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RSS订阅原创 邀请函 | 毅硕科技携手Sentieon诚邀您参加第二十二届全国植物基因组学大会议
为充分展示植物基因组学研究领域的最新成果和进展，推动我国植物基因组学研究的深入和农业生物技术产业的快速发展，定于2023年8月19 -22日在山西太原召开第二十二届全国植物基因组学大会。大会将邀请国内外植物基因组学相关领域取得突出成果并具有重要学术影响的专家学者和优秀青年科学家进行学术报告。毅硕科技（Insvast Inc.）携手Sentieon Inc.诚邀各位生信界人士莅临交流。
2023-08-17 10:11:41
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原创 Sentieon | 每周文献-Liquid Biopsy（液体活检）-第十期
Sentieon为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案，其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard等金标准的数学模型。在匹配开源流程分析结果的前提下，大幅提升WGS、WES、Panel、UMI、ctDNA、RNA等测序数据的分析效率和检出精度，并匹配目前全部第二代、三代测序平台。Sentieon软件团队拥有丰富的软件开发及算法优化工程经验，致力于解决生物数据分析中的速度与准确度瓶颈，
2023-08-17 10:03:56
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原创 Sentieon | 每周文献-Multi-omics（多组学）-第九期
Sentieon为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案，其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard等金标准的数学模型。在匹配开源流程分析结果的前提下，大幅提升WGS、WES、Panel、UMI、ctDNA、RNA等测序数据的分析效率和检出精度，并匹配目前全部第二代、三代测序平台。
2023-08-09 15:51:16
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原创 Sentieon | 应用教程: 关于读段组的建议
本文档描述了使用Sentieon® Genomics软件时，推荐使用RGID字段以最小化潜在问题的用法。本文档能帮助您确定设置所使用的bam文件中RG标签的不同字段的最佳实践方法。Sentieon为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案，其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard等金标准的数学模型。
2023-08-09 15:43:06
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原创 Sentieon | 每周文献-Benchmark and Method Study（基准与方法研究）-第八期
Sentieon为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案，其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard等金标准的数学模型。在匹配开源流程分析结果的前提下，大幅提升WGS、WES、Panel、UMI、ctDNA、RNA等测序数据的分析效率和检出精度，并匹配目前全部第二代、三代测序平台。
2023-08-09 15:37:39
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原创 Sentieon｜应用教程：利用Sentieon Python API引擎为自研算法加速
Sentieon Python API本质上是一套沟通系统，连接了用户的数据分析脚本与Sentieon的高速引擎，在加速的同时也提升了脚本的可读性与可维护性。Sentieon的数据处理引擎是Sentieon多个模块的核心，可以高速分析BAM/CRAM和FASTA格式的数据文件。引擎同时支持single-pass以及multithreaded execution这两种数据流方式。
2023-08-09 15:26:39
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原创 Sentieon | 每周文献-Long Read Sequencing（长读长测序）-第七期
本文重点关注Sentieon软件在PrecisionFDA和亚洲栽培棉中的应用。
2023-08-09 15:17:34
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原创 靶向RNA-seq全面解决方案和加速分析，只看这篇就够了！
Sentieon为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案，其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard等金标准的数学模型。在匹配开源流程分析结果的前提下，大幅提升WGS、WES、Panel、UMI、ctDNA、RNA等测序数据的分析效率和检出精度，并匹配目前全部第二代、三代测序平台。
2023-07-25 16:20:26
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原创 Sentieon | 每周文献-Gene Editing（基因编辑）-第六期
本文重点关注 Sentieon 软件在gene editing小鼠模型和相关软件工具开发中的应用
2023-07-21 14:45:38
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原创 Sentieon | 应用教程: 使用DNAscope对HiFi长读长数据进行胚系变异检测分析
使用DNAscope对HiFi长读长数据进行胚系变异检测分析
2023-07-21 14:40:05
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原创 Sentieon | 每周文献-Epidemiology（流行病学）-第五期
本文重点关注Sentieon软件在免疫基因先天性缺陷的军见变异以及德尔塔和奥密克我合并感染和重组中的应用。
2023-07-14 11:08:23
