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登入docker -- debian版本后需要更新的镜像

step1 查看debian版本cat /etc/os-releasestep2 更新apt-get 镜像 为阿里云镜像cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bakvim sources.list#替换为一下内容!<<EOFdeb http://mirrors.aliyun.com/debian/ b...

2020-03-25 11:07:51

Docker 解决容器时间与主机时间不一致的问题三种解决方案

Docker容器时间与主机时间不一致通过date命令查看时间查看主机时间 [root@localhost ~]# date 2016年 07月 27日 星期三 22:42:44 CST 查看容器时间 root@b43340ecf5ef:/#date...

2020-03-24 16:33:31

Linux-Debian 9 配置apt-get源

查看Debian 版本cat /etc/apt/sources.list备份原来的源配置文件cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.backup重新编写源配置文件vim /etc/apt/sources.list将下面复制好的内容粘贴,wq保存#debian 9.x (stretch)deb http://mi...

2020-03-12 15:31:15

Linux改变终端用户名的颜色

echo 'PS1 = "\[\e[37;40m\][\[\e[32;40m\]\u\[\e[37;40m\]@\h \[\e[36;40m\]\W\[\e[0m\]]\$"' >> ~/.bash_profilesource ~/.bash_profile

2020-03-11 10:03:51

10X cellranger count 后的数据认识和使用

对SRR7722937的三个fastq文件运行cellranger count ,完成后得到结果文件存于SRR7722937,打开其下的outs文件夹 下游分析所需的是红框的文件,利用R读入以上文件,形成expression_matrix#!/usr/bin/Rlibrary(Matrix)cellbarcodes ...

2019-12-27 15:45:56

cnetos7 下Rstudio安装hdf5r包

1.首先下载hdf5 源码,版本1.10.6的tar.gz2.解压,用root安装(一定要注意--prefix路径,不能改变)./configure --prefix=/usr --enable-fortran --enable-cxxmakemake install3.进入Rstudioinstall.packages('hdf5r')...

2019-12-24 17:48:49

centos7服务器安装Rstudio-server

1.先安装R(若无R)sudo yum install R2.下载&安装rstudio-serverwget -c https://download2.rstudio.org/server/centos6/x86_64/rstudio-server-rhel-1.2.5033-x86_64.rpmsudo yum installrstudio-server-rhel-1...

2019-12-24 11:47:54

10X_Genomics_scRNA_Seq 名词解释

Sample(样本):单个生物来源(血液、组织等)提取的细胞混悬液。(标示是index)Library(文库):从一个样本制备的1个10X-barcoded测序文库,对应着一个10x Chromium Controller run 的单芯片通道。(标示是barcoded)Flowcell:一个类似载玻片的测序芯片,包含了一个run的测序数据,该数据可根据芯片上的 lane 和 样本的 in...

2019-12-20 16:21:21

10X genomics scRNA_Seq 原理概念解说

单细胞分离--测序原理10X Genomics采用Drop-Seq技术, 横向孔道逐个导入凝胶微珠Gel beads,第一个纵向道输入细胞。当凝胶微珠和细胞碰撞会被吸附在微珠上,然后通过微流控技术运送到第二个纵向通道(“油管”)。这时就会形成一个个的油滴GEMs(一个油滴就是一个凝胶微珠,也就是一个单细胞),然后收集在EP管中。每一个凝胶微珠都布满了不同的Barcode和UMI连接的序列,然后...

2019-12-20 11:09:57

PICRUSt工具使用过程中的概念理解

1. MiSeq 2x250 16S V4 下机测序数据经下面pipeline代码转换为OTU table#!/bin/bashif [ x$usearch == x ] ; then echo Must set \$usearch >> /dev/stderr exit 1firm -rf ../outmkdir -p ../outcd ../out# M...

2019-12-17 17:14:24

生物信息名称备忘录

生殖系突变(Germline mutation) 与体细胞突变 (Somatic mutation)生殖系突变(英语:Germline mutation)是指在生殖细胞中发生的任何可检测、可遗传的突变。 在生殖细胞系以外的细胞中发生的突变称为体细胞突变,也称作获得性突变。生殖系突变和体细胞突变的不同在于:生殖系突变可遗传给后代,而体细胞中发生的突变不能。鉴定体细胞突变的金标准方法是使用同...

