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RSS订阅原创 conda 解决“libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20‘ not found“
起因使用cmake的时候需要调用libstdc++.so.6里的GLIBCXX_3.4.20,但是报错libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found使用strings命令查看libstdc++.so.6里面是否包含GLIBCXX_3.4.20,发现没有，最高到3.4.19版本。需要更新libstdc++.so.6，到更高的版本。strings libstdc++.so.6|grep GLIBCXX解决由于这里调用的libstdc++.so
2021-08-19 19:22:01
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原创 VScode 使用ssh插件修改远程服务器文件
参考这里遇到的问题：远程服务器不能连接网络怎么办?这会造成两个问题:1)不能自动在服务器下载vscode-service版本2)不能自动在服务器端下载插件这里有一官方参考,下载remote ssh(nightly)版本的插件,然后开启下面这个选项为always就可以了. 他会在本地下载好插件和vscode服务器版本,然后传到服务器上去,完成安装但是,可能还会遇到别的问题:1) 因为网络不通畅导致本地无法下载vscode服务版本,从而也无法传到远程服务器上去.错误提示可能为comm.
2021-08-05 20:05:57
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原创 C++ 传指针和传引用的区别
以下是自己的理解，如果看不懂可以看这个参考网页，讲的很好。传指针调用：本质上是传值调用，只不过传的实参的地址。被调函数会新定义一个指向存放同类型变量值的指针，该指针值为实参的地址。当被调函数需要访问形参的值时，需要两步操作，首先寻找形参指针的值a（是一个地址），然后根据值a来访问真正对应实参所对应的值（即找到值a这个地址指向的内存，读取该内存储存的值）。传引用调用：这也是会传输实参的地址，被调函数同样也会新定义一个变量，但是这个变量名代表的就是对应实参的地址，可以使用这个变量名直接访问实参的值.
2021-07-19 17:38:57
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原创 安装valgrind、petsc、slepc
valgrind的安装执行. pccompile#!/bin/bashexport CC=gccexport CXX=g++./autogen.sh./configure --prefix=/home/jrf/tools/valgrind --with-mpicc=mpiccmake && make installPETSc的安装PETSc和SLEPc安装的每一步完成后，都会给出下一步要做的命令1 安装步骤执行. pccompile#!/bin/bash
2021-07-02 17:29:21
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原创 C++模板函数 --接口与实现分离
问题写模板函数的时候，使用定义（a.h）与实现（a.cpp）分离的方式，结果一直报错对模板函数“未定义的引用”。使用nm命令查看a.o文件，发现没有模板函数的名字。很是奇怪。原因看了参考【1】（强烈建议看一下）才知道，这是因为C++标准规定，模板函数在没有被调用的时候，就不会被实例化。因此main函数编译成.o文件时候，因为仅包含了a.h文件，没有模板函数的具体实现，只能寄希望于链接时ld在其他的.o（这里是a.o）文件中找到模板函数的实现，但是a.cpp编译成a.o文件的时候，因为a.cpp中没有
2021-06-29 17:22:44
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原创 Global Array(GA)函数库的安装、使用
使用ga++，编译出现大量基础函数的未定义引用(base) [Js@XiaoXin13pro ga]$ makempicxx -o test_ga test_ga.o -I/home/Js/tool/openblas/include -I/usr/local/include -L/usr/local/lib -lga -lga++ -larmci -lm -lcomex -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.5 -lgfortran -lboost_seria.
