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原创 [医学图像处理] 使用pyvips对WSI svs文件进行读取并自定义patch输出大小
摘要最近需要对WSI图像进行处理,以前没弄过,所以整理下方法。环境:Ubuntu 18.04 LTS, Python 3.7, pyvips数据: [TCGA-GBM (Survival Prediction)]本文主要参考以下两个博客:https://blog.csdn.net/weixin_41594007/article/details/81810231https://blog.csdn.net/songyu0120/article/details/85087529安装pyvip
2021-02-09 20:55:33 2936 1
原创 医学图像处理分类分割数据集合集 Medical Datasets Collection for Artificial Intelligence-based Medical Image Analysis
医学图像数据集读博之后一直在做医学图像处理,收集了不少数据集(包括下载地址),整理了相关信息后再此分享出来,希望能帮助到新入门的同学。如觉得对你有帮助,欢迎在论文中引用,仅供非商业用途使用。包括但不限于以下数据集:文档获取方式:直接在[arxiv]或个人主页中Other Resources下载 [github homepage]...
2021-02-04 20:19:20 6608 4
原创 [UESTC] 电子科技大学 正式文件 信签纸 Photoshop PSD
正好要用,而且又找不到,用PS造作了个UESTC的信签纸,有需要的校友自行取用。A4 Format,效果如下,PSD文件在此: 【git】 如果好用请不要吝啬star哟!...
2020-03-22 22:41:11 3268 4
原创 [Ubuntu] Ubuntu18.04 无核显安装Nvidia显卡驱动
在家倒腾了一下N卡驱动,由于没有核显,所有有一些步骤略显麻烦,记录下来,以供小伙伴参考。安装Ubuntu这一步没什么好说的,用U盘或者其他方法安装即可。我装的版本是18.04.04 LTS.没有核显无法显示桌面安装Ubuntu重启后,由于N卡辣鸡的驱动支持,所以Ubuntu是没办法显示桌面的,需要一些特殊的操作,参考这里[CSDN]:启动后,在Install ubuntu界面按...
2020-03-17 11:06:36 4143
原创 [Metrics] 用于医学图像目标分割的评价标准 Segmentation Metrics for Medical Imaging in Python (Updating)
一些用于医学图像的分割指标,用PyTorch实现,如果对您的研究起到帮助,请不要吝啬Star~Some criteria used for segmentation on Medical Imaging, with PyTorch implementations. If it helps your research, please don’t hesitate to give a star to...
2020-03-13 17:03:21 760
原创 [GNN] Collections of Latest Papers and Implementations for Graph Neural Network (updating)
ReviewSome Papers with CodesDeepGCNs: Making GCNs Go as Deep asCNNsPaper: https://arxiv.org/pdf/1910.06849.pdfCode: github.com/lightaime/deep_gcns_torch
2020-03-10 10:28:25 273
原创 [Deep Learning] Contextual Attention with Keras & Pytorch
Abstract今天介绍一种十分基本的Attention应用,suppose我们现在有n个完全一样的entity,而我们已经知道这n个entity服从一种重要性分布,那么我们如何让深度网络能够自己知道哪些entity是比较重要的呢,两种十分常见的场景是NLP中sentence-level context的获取和CV中spatial-wise或channel-wise的加权,那么就是接下来要介绍的...
2019-04-18 19:59:55 836 1
转载 [DeepLearning] Metric Learning
https://blog.csdn.net/gdengden/article/details/82715162
2019-01-29 10:41:27 1068
原创 [ROUGE] Ubuntu+ROUGE
AbstractData could be downloaded from Ref.2PS: Have to Chmod 777 for db folderRef:[1] https://blog.csdn.net/MerryCao/article/details/49174283[2] https://blog.csdn.net/wr339988/article/details/701...
2019-01-09 15:53:33 450
原创 [Pytorch] Transformer+Siamese进行文本相似度分析
摘要使用Transformer 代替RNN进行sentence-level context的encodeRequirementsPytorch >= 0.4.1Python >= 3.5General Usage Transformer用于进行encode的transformer我已经写好放在Git上了,小伙伴随意取用,别忘记点星星哟~https://githu...
