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RSS订阅转载 韩方普研究组在黑麦着丝粒研究中取得新进展
韩方普研究组在黑麦着丝粒研究中取得新进展着丝粒是真核生物染色体的重要结构，其功能异常通常会导致细胞分裂时染色体无法正确分离，进而影响植物的生长和发育。着丝粒的显著特征之一是其核小体含有H3组蛋白变体CENH3。近年来，通过对CENH3的编辑，已成功在拟南芥、玉米和小麦等植物上实现了单倍体诱导，揭示了在植物育种中着丝粒研究的潜在价值和重要性。此外，着丝粒也是人工合成染色体不可或缺的组成部分。因此，对...
2024-04-17 07:01:56
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转载 Microbiome｜李宁宁/李会良/张雪松团队揭示肠道代谢物吲哚丙酸恢复自闭症小鼠的社交和认知缺陷的新机制...
肠道代谢物吲哚丙酸通过激活ERK1改善海马抑制性突触传递失衡以恢复16p11.2微缺失小鼠的社交和认知缺陷通讯员 江健孤独症谱系障碍（autism spectrum disorder, ASD）又称孤独症、自闭症，是一种高度遗传性和异质性的神经发育性障碍，其核心症状为社交缺陷和重复刻板行为【1】。据世界卫生组织统计，全球ASD患病率约为...
2024-04-17 07:01:56
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原创 QIIME 2教程. 14样品分类和回归q2-sample-classifier(2024.2)
样品分类和回归q2-sample-classifierPredicting sample metadata values with q2-sample-classifierhttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/sample-classifier/https://www.bilibili.com/video/BV1uH4y1T7Fb/注：q2-sample...
2024-04-17 07:01:56
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原创 QIIME 2教程. 13数据评估和质控q2-quality-control(2024.2)
数据评估和质控q2-quality-controlEvaluating and controlling data quality with q2-quality-controlhttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/quality-control/https://www.bilibili.com/video/BV1rT421m78C/注：本教程将演示如何为...
2024-04-16 07:32:02
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原创 QIIME 2教程. 12训练特征分类器Training feature classifiers(2024.2)
训练特征分类器Training feature classifiers with q2-feature-classifierhttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/feature-classifier/https://www.bilibili.com/video/BV1TM4m1D7SW/注：最好按本教程顺序学习，想直接学习本章，至少完成本系列1简介和安装...
2024-04-16 07:32:02
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转载 iMeta | 重医大沈伟等发布全能序列处理工具SeqKit2
点击蓝字 关注我们SeqKit2：序列和比对数据操作的瑞士军刀iMeta主页：http://www.imeta.science方法论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.191●2024年4月5日，重庆医科大学附属第二医院沈伟在iMeta在线发表了题为 “SeqKit2: A Swiss army knife for sequence and alig...
2024-04-16 07:32:02
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转载 iMeta | 最全可视化韦恩图和集合图工具EVenn使用手册
通讯点击蓝字 关注我们最全可视化集合工具EVenn使用手册iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.184●2024年4月11日，中国中医科学院陈同、黄璐琦和中国农科院深圳基因组所刘永鑫等团队在iMeta在线联合发表了题为 “Visualizing set relationships: ...
2024-04-15 07:02:44
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原创 QIIME 2教程. 11数据筛选Filtering data(2024.2)
QIIME 2用户文档. 11数据筛选Filtering datahttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/filtering/https://www.bilibili.com/video/BV12M4m1Q7cU/注：此实例需要完成本系列文章《1简介和安装》本教程介绍如何过滤QIIME 2中的特征表、序列和距离矩阵，软件将随着更新，新增可用的过滤功能，从而...
2024-04-15 07:02:44
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原创 QIIME 2教程. 10元数据Metadata(2024.2)
QIIME 2用户文档. 10元数据Metadata in QIIME 2https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/metadata/https://www.bilibili.com/video/BV1KC411V7kW/注：此实例需要一些基础知识，要求完成本系列文章前两篇内容：《1简介和安装Introduction&Install》和4《人体各部位...
