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RSS订阅原创 记录一下TwoSampleMR安装
虽然有些问题仍然没有解决，但是如果以后再遇到这种github包安装的时候可以借鉴相同思路。为什么要记录TwoSampleMR的安装过程呢？因为这个包足足安装了1个半小时。有帖子说可以用httr包修改代理，但我实在不懂代理是个啥，所有就放弃这个方法了。还是有一些没有解决的问题，比如。安装完依赖包后最后成功。
2022-11-05 16:14:52
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原创 使用百度网盘上传大文件到云服务器
因为需要把几个7G大小左右的数据上传至服务器，但无奈使用的是共享服务器，上传速度非常慢。管理员建议可以用奶牛快传（目前收费）中转，百度搜了一下，百度网盘有相同作用，正好有会员，就使用了百度网盘来传，速度是几M/s。因为用的是conda，bypy用conda安装不了，需要用pip安装，又创建了一个新环境，用于下载数据（不然后面安装包可能会有的冲突）。参考文章及视频：https://www.jianshu.com/p/4695e09b14ac。先进入服务器下载数据的文件夹下，进行下载。
2022-10-21 10:06:06
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原创 创建conda环境时遇到以下错误： Found conflicts! Looking for incompatible packages.（包含conda卸载）
创建conda环境时遇到以下错误：之前没有遇到过这种问题，在网上搜索了一些帖子尝试升级和降级conda版本都没能解决。有一个帖子说可能是之前用pip安装过软件（具体链接找不到了=_=），与conda有冲突，需要重新安装conda先卸载再重新安装。
2022-09-12 08:56:22
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原创 prefetch下载sra数据报错
奇怪的是加了后缀.sra后可以顺利转，但是之前没有遇到过，觉得不大确定这个数据是否是对的，还是想知道为什么下载不正常，通过搜索发现别人是通过更新sratools包解决的。昨天晚上使用sratools下载sra数据出现报错，之前一直能够顺利下载，检查网络连接后也没能解决。果然，重新下载sratools包后得以解决这个问题，虽然这个报是六个月前更新的。但是在将sra数据转成fastq数据的过程又出现问题。希望对遇到相同问题的童鞋有帮助。whatever，总算解决。
2022-09-06 10:21:36
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原创 NCBI与其他网站基因转换
参考：http://t.zoukankan.com/djx571-p-10263640.html下载info网址：http://t.zoukankan.com/djx571-p-10263640.html
2022-06-22 00:06:01
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原创 用R语言进行筛选数据
对于大数据，linux和python是很好的处理工具，但是对于这两个语言不熟悉的盆友来说，R语言是非常好的替代工具最近发现了一个很好用的R包tidyr，可以根据符号将文件中的列分割为多列，比如还有subset()，也非常实用，可以非常轻松地筛选行与列...
2022-06-21 09:20:33
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原创 conda常用命令（持续更新）
#删除创建的环境conda remove -n hicpro --all#安装包出现Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve问题conda update -n base condaconda update --all#查看环境中已经创建的conda info --envs
2022-06-04 15:42:40
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原创 crossmap转换坐标（liftover也可以，不过我只用它转换过bed文件）
在创建的python环境下进行conda activate test_py3安装conda install crossmap检查是否可以使用CrossMap.py -h下载chain文件https://pythonhosted.org/CrossMap/示例CrossMap.py bigwig hg38ToHg19.over.chain.gz GSM4950768_KYSE30_2_4.normalized.bigWig KYSE30_2_4_hg38.bigwig#基本格式p
2022-05-19 15:54:09
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原创 mac版 IGV(版本2.12.3)安装
安装了近2个小时,一直出现的问题就是没有报错,就是点图标无反应,一度想放弃,但终于柳暗花明!之前电脑安装过,但因为电脑之前升级, 基本格式化, 之前的软件环境都没了网上搜解决方法未果. 因为软件应该没问题,就考虑是Java的问题. 最开始安装的Java8(比较久版本的IGV对应version 8), 点图标无反应; 配置环境变量后仍不行, 考虑可能是Java版本的问题, 搜IGV官网也没有说明具体对应的是哪个版本的, 是在老版本的页面发现的需要提前安装Java, 最新版的IGV需要Java11, 官
2022-04-26 21:25:56
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原创 conda安装idr出现SOLVING ENVIRONMENT: FAILED WITH INITIAL FROZEN SOLVE. RETRYING WITH FLEXIBLE SOLVE的解决
conda安装idr出现SOLVING ENVIRONMENT: FAILED WITH INITIAL FROZEN SOLVE. RETRYING WITH FLEXIBLE SOLVE的解决借鉴https://blog.csdn.net/qq_32480989/article/details/122880450https://blog.csdn.net/hhhhhhhhhhwwwwwwwwww/article/details/112726892https://blog.csdn.net/qq_3
