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RSS订阅原创 linux: cut命令详解
cut是一个用于在 Linux 和 Unix 系统中处理文本文件的命令行工具。它主要用于从文件的每一行中提取文本片段，例如列或字段。cut命令的常见用法包括提取文件的特定列、分割字符串以及获取文件的一部分内容。
2024-04-11 14:46:26
238
原创 Perl: Can‘t locate List/MoreUtils.pm in @INC
【代码】Perl: Can't locate List/MoreUtils.pm in @INC。
2024-03-20 09:31:22
535
原创 希腊特殊字符，及中英文对照
请注意，某些字母在科学和数学文献中可能会有不同的表示方式。例如，Sigma (Σ) 有两种小写形式：σ用于词尾外的位置，而ς专用于词尾。这些字母被用来表示各种概念和物理量，它们的确切含义通常取决于其应用的具体上下文。希腊字母在科学、数学、工程等领域广泛使用，每个字母都有其大写和小写形式。以下是希腊字母的列表，包括它们的大写和小写形式，以及它们的英文名称和中文对照。
2024-03-18 11:30:19
370
原创 f-string和str.format()方法的优缺点比较
f-string提供了一种快速、简洁且高效的方式来格式化字符串，非常适合Python 3.6及以上版本。它们特别适合于简单到中等复杂度的字符串格式化任务。方法提供了更高的兼容性和灵活性，适合于所有版本的Python，并且在处理特别复杂的字符串格式化需求时可能更加方便。在选择哪种格式化方法时，需要考虑你的具体需求，包括Python版本兼容性、性能要求、字符串的复杂度，以及个人偏好。
2024-03-13 10:51:43
448
原创 ImportError: libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.29‘ not found
解决这个问题的关键是确保你的环境中有正确版本的C++标准库。选择最适合你情况的解决方案，可能需要考虑权限、系统稳定性以及与其他软件的兼容性。（或其他依赖于C++标准库的Python库）与系统的GCC编译器版本不兼容的情况下。环境变量来指定正确的库路径。这可以临时解决库版本的问题，无需安装或升级GCC。如果系统中已经安装了满足要求的GCC版本，但不是默认版本，你可以通过设置。这通常发生在使用了较新版本的。依赖的一个C++共享库。库时遇到了问题，因为。
2024-03-12 17:40:16
416
原创 Excel: 统计一列数字的频数(利用“COUNTIF”函数)
假设你有一组数据，列出了一个班级学生的分数，现在你想统计每个分数出现的频数。这个数据列位于Excel的A列，从A2开始到A20结束（假设A1是表头，内容为“分数”）。
2024-03-12 09:13:22
699
原创 Python 常用内置函数
这些函数覆盖了从基本输入输出到数据处理、类型转换、数学计算等多方面的功能，是Python编程中经常会用到的工具。掌握它们的使用可以大大提高编程的效率和代码的简洁性。: 将多个可迭代的对象作为参数，将对象中对应的元素打包成一个个元组，然后返回由这些元组组成的列表。: 返回对象（如字符串、列表、元组等）的长度。: 执行一个字符串表达式，并返回表达式的值。: 计算输入的可迭代对象中所有元素的总和。: 对序列进行排序，并返回新的排序列表。: 对指定序列的每个元素执行指定的函数。: 返回任意对象的类型。
2024-03-11 16:27:57
589
原创 python 常用保留字（关键字）
Python中的保留字（也称为关键字）是那些被编程语言语法赋予了特殊意义的单词。这些词不能用作标识符，例如变量名、函数名或任何其他用户定义的名字。每个保留字都有其特定的用途和规则。这会输出当前Python解释器支持的所有关键字列表。使用保留字作为变量名或函数名等将会导致语法错误。你可以通过Python的内置模块。
2024-03-11 16:20:07
466
原创 python中，dtypes 和 type() 函数的区别
在Python中，特别是在处理Pandas库中的数据结构如DataFrame和Series时，dtypes属性和type()函数都可以用来获取关于数据类型的信息，但它们的应用场景和返回信息有所不同。
2024-03-11 16:08:59
357
原创 shell: find命令结合-size根据文件大小查找
在Unix或Linux shell中，要找到当前目录及其子目录下所有小于50字节（bytes）的文件，你可以使用find命令结合-size选项。findtype fsize -50c50cc这条命令将会列出当前目录及所有子目录下，文件大小小于50字节的所有文件的路径。
2024-03-11 11:26:16
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原创 Shell:sed 命令详解
sed（stream editor）是一个强大的文本处理工具，用于对文本流（如文件、输入/输出流等）进行处理和转换。sed主要用于自动编辑一个或多个文件；简化对文件的重复操作；编写转换程序等。
