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RSS订阅USACO Mother's Milk(milk3)题解
每种状态下，只有六种移动的情况：A->B, A->C, B->A, B->C, C->A, C->B， 一一判断，BFS，直到没有新的状态出现。/*ID: bbsunch2PROG: milk3LANG: C++*/#include<iostream>#include<cstdio>#include<...
2014-12-05 11:31:21
283
USACO Arithmetic Progressions (ariprog) 题解
这道题目学到的是，如果是bool类型的判断，亲你还是用数组，加上初始化来得容易一些啊，然后判断是否是Bisquare的时候脑子抽筋，没有直接根据index去判断，导致一开始总是超时。但是值得鼓励的是自己的思路还是正确的，昨天关于数组的想法并没有及时记录或者实现。下面是最终代码：/*ID: bbsunch2PROG: ariprogLANG: C++*/#include...
2014-12-05 01:31:17
306
USACO Ski Course Design(skidesign) 题解
这一题被我想复杂了，我自己加了一个约束条件，可是题目中并没有，这个约束条件是：从high hill上砍下来的东西必须安到其他low hill上去，可是原题并没有。那么问题来了，如果加上了这个约束条件，这一题应该怎么解？如果去掉这个约束条件，题目就变得异常简单，只需要iterate max hill的值就可以了，代码如下：/*ID: bbsunch2PROG: skidesign...
2014-11-27 00:44:09
311
USACO Wormholes(wormhole) 题解
这里再次强烈推荐USACO，因为他们每一题的题解现在有视频了！！ 在这一题上花了一天时间，想到用recursion来解决问题，想到检测loop的方法，不过还是出了错误，loop解决方案参考了http://blog.csdn.net/thestoryofsnow/article/details/39821333 通过之后，看了USACO自己的题解，他们有更简洁和高效的解决方案，发现...
2014-11-25 05:13:19
504
原创 USACO Combination Lock (combo)题解
有人说这一题暴力搜索，O(N^3)，naive，哥只要O(N^2)当然也差不了多少啦哈哈，因为N只有5。。。思路：总数，减去overlap的，就是结果 代码：/*ID: bbsunch2PROG: comboLANG: C++*/#include <iostream>#include <fstream>#include &...
2014-11-05 23:41:30
259
用标准库或者boost分割C++字符串
使用标准库#include <iostream>#include <vector>#include <string>#include <sstream>using namespace std;std::vector<std::string> &split(const std::string &...
2014-09-30 04:41:36
165
我的vim配置文件
colorscheme delekset background=darksyntax enableset numberset backspace=indent,eol,start"set expandtabset tabstop=4set shiftwidth=4set incsearchset hlsearchset nobackupset lis...
2014-05-14 03:04:35
117
将博客搬至CSDN
最近要把博客搬到CSDN了因为最近的研究方向变成了算法和理论计算，iteye的风格有点不太适合当然，我还是会继续搞计算生物学和生物信息学的谢谢大家的支持，并欢迎访问我的个人主页CSDN 博客地址：http://blog.csdn.net/bbsunchen...
2013-10-07 03:03:50
114
原创 线性时间解决最大子数组问题
最大子数组问题又叫 maximum-subarray problem，算法导论第三版4.1节有关于其O(nlgn)运行时间的分治法描述，在4.1-5习题中要求给出线性时间的求解方法，这里我给出python的代码：def main(): A = [5,-1,3,-9,10,1] max = max_subarray(A) print maxdef max_subarr
2013-10-07 02:57:22
1263
Qt 使用Dom 操作XML的范例
//--------------------读----------------------------------------------- QString filename = "D:/zhao/qt/tryxml-build-desktop-Qt_4_8_0_for_Desktop_-_MinGW__Qt_SDK__Debug/history.xml"; qDebug()...
2013-05-09 13:41:33
121
USACO Prime Cryptarithm 题解
此题很水，暴力搜索，然后根据条件判断，continue掉一些循环就可以了，简称，剪枝，一次过！下面上代码：/*ID: bbsunch2PROG: crypt1LANG: C++*/#include <iostream>#include <fstream>#include <stdlib.h>#include <ve...
