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RSS订阅原创 【知识图谱构建】Updates in Rhea – an expert curated resource of biochemical reactions 2022 （论文笔记）
Rhea 和 UniProt 策展人现在密切相关，Rhea 编辑团队根据 UniProt 策展人的请求来管理新的反应，然后他们将这些反应与 UniProtKB/Swiss-Prot 中审查的蛋白质序列条目中的酶和转运蛋白序列联系起来。Rhea网站、API和SPARQL端点提供了一个强大的工具箱，可以为广泛的应用程序挖掘Rhea反应数据集，而UniProt网站、API和SPARQL端点允许用户利用使用Rhea创建的快速增长的酶和转运蛋白注释集。
2023-08-16 16:10:36
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原创 【知识图谱构建】Updates in Rhea: SPARQLing biochemical reaction data 2019 （论文笔记）
pdf 并邀请感兴趣的读者查阅那里的文档。Rhea SPARQL 端点使用 Virtuoso 软件 (https://virtuoso.openlinksw.com/)，并托管在 SIB 瑞士生物信息学研究所高性能计算 (https://www.viti-it.ch/) 的 Vital-IT 中心。Rhea RDF 数据也可用于在 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/rhea/rdf/ 序列化为 RDF/XML。
2023-08-16 15:53:31
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原创 【知识图谱构建】Updates in Rhea – an expert curated resource of biochemical reactions 2017（论文笔记）
为此，我们继续通过专家管理新反应来增加 Rhea 的覆盖范围，包括 IUBMB 的代表性反应和同行评审文献中描述的额外反应。更直接的发展集中在 Rhea 数据的新 RDF 表示上。这将在 VitalIT 基础设施 (https://www.viti-it.ch/) 托管的专用 SPARQL 端点上提供，该端点目前维护了许多 SPARQL 端点，例如 http://sparql.uniprot.org/ 和 http://snorql.nextprot.org。
2023-08-16 13:19:07
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原创 【知识图谱构建】Updates in Rhea – an manually curated resource of biochemical reactions 2015（论文笔记）
该注释目前使用 IUBMB 的酶命名委员会和来自 ENZYME 数据库 (25) 的文本反应描述的酶分类 (EC 编号) 提供（它自己源自 IntEnz）。我们还扩展了 Rhea 以涵盖 IUBMB 分类 (26-28) 尚未描述的数百个酶活性，其中许多已经具有 UniProtKB 中注释的文本反应描述（一个例子是前面提到的 GDP-¢-D -甘露糖水解反应 RHEA:28105 在 UniProtKB/Swiss-Prot 记录 P32056 中描述的）。这将作为 IUBMB 对酶活性分类的有用补充。
2023-08-16 13:11:00
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原创 【知识图谱构建】Rhea—a manually curated resource of biochemical reactions (论文笔记)
Rhea 生物反应数据库使用了CHEBI描述化学反应中的实体，并且在质量和电荷方面是保持计量化学平衡的。这些反应被手动链接到目标文章和其他公开的包含酶和路径数据库的代谢资源中。
2023-08-15 22:21:11
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原创 【知识图谱推理】Toward better drug discovery with knowledge graph （论文笔记）
通过使用KGs来辅助数据驱动的药物研究，可以加速药物发现的过程。受此应用的启发，最近的研究将KG引入到基于KG嵌入模型和生物医学KG的各种药物发现预测问题中。在本文中，我们总结了用于KG构建的常用数据库，并概述了药物发现领域中具有代表性的知识嵌入模型和基于KG的预测。最后，我们谨慎地总结，未来仍有一些挑战需要解决，并对这些挑战进行了详细的讨论，旨在为该领域的未来提供清晰的前景。
2023-04-26 05:39:34
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原创 【知识图谱应用】Predictive chemistry: machine learning for reaction deployment, reaction development （论文笔记）
到目前为止，机器学习辅助机制阐明中的大部分活动都位于描述符重要性策略中。我们希望这些模型能够在不受人类专家指导的情况下产生新的见解，并最终能够产生开放式的假设和发现。
2023-04-20 03:40:56
