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RSS订阅原创 【图论】计算图的n-hop邻居个数，并绘制频率分布直方图
在图论中，n-hop邻居（或称为K-hop邻居）是指从某个顶点出发，通过最短路径（即最少的边数）可以到达的所有顶点的集合，其中n（或K）是这个最短路径的长度。换句话说，n-hop邻居就是在图中，从一个顶点出发，经过n步可以到达的所有顶点。举个日常生活中的例子，我们的朋友是我们的1-hop邻居，我们的朋友的朋友是我们的2-hop邻居，以此类推。如果我们想找到所有与我们最多只有三层朋友关系的人（包括我们的朋友、我们的朋友的朋友、以及我们的朋友的朋友的朋友），那么这些人就是我们的3-hop邻居。
2024-03-14 16:28:12
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原创 AnnData：单细胞和空间组学分析的数据基石
今天我们来系统学习一下单细胞分析的标准数据类型——AnnData！AnnData就是有注释的数据，全称是Annotated Data。
2024-01-14 17:10:36
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原创 【GNN2】PyG完成图分类任务，新手入门，保姆级教程
我们一起来学习如何调用多种GNN架构完成图分类，此外我们还将学习如何让单个的图组成batch，从而更好地利用GPU，以及如何应用readout layer从node embedding中得到graph embedding。
2024-01-13 10:33:53
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原创 【文献copilot】调用文心一言api对论文逐段总结
AI逐段总结文献，输出格式是：原文+一句话总结+分段总结，每一段间用分割线分割。下面给大家看看输出结果。
2023-10-20 00:34:19
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原创 糖酵解反应动力学方程的微分方程建模
本文介绍了糖酵解反应动力学方程的数值求解方法。通过使用MatLab软件和`ode45`函数，我们可以得到糖酵解反应中各物质浓度随时间的变化。通过绘制曲线，我们可以直观地了解糖酵解反应的动力学特性。
2023-06-06 21:03:45
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原创 【结构生物学】基于AI辅助的结构蛋白质组学研究细胞内的蛋白质复合体
用交联质谱和共分离质谱识别PPI，并用AlphaFold-Multimer预测蛋白相互作用复合体的结构
2023-05-16 09:52:39
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原创 【系统生物学】利用XPPAUT求解SOD系统
SOD是指超氧化物歧化酶（Superoxide Dismutase），是一种抗氧化酶，它可以将细胞内产生的超氧自由基转化为过氧化氢和氧分子。超氧自由基是一种高度反应性的分子，它们可以与细胞内的其他分子发生反应，导致细胞损伤和炎症等问题。因此，SOD在维持细胞健康方面起着重要作用。SOD通常包括多个亚型，如Cu/Zn-SOD、Mn-SOD和Fe-SOD等。这些亚型在不同的组织和环境中发挥不同的作用。例如，Cu/Zn-SOD主要存在于细胞质中，而Mn-SOD则主要存在于线粒体中。
2023-04-06 00:00:05
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原创 【系统生物学】大肠杆菌蛋白互作网络分析（系统与合成生物学第三次作业）
下载大肠杆菌蛋白互作网络（Ecoli PPI network）数据，使用Python对大肠杆菌蛋白互作网络进行筛选，并使用Cytoscape进行圆形布局可视化。此外，还绘制度分布函数并用幂函数进行拟合。
2023-03-29 11:15:15
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原创 【天文】认识星空之观星术纵横
天文学的历史非常久远，天文学可谓人类历史上古老的一门科学。从最初人类对于星象变化的认识开始，天文学就已经开始萌芽了。人们为了研究和制定各种时间或时令（例如：季节或者历法）而产生了天文学，甚至有一部分是来源于占卜的——许多人以星象来进行占卜，即占星术。
2023-03-21 20:56:16
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原创 【NLP】自动化计算文本文件TTR的bash脚本
这是一个可以计算文本文件TTR的bash脚本，文件名为：calculate_TTR.sh。它会接收一个文件名作为参数，并输出总单词数、特异单词数和`TTR`。
2023-03-03 19:08:27
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原创 深入浅出原核基因表达调控（乳糖操纵子、色氨酸操纵子）
自然界里，能量时有时无，各种生命为了让自己能够活下去，需要适应环境，在不同的环境合成不同的蛋白质。原核生物体内有很多细胞，细胞里面有很多蛋白质，但是这些蛋白质在这些细胞里的个数（拷贝数）因细胞而异。有的蛋白质的数量在不同的细胞中都相差不大，而有一些则波动很大。我们把变化不大的蛋白质叫做**组成型（constitutive）合成蛋白质**，其合成速率不受环境变化或代谢状态的影响。为什么叫组成？大家想，如果**组成**变了，那细胞不也玩完了。而另一类就是**适应型或调节型（adaptive or reg
2023-02-13 20:44:00
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原创 【生信原理】初探芯片表达谱分析
以GSE46456为例，该实验使用的芯片平台为 GPL198，拟南芥样本基因型包括：野生型、BRI1 单突变型、GUL2单突变型、BRI和 GUL 双突变型，每种基因型设置**三种重复**。研究三种突变型样本与WT野生型样本哪些基因存在显著的差异表达。根据所提供的演示代码和相关文件，请完成以下任务：