2024-03-07 10:21:59
345
原创 Shell:sort命令详解
sort命令是Linux和Unix系统中非常强大的文本文件排序工具，它可以根据文件内容的不同部分来排序行。这个命令非常灵活，支持多种排序类型，包括按字母、数值、逆序等。以下是sort。
2024-03-07 10:06:36
502
原创 python: 创建目录，类似 ‘mkdir -p‘
os.makedirs 是 Python 的一个函数，属于 os 模块，用于递归创建目录。如果创建的目录的父目录不存在，os.makedirs 会自动创建这些父目录，类似于 Unix 和 Linux 命令行中的 mkdir -p 命令。这个函数对于需要创建多层嵌套的目录结构时特别有用。函数语法pythonCopy codename: 要创建的目录的路径。
2024-03-05 09:28:56
535
原创 snakemake： 常用安装方法推荐，及详细安装步骤
Snakemake 的安装推荐使用 Conda 管理器，因为 Conda 可以方便地管理软件包及其依赖，并且可以创建隔离的环境以避免版本冲突。以下是使用 Conda 安装 Snakemake 的推荐步骤，包括如何首先安装 Conda（如果你还没有安装的话）。
2024-03-04 17:58:29
212
原创 snakemake: 基本语法知识点
Snakemake 使用一种基于 Python 的语法来定义工作流，允许用户编写规则（rules）来指定数据分析流程中的各个步骤。规则是 Snakemake 工作流的基本构建块，每个规则定义了一个分析步骤。一个规则通常包括输入（input）、输出（output）、执行的命令（shell 或 script）等部分。随着实践的增加，你会逐渐熟悉 Snakemake 提供的更多高级特性和最佳实践。如果一个规则的输出是另一个规则的输入，Snakemake 会自动先执行依赖规则。等占位符来引用规则的输入和输出。
2024-03-04 17:41:01
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原创 snakemake: 基础知识
Snakemake 是一个流行的工作流管理系统，它允许研究人员和开发人员以最小的努力创建可重复、可扩展的数据分析流程。它基于 Python 语言，结合了 Makefile 的简洁性和 Python 的强大功能。Snakemake 的设计理念是提供一个简单但功能强大的方式来编写分析流程，使其易于部署和共享。Snakemake 可以通过多种方式安装，但是使用 Conda 是最推荐的方式，因为它可以自动处理 Snakemake 及其依赖项的安装。
2024-03-04 17:28:13
392
原创 snakemake: 学习路线推荐
为了深入学习 Snakemake 并有效地应用它在你的工作流中，你需要按照一个结构化的路径逐步提升你的技能。按照这个学习路线，你将能够从基础到高级，全面掌握 Snakemake 的使用。重要的是要通过实践来巩固学习成果，不断挑战自己处理更复杂的数据分析任务。
2024-03-04 17:20:57
158
原创 SnakeMake介绍：主要特性、工作原理、应用场景
它基于 Python 语言开发，结合了 Makefile 的特点，提供了一种声明式的语法来定义数据处理的步骤和规则。通过 Snakemake，用户可以组织和控制复杂的数据分析流程，实现自动化处理，从而提高研究的可重复性和效率。此外，由于其高度的可配置性和扩展性，Snakemake 也被用于非生物信息学的数据分析项目中。Snakemake 工作流是由一系列的规则组成的。然后，用户可以通过命令行界面运行 Snakemake，并指定目标文件或规则，Snakemake 将会执行所有必要的步骤来生成这些目标。
2024-03-04 10:00:06
392
原创 snakemake: configfile: “config.yaml“用法详解
在 Snakemake 中，configfile: "config.yaml"允许你从一个 YAML 文件中读取配置参数，这样可以使工作流的管理更加灵活和高效。以下是如何使用这个特性，并通过一个例子来详细说明其用法。假设你正在进行一项需要数据分析的生物信息学研究。你有多个样本需要处理，并且希望通过 Snakemake 来自动化这个过程。下面是如何使用 configfile: "config.yaml"来简化你的工作流管理。
2024-03-04 09:55:12
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原创 snakemake：脚本中的expand 函数用法详解
*函数是一个非常强大的工具，用于基于模板和一组值生成文件路径列表。这在定义大量相似路径时尤其有用，可以避免手动列举每个文件，从而简化Snakemake规则的编写。**函数，你可以简化对多个文件和复杂文件命名模式的处理，使得Snakemake脚本更加灵活和强大。**可以与列表推导式一起使用来生成更复杂的文件名列表。如果需要生成所有可能的组合，可以使用**当处理更复杂的文件命名模式时，**假设我们有一组样本编号**Snakemake的**