2013-05-08 15:53:34
139
USACO Calf Flac题解
这一题有点烦我一开始的思路是，回文序列么，就是正序字符串和逆序字符串中相同的那一串于是乎，就转化成求最长公共子字符串，于是用动态规划，O(N^2)的时间复杂度和空间复杂度首先是内存超了，于是换成O(n)空间复杂度的实现方式，即只记录上一状态就可以接着到最后一个测试程序的时候，时间也超了 无奈，想不出其他思路的情况下，看了NOCOW的解题，O(n)的动态规划思路是这样的...
2013-05-06 17:21:16
155
师兄说的做科研的小技巧
这两天项目拖延，又想起来之前师兄跟我说的做科研的道理。 他说，做一个课题，需要每天都投入一定的时间，比如每天都做两个小时，就比一天做八个小时，做两天，然后歇几天，然后在开始做要好。 回头想想我这三年的科研，确实是这个道理。...
2013-05-02 13:21:57
156
USACO Barn Repair 题解
题目翻译还是看USACO吧，这题贪心，贪心都是很水的，还有解析说用动态规划做的，是因为题目太水让你脑子进水了吧？下面是代码，忍不住用STL/*ID: bbsunch2PROG: barn1LANG: C++*/#include <iostream>#include <fstream>#include <string>...
2013-04-26 19:22:59
147
USACO Mixing Milk 题解
题目大意： 描述由于乳制品产业利润很低，所以降低原材料（牛奶）价格就变得十分重要。帮助Marry乳业找到最优的牛奶采购方案。Marry乳业从一些奶农手中采购牛奶，并且每一位奶农为乳制品加工企业提供的价格是不同的。此外，就像每头奶牛每天只能挤出固定数量的奶，每位奶农每天能提供的牛奶数量是一定的。每天Marry乳业可以从奶农手中采购到小于或者等于奶农最大产量的整数数量的牛奶。...
2013-04-26 11:05:35
357
稍微说说动态规划和贪心
最近在做USACO的training，又碰到了greedy algorithm的训练章节。回想起来大学时光学习dynamic programming的时候，一直搞不清，后来看Introduction to Algorithm，突然顿悟，那种感觉真的是很爽，我觉得一直学不明白，有一天突然顿悟的感觉，大家都应该去体验一下，真的很爽。 greedy的思想太简单了，每次都找最优的，也就...
2013-04-25 10:16:19
100
USACO Dual Palindromes 题解
一天水了两题，呵呵，题目确实挺水的做完上一题，这一题已经毫无难度可言了，只改了点代码诸位凑合看：/*ID: bbsunch2PROG: dualpalLANG: C++*/#include <iostream>#include <fstream>#include <string>#include <vector...
2013-04-23 14:41:09
164
USACO Palindromic Squares 源码
这题很容易的，依然是暴力搜索，好吧，这一章都叫complete search要点就两个，一个是进制转换，一个是ASCII码转换（当然你要想用数组来搞也是没什么问题的）难道就是在告诉你，暴力搜索才是你最需要care的么？！下面上我的代码：/*ID: bbsunch2PROG: palsquareLANG: C++*/#include <iostream&g...
2013-04-23 14:02:33
116
USACO Name That Number源码
这次一直没过的是，C++的char转int，要用这一句 int rightNum = (int)num[i] - 48; 一定要减去48才行。。调了一会儿才发现 下面是源码/*ID: bbsunch2PROG: namenumLANG: C++*/#include <iostream>#include <fstream>...
2013-04-08 15:26:59
127
原创 USACO Transformation源码
/*ID: bbsunch2PROG: transformLANG: C++*/#include <iostream>#include <fstream>#include <string>#include <vector>using namespace std;vector<vector<...
2013-04-03 20:59:30
151
USACO MilkingCow源码
/*ID: bbsunch2PROG: milk2LANG: C++*/#include <iostream>#include <fstream>#include <string>#include <map>using namespace std;int main() { ofstream ...
2013-04-03 20:57:38
133
pan-genome analysis sample code
This is a C++ demo for pan-genome analysis, by bbsunchen:/*start:2012/06/11 by sunchenamend: 1.2012/06/12 by sunchen construct a array of 2^n conculate 2.2112/06/12 by sunchen intro...