2022-12-25 22:21:06
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原创 【生信算法】利用HMM纠正测序错误（Viterbi算法的python实现）
构建隐马科夫模型，使用viterbi算法，推断序列各位点真正的基因型。
2022-12-17 00:41:29
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原创 BioPython ② | 面向对象编程Object Oriented Programming
义分子类（Molecule）作为基类，包含集合elements和weight作为其属性，用初始化函数，将elements初始化为空集，weight初始化为None；定义AminoAcid类，继承Molecule类，包含composition属性，并初始化为下面的元素字典：{‘C’: 0, ‘H’: 0, ‘O’: 0, ‘N’: 0, ‘S’: 0}；定义calc_mw方法，根据根据字典的元素组成，计算其分子量分别以实例iso和cys为参数，查看各自的返回值，以判定是否同分异构体。
2022-12-08 19:07:15
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原创 初探基因组组装——生信原理第四次实验报告
1.使用组装软件SOAPdenovo、canu、Hifiasm分别组装大肠杆菌*Escherichia coli* K12基因组的二代和三代测序数据2.编写程序计算SOAPdenovo组装contig和scaffold序列的N50/L50等组装质量评估指标3.使用基因组比对工具MUMmer比较canu组装的contig序列和hifiasm组装的contig序列，并寻找两者之间的序列差异
2022-12-05 03:07:42
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原创 BioPython ① | 统计蛋白序列中20种氨基酸的的个数和频率
用循环、字典等实现，并将频率输出到名为D:\test\frq.txt的文本文件中，且文件的第一行必须是标题行，包含20列，每一列为对应氨基酸的单字母符号，列间用Tab键’\t’分割。
2022-11-30 15:31:31
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原创 【序列比对】Needleman-Wunsch（全局）和Smith-Waterman（局部）算法py实现（多条回溯路径，三叉树思路，超详细注释）
超详细注释，py实现Needleman-Wunch和Smith-Waterman算法，多条回溯路径
2022-11-18 23:22:54
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原创 初探生物信息数据库——生信原理第一次实验报告（华农）
水稻抗病基因Xa21有多少条序列具有全长CDS，分别由多少碱基构成？编码多少个氨基酸？选择修改时间最早的一条序列，指出该基因exon和intron的位置。该基因编码的蛋白质有多少个氨基酸残基？该蛋白质可能位于细胞中哪个位置？是否有三维结构信息？
2022-11-04 11:59:34
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原创 【机器学习杂烩】投票(Voting)算法在分类问题上的应用（一口气实现Logistic 回归、SVM、KNN、C4.5 决策树、 Adaboost、GBDT 和随机森林，并集成起来）
本文选取的 7 种基分类器分别为: Logistic 回归、SVM、KNN、C4.5 决策树、 Adaboost、GBDT 和随机森林。
2022-08-26 15:35:49
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原创 【机器学习】KNN算法介绍及py实现（详细代码，通俗易懂）
K-Nearest Neighbors是一种监督学习算法，为了预测未知数据的类别，它考虑了k个最近数据点的类别，并选择k个最近数据点中的大多数属于的那个类别作为预测类别。
2022-08-16 09:03:01
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原创 【机器学习】通俗易懂决策树（实战篇）python实现（为新患者找到合适的药物）
我们将学习一种更流行的机器学习算法——决策树，我们将使用此算法从患者的历史数据以及他们对不同药物的反应大数据中，用训练过的决策树来构建分类模型预测未知患者的类别，或者说为新患者找到合适的药物。......
2022-07-24 13:58:14
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原创 【机器学习】通俗易懂决策树（原理篇）
决策树是什么？怎样利用决策树来帮助我们分类？怎样构建自己的决策树？决策树是一种类似流程图的结构，其中每个内部节点代表一个属性的“测试”(例如硬币翻转出现正面朝上或反面朝上)，每个分支代表测试的结果，每个叶节点代表一个类标签(在计算所有属性后做出的决策)。从根到叶的路径代表分类规则。......
2022-07-24 13:50:52
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原创 【数模】Matlab allcycles()函数的源代码(2021a之前版本没有）
在之前的求出有向图的所有有向圈（有向环）中用到了一个`allcycles`函数，这个函数只有2021a才有，如果matlab版本不高就用不了这个函数，所以为了方便大家使用，我把`allcycles`的内置函数找到然后分享给大家。...
2022-07-06 08:12:44
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原创 【数模】基于PageRank算法的学术论文重要性排序问题（matlab实现）
本文用matlab实现基于PageRank算法的学术论文重要性排序问题
2022-06-19 18:39:17
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