&quot;)install.packages(&quot;visNetwork

2018-08-10 23:07:38 3097

原创正则表达式笔记 re zhengze zz

https://www.bilibili.com/video/av13393853http://www.runoob.com/regexp/regexp-metachar.html## 正则表达式学习提取替换有规律的字符串- 工具 RegexBuddy* 任意长度的字符？任意长度为1的字符## 元字符. 除换行符以外的任意字符\w 字母数字下划线\s 空白...

2018-08-10 18:35:42 370

原创 python-str字符串处理

python字符串处理函数# find和index区别,前者找不到返回-1，后者找不到报错print "aaab".find("9") # 输出：-1print "aaab".find("b") # 3print "aaab".rfind("a") # 2 加r从右开始找print "aaab".rindex("a")

2018-08-10 16:43:29 250

原创 python-argparse 命令行脚本传递参数opt

argparse 包import argparseparser= argparse.ArgumentParser(description=""" 说明：""")parser.add_argument('-i', help="输入文件名", default='')parser.add_argument('-o', help="输出文件名", default='')args= pa...

2018-08-09 23:22:49 945

转载 python-dict 字典操作

总结字典操作函数d['k'] #取 'k'd.pop('k') #删除返回删除的键值d.clear() #清空字典d.get('name') #查找没有返回 Noned.setdefault('test_2',80) #查找没有d.keys() #所有的键d.values() #所有的值d.iteritems() #字典迭代器d.iterkeys() # 键的...

2018-08-09 23:01:23 160

原创 shell awk命令笔记

#正则表达式的一些最基本的东西：^ 表示一行的开头。如：/^#/ 以#开头的匹配。$ 表示一行的结尾。如：/}$/ 以}结尾的匹配。\&lt; 表示词首。如：\&lt;abc 表示以 abc 为首的詞。\&gt; 表示词尾。如：abc\&gt; 表示以 abc 結尾的詞。. 表示任何单个字符。* 表示某个字符出现了0次或多次。[ ] 字符集合。如：[abc] 表示匹配a或b或c...

2018-08-09 09:36:15 118

原创 ubuntu下修复 tab键自动补全

命令行自动补全功能apt-get install bash-completionsource /etc/bash_completion# 2. 配置文件，编辑/etc/bash.bashrc，在最后加入如下代码 [plain] if [ -f /etc/bash_completion ]; then /etc/bash_completion fi...

2018-08-04 23:15:31 4715

原创 code 命令行批量替换PDF中的颜色

#!/bin/bashif [ $# -lt 3 ];then echo &quot;替换PDF中的颜色，根据RGB值&quot; echo 示例：$0 i.pdf o.pdf \&quot;0,0,255,255,80,83 255,255,255,0,0,25\&quot; echo &quot;3个参数：1.输入 2.输出 3.双引号6个一组，替换颜色，空格分开&quot; exit fi

2018-08-03 14:30:56 496

转载 shell ps kill 进程查看管理命令

kill https://www.cnblogs.com/rsky/p/4886043.html ps https://blog.csdn.net/vip_wangsai/article/details/72616587# 杀死进程kill -9 pidpgrep -l bwa //根据名字搜索pkill bwa //根据名字killkillall chrome# 使用...

2018-08-02 23:00:44 1052

空空如也

空空如也