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RSS订阅原创 调整fasta序列格式，不要回车
调整fasta序列格式，删除回车我傻了。。。之前碰到fasta文件序列不是整行，带回车，我就会mega打开再输出来删除回车。这次要转很多文件就傻了然后意识到直接在R里输入再输出就好了。不拘于用什么包。library(ape)for (i in k) {fileinput = paste0("ONGOING_mafft_",i,".fasta")fileoutput = paste0("ONGOING_mafft_check_",i,".fasta")ongoing = read.FASTA
2021-04-06 13:19:55
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原创 SHELL 中拆分文件后，批量处理文件拼接，和mafft
Linux 用的少，经常忘记代码，记录一下。预处理：把原始文件O每两行拆分成一个文件split -l 2 O.fasta -d -a 2 A_**SHELL 中批量处理文件拼接**我有27个A文件，分别与B文件拼接，形成27个C文件for i in {00..27}; do cat A_${i} B.fas > C_mafft_${i}.fasta; done批量MAFFT for i in {00..27}; do mafft C_${i}.fasta > C_ma
2021-04-06 11:32:45
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原创 ggtree树枝旋转
记个笔记YU叔大神旋转ggtree的树枝https://guangchuangyu.github.io/2015/07/flip-and-rotate-branches-in-ggtree/先把节点展示出来，要旋转38就是旋转置换39和40ptest <- ggtree(tree) + geom_text(aes(label=node))pout = flip(ptest,39,40)...
2021-03-26 09:53:01
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原创 R语言使用中的一些“trick“
R语言使用中的一些"trick"场景-大师兄观察日记：Day one坐在我对面的大师兄抓耳挠腮大师兄开始思考了大师兄开始入定了大师兄要开始写博客了大师兄苦思冥想大师兄目光如炬大师兄打字如飞！大师兄要秃了h h h h h h h h h h h h h问题描述：关于字符串如何使用strsplit()后如何选取指定字符最近在大师兄正确领导方针下在对新冠序列“上下其手”。因为之前用R不多，碰到了很多懵逼的问题。比如：当我在有一段字符串，“lovemydoggie”，我想把他拆开变成一
2021-01-22 13:52:53
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空空如也
空空如也
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