2024-04-15 07:02:44
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转载 视频回放 | 朱穗-医学统计数据常见分析方法及其误用
医学统计数据常见分析方法及其误用更多推荐（▼ 点击跳转）高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 引用7000+，海普洛斯陈实富发布新版fastp，更快更好地处理FASTQ数据高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 德国国家肿瘤中心顾祖光发表复杂热图(ComplexHeatmap)可视化方法高引文章▸▸▸▸iMeta | 高颜值绘图网站imageGP+视频教程合集 ...
2024-04-14 07:02:55
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转载 iMeta | 中国农科院深圳基因组所陶永富组完成高粱T2T基因组组装
点击蓝字 关注我们完整组装两个端粒到端粒的高粱基因组以指导生物学发现iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.193●2024年4月5日，中国农业科学院深圳农业基因组所陶永富团队在iMeta在线联合发表了题为 “Complete telomere-to-telomere assembli...
2024-04-13 07:01:27
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原创 QIIME 2教程. 09数据导出Exporting data(2024.2)
QIIME 2用户文档. 9数据导出https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/exporting/Exporting data注：最好按本教程顺序学习，想直接学习本章，至少完成本系列1简介和安装。为了使用QIIME 2，输入数据必须存储在QIIME 2对象（即qza文件）中。这是支持分布式、自动来源跟踪、语义类型验证和数据格式之间的转换的基础（有关QIIME...
2024-04-13 07:01:27
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原创 QIIME 2教程. 08数据导入Importing data(2024.2)
QIIME 2用户文档. 8数据导入Importing data原文地址：https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/importing/为了使用QIIME 2，输入数据必须存储在QIIME 2对象（即qza文件）中。这是实现支持分布式和自动来源跟踪、以及语义类型验证和数据格式之间的转换所必须（有关QIIME 2对象的更多详细信息，请参阅《1简介和安装》中核心...
2024-04-12 07:04:10
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转载 Cell Host & Microbe | 王二涛团队应邀撰写时空微生物组（mSTAR）观点论文
植物能够从土壤中招募特定的微生物类群，建立互惠互利的共生关系。宿主的代谢互作和免疫响应可以精细调控微生物的根际定植。在植物根部的发育过程中，其细胞结构与代谢途径展现了显著的功能异质性，根系代谢物的时空变化成为驱动根际微生物组装配的一个重要因素。在此过程中，植物功能基因负责合成或转运根系代谢物以启动与微生物的互作。2024年4月10日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心王二涛团队于 Cell Hos...
2024-04-12 07:04:10
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原创 QIIME 2教程. 07Cell帕金森小鼠Parkinson's Mouse(2024.2，最佳实战)
QIIME 2用户文档. 7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse Tutorial原文地址：https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/pd-mice/本教程将使用来自人源化(humanized)小鼠的一组粪便样品，展示16S rRNA基因扩增子数据的“典型”QIIME 2分析。最初的研究，Sampson等，2016旨在确定粪便微生物组是否有助于帕...
2024-04-12 07:04:10
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转载 Microbiome | 华中科大陈卫华等构建URPC助力反刍动物胃肠道噬菌体综合研究
反刍动物胃肠道噬菌体基因组目录揭示了其裂解性噬菌体比例高于其他环境A compendium of ruminant gastrointestinal phage genomes revealed a higher proportion of lytic phages than in any other environmentsResearch Article，2024-04-4，Microbiom...
2024-04-11 07:01:27
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转载 iMeta讲座 | 朱穗-医学统计数据常见分析方法及其误用
iMeta讲座医学统计数据常见分析方法及其误用01报告人简介朱穗暨南大学基础医学与公共卫生学院医保大数据研究所副所长朱穗，四川大学华西公共卫生学院流行病与卫生统计学博士，暨南大学基础医学与公共卫生学院医保大数据研究所副所长，社会医学与卫生事业管理教研室主任，MPH硕士导师。主要研究领域：空气污染与人群健康、气温和极端气温与人群健康、疾病负担、统计方法应用、因果推断、孟德尔随机化等相关研究。擅长医疗...