2024-03-01 17:38:18
291
原创 LD: 利用Plink软件进行连锁不平衡计算和绘图
*替换为实际的文件名。这段代码会生成一个热图，展示不同SNP对之间的LD关系，其中颜色深度表示LD强度。这个流程提供了一个从LD计算到结果可视化的完整示例，适用于基因型数据的LD分析。这个命令会计算500kb窗口内所有SNP对的r²值，是评估LD强度的常用指标。**包来处理PLINK输出的LD数据，并绘制LD热图。在R中，我们可以使用**[输出文件的基本名]
2024-03-01 14:07:48
435
原创 LD: 连锁不平衡质量控制（QC）常用过滤条件
影响连锁不平衡（LD）分析的因素很多，这些因素在不同的生物种群和遗传环境中起着关键作用。LD分析是研究基因组中两个或多个位点之间的关联程度，以此推断遗传变异的结构和动态。在进行连锁不平衡（LD）分析之前，质量控制（QC）是一个关键步骤，旨在确保分析结果的准确性和可靠性。在QC过程中，多个过滤参数直接影响LD分析的结果。这些质控步骤有助于确保用于LD分析的数据集是高质量的，从而使LD估计更加可靠。这些因素共同作用，决定着遗传变异之间的连锁不平衡程度，从而影响LD分析的结果和解释。
2024-03-01 14:05:06
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原创 LD：连锁不平衡的影响因素
影响连锁不平衡（LD）分析的因素很多，这些因素在不同的生物种群和遗传环境中起着关键作用。LD分析是研究基因组中两个或多个位点之间的关联程度，以此推断遗传变异的结构和动态。这些因素共同作用，决定着遗传变异之间的连锁不平衡程度，从而影响LD分析的结果和解释。理解这些因素对于正确进行LD分析和解释其结果至关重要。
2024-03-01 14:02:12
58
原创 LD：连锁不平衡分析常用的方法
LD（连锁不平衡）分析是一种用于研究遗传标记之间相互关联的程度的统计方法，广泛应用于遗传学和基因组学研究。LD分析可以帮助科学家识别基因组中那些紧密相连的遗传变异，这对于理解复杂疾病的遗传基础、进行群体遗传学研究以及进行关联研究等方面都是非常重要的。这些方法各有优势和局限，通常会根据研究的具体需求和数据类型来选择合适的方法进行LD分析。
2024-03-01 14:01:12
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原创 LD（Linkage Disequilibrium，简称LD）的定义
LD分析通常指的是连锁不平衡（Linkage Disequilibrium，简称LD）分析，这是一个遗传学中的概念，用于描述两个或多个位点（基因或DNA序列的特定位置）之间的非随机关联程度。在遗传学研究中，LD分析常用于研究遗传变异如何在人群中共同遗传，以及这些遗传变异是如何与特定的遗传性疾病或性状相关联的。LD分析的基本思想是，如果两个位点在染色体上的距离很近，它们在遗传过程中被一起传递的概率较高，因此这两个位点的遗传变异可能会在人群中表现出一定程度的相关性。
2024-03-01 10:44:33
92
原创 PSMC:绘图脚本 psmc_plot.pl 脚本参数详解
*是PSMC（Pairwise Sequentially Markovian Coalescent）工具包中的一个Perl脚本，用于将PSMC分析的输出结果转换为图形化的展示。**脚本在绘制PSMC结果图时非常灵活，允许用户根据自己的需要调整图形的多个方面，从而更清晰地展示分析结果。
2024-03-01 09:20:49
49
原创 PSMC:软件命令参数详解
这些选项共同为用户提供了强大的灵活性，以适应不同的研究需求和数据特点。使用这些参数时，建议详细阅读PSMC的文档和相关的科学文献，以确保参数的正确设置和结果的合理解释。
2024-03-01 09:18:13
52
原创 PSMC: psmc_plot.pl 参数详解
*是PSMC（Pairwise Sequentially Markovian Coalescent）工具包中的一个Perl脚本，用于将PSMC分析的输出结果转换为图形化的展示。**脚本在绘制PSMC结果图时非常灵活，允许用户根据自己的需要调整图形的多个方面，从而更清晰地展示分析结果。
2024-02-29 18:20:55
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原创 PSMC结果图：横坐标详解
PSMC (Pairwise Sequentially Markovian Coalescent) 图的横坐标通常表示时间，用于展示种群历史上不同时间点的有效种群大小变化。横坐标的时间通常是以对数刻度表示的，这意味着每个刻度之间的距离代表的时间跨度是成倍增加的，而不是线性增加。这种对数刻度的使用使得我们能够在同一张图上展示从近期到远古不同时间尺度上的变化。通过正确解读PSMC图的横坐标，研究者可以对种群在不同历史时期的有效种群大小变化有一个直观的了解，从而对物种的演化历史和种群动态有更深入的洞察。
2024-02-29 16:59:46
