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openslide的基本操作

python3,H&E images

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原创 使用openslide-python对whole slide image(WSI)进行读取、显示和金字塔构建、生成tiles

H&E染色的病理切片怎么读取特点是:太大,每张600Mb~10Gb,一般软件打不开。基于python开发,暂时想到3种打开方式:#coding:utf-8import openslideimport matplotlib.pyplot as plt#image fileimg_path = 'path/to/img/1.tif'#method 1slide1 = op...

2018-11-14 17:59:33 12737 19

原创 python爬虫

对陈奕迅的新歌《我们》的热门评论进行爬虫,代码链接在此:我们运行代码没问题,但是换成自己浏览器的表单内容填写进去,就报错了,错误如下:难道是我找错了链接?...

2018-04-18 19:00:41 258

原创 python import keras:Error!

先安装好了tensorflow,也安装了theano,都没问题,接下来pip install keras,也successful。但是,import keras就报错了,错误是:  File "/home/hyang/softwares/python/lib/python2.7/site-packages/keras/backend/tensorflow_backend.py", line 10,...

2018-04-16 11:13:33 2697

原创 损失函数+激活函数

网上文章一大抄!看到好几篇讲激活函数的,而且错误全一样。我是想看一下softmax的公式,却意外发现一篇讲得不错的blog,主要是把损失函数和激活函数的搭配问题讲清楚了,推荐一下:点击打开链接另有一篇从神经生物学角度和分析各激活函数优劣的文章,虽是转载,也值得一看:点击打开链接...

2018-04-14 19:57:48 453

原创 ROC, SROC, FROC有什么区别

ROC(Receiver Operating Characteristic Curves),横轴是1-specificity,纵轴是sensitivity,曲线与x轴及x=n的直线所围成的面积为AUC,面积越大说明结果越可靠。大家都比较熟悉了,不多作解释。SROC(Summary ROC,集成ROC法):对同一指标的多个不同试验进行Meta分析,可根据他们的优势比(odds ratio,OR)的权...

2018-03-31 18:09:08 8080 7

转载 LIDC-IDRI图像解读和预处理

LIDC-IDRI数据集的相关处理,值得学习!https://www.jianshu.com/p/9c1facf70b01 点击打开链接不过TCIA自家的downloader实在是难用,下载出错的文件,不能重新下载,而下载列表管理起来也很不方便。虽然安装在linux上,下载地址却只能选windows本地,呵呵如有大神看到,希望指导小弟一波,感激不尽DICOM支持的设备类型(中英文对照):胸部影像诊...

2018-03-27 15:46:35 7008 9

转载 降维算法--PCA 与 t-SNE

PCA是大家所熟知的降维算法,但是线性降维虽然简单,其局限性也很明显,难以实现高维数据在低维空间的可视化。t-SNE是非线性的降维算法,能实现高维到低维的可视化映射,但因为涉及大量的条件概率、梯度下降等计算,时间和空间复杂度是平方级的,比较耗资源。t-SNE几乎可用于所有高维数据集,广泛应用于图像处理,自然语言处理,基因组数据和语音处理。实例有:面部表情识别[2]、识别肿瘤亚群[3]、使用word...

2018-03-26 20:51:36 2959

原创 解决:“证书错误,导航已阻止”

今天百度了一下”python+tensorboard:http://0.0.0.0:6006无法访问“的解决方法,搜到了若干回答,包括来自CSDN的答案,然而CSDN却打不开了,原因是”证书错误,导航已阻止“,试了IE,Google浏览器都不行。于是凭借一点点经验和不放弃的精神,开始解决:Alt+x(打开浏览器的工具选项)-->“使用Internet Explorer打开" --> A...

2018-03-22 20:05:57 7824

转载 TensorFlow预测正弦函数

《TensorFlow实战Google深度学习框架》Chapter8最后一个样例程序是预测sin函数并绘制曲线的。但是代码运行总是出错,而且python2和python3报错不同,反复修改还是不行,问题出在矩阵相乘的维度问题上,或者导包失败。在CSDN上找到了可运行的代码(抄过来以备不时之需)原链接:http://blog.csdn.net/u012416045/article/details/7...

2018-03-20 21:21:54 1183

原创 玩儿Tensorflow遇到的挫折:学习速度跟不上版本更替

刚刚从Tensorflow 的cpu版本(0.8.0)切换到了gpu版本(1.6.0),有些程序就报错了。原来的Estimator(评估器)总是用不了,现在可以了,但是有些方法被提示不包含在某模块内了,于是找到版本之间的对应关系就很重要了~版本之间的更改和对应关系如下: http://www.cnblogs.com/hunttown/p/6866586.html ...

2018-03-20 16:55:41 265 1

原创 解决了CentOS 无法调用GUI的问题

想不到这样一个linux调用GUI的问题竟然折腾了一晚上+一上午,汗颜--问题如下:“cannot open display :0.0”解决:重装xshell,xming;尝试putty+xming;尝试putty+xmanager;...          But, no different! 疯掉了,都没用的。          现在说点儿正经的:只需要以root身份输入命令:xhost + ...

2018-03-20 11:24:45 2743

谷歌迅雷插件

下载国外资源时,Chrome浏览器占优势,但速度不快,Chrome+迅雷强大的下载能力,可以事半功倍。如同其他插件一样,只需要在扩展程序中添加即可。

2018-04-13

空空如也

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