2012-12-25 12:50:56
246
绦虫基因组研究方法
今天跟一个同学讨论了绦虫基因组研究方法，同时我也看到一些同学在用这套策略做枸杞的基因组，我想这应该是真核生物基因组分析一些常用的策略。简要记录一下： 首先是基因预测，有三类方法：1. denove从头预测，比如基于ORF，马尔科夫模型等 2.通过转录组数据，mapping到基因组上 3.与nr数据库等比对，blastp等做一下序列的同源比较就可以了常用的软件有glimer等 然...
2012-12-21 21:21:23
105
原创 PyDev，在Eclipse中运行python
最近学python做高精度运算。虽然网上有很多高精度运算的算法，可是用了一个O(n^2)的算法，C++竟然运行了半个小时，坑爹。今天发现，python是跟我一年生的，1989，属蛇。而python的翻译也是蟒蛇。真是太巧了!下面这篇文章是说怎么在eclipse中运行python： PyDev 简介2003年7月16日，以 Fabio Zadrozny 为首的三人开发小...
2012-04-20 10:38:27
420
并行计算的强大
最近在处理一批数据，10的8次方，处理完毕大概要一个月，并且这个程序占用的CPU只有一个（我从来没有注意到这个问题啊啊啊）。突然师兄提醒我可以把10的8次方条数据拆成10个10的7次方，作为10条任务并行处理，我艹，三天就跑完了啊，坑爹呢这是我之前怎么没想到呢混蛋！！ 以后单任务的程序一定要注意下CPU的使用情况。 并行处理也有个简单的方法，就是把原始文件给切割后提交，让队列调...
2012-04-17 10:36:50
213
IT行业成功必备的素质
这篇文章原文名称：Skills and Attributes that Contribute to Success in Science or Engineering也就是科学和工程领域成功的必备素质或者理工科成功必备素质 迁移到ITeye上，我觉得我的标题更加合适。有用的地方我都给出了翻译，并且给出了英文。 觉得英文费劲的童鞋可以从我标红色字体的地方开始看...
2012-03-23 20:01:01
190
关于积累--困境与抉择の感
写在前面的话：这篇文章很早之前就看过。“人生是个积累的过程”，是对我影响颇为深远的一个思想。在这里我想将这个思想分享给大家，也想将这篇文章分享给大家。我想，这篇文章的意义更多不在于让你不计较眼前的得失，而是要在人生的各个时期，一直注重积累。 人生是个积累的过程，我认为有两层含义：1.一个人每天能够做的工作是很少的，当看到你每天的进步乃至一小段时间的进步或成果很少时，不要气馁；...
2012-03-04 21:14:46
256
Endnote数据库受损恢复方法
今天打开Endnote数据库，发现文件受损，用Endnote的恢复按钮也无法恢复。 在网上找了些方法，恢复成功，具体方法是：1.假设待恢复数据库为OldData.enl2.新建新的数据库，假设为NewData.enl3.复制OldData/rdb/目录下的refs.* 和 jetrm.*的文件到NewData的相应目录下4.复制OldData/PDF目录下的所有文件到N...
2012-02-19 18:20:08
10405
6
原创 生物信息学软件和数据库使用方法
荣耀归于上帝，版权归于bbsunchen。本文部分翻译自Bioinformatics.For.Dummies的第14章，加入作者经验 本文讨论的主要问题：1.确保你不会泄漏保密的数据2.保证你自己可以重复你的工作3.选择合适的数据4.确保保存了重要的文件 我从未给别人世界末日的感觉，我告诉他们真相，他们认为那就是世界末日。--Harr
2012-02-03 15:01:03
1488
原创 积极心理学与创新
最近一直在看网易开放课程的《幸福课》，英文是positive psychology，积极心理学。翻译成《幸福课》严重有损这门课的学术价值和巨大作用。这门课的价值就在于，教授的理论都是我们知道的，可是他会很明确地告诉你，我们知道的理论，哪些是实验验证的，哪些是dispute的，哪些是disprove的。 比如，对着镜子说“我很棒，我很成功，我很帅”，这一点都不会增加自己的自信心，反而
2012-01-30 12:34:34
553
积极心理学与创新
最近一直在看网易开放课程的《幸福课》，英文是positive psychology，积极心理学。翻译成《幸福课》严重有损这门课的学术价值和巨大作用。这门课的价值就在于，教授的理论都是我们知道的，可是他会很明确地告诉你，我们知道的理论，哪些是实验验证的，哪些是dispute的，哪些是disprove的。 比如，对着镜子说“我很棒，我很成功，我很帅”，这一点都不会增加自己的自信心，反而，长时间...