2021-05-12 21:12:34
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原创 yum无法使用 : module doesn‘t match the current version of Python
问题描述:使用conda安装了新版本的Python3.8，并且把对应的动态函数库加入了ld.so.cache中（这是系统在软件运行时，用来搜索动态链接库的目录文件，具体见ldconfig的作用 & 编译时动态的链接问题 ）。但是系统自带的是python2.7，并且使用python2.7构建的yum。当调用yum的时候，yum希望搜索到python2.7的动态链接库，但是因为python3.8的函数库是后加进去的，所以先被yum搜索到，因此报出了如下动态链接库版本不兼容的问题。There was
2021-05-08 10:31:17
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原创 编译Boost.mpi
1 最后链接为可执行文件时出现未定义的引用 \n=== LINK bin/tests.x./obj/test_fci.o ./obj/test_dvdson.o ./obj/test_hamiltonian.o ./obj/test_integral.o ./obj/test_linalg.o ./obj/test_tools.o ./obj/test_matrix.o ./obj/test_onspace.o ./obj/test_onstate.o ./obj/test_sci.o ./obj/te
2021-04-30 16:58:31
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原创 JAVA垃圾回收机制-精简版
主要参考和复制粘贴本文原创作者：书呆子Rico作者博客地址：http://blog.csdn.net/justloveyou_/一、 用来干什么java 的垃圾回收机制是为了自动收回已经没有用的内存空间。比如说下面的例子：dog doga;doga = new dog("路马");这个语句的第一行创建了一个对 dog 类对象的引用，即 doga （注意，它只是对象不是引用）。doga存储在虚拟机栈中。第二行代码使用new语句在java堆中开辟内存空间，创建了一个对象，并使用 doga 引
2021-04-18 17:07:12
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原创 区分一下cluster、MPP、SMP和SSMP
最近学习GA库，发现应当对多种计算机架构进行区分,故查阅资料，总结如下MPP（Massive Parallel Processing)，每个现在有多种架构需要区分MPP （Massive Parallel Processing）SMP（Symmetrical Multi-Processing)NUMA （Non-uniform memory access）SSMP（Scalable shared-memory multiprocessing）DSM（distributed shared m.
2021-03-27 18:58:56
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原创 在DGX-A100上编译NWCHEM 的MPI+CUDA版本
1. 安装OpenBlas这是nwchem编译需要使用的库，从官网上下载源代码。 git clone https://github.com/xianyi/OpenBLAS.git #编译 make #安装到指定路径 make install PREFIX=/home/jrf/tools/openblas2. 安装OPENMPI网上搜索openmpi4.1.0稳定版本 链接解压，并进入解压文件夹mkdir build && cd buildconfigure 设置安装
2021-03-06 22:06:23
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原创 lscpu的查看方法
这是dgx A100工作站，以这个机器举例：CPU(S): 逻辑核心数Thread(s) per core : 每个物理cpu核包含几个线程，即逻辑核sockets : CPU的物理插槽数Core(s) per socket ： 每个插槽上的物理CPU 核数NUMA node(s): 节点数。逻辑CPU核的组合形式，多个CPU组合形成一个numa节点，节点之间的通信速度低于节点内部的通信速度。NUMA node0 CPU(s): node0包含哪些逻辑CPU。这里node 0包含的逻辑
2021-03-04 20:08:37
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原创 使用conda安装openmpi编译nwchem
1 遇到如下错误:找不到libpthread.so.0configure:20418: checking whether FLIBS needs -lgcc_sconfigure:20443: cc -o conftest -m64 -Wall -O3 -funroll-loops -ffast-math -fopenmp -g -I. -I/home/apps/jinrf/nwchem-conda/nwchem/src/include -I/home/apps/jinrf/nwchem-cond
2021-03-02 10:16:38
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原创 anaconda 在集群上配置openmpi
1 首先安装openmpi所需要的编译器所需要的编译器有:x86_64-conda-linux-gnu-gccx86_64-conda-linux-gnu-g++x86_64-conda-linux-gnu-gfortran安装指令分别为conda install -c conda-forge gcc_linux-64 conda install -c conda-forge gxx_linux-64conda install -c conda-forge gfortran_linux-
2021-03-02 08:52:27
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原创 conda安装gcc后,“which gcc“没有任何输出信息
我想要使用conda 安装高版本的gcc,比如gcc9.3.0.当使用如下命令安装gcc之后,发现使用which gcc没有任何输出信息.conda install -c conda-forge但是,在/conda_PATH/env/my_env_name/bin这个目录下,找到了很多新生的可执行文件,名字类似gcc,例如下面这些x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gccx86_64-conda-linux-gnu-gccx86_64-conda_cos6-linux-gnu
2021-02-25 22:14:02
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原创 conda 创建环境\安装包\更新 出现http error 000
安装了anaconda3后发现安装软件\创建新的环境\更新都会出现下面的问题:CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/current_repodata.json>Elapsed: -An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.HTTP errors are often