2022-04-26 16:21:03
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原创 chipseeker注释出现Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method fo
chipseeker注释出现Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function ‘NSBS’ for signature ‘“SortedByQueryHits”’错误如下:上网搜了一圈未果,试了TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene包是可以的,觉得还是出在txdb上,因此查看了txdb,染色体号没有加“chr". 修改文件的染色体号
2022-04-13 12:59:22
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原创 featurecount 计数reads
conda install subreadhttps://www.jianshu.com/p/4f2112a2c219https://wenku.baidu.com/view/92c5ecf95322aaea998fcc22bcd126fff7055dcb.htmlfeatureCounts -T 5 -p -t exon -g gene_id -a Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz -o A1_count.txt A1_1_sorted.bam
2022-04-13 12:03:59
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原创 甲基化位点整理代码
甲基化差异分析DSS包使用之前的数据整理代码这个文件是Bismark鉴定后的stat文件,目前我用的不是这个文件(是Bismark去重后的文件)以下是前期处理的代码,思想是可以借鉴的BiocManager::install(version = "3.14")BiocManager::install("DSS")BiocManager::install("bsseq",force = TRUE)install.packages("stringr")install.packages("tidyve
2022-04-06 08:42:26
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原创 mac pro 13.3从Monterey降到Catalina记录帖
上周因为IGV打不开，加上下载不了colorSlup(11.0以上的系统），就从Catalina升级到了Monterey，升级之后发现vmvare使用不了，目前没有版本适用，微信也打不开，就计划要降回去通过咨询朋友，看帖子，看b站视频，最开始是计划用U盘先下载，然后再安装，之后看到官网有shift+option+Command+R可以回电脑自带系统就决定用联网的方式当时因为想保留软件，还去看了时间机器，咨询apple支持说这一想法不可行，由高版本系统到低版本降级，软件在低版本上即使能保留，会出现不能正常
2022-03-09 20:14:35
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原创 下载SNP周围的氨基酸序列的fastq文件
首先在ensembl中确认SNP在蛋白上的位置；然后在NCBI上打开这个蛋白的序列，选择SNP所在位置的上下游，即可下载NCBI上如何打开蛋白的序列，可以参照这个百度经验https://jingyan.baidu.com/article/ac6a9a5e11075c2b653eac22.htmlOK!...
2022-02-08 22:24:08
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原创 虚拟机使用小tips
今天用虚拟机装seqmap包，用conda装，然后第一步就一直报错Collecting package metadata (current_repodata.json): failedCondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url...本来以为是校园网太慢，切换手机热点也不行上网查这个原因，竟然还有遇到一样的错误的后来猛然想起来，很久没有关过虚拟机了，中间电脑断过网看虚拟机的网络连接状态，果然没有连接。。。原来是虚拟机没联网！！！电脑断
2022-01-22 23:05:47
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原创 R语言 by()用法
今天在学习GEO数据分析时，看到以下代码，看了几遍解读，还是不懂，究其原因是不会by()的用法，在网页上搜了一下，在github上看到一个比较详细的解释。果然这种还是要有例子tmp = by(exp_id, ids$symbol, function(x) rownames(x)[which.max(rowMeans(x))])使用的是R自带的数据warpbreaks，大家如果对这个by函数不理解的话，也最好看着下面的例子操作一下示例1：对warpbreaks这
2022-01-20 20:59:20
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原创 bedgraph文件转bigwig文件
在linux下直接安装bedgraphtobigwig，fetchchromsizes，bedclip，由于对环境变量理解不够清楚，总是出错，主要我不知道这些软件的安装位置，使用which，whereis也没有找到，搞了非常久，最后决定先用conda安装conda create -n ucsc -c bioconda ucsc-bedgraphtobigwigconda activate ucscconda install -c bioconda ucsc-bedgraphtobigwigconda
2021-11-17 14:46:37
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原创 记录常用的R语言的一些零碎知识（包括ggplot2作图）
平常使用R的时候，会遇到一些小问题，这时就会去上网查，但查到结果，如果不记录起来，常常会遇到相同的问题时再次查询，费时费力，因此决定记录下这些零碎的R语言知识（不定时更新）1.查看R版本号version2.输出的txt文件去掉第一列1，2，3…在输出的参数加上row.names=F........................
