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RSS订阅原创 Latex编辑器Visual Studio Code安装和配置
总共要安装的软件有四个：Tex Live Visual Studio Code (VSCode) LaTex Workshop插件 Sumatra PDF1. Tex Live下载：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/systems/texlive/Images/texlive2021.iso安装：右键点击.iso文件里的install-tl-windows.bat，以管理员身份运行，安装，安装时间比较长，请耐心等待。2. Visua.
2021-06-25 19:39:57
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原创 用GDCM对DICOM文件进行压缩或者解压
安装好GDCM后，可以用gdcmconv命令对未压缩过的DICOM文件进行压缩，或者对压缩过的DICOM文件进行解压，可以用如下命令查看gdcmconv的使用方法：gdcmconv --help或者
2021-06-11 23:46:43
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原创 win10安装GDCM以期用pydicom读取jpeg无损压缩过的DICOM文件
可以通过查看DICOM以下Tag来判断DICOM文件是否压缩过：
2021-06-11 23:01:42
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原创 MobaXterm在4K屏幕下的兼容性设置
最近换了个4K屏，MobaXterm在ssh命令行打开的Pycharm界面，字体较模糊，解决办法如下：鼠标右键点击MobaXterm桌面快捷方式，点击属性->兼容性
2021-05-31 11:37:22
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原创 Voxel2Mesh程序运行常见问题
最近在跑Voxel2Mesh: 3D Mesh Model Generation from Volumetric Data (https://github.com/cvlab-epfl/voxel2mesh)的代码时，由于环境问题，出现了很多问题，总结如下：程序在运行过程中，要import rasterize_cuda，这个包是用c++和CUDA写的，在导入该包之前，rasterize.py文件的开头用了如下代码来编译这个包：from torch.utils.cpp_extension impor
2021-05-13 15:16:30
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原创 DICOM图像坐标系和病人坐标系的相互转换
本代码是https://nipy.org/nibabel/dicom/dicom_orientation.html#dicom-slice-affine的实现，关于两个坐标系的描述，可参考：https://www.cnblogs.com/zhhfan/p/9936945.html需求：在Mimics中对3D图像中的关键点进行了标注，保存了关键点的坐标，该坐标属于病人坐标系，在做关键点检测时，需要把病人坐标系中的点坐标映射到图像坐标系。代码如下：import osimport numpy as
2021-04-23 11:42:45
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转载 准确率、精准率、召回率、F1，我们真了解这些评价指标的意义吗？
见http://www.dataguru.cn/article-15646-1.html
2021-04-12 11:07:40
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原创 python求heatmaps图像上的极大值点
需求：给定10个关键点的heatmaps（大小为），对其沿着第0个通道求和后得到总的heatmap（大小为），求heatmap上的极大值点（即关键点）。代码如下：import osimport SimpleITK as sitkimport numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltfrom skimage.feature import peak_local_maxdef generate_heatmaps(image, spacing, gt_
2021-03-05 11:49:46
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原创 Python利用pandas在一个excel表格中写入多个data sheet
@TOC（Python利用pandas在一个excel表格中写入多个data sheet）import numpy as npimport osimport pandas as pddata_dir = 'G:\\ImageData\\Dense_Spine_Axial\\Nerve\\Result'data = dict()data['case'] = np.linspace(1, 10, 10)data['L4'] = np.random.randn(10)data['L5'] = np.
2021-01-24 13:47:15
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原创 Pytorch Dataset导致NAN
在用pytorch写Dataset类时，以下写法有问题：from torch.utils.data import Datasetclass H5Dataset(Dataset): def __len__(self): return self.raw.shape[0] * 10 def __getitem__(self, index): index = index % self.raw.shape[0] return self.raw
2020-09-18 10:54:59
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原创 CSC联合培养加拿大工签攻略
最近有人问我加拿大签证的事，当时我写了攻略，现在放到博客上吧，希望能帮到大家。本人申请了CSC联合培养博士项目，听外导说加拿大的工签需要三个月才出签，所以在提交了CSC申请材料后（CSC还没出结果），我就开始着手准备签证的材料了。签证类别：工作签证（访问学者身份）我2017年4月26日在广州的加拿大签证中心递交了签证材料，5月24日就收到签证了。关于签证所需所有材料，见如下英文网站的5923表：http://www.cic.gc.ca/english/information/app.