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原创 Sentieon | 每周文献-Population Sequencing（群体基因组）-第一期
群体基因组系列文章解读，带你了解强大的Sentieon软件
2023-06-16 10:06:36
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原创 毅硕科技携手Sentieon独家赞助第21届亚太生物信息学大会（APBC 2023）
第21届亚太生物信息学大会（APBC）将于2023年4月14日至16日在中国湖南省长沙市举行，由中南大学承办，得到了国内领先的生信计算技术服务提供商毅硕科技与生物信息学软件提供商Sentieon Inc.的独家赞助。
2023-04-14 18:49:49
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原创 一篇文章详解：甲基化（WGBS）数据分析加速
通过结合Sentieon BWA和MethyDackel，Sentieon BWA-Meth流程能够为全基因组甲基化分析提供一个高效且准确的解决方案。这使得研究人员可以更快地分析甲基化数据，更有效地挖掘潜在的生物学意义。
2023-04-13 17:08:55
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原创 NIC DCV远程可视化软件发布2022.2-14126版本更新
NICE DCV远程可视化软件于2022年11月9日发布新版本，更新了众多功能，并修复了上一个版本的bug
2023-01-06 18:21:48
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原创 gget：一款强大的基因组参考数据库的高效查询工具
开源 Python 和命令行程序 gget 可以高效、轻松地以编程方式访问存储在各种大型公共基因组参考数据库中的信息。 gget 与可获取用户生成的测序数据的现有工具一起使用 ，以取代在基因组数据分析过程中效率低下、可能容易出错的手动网络查询。虽然 gget 模块的灵感来自于繁琐的单细胞 RNA-seq 数据分析任务），但我们预计它们可用于广泛的生物信息学任务。
2023-01-06 12:54:31
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原创 基因组大数据计算：CPU和GPU加速方案深度评测
Sentieon软件是通过改进算法模型实现性能加速(纯CPU环境，支持X86/ARM)，不依赖于昂贵高功耗的专用硬件配置（GPU/FPGA），不依赖专有编程语言；同时Sentieon软件针对几乎所有的短读长和长读测序平台进行了优化，是FDA多次公开挑战赛的连续赢家。本次评测展现了Sentieon软件在Intel Xeon平台上的卓越性能，是基因组二级分析的最佳解决方案。
2022-12-07 16:48:14
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原创 Hap-Eval：Sentieon团队开发的开源结构变异SV准确率评估工具
Sentieon开发的Hap-eval准确率评估工具在设计之初就考虑到了复杂以及重复的基因组区域，采用了基于单倍型拼接序列的矩阵比较模式，兼容包括PacBio和ONT在内的主流三代长读长测序数据。另外值得一提的是，Hap-eval基于python所写，运行效率非常高，速度快，非常适用于大规模分析场景。
2022-11-09 12:14:15
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原创 Sentieon软件发布202112.06版本更新
2022年11月9日，Sentieon推出了最新的202112.06版本，重点推出同时支持Pacbio和 Nanopore的长读长SV分析功能
2022-11-09 11:11:54
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翻译 NICE DCV用户案例：大众汽车如何使用NICE DCV进行重型3D模型远程可视化
1000 多名大众汽车工程师正在使用 NICE DCV 远程访问在公司本地高性能计算 (HPC) 集群中运行的 CAE 应用程序。该公司还开始在容器内运行一些 NICE DCV 驱动的应用程序。 “我们的愿景是最终在容器中运行所有 100 个应用程序，这样我们就可以简化 IT 管理，”Mayer 说。
2022-10-17 18:25:46
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翻译 DNAscope白皮书：做胚系遗传变异检测，比GATK更好的选择
总体而言，DNAscope在不同的样本和测序深度下，精准度高于DNAseq。GA4GH基因区域多层次分区分析的结果表明，DNAscope在大多数复杂区域都能维持卓越的准确度表现。此外，DNAscope在融合了GATK HaplotypeCaller完整数学模型的基础上，引入机器学习技术，在实现高准确性的同时，保持优异的计算效率。
2022-10-11 15:18:09
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原创 NICE DCV 2022.1远程可视化软件更新说明（持续更新中...）
NICE DCV 是一种远程可视化协议，为新一代串流与远程虚拟化解决方案，能处理OpenGL 和 Direct/X 图形应用，终端用户可通过LAN/WAN/VPN跨空间远程访问PC、Linux数据中心中的可视化应用。本文将持续更新NICE DCV不同版本的迭代过程和功能更新。
2022-09-08 23:51:54
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原创 X86 vs ARM 架构同台竞技: 生物大数据大规模并行计算（如何将WGS全基因组计算成本降到1美元）
OCI平台可精确调节各项运算资源，可有效减少资源浪费，降低了用户的计算成本。Sentieon软件安装简单，开箱即用，并且提供了与ARM和x86指令集适配的版本。使30X WGS 数据样本在OCI 实例上的计算成本压缩到每个样本 1 美元以下，处理时间缩短到近一小时。
2022-09-03 12:35:46
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原创 Sentieon赢得PrecisionFDA新冠重症因子预测建模挑战赛
在PrecisionFDA2020 新冠重症因子预测建模挑战赛中，Sentieon分别使用GBM、AdaBoost、Ensemble learning方法进行训练，建立了3个模型，在本次比赛中分别位列第一、第二、第三名，同时也获得了8个奖项的金徽章。......
