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RSS订阅原创 conda创建数据科学环境最新版
Install anaconda 创建env conda create --name data_science python=3.8.5
2021-06-10 11:08:38
513
原创 搭建数据科学环境
搭建数据科学环境### 本人硬件：cpu i5-9400f ，显卡：rtx 2080ti & gtx960 ，内存 32G### 本人系统：Ubuntu 20.041.install anaconda 官网下载anaconda.sh，安装2.创建data_science环境conda create --name data_science python=3.8.53.Install R & Jupyter（同时嵌入R内核），自己根据地域配镜像提高下载速度...
2021-05-10 15:20:59
481
原创 Ubuntu install Wechat with Wine
1. 在Ubuntu app store中 安装 Winewine --version #显示5.02.安装winetricks获取新版wget https://raw.githubusercontent.com/Winetricks/winetricks/master/src/winetricks修改权限为可执行chmod +x winetricks将可执行文件放置于terminal可调用的目录下sudo mv -v winetricks /usr/loca...
2021-05-08 15:37:31
645
1
转载 TMB简介（肿瘤突变负荷 tumor mutation burden, 简称TMB）
肿瘤的免疫疗法是即手术，放疗，化疗等传统治疗手段之后兴起的一种新型的治疗手段，以PD-1/PD-L1抗体为代表的免疫检查点抑制剂在黑色素瘤，非小细胞肺癌等实体瘤的临床治疗中取得了不错的进展。然而该疗法也存在响应率低的问题，只有10-30%的肿瘤患者可以从该疗法中获益，为了精确筛选出免疫疗法的目标群体，科学家先后尝试了多种marker。最直接的想法是将肿瘤组织中PD-L1的表达水平作为marker, 应用免疫组织化学法检验患者肿瘤组织PD-L1的表达情况，如果高表达，则说明该患者有可能从免疫疗法中获益
2021-04-12 15:37:02
19137
原创 对16S数据使用PICRUSt预测输出KEGG和COG表
step1 原材料：1. OTU表2. OTU.fastastep2 利用qiime转换为GreenGene ID替换原来的OTU_num#qiime的OTU序列注释过程assign_taxonomy.py-iotu.fasta-rgg_13_5_otus/rep_set/97_otus.fasta-tgg_13_5_otus/taxonomy/97_otu_taxonomy.txt--uclust_max_accepts1-ogg97...
2020-10-27 15:15:36
3670
原创 登入docker -- debian版本后需要更新的镜像
step1 查看debian版本cat /etc/os-releasestep2 更新apt-get 镜像 为阿里云镜像cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bakvim sources.list#替换为一下内容!<<EOFdeb http://mirrors.aliyun.com/debian/ b...
2020-03-25 11:07:51
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1
转载 Docker 解决容器时间与主机时间不一致的问题三种解决方案
Docker容器时间与主机时间不一致通过date命令查看时间查看主机时间 [root@localhost ~]# date 2016年 07月 27日 星期三 22:42:44 CST 查看容器时间 root@b43340ecf5ef:/#date...
2020-03-24 16:33:31
1526
原创 Linux-Debian 9 配置apt-get源
查看Debian 版本cat /etc/apt/sources.list备份原来的源配置文件cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.backup重新编写源配置文件vim /etc/apt/sources.list将下面复制好的内容粘贴，wq保存#debian 9.x (stretch)deb http://mi...
2020-03-12 15:31:15
1267
原创 Linux改变终端用户名的颜色
echo 'PS1 = "\[\e[37;40m\][\[\e[32;40m\]\u\[\e[37;40m\]@\h \[\e[36;40m\]\W\[\e[0m\]]\$"' >> ~/.bash_profilesource ~/.bash_profile
2020-03-11 10:03:51
395
原创 10X cellranger count 后的数据认识和使用
对SRR7722937的三个fastq文件运行cellranger count ，完成后得到结果文件存于SRR7722937，打开其下的outs文件夹 下游分析所需的是红框的文件，利用R读入以上文件，形成expression_matrix#!/usr/bin/Rlibrary(Matrix)cellbarcodes ...
2019-12-27 15:45:56
2618
2
原创 cnetos7 下Rstudio安装hdf5r包
1.首先下载hdf5 源码，版本1.10.6的tar.gz2.解压，用root安装(一定要注意--prefix路径，不能改变)./configure --prefix=/usr --enable-fortran --enable-cxxmakemake install3.进入Rstudioinstall.packages('hdf5r')...