2020-07-16 16:14:02
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原创 关于F.grid_sample中的坐标系理解
torch.nn.functional.grid_sample()函数的参数grid，表示的是范围为[-1, 1]坐标系下的(x, y, z)，坐标与数组的对应关系是：x -> w, y -> h, z -> d，测试代码如下：import numpy as npfrom torch.nn import functional as Fimport torchif __name__ == '__main__': d, h, w = 8, 10, 12 input
2020-06-02 17:56:57
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原创 解决存储阵列无法挂载，或者挂载成功后，重启服务器后存储阵列又要重新挂载
环境：ubuntu18.04问题：我要把存储阵列挂载到目录/public，但是这个目录无法挂载存储阵列，或者挂载成功后，重启服务器后存储阵列又要重新挂载，而挂载到其他目录就没有问题。原因分析：/public目录被多次挂载了。解决：fdisk -l可以看到返回的信息里面，有一行如上图所示，存储阵列的名字是/dev/sdb，用如下命令查看存储阵列的uuid：ls -l /d...
2020-04-27 11:50:53
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原创 解决Cannot uninstall 'wrapt'.
问题：Cannot uninstall 'wrapt'. It is a distutils installed project and thus we cannot accurately determine which files belong to it which would lead to only a partial uninstall.解决：pip install -U --i...
2020-04-27 11:34:54
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原创 nvidia-smi无法使用，报错NVIDIA-SMI has failed because it couldn’t communicate with the NVIDIA driver
系统：ubuntu 18.04问题：nvidia-smi命令无法使用，报如下错误：NVIDIA-SMI has failed because it couldn’t communicate with the NVIDIA driver. Make sure that the latest NVIDIA driver is installed and running解决方法：1. 查...
2020-04-27 11:32:19
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原创 解决FutureWarning: Conversion of the second argument of issubdtype from `float` to `np.floating`
FutureWarning: Conversion of the second argument of issubdtype from `float` to `np.floating` is deprecated. In future, it will be treated as `np.float64 == np.dtype(float).type`. from ._conv import re...
2020-04-27 11:15:09
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原创 解决UserWarning: Matplotlib is building the font cache using fc-list.
UserWarning: Matplotlib is building the font cache using fc-list. This may take a moment. 'Matplotlib is building the font cache using fc-list. '的解决办法：pip install --upgrade matplotlib
2020-04-27 11:13:09
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原创 pycharm不能自动补全某些函数
在使用pycharm过程中，我发现很多pytorch的函数不能自动补全，也无法查看相应的源码，如torch.nn等。解决办法：在pycharm中，点击File -> Settings -> Editor -> File Types，如下图，在Registered Patterns中增加*.pyi即可。...
2020-04-27 11:07:05
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原创 Mask-RCNN中PyramidROIAlign的理解
最近在用Mask-RCNN来做目标检测，所用代码为：https://github.com/matterport/Mask_RCNN在model.py文件的PyramidROIAlign类中，有如下两行代码：roi_level = log2_graph(tf.sqrt(h * w) / (224.0 / tf.sqrt(image_area)))roi_level = tf.mini...
2018-08-22 23:05:40
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原创 哈希编码学习（一）
在信息检索中，我们给定一个query，要从训练集中检索出和它匹配的信息，一种简单的方法是计算该query与训练集中的每个样本的欧氏距离，然后对所有样本的欧氏距离进行升序排序，取出前k个近邻，从而得到搜索的结果。通常情况下，训练集中样本的个数非常大，并且每个样本的维度也不低，计算欧氏距离所需要的时间和空间复杂度都比较高，为了能实时地得到搜索的结果，必须要想出一个方案，用来减少计算复杂度。我们知道，计
2016-08-26 15:26:50
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转载 信息检索（IR）的评价指标介绍 - 准确率、召回率、F1、mAP、ROC、AUC
原文链接：http://blog.csdn.net/marising/article/details/6543943在信息检索、分类体系中，有一系列的指标，搞清楚这些指标对于评价检索和分类性能非常重要，因此最近根据网友的博客做了一个汇总。准确率、召回率、F1信息检索、分类、识别、翻译等领域两个最基本指标是召回率(Recall Rate)和准确率(Precision Rate
2016-08-26 14:54:50
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南方医科大学博士毕业论文参考文献格式endnote style
2019-08-14
SimpleITK的GetSpacing()得到的pixel spacing为什么不对？
2021-06-12
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