2021-10-03 18:21:02
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原创 2021-08-25用ensembl下载小鼠与人的对应文件
需要将小鼠与人的基因名进行转换，使用biomart出现一些重复值，不好用，所以用ensembl下载
2021-08-25 23:36:59
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原创 set.seed()
#set.seed() 随机种子数https://blog.csdn.net/vencent_cy/article/details/50350020t-SNEhttps://zhuanlan.zhihu.com/p/62275210
2021-05-26 13:38:19
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原创 单细胞测序两组差异分析—seurat包
尝试使用seurat包进行两组间差异分析使用的是seurat包自带的数据#首先载入需要的包library(Seurat)#安装seurat-data包install.packages('devtools') library("devtools")devtools::install_github('satijalab/seurat-data')library(SeuratData)library(patchwork)安装数据集# install datasetInstallData
2021-05-20 09:50:53
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原创 TCGA_RNA-seq_limma分析
limma分析的大致流程导入read count， 保存为专门的对象用于后续分析原始数据过滤，根据标准化read count 或者 raw count 作为筛选标准raw read count 标准化通过各种算法（如经验贝叶斯，EM）预测dispersion离散值广义线性模型拟合数据差异分析，也就是统计检验部分rm(list=ls())library(limma)genesymbol<-read.delim("/Users/Desktop/ESCC_RNA_count_data/
2021-05-15 20:20:32
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原创 RNA-seq分析_edgeR代码整理总结
library(edgeR)#表达矩阵genesymbol<-read.delim("/Users/Desktop/ESCC_RNA_count_data/ESCC_count_cancer_expression.txt",header = TRUE,check.names = F)#样本信息condition<-read.delim("/Users/Desktop/ESCC_RNA_count_data/clinical merge.txt",header=TRUE)#对重复的基因名
2021-05-15 10:57:09
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原创 单细胞测序分析软件包_seurat使用笔记
本笔记主要参考https://www.jianshu.com/p/75c6d55a63bb?from=timeline主要是为了理清思路，记录一下，方便以后查找Seurat软件介绍导入分析需要的包library(Seurat)library(dplyr)library(magrittr)读入矩阵#matrix.mtx, genes.tsv, and barcodes.tsv#使用Read10X函数读取矩阵数据pbmc.data <- Read10X(data.dir = "..
2021-05-13 20:53:04
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原创 RNA-seq分析_DEseq2代码整理总结
#首先整理TCGA基因表达矩阵，在肿瘤样本，有一个样本既有原位癌也有转移数据，要删去肿瘤转移表达数据rm(list=ls())library(DESeq2)library(limma)读入表达矩阵与样本信息，并查看表达矩阵与样本信息genesymbol<-read.delim("/Users/Desktop/ESCC_RNA_count_data/ESCC_count_cancer_expression.txt",header = TRUE,check.names = F)conditi
2021-05-13 14:03:47
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原创 clusterprofile进行ID转换
之前用的比较多的biomart这里记录一下clusterprofile的ID转换功能#查看支持的ID转换类型keytypes(org.Hs.eg.db)#转换IDgeneid<-bitr(rownames(expr), fromType='ENSEMBL', toType='SYMBOL', OrgDb='org.Hs.eg.db', drop = TRUE) #去除空值geneid#注释ID#挑出表达文件中数据库中有的基因的所有行expr = expr[ rownames(ex
2021-05-12 20:57:31
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原创 R语言笔记_lapply与apply
lapply与apply是R中循环语句apply(a,1,function(x)) 对每一行执行命令，并返回结果；apply(a,2,function(x)) 对每一列执行命令，并返回结果；lapplylapply(a,1,function(x)) 指定的函数对列表中每一个向量执行命令，并返回结果；...
2021-05-10 21:49:13
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原创 RNA-seq FPKM&RPKM&TPM的介绍区别
一直以来对这几个概念都很混淆，今天发现了一个好帖子，讲的很仔细，总结下来就是：FPKM,RPKM和TPM均是根据测序深度及基因长度标准化的测序数据其中，FPKM,RPKM计算方法一样，先进行测序深度标化，再进行基因长度标化；TPM先进行基因长度标化，再进行测序深度标化TPM数值能体现出比对上某个基因的reads的比例，该数值可以直接进行样本间的比较。详细的帖子如下：http://www.360doc.com/content/18/0112/02/50153987_721216719.shtml
2021-05-10 21:31:09
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原创 安装diffbind
之前"diffbind"安装成功后，因为一些原因卸掉后再安装出现依赖包"biomart"一直安装不上但是没有找到原因，就隔了段时间，重新安装，按照报错提示一个包一个包安装，最后终于按上，可能跟网速有一定的关系吧...
2021-02-06 21:30:55
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空空如也
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