2024-04-11 07:01:27
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转载 iMeta | 农科院饲料所周志刚组以鼠李糖乳杆菌GG致损斑马鱼肠道为例揭示益生菌（益生作用）宿主依赖机制...
点击蓝字 关注我们鼠李糖乳杆菌GG致损斑马鱼肠道揭示其宿主依赖的益生作用iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.181●2024年3月25日，中国农业科学院饲料所周志刚团队在iMeta在线发表了题为 “Lactobacillus rhamnosus GG triggers intest...
2024-04-10 07:02:15
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转载 iMeta | SIDERITE：全面揭示化学空间隐藏的铁载体
点击蓝字 关注我们SIDERITE：全面揭示化学空间隐藏的铁载体iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.192●2024年4月5日，北京大学前沿交叉学科研究院定量生物学中心李志远、钱珑及南京农业大学韦中等团队在iMeta在线联合发表了题为 “SIDERITE: Unveiling Hi...
2024-04-10 07:02:15
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转载 EST丨南京地湖所王建军-微塑料多样性增强了微生物网络的复杂性和稳定性
点击蓝字↑↑↑“微生态”，轻松关注不迷路生科云网址：https://www.bioincloud.tech编译：微科盟薇薇，编辑：微科盟居居、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。导读微塑料混合物广泛分布在全球生态系统中，包含各种类型。然而，微塑料多样性如何影响微生物的生物相互作用尚不清楚。本研究进行了600个微宇宙实验，微塑料多样性从1到6种类型不等，并在15°C...
2024-04-10 07:02:15
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原创 BiB | 浙大蒋超组开发面向多组及纵向实验设计的各类组学数据的功能富集新方法...
基于广义报告评分的富集分析可用于各类组学数据Generalized reporter score-based enrichment analysis for omics dataArticle，2024-03-27，Briefings in Bioinformatics， [IF 9.5]DOI：https://doi.org/10.1093/bib/bbae116原文链接：https://aca...
2024-04-09 07:03:11
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原创 mSystems | 干旱对土壤微生物组的影响
干旱对土壤微生物组的影响增加干旱对干旱土壤微生物组的显著影响Significant Impacts of Increasing Aridity on the Arid Soil MicrobiomemSystems, [IF：6.4]2017-05-30 ArticlesDOI: https://doi.org/10.1128/mSystems.00195-16第一作者：Julia W. Nei...
2024-04-09 07:03:11
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原创 QIIME 2教程. 06沙漠土壤分析AtacamaSoil(2024.2)
QIIME 2用户文档. 6阿塔卡马沙漠微生物组分析原文地址：https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/atacama-soils/此实例需要一些基础知识，要求完成本系列文章前两篇内容：《1简介和安装Introduction\&Install》和《4人体各部位微生物组分析Moving Pictures》。本教程设计用于两个目的。首先，它描述了对双端序...
2024-04-09 07:03:11
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转载 iMeta | 刘杏忠团队揭示长期连作缓解烟草连作障碍的微生物机制
点击蓝字 关注我们长期连作缓解烟草连作障碍的微生物机制iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.189●2024年4月2日，南开大学刘杏忠、中国科学院微生物研究所向梅春和云南中烟工业有限责任公司王明锋等团队在iMeta在线联合发表了题为 “Microbiome-mediated alle...
2024-04-08 07:01:53
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原创 Microbiome | 粪菌移植改善自闭症Fecal microbiota transplant (FMT)
粪菌移植改善自闭症微生物转移疗法改变肠道生态系统，改善肠胃和孤独症症状：一项开放性研究Microbiota Transfer Therapy alters gut ecosystem and improves gastrointestinal and autism symptoms: an open-label studyMicrobiome, [15.5]2017-01-23 Articles...