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原创 PSMC结果图：横坐标 和 纵坐标 详解
PSMC（Pairwise Sequentially Markovian Coalescent）模型的结果图提供了一种视觉方式来理解种群大小随时间变化的历史。解读这种图表时，横坐标和纵坐标的含义是关键。通过对PSMC结果图的横纵坐标的正确解读，可以获得对物种历史种群动态的深入理解。
2024-02-29 16:56:36
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原创 PSMC模型分析不同样本的结果时发现差异不明显，可能的原因
PSMC模型在分析近期人口历史时比较敏感，但对于更远古的人口历史，其估计可能不够准确。如果分析的是较为古老的人口历史，或者所关注的时间段不在PSMC模型的敏感范围内，可能会导致结果差异不明显。如果样本的基因组覆盖度不够高，可能会导致估计的不准确，从而使得不同样本之间的结果差异不明显。PSMC分析是基于单个基因组的，如果用于分析的样本数量有限，可能无法捕捉到人口历史的全部复杂性。如果你分析的样本来自于相似的遗传背景或者人口历史，它们之间的有效人口大小变化历史可能确实相似，这自然会导致PSMC结果差异不明显。
2024-02-29 16:48:45
49
原创 Kivy和BeeWare 开发APP的优缺点，及其发展历史
Kivy和BeeWare各有其优势和用途。Kivy适合于需要丰富交互和自定义UI的应用开发，尤其是游戏或多触摸应用，而BeeWare更适合于追求原生应用体验，希望能够快速将应用部署到多个平台的开发者。选择哪个框架取决于项目的具体需求、目标平台以及开发者对原生体验的重视程度。随着这两个框架的不断发展和完善，它们都为Python社区提供了宝贵的资源，使得使用Python进行移动应用开发成为可能。
2024-02-29 11:07:25
554
原创 singularity 利用 centos 构建sandbox, 并安装cnvnator（阿里云root）
在CentOS上安装Singularity的具体步骤可能会根据你的系统配置和Singularity版本有所不同，建议参考官方文档进行安装。这些步骤提供了一个大致的指导，具体细节（如依赖库的安装和ROOT的配置）可能需要根据你的具体环境和CNVnator的版本进行调整。完成以上步骤后，CNVnator应该已经在你的Singularity sandbox环境中安装完成。你可以通过执行CNVnator的命令来测试是否安装成功。进入Sandbox环境，安装CNVnator需要的依赖项，包括ROOT和其他工具。
2024-02-28 14:30:50
132
原创 singularity 基于 redhat和centos 版本的 优缺点
当我们讨论在使用Singularity的情况下，选择Red Hat Enterprise Linux (RHEL) 或 CentOS 作为操作系统的优缺点时，我们需要考虑这些操作系统的特性及其与Singularity的兼容性和集成程度。Singularity是为了解决高性能计算（HPC）和数据密集型应用的容器需求而设计的，因此在这些环境中的表现尤为重要。
2024-02-28 10:19:33
676
原创 singularity Debug:FATAL: could not use fakeroot: no mapping entry found in /etc/subuid for user
*模式运行Singularity容器时，应该不再遇到“No mapping entry found”错误。这个命令需要以root权限执行，因为它会修改系统级的配置文件。**权限，从而允许他们以非root身份构建和运行Singularity容器。：命令执行成功后，Singularity会自动为指定的用户添加**通过这种方法，你可以方便地为用户配置**遇到这个错误信息时，意味着你尝试以**：在命令行中输入以下命令，将**：现在，当用户尝试以**：打开一个命令行终端。**文件来验证这一点。**中添加映射条目。
2024-02-28 10:14:10
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原创 singularity Debug:FATAL: could not use fakeroot: no mapping entry found in /etc/subuid for user
*模式运行Singularity容器时，应该不再遇到“No mapping entry found”错误。这个命令需要以root权限执行，因为它会修改系统级的配置文件。**权限，从而允许他们以非root身份构建和运行Singularity容器。：命令执行成功后，Singularity会自动为指定的用户添加**通过这种方法，你可以方便地为用户配置**遇到这个错误信息时，意味着你尝试以**：在命令行中输入以下命令，将**：现在，当用户尝试以**：打开一个命令行终端。**文件来验证这一点。**中添加映射条目。
2024-02-28 10:13:38
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