2019-12-16 11:12:10

高通量测序中常见名词解释

测序数据量:常见的测序量概念有 M 和 G ,for example 10M 和 10G解释:M 常用于描述reads 的数量。 例如 10M 就是 10 *10^6 条readsG 常用于描述这一批次测序共有的碱基数量。 例如 10G 就是10*10^9个碱基M 和 G 之间的关系比如说对于3G测序量的理解:3G指有 5*10^9 个碱基,假如采取illumia的...

2019-12-13 17:11:47

在阿里云esc上启动jupyter notebook

如常配置python 和 jupyter notebook但在启动jupyter notebook 报错: OSError: [Errno 99]Cannot assign requested addressSolution:1、生成配置文件(~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py)jupyter notebook --generate-co...

2019-10-11 16:13:08

python中 @符号 表示修饰符

@ 表示修饰符,可以在模块或者类的定义层内对函数进行修饰。出现在函数定义的前一行,不允许和函数定义在同一行def makebold(fn): def warp(): return "<a>"+fn()+"<a>" return warpdef makeitalic(fn): def warp(): re...

2019-10-10 15:33:32

MultiClass VS MultiLabels

1.多类别分类和多标签分类的区别有多个类别,但每个实例只分配一个,因此这些问题被称为多类分类(MultiClass)问题 例如电影限制级别,一部电影只会被划分成一种限制级别有多个类别,但每个实例可以分配到多个不同类别(1或不定数量),因此这些问题被称为多标签分类(MultiLabels)问题 例如电影的主题,一部电影可以被同时划分为喜剧片和动作片...

2019-09-23 09:33:53

centos7 上安装mujoco-py

step1 su rootstep2 yum install mesa-libOSMesastep3yum install mesa-libOSMesa-develstep4 wget -chttp://download-ib01.fedoraproject.org/pub/epel/7/x86_64/Packages/p/patchelf-0.9-10.el7.x86_64.rp...

2019-09-19 17:02:26

基于RNN生成古诗词

转自:http://blog.topspeedsnail.com/archives/10542RNN不像传统的神经网络-它们的输出输出是固定的,而RNN允许我们输入输出向量序列。RNN是为了对序列数据进行建模而产生的。样本序列性:样本间存在顺序关系,每个样本和它之前的样本存在关联。比如说,在文本中,一个词和它前面的词是有关联的;在气象数据中,一天的气温和前几天的气温是有关联的。例如...

2019-08-12 14:34:45

为服务器加装机械硬盘

目录1. 确认原硬盘节点2. 加装物理硬盘,并再次查看硬盘信息3. 创建分区4、创建新的挂载点5、手动挂载分区6、添加访问权限7、设置为开机自动挂载分区具体加装过程:1. 确认原硬盘节点sudofdisk-l即原硬盘标识为sda2. 加装物理硬盘,并再次查看硬盘信息新加硬盘显示为sdb,并且已经存在两个分区sdb1和sdb23. 创建分区在...

2019-07-02 15:41:39

Xshell, X11, Xming, CentOS, Tk, Tkinter, Matplotlib相关的坑

前言:最近玩机器学习项目,想把阿里云服务器(CentOS7)上python数据分析程序运行的结果可视化(绘制图表)。CentOS没有GUI,而且服务器在云上、平常通过本地Xshell终端与其进行远程交互,怎么弄?方法一,将需要可视化的数据保存到文件,然后将文件从服务器传回本地,利用自己熟悉的本地工具如Matlab、Python等对文件中数据进行可视化。方法二,不通过文件中转,直接在服务器上Pyth...

2019-07-02 14:54:37

Colab挂载Google Drive

前言Google在收购Kaggle之后,在去年整合了kernel推出了Colaboratory,使得我们可以免费使用强大的GPU,TPU资源。我们在上传一些py文件或者数据集时,由于Colab会在长时间闲置时或者一段时间(12个小时)之后,就会断开资源,当然你上传的东西也就没有了!因为每次连接时提供的资源都是随机分配的!那么这时候,Colab也提供了连接Google Drive的功能!使用...

2019-06-19 17:08:59

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