2022-07-31 19:10:39
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原创 Sentieon License二次验证机制：如何防止他人偷偷地调用你的Sentieon License
当Sentieon License被部署在公共集群上，如何保护授权不被他人偷偷地调用
2022-07-11 18:09:06
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原创 Sentieon赢得PrecisionFDA多组学样本数据错误标记校正AI建模挑战赛冠军
PrecisionFDA 2018多组学样本数据错标校正AI建模挑战赛：Sentieon的训练模型可完美找出每个错标样本，并且将各个错标样本进行纠正，夺得挑战赛冠军。
2022-07-08 15:32:03
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原创 Ultima Genomics与Sentieon合作开发变异检测流程
我们利用HG002-HG007作为测试集，检验了DNAscope流程与模型文件在Ultima测序平台上对于SNP以及Indel的检测准确率。可以看出在去除了11bp以上的homopolymer的真集范围内，SNP的准确率达到了99.3%，Indel为93.1%。在相对更加容易的UG-HCR范围之内，SNP的准确率为99.8%，Indel为97.9%。DNAscope的这个准确率是目前公布的Ultima数据能达到的DNA变异检测最高水平。相信DNAscope在将T0标签纳入流程的后续版本之后，准确率会进一步提
2022-06-30 14:35:14
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原创 Sentieon软件发布202112.04版本更新
202112.04版本主要新增功能如下：1. DNAscope流程支持gVCF文件输出；需要更新license，需要使用1.1版本Illumina模型文件；2. 加入三代长读长数据结构变异SV检测模块（测试版本）
2022-06-07 11:45:10
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原创 基因检测报告都用了哪些数据库？
基因检测已逐渐成为肿瘤患者临床诊疗路径中必不可少的一环，而报告解读的专业性更是这个环节中的关键。目前人类基因组中大量变异不断被发现, 且已被许多数据库广泛收录。在基因检测机构出具报告时, 可在已有的数据库及发表的文献中寻找到有价值的参考信息。以下详细列出在基因检测诊断中常用的数据库：人群数据库某变异在大规模人群中发生频率dbSNP数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/）常用的频率数据库，dbSNP包含人类单核苷酸变异、微卫星、小片段插入和缺失、以及常见变异和临
2022-04-27 17:18:33
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原创 【远程办公】NICE DCV远程可视化连接技术要点
NICE DCV 基于C/S架构的远程可视化显示协议，NICE DCV 为本地提供独立的或者基于Web的客户端连接远程集群或者服务器上的显示内容，NICE DCV服务安装于远程或者云上的GPU服务器中 。用户可以在本地流畅的使用远程或云上的GPU显示资源，进行远程3D渲染和流畅的显示操作，大大降低了本地设备的配置要求。NICE DCV远程传输协议大大降低对带宽的要求，NICE DCV 压缩服务端应用程序的GPU显示输出并将经过加密的 H.264 像素流传输到客户端。NICE DCV客户端应接收到像素流后，
2022-04-25 15:27:14
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原创 【Sentieon】PacBio HiFi三代测序数据SNP/Indel加速分析
Sentieon推出了DNAscope LongReads分析流程，深度改进DNAscope流程，加入Sentieon分型（Phasing）模块，高速准确分析PacBio HiFi数据进行SNP/Indel检测。
2022-02-27 18:13:13
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原创 【NICE DCV】3D远程可视化软件版本更新-V2021.3-11591
NICE DCV介绍NICE DCV 是一种高性能远程显示协议。它允许用户在不同的网络条件下，将远程桌面和应用程序流从任何云或数据中心安全地传送到任何设备。通过将 NICE DCV与数据中心高性能设备结合使用，用户可以在数据中心或者服务器上远程运行图形密集型应用程序。然后，用户可以将结果流式传输到更适中的客户端计算机，从而消除对昂贵的专用工作站的需求。NICE DCV能处理OpenGL 和 Direct/X 图形应用，终端用户可通过LAN/WAN/VPN跨空间远程访问PC、Linux、HPC数据中心中的
2022-02-16 12:35:36
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Alamut Batch变异注释软件-独立版 Ubuntu
2020-12-26
空空如也
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