2024-04-08 07:01:53
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原创 QIIME 2教程. 05粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant(2024.2)
QIIME 2用户文档. 5粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant (FMT) study: an exercisehttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/fmt/注意：本教程假定您已经完成1简介和安装Introduction\&Install，成功安装QIIME 2。本教程计划在完成《4人体各部位微生物组分析Mov...
2024-04-08 07:01:53
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原创 QIIME 2教程. 04人体微生物组分析Moving Pictures(2024.2)
QIIME 2用户文档. 4人体各部位微生物组“Moving Pictures” tutorialhttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/moving-pictures/本节1.6万字，14张图，1个视频。阅读时间大约40分钟。注意：本文学习需要安装好QIIME 2，请务必完成1简介和安装Introduction&Install在本教程中，你将使用...
2024-04-07 07:01:49
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转载 iMeta | 武汉理工方临川组揭示以丛枝菌根真菌为中心的退化生态系统恢复新机制...
点击蓝字 关注我们丛枝菌根真菌桥接了根相关微生物群对侵蚀坡面多功能性的支持iMeta主页：http://www.imeta.science研究论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.187●2024年3月25日，武汉理工大学方临川团队在iMeta在线发表了题为 “Arbuscular mycorrhizal fungal interactions br...
2024-04-07 07:01:49
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转载 IF=12.1 | 中国农科院资划所长期保护性耕作下微生物对团聚体稳定性和有机碳固存的调控...
近日，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所盐碱地改良团队取得重要进展，研究揭示了长期保护性耕作下微生物对团聚体稳定性和有机碳固存的调控机制，研究成果有助于提升对土壤固碳培肥调控机制的理解，也可为保护性耕作实践和应对气候变化提供科技支撑。相关研究成果发表在《Sustainable Production and Consumption》（IF 12.1）上。在保护性农业中，土壤团聚体的稳定性对土壤有...
2024-04-07 07:01:49
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转载 NC | 华科宁康/中科院水生所缪炜高原水生微生物的基因组集
（通讯员：陈小可，程铭悦；来自：BioMed 科技）青藏高原面积250多万平方公里，平均海拔4500多米，是世界上海拔最高、面积最大的高原。其独特的地形特征使青藏高原成为众多河流的主要源头，并作为水塔滋养着周边地区近20亿人。青藏高原内多样的水生态系统，包括冰川、湿地、温泉、湖泊和河流，孕育着丰富多样的水生微生物。且这些微生物群可能在青藏高原极端环境条件例如剧烈的温度波动、低氧浓度、低压和强烈的紫...
2024-04-06 07:01:32
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转载 JGG｜丁士刚/王军团队揭示膜蛋白CMTM4参与溃疡性结肠炎的新机制
点击蓝字 关注我们先天免疫成分的功能障碍是溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的主要驱动因素之一。膜蛋白CMTM4作为IL-17受体亚基，参与多种自身免疫性疾病，如银屑病、自身免疫性脑炎等，然而其在UC中的作用尚未报道。因此，深入了解CMTM4参与UC的发病机制意义重大。2024年4月2日，Journal of Genetics and Genomics在线发表北京大学第三...
2024-04-06 07:01:32
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转载 iMeta | 南科大杨亮/刘洋-开发研究细菌DNA甲基化组及其转录调控工具Bacmethy
点击蓝字 关注我们Bacmethy：一种新颖、便捷的研究细菌DNA甲基化模式及其转录调控作用工具iMeta主页：http://www.imeta.science方法论文●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.186●2024年3月19日，南方科技大学医学院杨亮、南方科技大学医院医学研究中心刘洋团队在iMeta在线联合发表了题为 “Bacmethy: A n...
2024-04-06 07:01:32
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转载 EST | 浙大蒋超组合作开发可穿戴被动采样器对个体生物和化学暴露组与转录组进行纵向测绘...
第一作者：黄子诺、彭晨通讯作者：蒋超、谢长勇通讯单位：浙江大学生命科学研究院图片摘要成果简介近日，浙江大学生命科学研究院蒋超课题组受邀并联合海军军医大学谢长勇团队在著名期刊Environmental Science & Technology上在线发表了题为“Longitudinal Mapping of Personal B...