2021-02-23 15:50:33
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原创 在集群上配置cuda环境
一.GPU DRIVER 安装GPU driver 的版本要高于将要安装的cuda toolkit要求的gpu driver最低版本.并且安装需要管理员权限.集群上已经安装好了gpu driver,版本为450.80.02.二.cuda toolkit 安装原本准备使用conda来安装,但是安装后并没有nvcc.根据这里才知道, conda只是安装了一些runtime 函数库,因此选择手动安装.在nvidia官网上,根据driver的版本安装符合要求的cuda toolkit 最新版本,所有cuda
2021-02-21 19:24:58
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原创 cuda 的driver API 和 runtime API
1、起源看到实验室集群上可以使用nvidia-smi，但是没有nvcc，就有些好奇为什么（自己对cuda还是很不熟悉）。就以此为切入点对CUDA做了一些了解。2、总览cuda包含三大组件，分别是 NVIDIA driver(驱动)、toolkit 和 samples。driverdriver 和toolkit可以分开安装，并且同一台主机上两者支持的CUDA版本可以不一样，只要保证driver cuda version >= toolkit cuda versiondriver 安装后
2021-02-07 15:45:08
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原创 focus_ci 运行Python转换文件出现问题
1、ModuleNotFoundError: No module named 'pip.download' when trying to install Python package 解决：Pip version should be reduced to 9.0.1 pip install pip==9.0.1参考
2021-01-24 20:01:10
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原创 c++: 不使用typeid查看变量类型
转载自auto and delctype(auto) type deduction example一个让编译器输出变量类型的小技巧：定义如下结构体template <typename>struct TD;然后使用如下方法查看变量variable的变量类型TD<decltype(variable)>();解释TD<…> 是一个不完整的类型, 编译器会报错，输出如下信息:error: invalid use of incomplete ty.
2021-01-14 20:09:51
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原创 c++虚函数：父类与子类虚函数的形参不一样会发生什么？
摘抄，部分关于虚函数的总结如果以一个基础类指针指向一个衍生类对象(派生类对象)，那么经由该指针只能访问基础类定义的函数（静态联编）如果以一个衍生类指针指向一个基础类对象，必须先做强制转型动作（explicit cast），这种做法很危险，也不符合语法习惯，在程序设计上也会给程序员带来困扰。（一般不会这么去定义）如果基础类和衍生类定义了相同名称的成员函数（包括参数相同），那么通过对象指针调用成员函数时，到底调用那个函数要根据指针的原型来确定，而不是根据指针实际指向的对象类型确定。虚函数就是为了对.
2021-01-10 16:37:37
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原创 linux命令：复制/移动/删除 当前目录下除某些文件外的其他文件
命令find -maxdepth 1 \! -name example \! -name h2_hf \! -name . -exec mv {} example \;-maxdepth 搜索文件夹的最大深度，值为1则仅搜索当前目录下的文件夹，不去搜索子文件夹\! 这里面！表示搜索除了后面-name指定的文件/目录名之外的文件/目录，\表示对！的转义-name指定文件名`exec 是find命令的一个选项，表示执行后面的shell命令，以；结尾。其中\;里面的\同样表示对;的转义{}表示ex
2020-12-22 19:39:23
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原创 linux挂载相关的命令
1.查看已物理连接的硬盘（不一定挂载上了）fdisk -l可以看到下面的信息Disk /dev/sda: 1.8 TiB, 2000398934016 bytes, 3907029168 sectorsDisk model: Colorful SL500 2Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytesSector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytesI/O size (minimum/optimal): 5
2020-12-16 15:21:37
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原创 ld 和 ld.so命令
参考：1.What’s the different between -L/libpath and /etc/ld.so.conf configure the libpath that compiling in gcc/g++2.Where do executables look for shared objects at runtime?运行ld.so负责在运行的时候搜索要链接的动态库。
2020-08-17 16:52:13
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原创 ldconfig的作用 & 编译时动态的链接问题
一. ld1.ld是干什么的 ld是GNU binutils工具集中的一个，是众多Linkers（链接器）的一种。完成的功能自然也就是链接器的基本功能：把各种目标文件和库文件链接起来，并重定向它们的数据，完成符号解析。动态链接库的命名规则在 Linux 中，共享库文件的命名规则为 libname.so.x.y.z。其中，lib 是共享库文件的固定前缀，而后面的 x、y、z 分别是主版本号、次版本号和发布版本号。主版本号不同的共享库是不能相互兼容的。如果主版本号相同，而
2020-08-14 21:43:11
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原创 Focus_ci 编译
貌似需要添加编译器命令"-std=c++11"，但是已经添加了，为什么还是不行/usr/include/c++/4.8.2/bits/c++0x_warning.h:32:2: error: #error This file requires compiler and library support for the ISO C++ 2011 standard. This support is currently experimental, and must be enabled with t..