2019-12-24 17:48:49
1011
原创 centos7服务器安装Rstudio-server
1.先安装R（若无R）sudo yum install R2.下载&安装rstudio-serverwget -c https://download2.rstudio.org/server/centos6/x86_64/rstudio-server-rhel-1.2.5033-x86_64.rpmsudo yum installrstudio-server-rhel-1...
2019-12-24 11:47:54
2175
原创 10X_Genomics_scRNA_Seq 名词解释
Sample（样本）：单个生物来源（血液、组织等）提取的细胞混悬液。（标示是index）Library（文库）：从一个样本制备的1个10X-barcoded测序文库，对应着一个10x Chromium Controller run 的单芯片通道。（标示是barcoded）Flowcell：一个类似载玻片的测序芯片，包含了一个run的测序数据，该数据可根据芯片上的 lane 和 样本的 in...
2019-12-20 16:21:21
1609
原创 10X genomics scRNA_Seq 原理概念解说
单细胞分离--测序原理10X Genomics采用Drop-Seq技术， 横向孔道逐个导入凝胶微珠Gel beads，第一个纵向道输入细胞。当凝胶微珠和细胞碰撞会被吸附在微珠上，然后通过微流控技术运送到第二个纵向通道（“油管”）。这时就会形成一个个的油滴GEMs（一个油滴就是一个凝胶微珠，也就是一个单细胞），然后收集在EP管中。每一个凝胶微珠都布满了不同的Barcode和UMI连接的序列，然后...
2019-12-20 11:09:57
12652
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原创 PICRUSt工具使用过程中的概念理解
1. MiSeq 2x250 16S V4 下机测序数据经下面pipeline代码转换为OTU table#!/bin/bashif [ x$usearch == x ] ; then echo Must set \$usearch >> /dev/stderr exit 1firm -rf ../outmkdir -p ../outcd ../out# M...
2019-12-17 17:14:24
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1
原创 生物信息名称备忘录
生殖系突变（Germline mutation） 与体细胞突变 （Somatic mutation）生殖系突变（英语：Germline mutation）是指在生殖细胞中发生的任何可检测、可遗传的突变。 在生殖细胞系以外的细胞中发生的突变称为体细胞突变，也称作获得性突变。生殖系突变和体细胞突变的不同在于：生殖系突变可遗传给后代，而体细胞中发生的突变不能。鉴定体细胞突变的金标准方法是使用同...
2019-12-16 11:12:10
224
原创 高通量测序中常见名词解释
测序数据量：常见的测序量概念有 M 和 G ，for example 10M 和 10G解释：M 常用于描述reads 的数量。 例如 10M 就是 10 *10^6 条readsG 常用于描述这一批次测序共有的碱基数量。 例如 10G 就是10*10^9个碱基M 和 G 之间的关系比如说对于3G测序量的理解：3G指有 5*10^9 个碱基，假如采取illumia的...
2019-12-13 17:11:47
5795
原创 在阿里云esc上启动jupyter notebook
如常配置python 和 jupyter notebook但在启动jupyter notebook 报错： OSError: [Errno 99]Cannot assign requested addressSolution：1、生成配置文件（~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py）jupyter notebook --generate-co...
2019-10-11 16:18:21
421
原创 python中 @符号 表示修饰符
@ 表示修饰符，可以在模块或者类的定义层内对函数进行修饰。出现在函数定义的前一行，不允许和函数定义在同一行def makebold(fn): def warp(): return "<a>"+fn()+"<a>" return warpdef makeitalic(fn): def warp(): re...
2019-10-10 15:35:16
269
原创 MultiClass VS MultiLabels
1.多类别分类和多标签分类的区别有多个类别，但每个实例只分配一个，因此这些问题被称为多类分类（MultiClass）问题 例如电影限制级别，一部电影只会被划分成一种限制级别有多个类别，但每个实例可以分配到多个不同类别（1或不定数量），因此这些问题被称为多标签分类（MultiLabels）问题 例如电影的主题，一部电影可以被同时划分为喜剧片和动作片...
2019-09-23 10:30:18
359
原创 centos7 上安装mujoco-py
step1 su rootstep2 yum install mesa-libOSMesastep3yum install mesa-libOSMesa-develstep4 wget -chttp://download-ib01.fedoraproject.org/pub/epel/7/x86_64/Packages/p/patchelf-0.9-10.el7.x86_64.rp...