2012-01-26 17:48:36
100
生物信息学工具使用的经验之谈
荣耀归于上帝，版权归于bbsunchen。本文部分翻译自Bioinformatics.For.Dummies的第14章，加入作者经验，改动较大，不喜误入。 本文讨论的主要问题：1.确保你不会泄漏保密的数据2.保证你自己可以重复你的工作3.选择合适的数据4.确保保存了重要的文件 我从未给别人世界末日的感觉，我告诉他们真相，他们认为那就是世界末日。--Har...
2012-01-16 18:08:13
465
原创 非root权限用户安装perl模块
本文亦发表在bbsunchen在iteye和plob的blog上。网上有很多说非root权限怎么安装perl模块的帖子，我觉得说的都不到位linux系统已经自带了perl,但是如果需要某一个模块的时候，可以单独安装模块如果你有root权限，你可以使用CANP，如果你没有root权限，那么bbsunchen教你使用如下方式1. 安装模块perl Makefil
2012-01-07 16:08:08
1439
如何保持开放的头脑
世界向我打开一扇大门，我却选择转过身，背对这个世界。 这句话用在我身上再合适不过，在中科院的两年时间，我的面前是浩如瀚海的生命科学的世界，可是我却受到各种各样的声音的干扰，认为做生物方向没有前途，仍然搞技术，每天痴迷于学习各种各样的IT新技术。 可是，现在我真的觉得自己在生命科学中，能够做很多事情。 也许，我只是没有open mind，可是我还很年轻啊，为什么...
2012-01-07 15:14:49
147
ortholog/inparalog/coortholog
Homologs which originate following gene duplications are called paralogs, a term in biology often mistakenly thought to apply to homologs within a genome. Paralogy can exist between gen...
2012-01-04 16:52:40
302
开源，选择Google Code还是Sourceforge？
从第一个项目canto（有兴趣的可以到google code上看看，这是bbsunchen的第一个大型项目）到现在在中科院的项目，只要是事关发布的，我一直使用google code和svn来做版本控制工作。而Sourceforge，则是在最近要发表论文时才发现，很多论文的editor审稿时，要求提供Sourceforge的源码下载地址。下面就google code 和Sourceforg...
2012-01-04 11:35:43
106
非root权限用户安装perl模块
网上有很多说非root权限怎么安装perl模块的帖子，我觉得说的都不到位 linux系统已经自带了perl,但是如果需要某一个模块的时候，可以单独安装模块 如果你有root权限，你可以使用CANP，如果你没有root权限，那么bbsunchen教你使用如下方式1. 安装模块进入模块所在路径，就是你的模块放在哪里，你就cd进去，然后执行下面的命令...perl...
2012-01-04 09:36:49
326
原创 非root权限安装perl
在使用Linux或是unix时，perl是一个非常有用的脚本的语言。关于perl的模块安装，网上也有很多介绍，一方面可以通过不同套件自带的软件安装工具安装，一方面可以通过cpan安装，再者就是可以直接编译源代码。 这样，对于拥有root权限的用户来说，没有任何问题，可是对于不拥有root权限的一般用户来说，如果想在自己的home目录下安装与使用perl的模块，还有很多特别...
2012-01-03 21:18:12
365
运行interproscan/iprscan会遇到的问题
1. 运行iprscan的时候，一般需要根据机器的能力和安装interproscan时设置的chunk大小，将序列文件切成若干小文件，这些小文件，每个文件包含1-2个chunk大小序列条数的文件。这个时候，有可能原始文件也放在切后的文件夹中忘记删除。 2.我现在挺怀疑interproscan在书写过程总，对软连接的容错能力的。因为我在两台大型机中都有软连接的存在，在这两台机器上运行都会...
2012-01-01 21:28:31
594
Interproscan性能测试
interproscan的安装和运行，很多网站都有介绍，这里主要介绍下我做的性能测试。今天bbsunchen做了interproscan性能测试，具体数据不能公布，结果大致如下： 1.interproscan运行时，蛋白质平均长度对运行时间影响不大。 蛋白质平均长度是30aa和蛋白质平均长度是300aa时，运行效率都大致维持在100条序列/小时 2.是否进行crc64计...
2011-12-28 20:50:27
470
空空如也
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