2020-08-14 11:49:56
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原创 WSL安装Intel® Parallel Studio XE,找不到X11 xorg server
WSL没有图形用户界面，自然也没有xorg。因此在安装的时候遇到如下的问题找不到xorg x11 server,请联系管理员安装或者 unselect 'Graphical user interface' component我返回并取消安装'Graphical user interface' component的选项，但是仍然不行。安装xorgyum install -y xorg-x11-xauth xorg-x11-utils xorg-x11-fonts-*仍然不行因为我只需要使用mpi,
2020-08-12 13:47:46
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原创 c++中的空指针初始化
当使用int *p定义了一个指针变量*p后，仅仅是定义了这个指针的名字，还没有为他分配内存空间，如果这个时候对其进行赋值*p=3会有如下报错Segmentation fault (core dumped)有两种办法可以解决使用new函数为定义的空指针分配空间int *p;p=new int;定义指针时进行初始化int a=520;int *p=&a;...
2020-05-27 11:36:40
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原创 安装 amber
amber 介绍amber安装2.1 下载解压官网 http://ambermd.org/GetAmber.php#ambertools移动到/usr/local/bin解压tar -jxvf AmberTools19.tar.bz22.2 configure使用如下命令./configure -noX11 --skip-python gnu其中：-noX11 不安装图形用...
2020-04-23 11:14:53
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原创 Visual Studio设置mpi运行环境
1.项目属性-配置属性-VC++目录，为其中的一些选项添加值包含目录（添加头文件所在位置）D:\intel\mpi\2019.5.281\intel64\include库目录(添加库文件所在位置）D:\intel\mpi\2019.5.281\intel64\lib2.项目属性-配置属性-链接器->输入->附加依赖项添加impi.lib3.项目属性-配置属性-调试命令：D:...
2020-04-03 16:11:11
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原创 测试nwchem
1. 输入文件输入文件是从官网上找的。链接地址如下https://raw.githubusercontent.com/wiki/nwchemgit/nwchem/pentacene_ccsdt.nw输入文件有一些特点：可以多个文件写到同一个文件中，它会顺序执行2.运行普通情况下是nwchem test.nwnw是默认的扩展名。但是在使用mpi的情况下要用mpirun -...
2020-02-23 10:53:34
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原创 nwchem （ROCM版）编译 -最终目标
1.编译ucx版本参考网址https://github.com/openucx/ucx/wiki/Build-and-run-ROCM-UCX-OpenMPI
2020-02-23 10:52:49
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原创 在组内集群编译nwchem
1. 编译openblas这是nwchem编译需要使用的库，从官网上下载源代码。#编译make#安装到指定路径make install PREFIX=/home/jrf/tools/openblas2.编译ucx要使用的OpenMPI为4.0.1版本 所以使用ucx连接。 最开始下载和编译ucx通讯模块。此处参考https://github.com/openucx/ucx/wi...
2020-02-20 15:54:55
1773
原创 windows 的linux子系统没有滚动条了[已解决]
问题 使用windows的linux子系统的时候，突然发现bash窗口的滚动条没有了，没有办法查看上面的历史纪录了，经过搜索发现如下解决方法:解决方法 右击-属性-布局,设置缓冲区高度为较大的值，我设置为最大值9999，这样实际上可以缓冲所有的命令，滚动条就出现了。ps:如果缓冲区高度小于窗口高度(在同一个设置页面)，那么滚动条就会消失。参考链接：https://mlog.clu...
2020-02-20 15:46:25
1291
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原创 cuda安装后提示
注：使用deepin自带软件安装的英伟达显卡驱动============ Summary =Driver: Not SelectedToolkit: Installed in /usr/local/cuda-10.1/Samples: Installed in /home/js/, but missing recommended librariesPlease make sur...
2019-08-09 23:48:48
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原创 linux安装rdkit、pytorch
安装rdkit安装说明https://www.rdkit.org/docs/Install.html建议使用conda install -c conda-forge rdkit这个命令安装更快安装pytorch直接在下面的官网根据要求选择合适的下载命令https://pytorch.org/...
2019-06-14 18:11:16
1899
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