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matplotlib + seaborn作图的基本步骤

matplotlib和seaborn是python的两大核心可视化库,seaborn是matplotlib的进一步封装。由于matplotlib库比较复杂,这里记录一下使用两个库协同作图的过程。使用的data大致格式如下:结果如下图:​import numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as plti...

2019-08-14 23:34:01

Veterbi算法求解HMM第二个问题

// 已知:HMM隐含状态数量,状态转换概率,状态的发射概率,以及初始状态概率分布,根据可见状态链,// 求: 最有可能的状态链顺序 (俗称解码过程)// 穷举法可以求解,但是使用veterbi算法求解时间复杂度会降低很多// 以下是C++版本veterbi算法过程#include <iostream>using namespace std;#define TR T...

2019-08-10 20:02:56

HMM向前算法

1. HMM的第一个问题:已知一个HMM模型, 即状态转移矩阵, 发射矩阵, 初始状态概率矩阵已知,给定一个观察值序列, 求这个观察序列发生的概率。2. 算法思路:实质上是动态规划算法,关键是找到递推公式2.1 计算时刻1的各种状态的向前概率:,2.2 递推2,3...T时刻的概率:2.3 计算最终结果:3.c++代码:// 已知:HMM隐含状态数量,状态转...

2019-08-10 18:31:00

c++ 一元高斯混合模型的参数估计

设X服从参数为双高斯一元混合模型:,是来自总体的样本,则根据所得样本估计X的6个参数先看一个实例,设 X ~ 0.6N(0, 1) + 0.4N(8, 2), 则其核密度为:根据https://blog.csdn.net/livecoldsun/article/details/41381949的推导:实际上先随机设置参数,根据这些参数计算, 有了从而更新各参数, 再用...

2019-08-10 12:05:45

matplotlib + seaborn差异表达分析

import numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as pltimport seaborn as sns%matplotlib inline# 整理数据,增加一个离散变量表示状态(上调,下调,保持正常)def handleDiffdata(pandasData): ## Deseq2算出来的有些个体,...

2019-08-10 10:15:52

c++函数指针数组

函数指针数组:把指向函数的指针放入数组;#include<iostream>using namespace std;int pls(int x,int y){    return x+y;}int quad(int x,int y){    return x*y;}int sqplus(int x,int y){    return x*x+y*y;}int main(){    co...

2018-03-13 12:15:10

单向链表

c++链表主要运用面向对象思维,使用封装,继承,抽象数类型,多态,指针等知识点来写,期间指针悬空了找了好久....,改好了如下:#include<iostream>using namespace std;class Data  //创建Data类,用于存放在链表的内部节点{private:    int value;public:    Data( int newValue): val...

2018-02-27 14:19:50

c++处理vcf文件,随机提取

#include#include#include#include#include#include#include#includeusing namespace std;vectorsplit(string str,char delimiter='\t');string NumToString(int );vector randNumMake(int ma

2018-02-06 20:46:27

c++学习笔记,将文件字符串按行读入容器vector

python的文件直接可以用readlines()方法将文本按行读入列表,但是对于c++我目前没有找到很好的办法将文件按行读入容器vector,先存一个将就用把,后面有新方法再跟进!#include#include#include#includeusing namespace std;int main(){    vectorv; //创建向量v;    fst

2018-02-05 17:34:48

c++之运算符重载学习笔记

运算符重载针对的是用户自定义类型对象的运算,主要有两种方式进行重载,一种为友元重载,另一种为类重载:1友元重载(对+号和-号进行友元重载)#includeusing namespace std;class Score{private:    int math;    int english;public:    Score(int math=0,int en

2018-02-02 14:03:36

c++浅拷贝和深拷贝理解

为什么c++会设置这两种拷贝呢,因为在某些情况下,类内成员变量需要动态开辟堆内存,如果实行位拷贝,也就是说把对象里的值完全复制给另一个对象,如A=B。这时,如果B中有一个成员变量指针已经申请了内存,那么A中的那个成员变量也指向同一块内存。这就出现了问题:当B把内存释放了(析构),这时A内存就成了野指针,出现运行错误!1.默认拷贝函数#includeusing namespace std

2018-01-31 13:48:13

网络编程-python

Python Socket 网络编程Socket 是进程间通信的一种方式,它与其他进程间通信的一个主要不同是:它能实现不同主机间的进程间通信,我们网络上各种各样的服务大多都是基于 Socket 来完成通信的,例如我们每天浏览网页、QQ 聊天、收发 email 等等。要解决网络上两台主机之间的进程通信问题,首先要唯一标识该进程,在 TCP/IP 网络协议中,就是通过 (IP地址,协议,端口号)

2017-12-15 21:31:24

tcp编程-python

服务端:import socketword={'a':'1','b':'2','c':'3','d':'4','e':'5','bye':'bye'}  host=''port=50007s=socket.socket(socket.AF_INET,socket.SOCK_STREAM) s.bind((host,port))s.listen(1)   prin

2017-12-15 19:49:56

mysql 重启

ERROR 2002 (HY000): Can't connect to local MySQL server through socket '/var/run/mysqld/mysqld.sock' (2)转载 2009年08月05日 22:42:00标签:mysql/socket/server/服务器/php今天服务器遇到

2017-12-11 19:49:49

fst

计算Fst,Pi,Tajimi'D based on SNP vcf file(2015-06-24 16:04:29)标签:bioinformatics分类:bioinformaticsFst: Fst(Fixation index)通常用来衡量population之间的geneticdistance。1说明两个populati

2017-12-05 16:17:19

群体遗传学--Fst指数

群体遗传学中衡量群体间分化程度的指标有很多种,最常用的就是Fst指数。Fst指数,由F统计量演变而来。F统计量(FIS,FIF,FST)主要有三种。Fst是针对一对等位基因,如果基因座上存在复等位基因,则需要用Gst衡量,基因差异分化系数(gene differentiation coefficient,Gst)。假定有s个地方群体,第k个地方群体相对大小为wk,第k个地方群体

2017-12-05 12:21:06

ubuntu下python安装第三方模块

Ubuntu环境下完美安装python模块numpy,scipy,matplotlib原创 2016年06月14日 20:02:04标签:numpy/ubuntu/python不同的ubuntu版本安装过这三个模块几次了,然而总是出现各种问题,最近一次是在ubuntu 16.04 LTS server版本安装的,总的来说安装的比较顺利。

2017-11-30 15:14:04

python分别用while和for于vcf格式提取复等位基因的snp(并计算分别条数)

line=open('cleanqt.vcf','r').readlines()     #use ‘while’out1=open('alle=1.vcf','w')out2=open('alle=2.vcf','w')out3=open('alle=3.vcf','w')a=0b=0c=0d=0while a    word=line[a].spli

2017-11-29 09:16:27

fq文件随机提取sys.argv[1]条reads python

import randomimport sysfin=open('reads.fq','r').readlines()fout=open('out.fq','w')a=fin[::4]b=fin[1::4]c=fin[2::4]d=fin[3::4]lt=list(zip(a,b,c,d))n=[i for i in range(len(lt))]m=r

2017-11-25 18:07:00
勋章 我的勋章
  • 持之以恒
    持之以恒
    授予每个自然月内发布4篇或4篇以上原创或翻译IT博文的用户。不积跬步无以至千里,不积小流无以成江海,程序人生的精彩需要坚持不懈地积累!
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