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原创 【知识图谱的应用】predicting outcomes of complex organic chemistry reactions using neural ...(论文笔记)
来自Daniel M.Lowe的数据集USPTO，用SMILES字符串表示；删除一部分重复数据以及额外780条反应数据，因为smiles字符串不能被RDKit规范化。这里只采用了单产物的反应，以明确任务的目标。
2023-04-13 06:26:26
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原创 【知识图谱应用】Modelling Chemical Reasoning to Predict and Invent Reactions （论文笔记）
不用关注特定反应类型，反应机理的基于知识图谱的反应预测和发现方法
2023-04-12 00:29:13
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原创 【知识图谱应用】Molecular Contrastive Learning with Chemical Element Knowledge Graph （论文笔记）
分子表示对于预测分子性质至关重要，为了更好的表示分子，这里采用基于化学元素知识图谱引导的图增强方式获取更丰富的分子表示。
2023-03-28 23:53:43
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原创 【知识图谱应用】Tele-Knowledge Pre-training for Fault Analysis (论文笔记)
故障分析是通讯应用一个非常关键的任务，解决这个任务需要各种不同的通讯知识。这些通讯知识大多由计算机日志数据、产品文档以及专家提供的其他知识组成。**文章构建一个电信知识图谱用于统一组织来自专家们的其它电信知识并提出一个带电信领域的预训练模型KTeleBERT以及它的知识增强版本(包含有效的提示，自适应数字编码和两种知识注入范式)。
2023-03-19 06:38:10
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原创 【知识抽取】Rule extraction from scientific texts: Evaluation in the specialty of gynecology （论文笔记）
领域本体自动构建
2023-02-05 00:21:43
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原创 使用Protege进行本体构建(实践)
ProtegeProtégé软件是斯坦福大学医学院生物信息研究中心基于Java语言开发的本体编辑和知识获取软件，或者说是本体开发工具，也是基于知识的编辑器，属于开放源代码软件。游戏本体对于这里的本体，我们可以定义四种类型的本体对象：self-standing(独立式类)，modifiers(修饰式类)，relations(关系或者对象属性、数据属性)、definable(可定义类)构建步骤1.IRI首先打开protege, 修改IRI2. Entities选择编辑栏Entities-Ow
2022-04-14 14:21:24
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原创 本体描述语言
描述语言@TOC描述语言的前世今生RDF概念：RDF(Resource Description Framework),资源描述框架，提供了针对数据的模型及语法，方便独立的团体交换与使用。RDF在形式上表示为SPO三元组，subject-predicate-object。RDF由节点和边组成，节点表示实体/资源/属性，边则表示实体和实体之间的关系以及实体与属性的关系。如何存储和传输RDF数据RDF/XML(不怎么常用)N-Triples(多个三元组)Turtle（使用最多）RDFa（H
2021-09-21 21:58:51
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原创 知识图谱入门
谷歌对于知识图的描述–The Knowledge Graph enables you to search for things, people or places that Google knows about—landmarks, celebrities, cities, sports teams, buildings, geographical features, movies, celestial objects, works of art and more—and instantly get inf
2021-06-26 19:18:57
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原创 周志华-机器学习
第一章 绪论思维导图关键问题1.假设空间概念所有属性可能取值构成的假设集合计算列出可能的样本点，即特征向量2.版本空间概念与训练集一致的假设集合习题:1.1计算步骤先列出假设空间删除与正例不一致，与反例一致的假设得到版本空间第一步 假设空间：色泽取值：青绿、乌黑根蒂取值：蜷缩、稍蜷敲声取值： 浊响、沉闷 1. 色泽 = *, 根蒂 = *, 敲声 = * 2. 色泽 = 青绿, 根蒂 = *, 敲声 = * 3. 色泽 = 乌黑, 根蒂 = *, 敲
2021-05-03 17:47:51
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