2019-01-08 21:13:35 6866 2
原创 Pytorch_VAE_MNIST
import torchimport torch.nn as nnimport torch.utils.data as Dataimport torchvisionfrom torch.autograd import Variableimport matplotlib.pyplot as pltfrom mpl_toolkits.mplot3d import Axes3Dfrom m...
2018-11-09 16:11:48 1692
转载 [自然语言处理] Google Transformer Wiki
摘要Google最近出了BERT,把Transformer再拿出来看看Transformer强烈推荐:https://jalammar.github.io/illustrated-transformer/不喜欢阅读英文的同学,可以看下这个很棒的中文资料:https://kexue.fm/archives/4765BERThttps://arxiv.org/abs/1810.048...
2018-10-19 15:56:01 1002
转载 [自然语言处理]Text Generation Wiki
摘要收集一些文本生成方面的资源博客资源https://www.jianshu.com/p/341d63cf8a3bGithub 资源SeqGANSeqGAN作者实现:https://github.com/LantaoYu/SeqGANSeqGAN中文诗歌:https://github.com/TobiasLee/SeqGAN_PoemQANethttps://g...
2018-10-18 10:06:38 1624
转载 Ubuntu18.04安装Cuda、Cudnn、Tensorflow-gpu
https://blog.csdn.net/qq_34296627/article/details/82833172
2018-09-26 20:57:10 1467
原创 [Keras] Keras使用中遇到的一些坑~
主要内容如题,遇到的时候会黑人问号脸的Keras Issues1. Class Weights问题问题描述:Keras在多分类或多二分类时使用Class Weights时会报错,提示class not exists,这是一个已知的Keras Bug,有一个work around的方法是,在label vector前面加两个位置,分别赋值0和1,举个例子:# Origin...
2018-06-09 11:16:07 751 1
原创 [Keras] 用于Keras的Metrics(包括Pearson系数,Mean Relative Error,Jaccard距离等)
Keras_Metrics -[Github Link]-Some Metric Implementation in Keras (Such as Pearsons Correlation Coefficient, MRE)Now Including: - Pearsons Correlation Coefficient - Mean Relative Error - Jaccard...
2018-05-31 19:20:46 6057 2
转载 [GAN] 一个基于Keras的GAN进行图像去模糊
https://cloud.tencent.com/developer/article/1103271
2018-05-23 22:19:41 5842
转载 CIKM Competition数据挖掘竞赛夺冠记录
CIKM Competition数据挖掘竞赛夺冠算法-陈运文 http://www.52nlp.cn/cikm-competition-topdata
2018-05-19 23:46:49 985
原创 [深度学习] 使用Adam无法收敛到最优解
疑问来源: 比赛实践中,往往都是先用Adam实现快速收敛后,再使用SGD达到最优解,为什么Adam无法直接达到最优解呢?强烈推荐: 关于这个问题的综述:https://www.jiqizhixin.com/articles/2017-12-06ICLR 2018 的一篇论文认为是因为使用了指数滑动平均: < On the Convergence of Ad...
2018-04-20 10:11:03 8899 6
原创 [Python 技巧] 使用Pickle出现Memory Error
如题,头疼找到解决方法如下: https://stackoverflow.com/questions/28068872/memoryerror-with-pickle-in-python使用sklearn - joblib代替: https://blog.csdn.net/suibianshen2012/article/details/52808726...
2018-04-16 22:48:57 7652
原创 [比赛分享] Kaggle-Toxic Comment 中使用的各种深度学习模型, 处理方法和套路
摘要最近在做一个Kaggle比赛, 于此分享一下所使用的DL模型(经过简化),希望能对初学者有所帮助。 (最后结果,公榜23/4512,私榜87/4512,过拟合了啊啊啊啊T.T)比赛地址: https://www.kaggle.com/c/jigsaw-toxic-comment-classification-challenge模型中所使用的词嵌入请参看如下博客: ...
2018-03-21 10:16:51 3865 4
转载 [比赛分享] 分享一个Kaggle 上的 Stacking方法 [1]
摘要Stacking方法是模型融合的一个方法,当然流派很多,我知道的有: (然而我分不清Blend和Stack的区别, 手动滑稽)使用有放回无重复的取样,训练多个子模型,通过子模型生成新的训练集和测试集,再进行下一波训练使用多个弱模型的输出作为下一层模型的输入Kaggle中的这个方法Kaggle原文链接 https://www.kaggle.com/dongxu027...