2019-09-19 17:03:40
1425
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转载 基于RNN生成古诗词
转自：http://blog.topspeedsnail.com/archives/10542RNN不像传统的神经网络-它们的输出输出是固定的，而RNN允许我们输入输出向量序列。RNN是为了对序列数据进行建模而产生的。样本序列性：样本间存在顺序关系，每个样本和它之前的样本存在关联。比如说，在文本中，一个词和它前面的词是有关联的；在气象数据中，一天的气温和前几天的气温是有关联的。例如...
2019-08-12 14:34:45
2476
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转载 为服务器加装机械硬盘
目录1. 确认原硬盘节点2. 加装物理硬盘，并再次查看硬盘信息3. 创建分区4、创建新的挂载点5、手动挂载分区6、添加访问权限7、设置为开机自动挂载分区具体加装过程：1. 确认原硬盘节点sudofdisk-l即原硬盘标识为sda2. 加装物理硬盘，并再次查看硬盘信息新加硬盘显示为sdb，并且已经存在两个分区sdb1和sdb23. 创建分区在...
2019-07-02 15:41:39
2346
转载 Xshell, X11, Xming, CentOS, Tk, Tkinter, Matplotlib相关的坑
前言：最近玩机器学习项目，想把阿里云服务器(CentOS7)上python数据分析程序运行的结果可视化（绘制图表）。CentOS没有GUI，而且服务器在云上、平常通过本地Xshell终端与其进行远程交互，怎么弄？方法一，将需要可视化的数据保存到文件，然后将文件从服务器传回本地，利用自己熟悉的本地工具如Matlab、Python等对文件中数据进行可视化。方法二，不通过文件中转，直接在服务器上Pyth...
2019-07-02 14:54:37
908
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转载 Colab挂载Google Drive
前言Google在收购Kaggle之后，在去年整合了kernel推出了Colaboratory，使得我们可以免费使用强大的GPU，TPU资源。我们在上传一些py文件或者数据集时，由于Colab会在长时间闲置时或者一段时间（12个小时）之后，就会断开资源，当然你上传的东西也就没有了！因为每次连接时提供的资源都是随机分配的！那么这时候，Colab也提供了连接Google Drive的功能！使用...
2019-06-19 17:08:59
6404
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原创 将kaggle的competition中的Titanic数据集直接下载到Colab
!pip install -U -q kaggle!mkdir -p ~/.kaggle!echo '{"username":"bruce374","key":"43313de75c23e8c5a1b9713cc04183c0"}' > ~/.kaggle/kaggle.json#usename和key在kaggle--->my account----->create n...
2019-06-19 17:00:40
1597
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原创 Sublime Text 2 搭建git 和 github 环境
1.Git安装官网下载安装，将它的cmd文件夹添加至环境变量Path中2.Git配置git config --global user.name "mypc"git config --global user.email "[email protected]"git config --global push.default matching#生成SSH key在开始菜单中找到Git ...
2019-06-04 23:52:00
268
转载 非root用户，用putty连接服务器，启动jupyter notebook教程
如何安装，运行和连接到远程服务器上的Jupyter NotebookJupyter Notebook是一个开源的交互式Web应用程序，允许您使用40多种编程语言编写和运行计算机代码，包括Python，R，Julia和Scala。本文将向您介绍如何在Web服务器上安装和配置Jupyter Notebook应用程序以及如何从本地计算机连接它。分类:Ubuntupython操作系统编程语言Ubu...
2019-05-22 09:57:13
3024
转载 tensorflow学习笔记--deep-learning中的epochs，batch_size，iterations详解
batch深度学习的优化算法，说白了就是梯度下降。每次的参数更新有两种方式。第一种，遍历全部数据集算一次损失函数，然后算函数对各个参数的梯度，更新梯度。这种方法每更新一次参数都要把数据集里的所有样本都看一遍，计算量开销大，计算速度慢，不支持在线学习，这称为Batch gradient descent，批梯度下降。另一种，每看一个数据就算一下损失函数，然后求梯度更新参数，这个称为随...
2019-05-14 12:25:35
1837
原创 win10下搭配tensorflow环境----心碎版
本机配置：cpu i3-7100 ，GTX650安装所需软件：visual studio--2015版，cuda_9.0.176_win10.exe ，cudnn-9.0-windows10-x64-v7.zip ，tensorflow_gpu-1.5.0-cp35-cp35m-win_amd64.whl (pip包阿里云镜像里面下载)软件依照顺序安装（注意在安装完cudnn后，要用vs...