2024-04-05 07:03:20
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原创 QIIME 2教程. 03老司机上路指南Experience(2024.2)
老司机上路指南QIIME 2 for Experienced Microbiome Researchershttps://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/qiime2-for-experienced-microbiome-researchers/正文共：7000 字 0 图 1 视频预计阅读时间：17 分钟，视频时长 14 分钟更新时间：2024年3月31日本节我...
2024-04-05 07:03:20
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转载 “热心肠奖”升级更名并于4月1日启动评选
“热心肠奖”是热心肠研究院于2022年推出，旨在致敬肠道领域内作出卓越贡献的中国科学家与产业人士的专属奖项。特设“年度科学家奖”“年度肠道产业人奖”，每年评选一次，各有三位获奖者。成立至今，已有12位国内肠道产学研领域的专业人士获此殊荣。2024年，我们携手高水平国际学术期刊iMeta，升级更名为“热心肠 × iMeta年度人物奖”，并在5月29日召开的热心肠大会上颁奖。奖项设置设立“年度科学家奖...
2024-04-04 07:04:39
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转载 中国农科院基因组所刘永鑫组2024年硕士研究生调剂名额2个，期待你的加入
//中国农业科学院深圳农业基因组研究所（简称“基因组所”）成立于2014年，由农业农村部、中国农业科学院和深圳市政府共同支持建设。基因组所通过整合生物学和大数据科学，来认识与利用农业生物基因组，服务全球农业生产。为此，基因组所成立了组学技术、合成生物学、植物基因组、动物基因组、生态基因组、食品科学等研究中心和相关技术平台。基因组所的长期愿景是致力于通过颠覆性创新来促进全球农业可持续发展，服...
2024-04-04 07:04:39
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原创 QIIME 2教程. 02插件工作流程Plugin Workflows(2024.2)
QIIME 2插件工作流程概述Overview of QIIME 2 Plugin Workflows英文原文见：https://docs.qiime2.org/2024.2/tutorials/overview/正文共：9858 字 9 图 1 视频预计阅读时间：25 分钟，视频时长 18 分钟更新时间：2024年3月31日本节即是对QIIME 2工作流程的概述，也是对扩增子分析过程的高度概括和...
2024-04-04 07:04:39
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转载 iMeta微生物组工具集专刊征稿：生物信息学、生物技术和宏组学方法
点击蓝字 关注我们微生物组工具集专刊征稿：生物信息学、生物技术和宏组学方法微生物组是栖息在肠道、土壤和水生生态系统等不同环境中的复杂微生物群落，在生态系统功能、宿主健康和生物技术应用中发挥着重要作用。计算生物学、生物信息学工具、宏基因组学和组学分析的进步以及测序技术的创新推动了微生物组研究的蓬勃发展。自iMeta推出以来，我们发表了一系列相关文章，引起了研究界的高度关注，目前平均被引用次数为 31...
2024-04-03 07:01:46
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转载 iMeta | 最受欢迎的10篇方法学文章
iMeta 微生物组工具虚拟专刊发布2024年3月22日iMeta发布了题为“Microbiome Toolbox: methods for bioinformatics, biotechnology, and metaomics”的虚拟专刊。虚拟专刊包括ComplexHeatmap、ImageGP、iNAP、ggClusterNet和fastp等10篇高被引方法论文。虚拟专刊链接：https:/...
2024-04-03 07:01:46
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转载 iMeta姊妹刊iMetaomics电子版和印刷版ISSN申请获批
iMeta姊妹刊iMetaomics电子版和印刷版ISSN申请获批iMeta姊妹刊iMetaomics于2024年3月成功申请国际标准期刊号ISSN: 2996-9506eISSN: 2996-9514。iMeta姊妹刊iMetaomics链接：http://www.imeta.science/imetaomics/1卷2期封面更多推荐（▼ 点击跳转）高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 引用7000...
2024-04-03 07:01:46
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Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)
2020-09-09
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