2018-03-21 10:14:34 1630
原创 [环境配置] Ubuntu 16.04.3 + 1080Ti 环境下配置Tensorflow-GPU
摘要本文是经过多次失败的尝试后所得到的经验积累,作为分享参考文章: http://blog.csdn.net/zhaoyu106/article/details/52793183安装Ubuntu 16.04.3准备工作使用iso镜像以及UltraISO在Windows下制作U盘启动盘 [相关教程]在BIOS中选择U盘启动 [注意:BIOS中会有两个选项:UEFI...
2018-03-01 14:51:43 447
转载 如何构造GBDT组合特征
使用GBDT进行特征抽象,可以说是非常的有用了~我是萌萌哒的传送门: http://blog.csdn.net/zhangf666/article/details/70183788
2018-02-26 16:11:24 2887
原创 [自然语言处理] 预训练词向量百度云下载 [Word2Vec, Glove, FastText]
English Pre-trained word embeddingsGoogle’s word2vec embedding: 外网地址: [Word2Vec] [DownloadLink]300维英语词向量:[百度云]Glove word vectors: 外网地址: [Glove]国内地址:[百度云]Facebook’s fastText embeddings: 外网地址...
2018-02-21 17:11:34 22103 11
转载 滑窗法-时序结构化数据比赛利器
【链接】数据挖掘比赛之“滑窗法” http://blog.csdn.net/oXiaoBuDianEr123/article/details/79309022
2018-02-13 13:25:46 3528
原创 [知识图谱] Neo4J实战骚操作--用图数据库找到自己的远房亲戚 [手动捂脸]
摘要NLP应用中一个很重要的内容是知识图谱,而图数据库是构建知识图谱的很好选择,所以,耍起基本语句Step 1 :创建实体(1) CREATE (:Person {name:'TangBrother1', gender:'Male'}) Step 2 : 查询实体(2) MATCH (p:Person) RETURN p 然后可以看到
2018-01-25 16:24:44 2957
原创 [比赛分享] Kaggle-Toxic Comment [Keras多二分类,优质Comment语料, Pre-trained词向量的使用]
最近在看一个Kaggle的比赛【Toxic Comment】,本博客主要分享学习到的新姿势
2018-01-02 10:42:47 4843 7
转载 [比赛交流] JDD
https://github.com/yaoleiliu/2017-JDD-Global-Data-Explorer-Competition
2017-12-21 16:36:39 711
转载 [比赛交流] AI法官
分享一个解决方案https://github.com/ShawnyXiao/BDCI2017-AIJudge第四名: http://www.cnblogs.com/llhthinker/p/8127788.html
2017-12-20 10:28:08 1714 1
原创 [自然语言处理] (4) Word2Vec
摘要关键词: Glove,word2vec,NNLM,余弦相似度参考:一个非常好的py实现: 《自己动手写word2vec》Gensim中的word2vec使用 《Gensim中的word2vec使用》源代码: word2vec带注释的源代码 https://github.com/zhaozhiyong19890102/OpenSourceRea
2017-12-15 14:23:48 8068 2
原创 [比赛分享] 2017 JD京东 比赛代码开源分享
AI法官队友弃赛,吾心甚痛,欲置ML与身外,奈何毕业将至,身无长物,故,重新振作看论文,打比赛。。。
2017-12-05 11:17:13 2965 8
原创 [生成对抗网络] 论文研读-SeqGAN: Sequence Generative Adversarial Nets with Policy Gradient
GAN作为生成器已经在图像方面大放异彩,然而在NLP方面的应用还不多,原因一部分在于GAN是为连续空间设计的,而NLP是离散的,因此需要一点小小的trick才可以work
2017-12-04 19:28:53 2148
原创 [比赛记录] 主流机器学习模型模板代码+经验分享[xgb, lgb, Keras, LR]
最近打各种比赛,在这里分享一些GeneralModel,稍微改改就能用的
2017-11-30 14:00:00 6778 2
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