2019-04-15 15:13:46
401
转载 Python程序员的 Sublime Text 2 配置
Sublime Text 2是最近很火的一个代码编辑器，我也跟风玩了一下，果然很好用。方便的插件管理器加上丰富的插件，可以很容易把它调教得很顺手。几乎每项功能都可以用鼠标和键盘两种方式来实现，方便各种习惯的人。Sublime Text 2 的介绍与推荐网上已经有很多，这里记一下我安装的包和配置。 Package Control 包管理器是必备的，新下载的Sublime Text 2第一个...
2019-03-27 10:48:47
423
转载 SVM 的核函数选择和调参
本文结构：1. 什么是核函数2. 都有哪些 & 如何选择3. 调参1. 什么是核函数核函数形式 K(x, y) = <f(x), f(y)>，其中 x, y 为 n 维，f 为 n 维到 m 维的映射，<f(x), f(y)> 表示内积。12在用SVM处理问题时，如果数据线性不可分，希望通过 将输入空间内线性不可分的数据 映射到 一个高维...
2019-03-21 15:08:34
1095
转载 logistic回归报错问题：Warning messages: 1: glm.fit:算法没有聚合 2: glm.fit:拟合機率算出来是数值零或一
logistic迴歸的時候報錯問題包括下面兩種Warning: glm.fit: algorithm did not convergeWarning: glm.fit: fitted probabilities numerically 0 or 1 occurredWarning messages:1: glm.fit:演算法沒有聚合2: glm.fit:擬合機率算出來是數值...
2019-03-13 10:24:20
12083
转载 快速编写代码小技巧-----sublime 跳出括号和‘’和“”
打开菜单栏 –>Preferences –> Key Bindings-User输入如下文本，保存 [ {"keys": ["enter"], "command": "move", "args": {"by": "characters", "forward": true}, "context&
2019-02-22 16:54:39
3082
转载 python -- re 模块使用
re 模块在 Python 中，我们可以使用内置的 re 模块来使用正则表达式。有一点需要特别注意的是，正则表达式使用 \ 对特殊字符进行转义，比如，为了匹配字符串 'python.org'，我们需要使用正则表达式 'python\.org'，而 Python 的字符串本身也用 \ 转义，所以上面的正则表达式在 Python 中应该写成 'python\\.org'，这会很容易陷入 \ 的...
2019-02-17 10:54:40
172
转载 linux常用命令
1、vi和vim编辑器所有的Linux系统都会内建vi文本编辑器。vim具有程序编辑的能力，可以看做是vi的增强版本，可以主动的以字体颜色辨别语法的正确性，方便程序设计。代码补全、编译及错误跳转等方便编程的功能特别丰富，在程序员中被广泛使用。 1.1、vi和vim常用的三种模式1.1.1、正常模式以vim打开一个档案就直接进入正常模式了（这是默认的模式）。在这个模式中，你可...
2019-02-11 17:41:32
424
转载 SNP连锁不平衡图（LD）可视化R包LDheatmap的使用
理解SNPs之间的联系或连锁不平衡（LD）模式对于单体型的选择具有重要作用，然而，对于密集的SNP图谱，随着区域内SNPs数量的增加，很难直接从复杂的VCF文件来看出SNPs间的连锁不平衡关系。LDheatmap就是这样一个能够可视化SNPs之间连锁不平衡关系的R包。先举个小例子：随机创建100个样本5个SNPs的基因型矩阵，并实现LD热图：rm(list=ls())set.see...
2018-09-20 10:31:50
14001
转载 甲基化芯片入门学习-数据分析（三）
之前甲基化入门学习时本打算重复下提纲给的文献，但是后来学习过程中发现GEO上下载的RAW文件里没有该样本信息文件，就用了ChAMP包的测试数据。最后想了想，还是决定找一篇比较简单的文献的来实践使用下甲基化450K芯片的分析过程。看了几篇关于人的甲基化文献（数据在GEO上的），挑了一篇Intrinsic gene changes determine the successful establishm...
2018-09-03 10:35:32
9770
转载 甲基化芯片入门学习-ChAMP包（二）
DNA甲基化芯片分析有不少R包实现，如：minfi、lumi以及ChAMP等，我只粗略看过minfi和ChAMP，发现ChAMP的功能更加齐全以及使用也较为简单，并且其也集成了minfi包的部分功能，所以下面以ChAMP包作为学习对象ChAMP包的安装source("https://bioconductor.org/biocLite.R")options(BioC_mirror="ht...
2018-09-03 10:34:36
8892
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